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# Introducción a RNA-seq de célula única (scRNA-seq) con Bioconductor y al libro de OSCA
Instructoras: [Elisa Márquez Zavala](https://twitter.com/naielisha), [Citlali Gil Aguillon](http://twitter.com/argininaa)
Contenido adaptado del [Curso de RNASeq](https://lcolladotor.github.io/rnaseq_LCG-UNAM_2021/index.html) de [Leonardo Collado Torres](https://github.com/lcolladotor) y de
<iframe width="560" height="315" src="https://www.youtube.com/embed/c0Ch_sXiGDQ" frameborder="0" allow="accelerometer; autoplay; clipboard-write; encrypted-media; gyroscope; picture-in-picture" allowfullscreen></iframe>
[_Original Notes in English_](https://docs.google.com/document/d/1VZ4dOesHjbWhrvSIXO8Ne1Qk4ZdGEhAySNviZOHPqjI/edit?usp=sharing)
## Bioconductor
* CRAN, the R package repository: https://cran.r-project.org/
* CRAN task views: https://cran.r-project.org/web/views/
"Bioconductor proporciona herramientas para el análisis y la comprensión de datos genómicos de alto rendimiento. Bioconductor utiliza el lenguaje de programación estadístico R y es de código abierto y desarrollo abierto. Tiene dos lanzamientos cada año y una comunidad de usuarios activa. Bioconductor también está disponible como AMI (Imagen de máquina de Amazon) e imágenes de Docker."
* https://www.bioconductor.org/
* Where do I start using Bioconductor? http://lcolladotor.github.io/2014/10/16/startbioc/#.XqxNGRNKiuo
Básicamente es un repositorio con reglas o estándares para el análisis y la comprensión de datos genómicos de alto rendimiento.
Para conocer sobre Bioconductor podemos ir a:
https://www.bioconductor.org/ y dar click en *About*
### Equipos y consejos
Es conformado por diversos equipos y consejos ([Asesores científicos](https://www.bioconductor.org/about/scientific-advisory-board/), [técnicos](https://www.bioconductor.org/about/technical-advisory-board/) y de la [comunidad](https://www.bioconductor.org/about/community-advisory-board/)). Por ejemplo Leonardo Collado.
- Científicos : Proporciona orientación externa y supervisión de la dirección científica del proyecto y está compuesto por líderes en el análisis estadístico de datos genómicos.
- Técnicos: Desarrollar estrategias para asegurar que la parte técnica de la infraestructura sea apropiada a largo plazo (manejo de paquetes, sitio web, slack, etc)
- Comunidad : Empoderar a las comunidades de usuarios y desarrolladores mediante la coordinación de actividades de capacitación y divulgación.
Dentro del equipo *core* que mantiene a Bioconductor y apoya con las dudas (https://www.bioconductor.org/about/core-team/) hay gente a la que Bioconductor le paga por mantener los repositorios, lo cual lo hace diferente de CRAN. El tener gente que oficialmente sabe cómo ayudarte y tiene el tiempo para hacerlo crea una mejor experiencia para los usuarios y los desarrolladores.
