From db50607c39d7321ad877b7e8c89c7d9bf9a92e9a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Damon Bayer Date: Thu, 19 Dec 2024 17:47:07 -0600 Subject: [PATCH] remove old test files --- .../model_runs/TD/data/data.tsv | 181 --------- .../TD/data/data_for_model_fit.json | 381 ------------------ .../model_runs/TD/data/eval_data.tsv | 57 --- .../model_runs/TD/priors.py | 68 ---- pipelines/tests/test_run.sh | 50 --- 5 files changed, 737 deletions(-) delete mode 100644 pipelines/tests/covid-19_r_2024-01-29_f_2023-11-01_t_2024-01-29/model_runs/TD/data/data.tsv delete mode 100644 pipelines/tests/covid-19_r_2024-01-29_f_2023-11-01_t_2024-01-29/model_runs/TD/data/data_for_model_fit.json delete mode 100644 pipelines/tests/covid-19_r_2024-01-29_f_2023-11-01_t_2024-01-29/model_runs/TD/data/eval_data.tsv delete mode 100644 pipelines/tests/covid-19_r_2024-01-29_f_2023-11-01_t_2024-01-29/model_runs/TD/priors.py delete mode 100644 pipelines/tests/test_run.sh diff --git 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"infection_feedback_pmf": [0.161701189933765, 0.320525743089203, 0.242198071982593, 0.134825252524032, 0.0689141939998525, 0.0346219683116734, 0.017497710736154, 0.00908172017279556, 0.00483656086299504, 0.00260732346885217, 0.00143298046642562, 0.00082002579123121, 0.0004729600977183, 0.000284420637980485, 0.000179877924728358], - "viral_shedding_pars": [5.0, 1.0, 5.1, 0.5, 17.0, 3.0], - "autoreg_rt_a": 2, - "autoreg_rt_b": 40, - "autoreg_rt_site_a": 1, - "autoreg_rt_site_b": 4, - "autoreg_p_hosp_a": 1, - "autoreg_p_hosp_b": 100, - "inv_sqrt_phi_prior_mean": 0.1, - "inv_sqrt_phi_prior_sd": 0.1414214, - "r_prior_mean": 1, - "r_prior_sd": 1, - "log10_g_prior_mean": 12, - "log10_g_prior_sd": 2, - "i_first_obs_over_n_prior_a": 1.0015, - "i_first_obs_over_n_prior_b": 5.9985, - "hosp_wday_effect_prior_alpha": [5, 5, 5, 5, 5, 5, 5], - "mean_initial_exp_growth_rate_prior_mean": 0, - "mean_initial_exp_growth_rate_prior_sd": 0.01, - "sigma_initial_exp_growth_rate_prior_mode": 0, - "sigma_initial_exp_growth_rate_prior_sd": 0.05, - "mode_sigma_ww_site_prior_mode": 1, - "mode_sigma_ww_site_prior_sd": 1, - "sd_log_sigma_ww_site_prior_mode": 0, - "sd_log_sigma_ww_site_prior_sd": 0.693, - "eta_sd_sd": 0.01, - "sigma_i_first_obs_prior_mode": 0, - "sigma_i_first_obs_prior_sd": 0.5, - "p_hosp_prior_mean": 0.01, - "p_hosp_sd_logit": 0.3, - "p_hosp_w_sd_sd": 0.01, - "ww_site_mod_sd_sd": 0.25, - "inf_feedback_prior_logmean": 6.37408, - "inf_feedback_prior_logsd": 0.4, - "sigma_rt_prior": 0.1, - "log_phi_g_prior_mean": -2.302585, - "log_phi_g_prior_sd": 5, - "ww_sampled_sites": [1, 4, 3, 4, 2, 1, 3, 1, 2, 1, 2, 4, 1, 2, 4, 2, 4, 1, 3, 4, 1, 2, 1, 1, 2, 4, 3, 2, 2, 1, 2, 3, 4, 1, 2, 2, 4, 4, 2, 3, 1, 2, 3, 1, 1, 2, 3, 3, 1, 4, 2, 1, 1, 3, 3, 1, 3, 1, 1, 1, 1, 3, 1, 2, 1, 1, 2, 3, 4, 1, 2, 1, 2, 3, 4, 3, 4, 4, 1, 3, 3, 3, 3, 2, 1, 2, 4, 1], - "lab_site_to_site_map": [1, 1, 2, 3, 4], - "right_truncation_pmf": [1], - "right_truncation_offset": 0 -} diff --git a/pipelines/tests/covid-19_r_2024-01-29_f_2023-11-01_t_2024-01-29/model_runs/TD/data/eval_data.tsv b/pipelines/tests/covid-19_r_2024-01-29_f_2023-11-01_t_2024-01-29/model_runs/TD/data/eval_data.tsv deleted file mode 100644 index 2b4d5846..00000000 --- a/pipelines/tests/covid-19_r_2024-01-29_f_2023-11-01_t_2024-01-29/model_runs/TD/data/eval_data.tsv +++ /dev/null @@ -1,57 +0,0 @@ -date disease ed_visits data_type -2024-01-29 COVID-19 17 eval -2024-01-30 COVID-19 10 eval -2024-01-31 COVID-19 13 eval -2024-02-01 COVID-19 17 eval -2024-02-02 COVID-19 18 eval -2024-02-03 COVID-19 9 eval -2024-02-04 COVID-19 12 eval -2024-02-05 COVID-19 21 eval -2024-02-06 COVID-19 17 eval -2024-02-07 COVID-19 16 eval -2024-02-08 COVID-19 18 eval -2024-02-09 COVID-19 16 eval -2024-02-10 COVID-19 18 eval -2024-02-11 COVID-19 27 eval -2024-02-12 COVID-19 22 eval -2024-02-13 COVID-19 19 eval -2024-02-14 COVID-19 23 eval -2024-02-15 COVID-19 22 eval -2024-02-16 COVID-19 21 eval -2024-02-17 COVID-19 35 eval 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a/pipelines/tests/covid-19_r_2024-01-29_f_2023-11-01_t_2024-01-29/model_runs/TD/priors.py