diff --git a/COPYRIGHT b/COPYRIGHT index b1a5f6d..b53a3fb 100644 --- a/COPYRIGHT +++ b/COPYRIGHT @@ -696,6 +696,6 @@ THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR IMPLI ****************************************************************** -#SSW Library: An SIMD Smith-Waterman C/C++/Python/Java Library for Use in Genomic Applications is used +SSW Library: An SIMD Smith-Waterman C/C++/Python/Java Library for Use in Genomic Applications is used License: MIT -Copyright (c) 2012-2015 Boston College +​Copyright (c) 2012-2015 Boston College diff --git a/data/decoy/hs_decoys.fa b/data/decoy/hs_decoys.fa new file mode 100644 index 0000000..324036e --- /dev/null +++ b/data/decoy/hs_decoys.fa @@ -0,0 +1,672588 @@ +>Edico_decoy_GRCh37_NC_007605 +AGAATTCGTCTTGCTCTATTCACCCTTACTTTTCTTCTTGCCCGTTCTCTTTCTTAGTAT +GAATCCAGTATGCCTGCCTGTAATTGTTGCGCCCTACCTCTTTTGGCTGGCGGCTATTGC +CGCCTCGTGTTTCACGGCCTCAGTTAGTACCGTTGTGACCGCCACCGGCTTGGCCCTCTC 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+chr6_ssto_hap7 3446007 3763807 +chr6_ssto_hap7 3763899 3798078 +chr6_ssto_hap7 3799137 3799507 +chr6_ssto_hap7 3799767 3800227 +chr6_ssto_hap7 3800280 3804518 +chr6_ssto_hap7 3808627 3809155 +chr6_ssto_hap7 3809231 3809527 +chr6_ssto_hap7 3810198 3810502 +chr6_ssto_hap7 3810573 3811216 +chr6_ssto_hap7 3817018 3817667 +chr6_ssto_hap7 3818064 3818416 +chr6_ssto_hap7 3819079 3819777 +chr6_ssto_hap7 3820787 3821135 +chr6_ssto_hap7 3821747 3822507 +chr6_ssto_hap7 3823347 3823853 +chr6_ssto_hap7 3823975 3824233 +chr6_ssto_hap7 3824547 3824956 +chr6_ssto_hap7 3825166 3825536 +chr6_ssto_hap7 3825927 3826537 +chr6_ssto_hap7 3827074 3827487 +chr6_ssto_hap7 3830591 3840639 +chr6_ssto_hap7 3840982 3854767 +chr6_ssto_hap7 3855246 3859565 +chr6_ssto_hap7 3861407 3862527 +chr6_ssto_hap7 3863047 3867047 +chr6_ssto_hap7 3871287 3871807 +chr6_ssto_hap7 3871887 3872327 +chr6_ssto_hap7 3872847 3873147 +chr6_ssto_hap7 3873230 3874043 +chr6_ssto_hap7 3880507 3881452 +chr6_ssto_hap7 3882327 3882707 +chr6_ssto_hap7 3883481 3884043 +chr6_ssto_hap7 3884407 3884707 +chr6_ssto_hap7 3884887 3886191 +chr6_ssto_hap7 3887021 3887782 +chr6_ssto_hap7 3888287 3889193 +chr6_ssto_hap7 3898047 3900227 +chr6_ssto_hap7 3900543 3901507 +chr6_ssto_hap7 3904822 3905327 +chr6_ssto_hap7 3905370 3906227 +chr6_ssto_hap7 3911947 3913367 +chr6_ssto_hap7 3913411 3913769 +chr6_ssto_hap7 3914150 3914472 +chr6_ssto_hap7 3915027 3915550 +chr6_ssto_hap7 3915946 3916347 +chr6_ssto_hap7 3917007 3917507 +chr6_ssto_hap7 3917879 3918487 +chr6_ssto_hap7 3919067 3919707 +chr6_ssto_hap7 3920087 3920707 +chr6_ssto_hap7 3920767 3921409 +chr6_ssto_hap7 3922887 3924249 +chr6_ssto_hap7 3924304 3924638 +chr6_ssto_hap7 3924667 3925207 +chr6_ssto_hap7 3925587 3925904 +chr6_ssto_hap7 3927204 3928367 +chr6_ssto_hap7 3932646 3933027 +chr6_ssto_hap7 3934347 3935211 +chr6_ssto_hap7 3935518 3935928 +chr6_ssto_hap7 3935980 3937041 +chr6_ssto_hap7 3943047 3943447 +chr6_ssto_hap7 3943947 3944840 +chr6_ssto_hap7 3944862 3945212 +chr6_ssto_hap7 3945317 3946107 +chr6_ssto_hap7 3946803 3947241 +chr6_ssto_hap7 3947953 3948907 +chr6_ssto_hap7 3949367 3950484 +chr6_ssto_hap7 3951791 3952347 +chr6_ssto_hap7 3952576 3952958 +chr6_ssto_hap7 3953427 3954355 +chr6_ssto_hap7 3957947 3958394 +chr6_ssto_hap7 3958732 3959267 +chr6_ssto_hap7 3960167 3960474 +chr6_ssto_hap7 3963893 3964228 +chr6_ssto_hap7 3965251 3965607 +chr6_ssto_hap7 3966595 3967547 +chr6_ssto_hap7 3967771 3968409 +chr6_ssto_hap7 3968447 3969347 +chr6_ssto_hap7 3969438 3970547 +chr6_ssto_hap7 3971007 3971387 +chr6_ssto_hap7 3971667 3972287 +chr6_ssto_hap7 3973747 3974227 +chr6_ssto_hap7 3975215 3976392 +chr6_ssto_hap7 3977180 3977642 +chr6_ssto_hap7 3977812 3978235 +chr6_ssto_hap7 3979360 3982057 +chr6_ssto_hap7 3982127 3982474 +chr6_ssto_hap7 3983723 3984762 +chr6_ssto_hap7 3984867 3986307 +chr6_ssto_hap7 3986610 3987429 +chr6_ssto_hap7 3988187 3990287 +chr6_ssto_hap7 3990747 3992152 +chr6_ssto_hap7 3992303 3994055 +chr6_ssto_hap7 3995427 4008096 +chr6_ssto_hap7 4008117 4042592 +chr6_ssto_hap7 4042635 4045950 +chr6_ssto_hap7 4046087 4046862 +chr6_ssto_hap7 4048767 4049587 +chr6_ssto_hap7 4049975 4052048 +chr6_ssto_hap7 4052587 4053522 +chr6_ssto_hap7 4053767 4053881 +chr6_ssto_hap7 4053905 4054273 +chr6_ssto_hap7 4054603 4059923 +chr6_ssto_hap7 4059958 4060237 +chr6_ssto_hap7 4060937 4061082 +chr6_ssto_hap7 4061295 4064307 +chr6_ssto_hap7 4065442 4073238 +chr6_ssto_hap7 4074200 4078540 +chr6_ssto_hap7 4079516 4093673 +chr6_ssto_hap7 4094467 4205113 +chr6_ssto_hap7 4205425 4370564 +chr6_ssto_hap7 4420564 4580410 +chr6_ssto_hap7 4610218 4639806 +chr6_ssto_hap7 4661576 4723509 +chr6_ssto_hap7 4774387 4783798 +chr6_ssto_hap7 4836049 4928567 +chr17_ctg5_hap1 0 240300 +chr17_ctg5_hap1 241100 242800 +chr17_ctg5_hap1 242826 243560 +chr17_ctg5_hap1 243620 245540 +chr17_ctg5_hap1 245580 246300 +chr17_ctg5_hap1 246400 247640 +chr17_ctg5_hap1 247760 253540 +chr17_ctg5_hap1 253600 257320 +chr17_ctg5_hap1 257380 343920 +chr17_ctg5_hap1 343960 446640 +chr17_ctg5_hap1 446680 458240 +chr17_ctg5_hap1 459080 460720 +chr17_ctg5_hap1 460760 463500 +chr17_ctg5_hap1 463540 