### Encontrando paquetes de Bioconductor
* Tipos de paquetes
Hay 4 tipos de paquetes que aceptan
* [Software](http://bioconductor.org/packages/release/bioc/): tipo principal de paquete BioC, en su mayoría aportado por el usuario. Es un paquete con un tipo de análisis específico. Algunos los hacen gente pagada directamente por Bioconductor
* [Annotation]( http://bioconductor.org/packages/release/data/annotation/): facilita la interacción con bases de datos genómicas muy utilizadas
* [Experiment](http://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/): contienen datos para algún artículo o datos que se usan en ejemplos más exhaustivos, en su mayoría aportados por el usuario. ~<5 Mb
* [Workflows](http://bioconductor.org/packages/release/workflows/): demuestran como puedes usar varios paquetes de Bioconductor para ciertos tipos de análisis
* Para descubrir paquetes:
- Software: http://bioconductor.org/packages/release/bioc/
- Annotation: http://bioconductor.org/packages/release/data/annotation/
- Experiment Data: http://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/
- Workflows: http://bioconductor.org/packages/release/workflows/
Las listas de cada tipo de paquete se ven algo así:
| Package | Maintainer | Title |
|--------------------|-------------------------|-----------------------------------------------------|
| Nombre del paquete | Quién lo mantiene | Título completo |
| recount3 | Leonardo Collado-Torres | Explore and download data from the recount3 project |
* Paquetes de R de Leo: https://lcolladotor.github.io/pkgs/
Sin embargo, estas listas no son muy amigables si queremos explorar por lo que podemos usar `biocViews`
* Encontrando paquetes a través de `biocViews`: http://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software
- Estructura tipo árbol
- Son 4 árboles principales: software, annotation, experiment, workflow
- Dentro de cada árbol, un paquete puede ser parte de varias ramas, por ejemplo, [recount3](https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/recount3.html) está dentro de todas estas ramas:
- <span style="color:Purple">Software</span>
- <span style="color:Purple">AssayDomain</span>
- <span style="color:Purple">GeneExpression</span>
- <span style="color:Purple">BiologicalQuestion</span>
- <span style="color:Purple">DifferentialExpression</span>
- <span style="color:Purple">Coverage</span>
- <span style="color:Purple">Infrastructure</span>
- <span style="color:Purple">DataImport</span>
- <span style="color:Purple">Technology</span>
- <span style="color:Purple">Sequencing</span>
- <span style="color:Purple">RNASeq</span>
- Tiene una búsqueda de texto simple
- Ejemplo: Software → WorkflowStep → Visualization → http://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Visualization (486 paquetes en BioC 3.11 abril-octubre 2020, 506 en BioC 3.12 octubre 2020-abril 2021, 529 en BioC 3.13 agosto 2021)
### Estructura de un paquete de BioC
* Usa `https://bioconductor.org/packages/<pkg_name>`
- Ejemplo: https://bioconductor.org/packages/recount
- Otro ejemplo: https://bioconductor.org/packages/SummarizedExperiment
* Badges (etiquetas): rápidamente podemos evaluar como está
 : ¿En qué plataformas funciona?
 : ¿Qué tan descargado es?
 : ¿Se han hecho preguntas del paquete en los últimos 6 meses? (respondidas/hechas)
 : ¿Cuánto tiempo lleva en Bioconductor?
 : ¿Funciona en las máquinas de bioconductor?
 : ¿Cuándo fue la última vez que lo actualizaron?
 : Número de dependencias recursivas necesarias para instalar el paquete
* Parráfo de descripción del paquete
* Cómo citar al paquete de Bioconductor
* Cómo instalarlo. Más detalles en http://bioconductor.org/install/
* Documentación
- Una líga por cada vignette en formato PDF o HTML. Es la documentación **principal**!
- Una vignette es donde lxs autores del paquete explican cómo usar las diferentes funciones del paquete y en qué orden
* Detalles
- Términos de `biocViews`
- Cómo se relaciona a otros paquetes (depends, imports, linking to, suggests, depends on me, ...)
- URL: donde puedes encontrar el código fuente (nos puede dar más infor)
- BugReports: donde puedes pedir ayuda
* Más detalles sobre el paquete
- Estadísticas de descargas
### Las dos ramas de Bioconductor: release y devel
* Dos ramas
- `release`, actualmente 3.13
- `devel`, actualmente 3.14
- Bioconductor version 3.14 (Development)
https://bioconductor.org/packages/devel/BiocViews.html#___Software
- Ejemplo: http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/recount.html
* Bioconductor tiene es actualizado cada 6 meses (abril y octubre). R lo actualizan 1 vez al año (abril).