b/pipelines/tests/covid-19_r_2024-01-29_f_2023-11-01_t_2024-01-29/model_runs/TD/priors.py deleted file mode 100644 index 4f9d61ab..00000000 --- a/pipelines/tests/covid-19_r_2024-01-29_f_2023-11-01_t_2024-01-29/model_runs/TD/priors.py +++ /dev/null @@ -1,68 +0,0 @@ -import jax.numpy as jnp -import numpyro.distributions as dist -import pyrenew.transformation as transformation -from numpyro.infer.reparam import LocScaleReparam -from pyrenew.randomvariable import DistributionalVariable, TransformedVariable - -i0_first_obs_n_rv = DistributionalVariable( - "i0_first_obs_n_rv", - dist.Beta(1, 10), -) - -initialization_rate_rv = DistributionalVariable( - "rate", dist.Normal(0, 0.01), reparam=LocScaleReparam(0) -) - -r_logmean = jnp.log(1) -r_logsd = jnp.log(jnp.sqrt(2)) - -log_r_mu_intercept_rv = DistributionalVariable( - "log_r_mu_intercept_rv", dist.Normal(r_logmean, r_logsd) -) - -eta_sd_rv = DistributionalVariable( - "eta_sd", dist.TruncatedNormal(0.04, 0.02, low=0) -) - -autoreg_rt_rv = DistributionalVariable("autoreg_rt", dist.Beta(2, 40)) - - -inf_feedback_strength_rv = TransformedVariable( - "inf_feedback", - DistributionalVariable( - "inf_feedback_raw", - dist.LogNormal(jnp.log(50), jnp.log(2)), - ), - transforms=transformation.AffineTransform(loc=0, scale=-1), -) -# Could be reparameterized? - -p_ed_visit_mean_rv = DistributionalVariable( - "p_ed_visit_mean", - dist.Normal( - transformation.SigmoidTransform().inv(0.005), - 0.3, - ), -) # logit scale - - -p_ed_visit_w_sd_rv = DistributionalVariable( - "p_ed_visit_w_sd_sd", dist.TruncatedNormal(0, 0.01, low=0) -) - - -autoreg_p_ed_visit_rv = DistributionalVariable( - "autoreg_p_ed_visit_rv", dist.Beta(1, 100) -) - -ed_visit_wday_effect_rv = TransformedVariable( - "ed_visit_wday_effect", - DistributionalVariable( - "ed_visit_wday_effect_raw", - dist.Dirichlet(jnp.array([5, 5, 5, 5, 5, 5, 5])), - ), - transformation.AffineTransform(loc=0, scale=7), -) - -# Based on looking at some historical posteriors. -phi_rv = DistributionalVariable("phi", dist.LogNormal(6, 1)) diff --git a/pipelines/tests/test_run.sh b/pipelines/tests/test_run.sh deleted file mode 100644 index 50258803..00000000 --- a/pipelines/tests/test_run.sh +++ /dev/null @@ -1,50 +0,0 @@ -#!/bin/bash - -# Check if the base directory is provided as an argument -if [ -z "$1" ]; then - echo "Usage: $0 " - exit 1 -fi - -# Base directory containing subdirectories -BASE_DIR="$1" -N_SAMPLES=$2 -N_AHEAD=$3 - -# Iterate over each subdirectory in the base directory -echo "TEST-MODE: Running loop over subdirectories in $BASE_DIR" -echo "For $N_SAMPLES samples on 1 chain, and $N_AHEAD forecast points" -echo "" -for SUBDIR in "$BASE_DIR"/*/; do - echo "TEST-MODE: Inference for $SUBDIR" - python fit_model.py "$SUBDIR" --n-chains 1 --n-samples $N_SAMPLES - echo "TEST-MODE: Finished inference" - echo "" - echo "TEST-MODE: Generating posterior predictions for $SUBDIR" - python generate_predictive.py "$SUBDIR" --n-forecast-points $N_AHEAD - echo "TEST-MODE: Finished generating posterior predictions" - echo "" - echo "TEST-MODE: Converting inferencedata to parquet for $SUBDIR" - Rscript convert_inferencedata_to_parquet.R "$SUBDIR" - echo "TEST-MODE: Finished converting inferencedata to parquet" - echo "" - echo "TEST-MODE: Generate epiweekly data for $SUBDIR" - Rscript generate_epiweekly.R "$SUBDIR" - echo "TEST-MODE: Finished generating epiweekly data" - echo "" - echo "TEST-MODE: Forecasting baseline models for $SUBDIR" - Rscript timeseries_forecasts.R "$SUBDIR" --n-forecast-days $N_AHEAD --n-samples $N_SAMPLES - echo "TEST-MODE: Finished forecasting baseline models" - echo "" - echo "TEST-MODE: Postprocessing state forecast for $SUBDIR" - Rscript postprocess_state_forecast.R "$SUBDIR" - echo "TEST-MODE: Finished postprocessing state forecast" - echo "" - echo "TEST-MODE: Rendering webpage for $SUBDIR" - Rscript render_webpage.R "$SUBDIR" - echo "TEST-MODE: Finished rendering webpage" - echo "" - echo "TEST-MODE: Scoring forecast for $SUBDIR" - Rscript score_forecast.R "$SUBDIR" - echo "TEST-MODE: Finished scoring forecast" -done