464260 +chr17_ctg5_hap1 464300 465580 +chr17_ctg5_hap1 465740 471460 +chr17_ctg5_hap1 471520 475260 +chr17_ctg5_hap1 475320 479520 +chr17_ctg5_hap1 479560 493540 +chr17_ctg5_hap1 493600 493920 +chr17_ctg5_hap1 496400 711880 +chr17_ctg5_hap1 713960 886160 +chr17_ctg5_hap1 886280 1230860 +chr17_ctg5_hap1 1230900 1232141 +chr17_ctg5_hap1 1234640 1234940 +chr17_ctg5_hap1 1235020 1237160 +chr17_ctg5_hap1 1240140 1256794 +chr17_ctg5_hap1 1306833 1383074 +chr17_ctg5_hap1 1383134 1425954 +chr17_ctg5_hap1 1426034 1430154 +chr17_ctg5_hap1 1430214 1433954 +chr17_ctg5_hap1 1434014 1439814 +chr17_ctg5_hap1 1439934 1441954 +chr17_ctg5_hap1 1442014 1444714 +chr17_ctg5_hap1 1444794 1446474 +chr17_ctg5_hap1 1447314 1458814 +chr17_ctg5_hap1 1458854 1460354 +chr17_ctg5_hap1 1461054 1462034 +chr17_ctg5_hap1 1462274 1462574 +chr17_ctg5_hap1 1463014 1588968 +chr17_ctg5_hap1 1638968 1680828 diff --git a/src/include/align/Aligner.hpp b/src/include/align/Aligner.hpp index 319509c..6417e56 100644 --- a/src/include/align/Aligner.hpp +++ b/src/include/align/Aligner.hpp @@ -54,6 +54,7 @@ class Aligner { const int gapExtend, const int unclipScore, const int alnMinScore, + const int aln_cfg_mapq_min_len, const uint32_t alignerUnpairedPen, const double aln_cfg_filter_len_ratio, const bool vectorizedSW); @@ -73,13 +74,14 @@ class Aligner { Alignments& unpaired(std::size_t readPosition) { return unpairedAlignments_.at(readPosition); } /// generate ungapped alignments from the seed chains void generateUngappedAlignments(const Read& read, map::ChainBuilder& chainBuilder, Alignments& alignments); - void runSmithWatermanAll(const Read& read, const map::ChainBuilder& chainBuilder, Alignments& alignments); + void runSmithWatermanAll( + const Read& read, const map::ChainBuilder& chainBuilder, Alignments& alignments, const int readIdx); /// generate the ungapped alignment for the given seed chain void generateUngappedAlignment(const Read& read, map::SeedChain& seedChain, Alignment& alignment); /// generate dummy alignments consistent with the seed chains void generateDummyAlignments( const Read& read, const map::ChainBuilder& chainBuilder, Alignments& alignments) const; - void deFilterChain(const Read& read, map::SeedChain& seedChain, Alignment& alignment); + void deFilterChain(const Read& read, map::SeedChain& seedChain, Alignment& alignment, const int readIdx); /** ** \brief Accepts query and reference sequences of identical length and compares ** corresponding bases one by one. @@ -151,6 +153,7 @@ class Aligner { const ScoreType gapExtend_; const ScoreType unclipScore_; const ScoreType alnMinScore_; + const int aln_cfg_mapq_min_len_; const int aln_cfg_unpaired_pen_; SmithWaterman smithWaterman_; VectorSmithWaterman vectorSmithWaterman_; @@ -170,7 +173,8 @@ class Aligner { Alignment& anchoredAlignment, const AlignmentRescue& alignmentRescue, map::SeedChain& rescuedSeedChain, - Alignment& rescuedAlignment); + Alignment& rescuedAlignment, + const int anchoredIdx); void makePair( const InsertSizeParameters& insertSizeParameters, diff --git a/src/include/align/AlignmentGenerator.hpp b/src/include/align/AlignmentGenerator.hpp index eccab90..90d2378 100644 --- a/src/include/align/AlignmentGenerator.hpp +++ b/src/include/align/AlignmentGenerator.hpp @@ -40,9 +40,14 @@ class AlignmentGenerator { { } /// delegate for the Aligner generateAlignments method - void generateAlignments(const Read& read, const map::ChainBuilder& chainBuilder, Alignments& alignments); + void generateAlignments( + const Read& read, const map::ChainBuilder& chainBuilder, Alignments& alignments, const int readIdx); bool generateAlignment( - const ScoreType alnMinScore, const Read& read, map::SeedChain seedChain, Alignment& alignment); + const ScoreType alnMinScore, + const Read& read, + map::SeedChain seedChain, + Alignment& alignment, + const int readIdx); private: const reference::ReferenceDir& referenceDir_; diff --git a/src/include/align/AlignmentRescue.hpp b/src/include/align/AlignmentRescue.hpp index b90d188..e560e38 100644 --- a/src/include/align/AlignmentRescue.hpp +++ b/src/include/align/AlignmentRescue.hpp @@ -15,6 +15,7 @@ #ifndef ALIGN_ALIGNMENT_RESCUE_HPP #define ALIGN_ALIGNMENT_RESCUE_HPP +#include #include #include #include "align/Alignment.hpp" @@ -92,6 +93,7 @@ class AlignmentRescue { static constexpr int RESCUE_CHAIN_LENGTH_NO_PAIRS = 0; static constexpr int RESCUE_SEED_LENGTH = 32; static constexpr int RESCUE_MAX_SNPS = 7; + static constexpr int BASES_PER_CYCLE = 4; // 4 bases per cycle static constexpr auto pe_orient_fr_c = Orientation::pe_orient_fr_c; static constexpr auto pe_orient_rf_c = Orientation::pe_orient_rf_c; @@ -184,7 +186,15 @@ class AlignmentRescue { /** ** \brief generate the two rescue kmers for the read to rescue **/ - std::array getRescueKmers(const Read& rescuedRead) const; + std::array getRescueKmers(const Read& rescuedRead, signed modOffset) const; + + /** + ** \brief load the rescue kmer into a mm128i vector for SIMD scanning + **/ + + __m128i loadRescueKmer(AlignmentRescue::RescueKmer rescueKmer) const; + + __m128i