* Todo el software lo prueban en macOS, Windows y linux
- Ejemplo: http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/recount/ y http://bioconductor.org/checkResults/devel/bioc-LATEST/recount/
* Resumen BioC 3.13 http://bioconductor.org/news/bioc_3_13_release/
- Blog post en LIBD rstats club: Quick overview on the new Bioconductor 3.8 release http://research.libd.org/rstatsclub/2018/11/02/quick-overview-on-the-new-bioconductor-3-8-release/
### Cursos y eventos
* http://bioconductor.org/help/events/
* http://bioconductor.org/help/course-materials/
* BioC2021: conferencia principal anual https://bioc2021.bioconductor.org/
- Talleres del BioC2019: https://rebrand.ly/biocworkshops2019
<blockquote class="twitter-tweet"><p lang="en" dir="ltr">Teach online data science, bioinformatics, or other computational skills interactively using the Orchestra platform:<a href="https://t.co/r4aJ2xAZbh">https://t.co/r4aJ2xAZbh</a> <br>Nearly 50 workshop environments preloaded with <a href="https://twitter.com/hashtag/jupyter?src=hash&ref_src=twsrc%5Etfw">#jupyter</a>, <a href="https://twitter.com/hashtag/rstudio?src=hash&ref_src=twsrc%5Etfw">#rstudio</a>, <a href="https://twitter.com/hashtag/shell?src=hash&ref_src=twsrc%5Etfw">#shell</a>. <a href="https://twitter.com/hashtag/rstats?src=hash&ref_src=twsrc%5Etfw">#rstats</a>, or <a href="https://twitter.com/hashtag/python?src=hash&ref_src=twsrc%5Etfw">#python</a>.<a href="https://twitter.com/NIHSTRIDES?ref_src=twsrc%5Etfw">@NIHSTRIDES</a> <a href="https://twitter.com/NIHDataScience?ref_src=twsrc%5Etfw">@NIHDataScience</a> <a href="https://twitter.com/Bioconductor?ref_src=twsrc%5Etfw">@Bioconductor</a> <a href="https://t.co/HyWVLBJxGU">pic.twitter.com/HyWVLBJxGU</a></p>— Sean Davis (@seandavis12) <a href="https://twitter.com/seandavis12/status/1348291911090626560?ref_src=twsrc%5Etfw">January 10, 2021</a></blockquote> <script async src="https://platform.twitter.com/widgets.js" charset="utf-8"></script>
* Talleres de la CDSB, como los talleres de CDSB 2020: https://comunidadbioinfo.github.io/post/cdsb2020-building-workflows-with-rstudio-and-scrnaseq-with-bioconductor/#.XmJT-Z-YU1I
### Comunidad
* Slack: https://bioc-community.herokuapp.com/
* Sitio web de ayuda: https://support.bioconductor.org/
- Usa la(s) etiqueta(s) adecuada(s) para que lxs autores de los paquetes reciban email de forma automática
- Pueden revisar ese sitio web y usarlo para aprender cómo en https://lcolladotor.github.io/bioc_team_ds/helping-others.html#bioconductor-support-practice-grounds
* Twitter: https://twitter.com/bioconductor
## Introducción a RNA-seq de célula única (scRNA-seq) con Bioconductor y al libro de OSCA
[link a diapositivas](https://docs.google.com/presentation/d/1Jr_CtxAX4MviZF6Hb4taPOPWQl1HZW942M_pH51B4Vg/edit?usp=sharing)
## Detalles de la sesión de R
```{r}
## Información de la sesión de R
Sys.time()
proc.time()
options(width = 120)
sessioninfo::session_info()
```
## Patrocinadores {-}
Agradecemos a nuestros patrocinadores:
<a href="https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/cs_and_s_event_fund_award/#.YJH-wbVKj8A"><img src="https://comunidadbioinfo.github.io/post/2021-01-27-cs_and_s_event_fund_award/spanish_cs_and_s_award.jpeg" width="400px" align="center"/></a>
<a href="https://www.r-consortium.org/"><img src="https://www.r-consortium.org/wp-content/uploads/sites/13/2016/09/RConsortium_Horizontal_Pantone.png" width="400px" align="center"/></a>