loadRefKmer(std::vector::const_iterator refIter, size_t size) const; /** ** \brief count mismatches between the kmer and the reference diff --git a/src/include/align/PairBuilder.hpp b/src/include/align/PairBuilder.hpp index a6bd6fe..98c0594 100644 --- a/src/include/align/PairBuilder.hpp +++ b/src/include/align/PairBuilder.hpp @@ -109,7 +109,8 @@ class PairBuilder { int readIdx, StoreOp store) const { - const int m2a_scale = mapq2aln(similarity_.getSnpCost(), averageReadLength); + const int m2a_scale = + mapq2aln(similarity_.getSnpCost(), std::max(aln_cfg_mapq_min_len_, averageReadLength)); const ScoreType scaled_max_pen = (m2a_scale * aln_cfg_sec_phred_delta_) >> 10; //27; const ScoreType sec_aln_delta = std::max(scaled_max_pen, aln_cfg_sec_score_delta_); diff --git a/src/include/align/Sam.hpp b/src/include/align/Sam.hpp index 25fc795..24e2ffd 100644 --- a/src/include/align/Sam.hpp +++ b/src/include/align/Sam.hpp @@ -61,7 +61,7 @@ class Sam { } } - if (!alignment.hasMultipleSegments() ||(alignment.isUnmapped() && alignment.isUnmappedNextSegment())) { + if (!alignment.hasMultipleSegments() || (alignment.isUnmapped() && alignment.isUnmappedNextSegment())) { os << "*\t0\t"; } else { os << (-1 == alignment.getNextReference() diff --git a/src/include/align/SinglePicker.hpp b/src/include/align/SinglePicker.hpp index f0424b5..2dd040c 100644 --- a/src/include/align/SinglePicker.hpp +++ b/src/include/align/SinglePicker.hpp @@ -80,7 +80,7 @@ class SinglePicker { template bool findSecondary(const int readLength, Alignments& alignments, const Alignment* best, StoreOp store) const { - const int m2a_scale = mapq2aln(similarity_.getSnpCost(), readLength); + const int m2a_scale = mapq2aln(similarity_.getSnpCost(), std::max(aln_cfg_mapq_min_len_, readLength)); const ScoreType scaled_max_pen = (m2a_scale * aln_cfg_sec_phred_delta_) >> 10; //27; const ScoreType sec_aln_delta = std::max(scaled_max_pen, aln_cfg_sec_score_delta_); // std::cerr << "scaled_max_pen:" << scaled_max_pen << std::endl; diff --git a/src/include/align/VectorSmithWaterman.hpp b/src/include/align/VectorSmithWaterman.hpp index 7bc95f7..9430fdd 100644 --- a/src/include/align/VectorSmithWaterman.hpp +++ b/src/include/align/VectorSmithWaterman.hpp @@ -30,7 +30,12 @@ class VectorSmithWaterman { public: VectorSmithWaterman( const SimilarityScores& similarity, const int gapInit, const int gapExtend, const int unclipScore = 0) - : similarity_(similarity), gapInit_(gapInit), gapExtend_(gapExtend), unclipScore_(unclipScore) + : similarity_(similarity), + gapInit_(gapInit), + gapExtend_(gapExtend), + unclipScore_(unclipScore), + profile_({NULL, NULL}), + profileRev_({NULL, NULL}) { sswAlphabetSize_ = 16; sswScoringMat_ = (int8_t*)calloc(sswAlphabetSize_ * sswAlphabetSize_, sizeof(int8_t)); @@ -68,20 +73,28 @@ class VectorSmithWaterman { const unsigned char* databaseBegin, const unsigned char* databaseEnd, bool reverseQuery, - std::string& cigar); + std::string& cigar, + int readIdx); + + void initReadContext(const unsigned char* queryBegin, const unsigned char* queryEnd, int readIdx); + void destroyReadContext(int readIdx); private: std::string convert_cigar(const s_align& s_al, const int& query_len); void getCigarOperations(const s_align& s_al, const int& query_len, std::string& operations); - std::vector query_; - const SimilarityScores similarity_; - const int8_t gapInit_; - const int8_t gapExtend_; - const int8_t unclipScore_; - int8_t* sswScoringMat_; - int sswAlphabetSize_; + std::array, 2> queryRev_; + std::array, 2> query_; + const SimilarityScores similarity_; + const int8_t gapInit_; + const int8_t gapExtend_; + const int8_t unclipScore_; + int8_t* sswScoringMat_; + int sswAlphabetSize_; + std::array querySize_; + std::array profile_; + std::array profileRev_; }; } // namespace align diff --git a/src/include/bam/BamBlockReader.hpp b/src/include/bam/BamBlockReader.hpp index 4f13ea1..9eb17e4 100644 --- a/src/include/bam/BamBlockReader.hpp +++ b/src/include/bam/BamBlockReader.hpp @@ -44,7 +44,7 @@ class BamBlockReader { public: typedef std::istream::char_type char_type; - BamBlockReader(std::istream& stream, const char inputQnameSuffixDelim) : stream_(stream) + BamBlockReader(std::istream& stream, const char inputQnameSuffixDelim) : stream_(stream), inputQnameSuffixDelim_ (inputQnameSuffixDelim) { skipToFirstRecord(); } diff --git a/src/include/fastq/FastqNRecordReader.hpp b/src/include/fastq/FastqNRecordReader.hpp index ffeafe6..25dc79d 100644 --- a/src/include/fastq/FastqNRecordReader.hpp +++ b/src/include/fastq/FastqNRecordReader.hpp @@ -47,6 +47,11 @@ class FastqNRecordReader { --lines; } + if (!stream_ && !stream_.eof()) { + throw std::logic_error( + std::string("Error '") << strerror(errno) << "' reading input stream at " << stream_.tellg()); + } + return n - lines / FASTQ_LINES_PER_RECORD; } diff --git a/src/include/sequences/ReadPair.hpp b/src/include/sequences/ReadPair.hpp index dd45cab..95508ed 100644 --- a/src/include/sequences/ReadPair.hpp +++ b/src/include/sequences/ReadPair.hpp @@ -31,7 +31,7 @@ class ReadPair : public std::array { //{ //} - double getLength() const { return (double(at(0).getLength()) + double(at(1).getLength())) / 2; } + int getLength() const { return (at(0).getLength() + at(1).getLength()) / 2; } friend std::ostream& operator<<(std::ostream& os, const ReadPair& pair) { diff --git a/src/lib/align/Aligner.cpp b/src/lib/align/Aligner.cpp index f5e1e12..06ff307 100644 --- a/src/lib/align/Aligner.cpp +++ b/src/lib/align/Aligner.cpp @@ -44,6 +44,7 @@ Aligner::Aligner( const int gapExtend, const int unclipScore, const int alnMinScore, + const int aln_cfg_mapq_min_len, const uint32_t aln_cfg_unpaired_pen, const double aln_cfg_filter_len_ratio, const bool vectorizedSW) @@ -57,6 +58,7 @@ Aligner::Aligner( gapExtend_(gapExtend), unclipScore_(unclipScore), alnMinScore_(alnMinScore), + aln_cfg_mapq_min_len_(aln_cfg_mapq_min_len), aln_cfg_unpaired_pen_(aln_cfg_unpaired_pen), smithWaterman_(similarity, gapInit, gapExtend, unclipScore), vectorSmithWaterman_(similarity, gapInit, gapExtend, unclipScore), @@ -113,10 +115,10 @@ void Aligner::generateUngappedAlignments( } void Aligner::runSmithWatermanAll( - const Read& read, const map::ChainBuilder& chainBuilder, Alignments& alignments) + const Read& read, const map::ChainBuilder& chainBuilder, Alignments& alignments, const int readIdx) { for (int i = 0; i < chainBuilder.size(); ++i) { - alignmentGenerator_.generateAlignment(alnMinScore_, read, chainBuilder.at(i), alignments.at(i)); + alignmentGenerator_.generateAlignment(alnMinScore_, read, chainBuilder.at(i), alignments.at(i), readIdx); } //// if (DEBUG_FILES) @@ -152,13 +154,14 @@ void Aligner::generateUngappedAlignment(const Read& read, map::SeedChain& seedCh #endif } -void Aligner::deFilterChain(const Read& read, map::SeedChain& seedChain, Alignment& alignment) +void Aligner::deFilterChain( + const Read& read, map::SeedChain& seedChain, Alignment& alignment, const int readIdx) { if (seedChain.isFiltered()) { seedChain.setFiltered(false); generateUngappedAlignment(read, seedChain, alignment); if (swAll_) { - alignmentGenerator_.generateAlignment(alnMinScore_, read, seedChain, alignment); + alignmentGenerator_.generateAlignment(alnMinScore_, read, seedChain, alignment, readIdx); } } } @@ -318,7 +321,7 @@ void Aligner::runSmithWatermanWorthy( bestScore = alignment.getScore(); } if (alignment.getPotentialScore() > alignment.getScore()) { - alignmentGenerator_.generateAlignment(alnMinScore_, read, seedChain, alignment); + alignmentGenerator_.generateAlignment(alnMinScore_, read, seedChain, alignment, 0); } } } @@ -326,6 +329,11 @@ void Aligner::runSmithWatermanWorthy( void Aligner::getAlignments(const Read& read, Alignments& alignments) { + if (vectorizedSW_) { + const auto& query0 = read.getBases(); + vectorSmithWaterman_.initReadContext(query0.data(), query0.data() + query0.size(), 0); + } + alignments.clear(); map::ChainBuilder& chainBuilder = chainBuilders_[0]; chainBuilder.clear(); @@ -334,11 +342,15 @@ void Aligner::getAlignments(const Read& read, Alignments& alignments) if (0 != chainBuilder.size()) { buildUngappedAlignments(chainBuilder, read, alignments); if (swAll_) { - runSmithWatermanAll(read, chainBuilder, alignments); + runSmithWatermanAll(read, chainBuilder, alignments, 0); } else { runSmithWatermanWorthy(read, chainBuilder, alignments); } } + + if (vectorizedSW_) { + vectorSmithWaterman_.destroyReadContext(0); + } } bool Aligner::rescueMate( @@ -349,20 +361,23 @@ bool Aligner::rescueMate( Alignment& anchoredAlignment, const AlignmentRescue& alignmentRescue, map::SeedChain& rescuedSeedChain, - Alignment& rescuedAlignment) + Alignment& rescuedAlignment, + const int anchoredIdx) { + const int rescuedIdx = !anchoredIdx; + if (alignmentRescue.scan( rescuedRead, anchoredSeedChain, referenceDir_.getReferenceSequence(), rescuedSeedChain)) { // std::cerr << "rescued:" << rescuedSeedChain << std::endl; if (alignmentGenerator_.generateAlignment( - alnMinScore_, rescuedRead, rescuedSeedChain, rescuedAlignment)) { + alnMinScore_, rescuedRead, rescuedSeedChain, rescuedAlignment, rescuedIdx)) { // bestUnpairedScore[rescuedReadPosition] = std::max(bestUnpairedScore[rescuedReadPosition], rescuedAlignment.getScore()); // do Smith-Waterman on the anchored alignment if necessary if (!anchoredAlignment.isSmithWatermanDone() && ((anchoredAlignment.getPotentialScore() > anchoredAlignment.getScore()) || (!anchoredAlignment.isPerfect()))) { alignmentGenerator_.generateAlignment( - alnMinScore_, anchoredRead, anchoredSeedChain, anchoredAlignment); + alnMinScore_, anchoredRead, anchoredSeedChain, anchoredAlignment, anchoredIdx); } #ifdef TRACE_ALIGNMENTS std::cerr << "[ALIGNMENT]\t" @@ -444,7 +459,8 @@ bool Aligner::rescuePair( anchoredAlignment, alignmentRescue, rescuedSeedChain, - rescued)) { + rescued, + anchoredIdx)) { chainBuilders_[rescuedIdx].addSeedChain(rescuedSeedChain); unpairedAlignments_[rescuedIdx].append(rescued); makePair( @@ -469,6 +485,14 @@ AlignmentPairs::iterator Aligner::getAlignments( const InsertSizeParameters& insertSizeParameters, const PairBuilder& pairBuilder) { + if (vectorizedSW_) { + const auto& query0 = readPair[0].getBases(); + vectorSmithWaterman_.initReadContext(query0.data(), query0.data() + query0.size(), 0); + + const auto& query1 = readPair[1].getBases(); + vectorSmithWaterman_.initReadContext(query1.data(), query1.data() + query1.size(), 1); + } + alignmentPairs.clear(); chainBuilders_[0].clear(); chainBuilders_[1].clear(); @@ -490,8 +514,8 @@ AlignmentPairs::iterator Aligner::getAlignments( buildUngappedAlignments(chainBuilders_[1], readPair[1], unpairedAlignments_[1]); if (swAll_) { - runSmithWatermanAll(readPair[0], chainBuilders_[0], unpairedAlignments_[0]); - runSmithWatermanAll(readPair[1], chainBuilders_[1], unpairedAlignments_[1]); + runSmithWatermanAll(readPair[0], chainBuilders_[0], unpairedAlignments_[0], 0); + runSmithWatermanAll(readPair[1], chainBuilders_[1], unpairedAlignments_[1], 1); } int bestOffset0 = findBest(unpairedAlignments_[0]); @@ -525,8 +549,8 @@ AlignmentPairs::iterator Aligner::getAlignments( pairsFound[0].at(i0) = true; pairsFound[1].at(i1) = true; any_pair_match |= !chain0.hasOnlyRandomSamples() && !chain1.hasOnlyRandomSamples(); - deFilterChain(readPair.at(0), chain0, unpairedAlignments_[0].at(i0)); - deFilterChain(readPair.at(1), chain1, unpairedAlignments_[1].at(i1)); + deFilterChain(readPair.at(0), chain0, unpairedAlignments_[0].at(i0), 0); + deFilterChain(readPair.at(1), chain1, unpairedAlignments_[1].at(i1), 1); } if (hasBestUnpaired || isPair) { makePair( @@ -651,8 +675,9 @@ AlignmentPairs::iterator Aligner::getAlignments( unmappedR1.setNextPosition(best0.getPosition()); unpairedAlignments_[1].append(unmappedR1); - const int m2a_scale = mapq2aln(similarity_.getSnpCost(), readPair.getLength()); - const int pair_pen = (aln_cfg_unpaired_pen_ * m2a_scale) >> 10; + const int m2a_scale = + mapq2aln(similarity_.getSnpCost(), std::max(aln_cfg_mapq_min_len_, readPair.getLength())); + const int pair_pen = (aln_cfg_unpaired_pen_ * m2a_scale) >> 10; alignmentPairs.push_back(AlignmentPair( best0, chainBuilders_[0].size() > bestOffset0 ? &chainBuilders_[0].at(bestOffset0) : 0, @@ -686,8 +711,9 @@ AlignmentPairs::iterator Aligner::getAlignments( unmappedR0.setNextPosition(best1.getPosition()); unpairedAlignments_[0].append(unmappedR0); - const int m2a_scale = mapq2aln(similarity_.getSnpCost(), readPair.getLength()); - const int pair_pen = (aln_cfg_unpaired_pen_ * m2a_scale) >> 10; + const int m2a_scale = + mapq2aln(similarity_.getSnpCost(), std::max(aln_cfg_mapq_min_len_, readPair.getLength())); + const int pair_pen = (aln_cfg_unpaired_pen_ * m2a_scale) >> 10; alignmentPairs.push_back(AlignmentPair( unpairedAlignments_[0].back(), best1, @@ -715,7 +741,8 @@ AlignmentPairs::iterator Aligner::getAlignments( if ((nullptr != seedChains[i]) && !alignmentPair[i].isSmithWatermanDone() && ((alignmentPair[i].getPotentialScore() + 20 > alignmentPair[i].getScore()) || (!alignmentPair[i].isPerfect()))) { - alignmentGenerator_.generateAlignment(alnMinScore_, readPair[i], *seedChains[i], alignmentPair[i]); + alignmentGenerator_.generateAlignment( + alnMinScore_, readPair[i], *seedChains[i], alignmentPair[i], i); // bestUnpairedScore[i] = std::max(bestUnpairedScore[i], alignmentPair[i].getScore()); } } @@ -744,6 +771,11 @@ AlignmentPairs::iterator Aligner::getAlignments( } } + if (vectorizedSW_) { + vectorSmithWaterman_.destroyReadContext(0); + vectorSmithWaterman_.destroyReadContext(1); + } + if (!unpairedAlignments_[0].empty() && !unpairedAlignments_[1].empty()) { // filter(alignmentPairs, unpairedAlignments_); return pairBuilder.pickBest(readPair, alignmentPairs, unpairedAlignments_); diff --git a/src/lib/align/AlignmentGenerator.cpp b/src/lib/align/AlignmentGenerator.cpp index b789f7e..be21df6 100644 --- a/src/lib/align/AlignmentGenerator.cpp +++ b/src/lib/align/AlignmentGenerator.cpp @@ -20,11 +20,11 @@ namespace dragenos { namespace align { void AlignmentGenerator::generateAlignments( - const Read& read, const map::ChainBuilder& chainBuilder, Alignments& alignments) + const Read& read, const map::ChainBuilder& chainBuilder, Alignments& alignments, const int readIdx) { for (const auto& seedChain : chainBuilder) { auto& alignment = alignments.addAlignment(); - generateAlignment(0, read, seedChain, alignment); + generateAlignment(0, read, seedChain, alignment, readIdx); } } @@ -71,7 +71,11 @@ void AlignmentGenerator::updateFetchChain(const Read& read, map::SeedChain& seed } bool AlignmentGenerator::generateAlignment( - const ScoreType alnMinScore, const Read& read, map::SeedChain seedChain, Alignment& alignment) + const ScoreType alnMinScore, + const Read& read, + map::SeedChain seedChain, + Alignment& alignment, + const int readIdx) { if (seedChain.isFiltered()) { return false; @@ -98,7 +102,7 @@ bool AlignmentGenerator::generateAlignment( const reference::HashtableConfig::Sequence& seq = hashtableConfig.getSequences().at(refCoords.first); const auto posRange = hashtableConfig.getPositionRange(seq); endPosition = std::min(endPosition, posRange.second); - if (endPosition <= beginPosition) return false; + if (endPosition <= beginPosition) return false; } else { // RP: from FZ: // The purpose is to flag it as ineligible to be as final alignment even it is aligned but to a @@ -134,8 +138,8 @@ bool AlignmentGenerator::generateAlignment( std::string operations; FlagType flags = !read.getPosition() ? Alignment::FIRST_IN_TEMPLATE : Alignment::LAST_IN_TEMPLATE; { - ScoreType scoreSW; + if (vectorizedSW_) { scoreSW = vectorSmithWaterman_.align( query.data(), @@ -143,7 +147,8 @@ bool AlignmentGenerator::generateAlignment( database.data(), database.data() + database.size(), seedChain.isReverseComplement(), - operations); + operations, + readIdx); } else { scoreSW = smithWaterman_.align( diff --git a/src/lib/align/AlignmentRescue.cpp b/src/lib/align/AlignmentRescue.cpp index bc66f6e..2f2f37f 100644 --- a/src/lib/align/AlignmentRescue.cpp +++ b/src/lib/align/AlignmentRescue.cpp @@ -12,6 +12,7 @@ ** **/ +#include #include #include @@ -108,15 +109,28 @@ uint32_t AlignmentRescue::getReferenceInterval( return first_ref_pos; } +__m128i mm_bitshift_left4(__m128i x) +{ + __m128i carry = + _mm_bslli_si128(x, 8); // old compilers only have the confusingly named _mm_slli_si128 synonym + carry = _mm_srli_epi64(carry, 60); // After bslli shifted left by 64b + + x = _mm_slli_epi64(x, 4); + return _mm_or_si128(x, carry); +} + +static inline int popcnt128(__m128i n) +{ + const __m128i n_hi = _mm_unpackhi_epi64(n, n); + return __builtin_popcountll(_mm_cvtsi128_si64(n)) + __builtin_popcountll(_mm_cvtsi128_si64(n_hi)); +} + bool AlignmentRescue::scan( const Read& rescuedRead, const SeedChain& anchoredChain, const reference::ReferenceSequence& reference, SeedChain& rescuedChain) const { - //const bool log = (alignment.getReferenceName() == "chr10") && (alignment.getPosition() == 52558952); - //if (log) std::cerr << "scanning... " << std::endl; - rescuedChain.clear(); std::vector referenceBases; @@ -127,9 +141,9 @@ bool AlignmentRescue::scan( const auto rescueIntervalStart = getReferenceInterval(anchoredChain, rescuedRead.getLength(), reference, referenceBases); - // std::cerr << "rescueIntervalStart=" <= pe_min_insert_); const int scanLength = referenceBases.size() - rescuedRead.getLength(); - //map::SeedChain rescuedChain; // the offsets that give the least number of mismatches for each kmer int bestOffsets[] = {scanLength, scanLength}; int bestCounts[] = {rescueKmers[0].size(), rescueKmers[1].size()}; const std::vector::const_iterator startIterators[] = { - referenceBases.begin(), referenceBases.end() - scanLength - rescueKmers[1].size()}; + referenceBases.begin(), referenceBases.end() - scanLength - rescueKmers[1].size() - modOffset}; bool conflict = false; // if (log) - // std::cerr << "referenceBases.size(): " << referenceBases.size() << ", scanLength=" << scanLength - // << ", rescueKmers[1].size()=" << rescueKmers[1].size() << std::endl; + // std::cerr << "referenceBases.size(): " << referenceBases.size() << ", scanLength=" << scanLength + // << ", rescueKmers[1].size()=" << rescueKmers[1].size() << std::endl; + + __m128i kmer1_m = loadRescueKmer(rescueKmers[0]); + __m128i kmer2_m = loadRescueKmer(rescueKmers[1]); + + __m128i refkmer1_m = loadRefKmer(startIterators[0], rescueKmers[0].size()); + __m128i refkmer2_m = loadRefKmer(startIterators[1], rescueKmers[0].size()); for (int i = 0; scanLength > i; ++i) { // get the number of mismatches for both kmer - const int mismatchCounts[] = {countMismatches(rescueKmers[0], startIterators[0] + i), - countMismatches(rescueKmers[1], startIterators[1] + i)}; + // const int mismatchCounts[] = { + // countMismatches(rescueKmers[0], startIterators[0] + i), + // countMismatches(rescueKmers[1], startIterators[1] + i)}; + + // count matches = compare with &, then popcount + __m128i comparek1 = _mm_and_si128(refkmer1_m, kmer1_m); + __m128i comparek2 = _mm_and_si128(refkmer2_m, kmer2_m); + int nbmis0 = rescueKmers[0].size() - popcnt128(comparek1); + int nbmis1 = rescueKmers[1].size() - popcnt128(comparek2); + + const int mismatchCounts[] = {nbmis0, nbmis1}; + // update best counts and best offsets for (int j = 0; j != 2; ++j) { - if (bestCounts[j] > mismatchCounts[j]) { + if (bestCounts[j] > mismatchCounts[j] or + (bestCounts[j] == mismatchCounts[j] and i <= scanLength / 2)) { // flag a conflic if the kmer maps at multiple locations conflict |= (bestCounts[j] <= RESCUE_MAX_SNPS); bestCounts[j] = mismatchCounts[j]; bestOffsets[j] = i; } } - // if (log) std::cerr << i << '\t' << mismatchCounts[0] << ":" << mismatchCounts[1] << " - " << bestCounts[0] << ":" << bestCounts[1] << " - " << bestOffsets[0] << ":" << bestOffsets[1] << std::endl; - } - //if (log) std::cerr << "1" << std::endl; + unsigned char newBase; + // shift kmer window on reference by one base : shift left vector 4 bits and insert new base + refkmer1_m = mm_bitshift_left4(refkmer1_m); + newBase = *(startIterators[0] + rescueKmers[0].size() - 1 + i + 1); + if (newBase == 0xF) newBase = 0; + __m128i newBase_m = _mm_setr_epi8(newBase, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0); + refkmer1_m = _mm_or_si128(refkmer1_m, newBase_m); + + // idem for second kmer + refkmer2_m = mm_bitshift_left4(refkmer2_m); + newBase = *(startIterators[1] + rescueKmers[0].size() - 1 + i + 1); + if (newBase == 0xF) newBase = 0; + newBase_m = _mm_setr_epi8(newBase, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0); + refkmer2_m = _mm_or_si128(refkmer2_m, newBase_m); + } // flag a conflict and adjust the best offset if they are on different diagonals if (bestOffsets[0] != bestOffsets[1]) { @@ -185,8 +227,6 @@ bool AlignmentRescue::scan( } } - //if (log) std::cerr << "5: bestcounts: " << bestCounts[0] << " - " << bestCounts[1] << std::endl; - // generate the new seed chain and alignment pair if any if ((bestCounts[0] <= RESCUE_MAX_SNPS) || (bestCounts[1] <= RESCUE_MAX_SNPS)) { const bool reversedRescue = isReversedRescue(anchoredChain); @@ -202,12 +242,13 @@ bool AlignmentRescue::scan( const sequences::Seed seed( &rescuedRead, rescuedRead.getLength() - RESCUE_SEED_LENGTH, RESCUE_SEED_LENGTH); const int64_t referencePosition = - rescueIntervalStart + (reversedRescue - ? (referenceBases.size() - rescuedRead.getLength() - bestOffsets[1]) - : rescuedRead.getLength() + bestOffsets[1] - RESCUE_SEED_LENGTH); + rescueIntervalStart + + (reversedRescue + ? (referenceBases.size() - rescuedRead.getLength() - bestOffsets[1] + modOffset - 1) + : rescuedRead.getLength() + bestOffsets[1] - RESCUE_SEED_LENGTH + modOffset - 1); rescuedChain.addSeedPosition(map::SeedPosition(seed, referencePosition, 0), false); } - + rescuedChain.setPerfect(not conflict); //if (log) std::cerr << "scanning... succeeded" << std::endl; DRAGEN_RESCUE_LOG << "RESCUE: " << "first_seed_pos=" << rescuedChain.firstReadBase() @@ -221,8 +262,6 @@ bool AlignmentRescue::scan( } } - //if (log) std::cerr << "scanning... failed" << std::endl; - DRAGEN_RESCUE_LOG << "NO_RESCUE" << std::endl; return false; } @@ -249,7 +288,53 @@ int AlignmentRescue::countMismatches( return count; } -std::array AlignmentRescue::getRescueKmers(const Read& rescuedRead) const +__m128i AlignmentRescue::loadRescueKmer(AlignmentRescue::RescueKmer rescueKmer) const +{ + // left most base on kmer = highest address in vector + std::array kmer_packed; + int jj = 0; + unsigned char packed = 0; + for (size_t ii = 0; rescueKmer.size() != ii; ++ii) { + packed = packed << 4; + packed |= rescueKmer[ii]; + + if (ii & 1) { + kmer_packed[15 - jj] = packed; + jj++; + packed = 0; + } + } + __m128i kmer_mm = _mm_loadu_si128((__m128i*)kmer_packed.data()); + + return kmer_mm; +} + +// load kmer from reference into mm128 vector, and set all non ATCG to 0 +__m128i AlignmentRescue::loadRefKmer(std::vector::const_iterator refIter, size_t size) const +{ + std::array kmer_packed; + + unsigned char packed = 0; + int jj = 0; + for (size_t ii = 0; size != ii; ++ii) { + packed = packed << 4; + unsigned char pval = *(refIter + ii); + if (pval == 0xF) pval = 0; + packed |= pval; + if (ii & 1) { + kmer_packed[15 - jj] = packed; + jj++; + packed = 0; + } + } + + __m128i refkmer_mm = _mm_loadu_si128((__m128i*)kmer_packed.data()); + + return refkmer_mm; +} + +std::array AlignmentRescue::getRescueKmers( + const Read& rescuedRead, signed modOffset) const { std::array rescueKmers; std::fill(rescueKmers[0].begin(), rescueKmers[0].end(), 0); @@ -259,7 +344,7 @@ std::array AlignmentRescue::getRescueKmers(const rescueKmers[0][i] = rescuedRead.getBase4bpb(i); } for (unsigned i = 0; i != length; ++i) { - rescueKmers[1][i] = rescuedRead.getBase4bpb(i + rescuedRead.getLength() - length); + rescueKmers[1][i] = rescuedRead.getBase4bpb(i + rescuedRead.getLength() - length - modOffset); } return rescueKmers; } diff --git a/src/lib/align/PairBuilder.cpp b/src/lib/align/PairBuilder.cpp index 6857f9c..699f7bf 100644 --- a/src/lib/align/PairBuilder.cpp +++ b/src/lib/align/PairBuilder.cpp @@ -177,7 +177,8 @@ int PairBuilder::computePairPenalty( : aln_cfg_unpaired_pen_; } - const int m2a_scale = mapq2aln(similarity_.getSnpCost(), readPair.getLength()); + const int m2a_scale = + mapq2aln(similarity_.getSnpCost(), std::max(aln_cfg_mapq_min_len_, readPair.getLength())); // std::cerr << "m2a_scale:" << m2a_scale << std::endl; const int m2a_prod = (m2a_scale * m2a_penalty) >> 10; @@ -217,8 +218,9 @@ AlignmentPairs::const_iterator PairBuilder::findSecondBest( std::cerr << "[SCORING]\t" << "second best:" << *ret << std::endl; #endif // TRACE_SCORING - ScoreType other_best_scr = best->at(!readIdx).getScore(); - const int m2a_scale = mapq2aln(similarity_.getSnpCost(), averageReadLength); + ScoreType other_best_scr = best->at(!readIdx).getScore(); + const int m2a_scale = + mapq2aln(similarity_.getSnpCost(), std::max(aln_cfg_mapq_min_len_, averageReadLength)); const ScoreType scaled_max_pen = (m2a_scale * aln_cfg_unpaired_pen_) >> 10; //27; const bool use_pe_mapq_v = ret->isProperPair(); @@ -227,7 +229,7 @@ AlignmentPairs::const_iterator PairBuilder::findSecondBest( const ScoreType list_pe_min = list_pe_max - similarity_.getSnpCost(); const ScoreType list_se_max = use_pe_mapq_v ? (ret->getScore() - other_best_scr + scaled_max_pen) : ret->at(readIdx).getScore(); - const ScoreType list_se_min = std::max(alnMinScore_, list_se_max - similarity_.getSnpCost()); + const ScoreType list_se_min = list_se_max - similarity_.getSnpCost(); #ifdef TRACE_SCORING std::cerr << "[SCORING]\t" << "list_pe_min:" << list_pe_min << " list_pe_max:" << list_pe_max << std::endl; @@ -319,7 +321,8 @@ void PairBuilder::updateEndMapq( if (best->at(readIdx).isUnmapped()) { best->at(readIdx).setMapq(0); } else { - const int a2m_scale = aln2mapq(similarity_.getSnpCost(), averageReadLength); + const int a2m_scale = + aln2mapq(similarity_.getSnpCost(), std::max(aln_cfg_mapq_min_len_, averageReadLength)); const ScoreType xs_score_diff = best->getScore() - xs[0] - xs[1]; const MapqType xs_heur_mapq = std::max(0, ((xs_score_diff * a2m_scale) >> 13) + aln_cfg_xs_pair_penalty_); diff --git a/src/lib/align/VectorSmithWaterman.cpp b/src/lib/align/VectorSmithWaterman.cpp index 8c2fd95..afda22e 100644 --- a/src/lib/align/VectorSmithWaterman.cpp +++ b/src/lib/align/VectorSmithWaterman.cpp @@ -20,6 +20,41 @@ namespace dragenos { namespace align { +void VectorSmithWaterman::destroyReadContext(int readIdx) +{ + if (profile_[readIdx] != NULL) { + init_destroy(profile_[readIdx]); + profile_[readIdx] = NULL; + } + + if (profileRev_[readIdx] != NULL) { + init_destroy(profileRev_[readIdx]); + profileRev_[readIdx] = NULL; + } +} + +void VectorSmithWaterman::initReadContext( + const unsigned char* queryBegin, const unsigned char* queryEnd, int readIdx) +{ + querySize_[readIdx] = std::distance(queryBegin, queryEnd); + query_[readIdx].resize(querySize_[readIdx]); + queryRev_[readIdx].resize(querySize_[readIdx]); + + std::copy(queryBegin, queryEnd, query_[readIdx].begin()); + + const std::reverse_iterator rbegin(queryEnd); + const std::reverse_iterator rend(queryBegin); + std::copy(rbegin, rend, queryRev_[readIdx].begin()); + + destroyReadContext(readIdx); + + const int8_t* queryBeginInt = (int8_t*)query_[readIdx].data(); + profile_[readIdx] = ssw_init(queryBeginInt, querySize_[readIdx], sswScoringMat_, sswAlphabetSize_, 2); + + const int8_t* queryRevBeginInt = (int8_t*)queryRev_[readIdx].data(); + profileRev_[readIdx] = ssw_init(queryRevBeginInt, querySize_[readIdx], sswScoringMat_, sswAlphabetSize_, 2); +} + // returns alignment score // returns operations list in cigar uint16_t VectorSmithWaterman::align( @@ -28,22 +63,9 @@ uint16_t VectorSmithWaterman::align( const unsigned char* databaseBegin, const unsigned char* databaseEnd, bool reverseQuery, - std::string& cigar) + std::string& cigar, + int readIdx) { - const int querySize = std::distance(queryBegin, queryEnd); - query_.resize(querySize); - if (reverseQuery) { - const std::reverse_iterator rbegin(queryEnd); - const std::reverse_iterator rend(queryBegin); - std::copy(rbegin, rend, query_.begin()); - } else { - // no need to reverse query if it is forward - std::copy(queryBegin, queryEnd, query_.begin()); - } - - const int8_t* queryBeginInt = (int8_t*)query_.data(); // queryBegin; - //const int8_t* queryEndInt = (int8_t*)query_.data() + query_.size(); // queryEnd - const int8_t* databaseBeginInt = (int8_t*)databaseBegin; const int8_t* databaseEndInt = (int8_t*)databaseEnd; @@ -53,24 +75,32 @@ uint16_t VectorSmithWaterman::align( const int dbSize = std::distance(databaseBeginInt, databaseEndInt); s_profile* profile; - s_align* result; + + // use the already built profile + int querySize = querySize_[readIdx]; + if (reverseQuery) { + profile = profileRev_[readIdx]; + } else { + profile = profile_[readIdx]; + } + + s_align* result; uint8_t flag = 0; - flag |= 0x08; // report ref position - flag |= 0x0F; // report cigar - flag = 1; + //flag |= 0x08; // report ref position + //flag |= 0x0F; // report cigar + flag = 1; // always compute cigar uint16_t filters = 0; int32_t filterd = 0; int32_t maskLen = querySize / 2; - profile = ssw_init(queryBeginInt, querySize, sswScoringMat_, sswAlphabetSize_, 2); + result = ssw_align(profile, databaseBeginInt, dbSize, gapInit_, gapExtend_, flag, filters, filterd, maskLen); this->getCigarOperations(*result, querySize, cigar); int softClipStart = result->read_begin1; - - int softClipEnd = querySize - result->read_end1 - 1; + int softClipEnd = querySize - result->read_end1 - 1; #ifdef TRACE_VECTOR_SMITH_WATERMAN printf( @@ -87,11 +117,7 @@ uint16_t VectorSmithWaterman::align( score = result->score1; - // does not seem very nice to have to alloc / free the profile and result structure every time, but the ssw - // library does not seem to provide another way - align_destroy(result); - init_destroy(profile); return score - (softClipStart ? 0 : unclipScore_) - (softClipEnd ? 0 : unclipScore_); } diff --git a/src/lib/align/tests/integration/PairBuilderGtest.cpp b/src/lib/align/tests/integration/PairBuilderGtest.cpp index 2b6fd89..f323fd8 100644 --- a/src/lib/align/tests/integration/PairBuilderGtest.cpp +++ b/src/lib/align/tests/integration/PairBuilderGtest.cpp @@ -100,8 +100,8 @@ TEST(PairBuilder, updateMapq) alignments.back().setScore(108); pairBuilder.pickBest(readPair, alignments, unpairedAlignments); // one end gets suboptimal alignment - ASSERT_EQ(51, alignments.front()[0].getMapq()); - ASSERT_EQ(51, alignments.front()[1].getMapq()); + ASSERT_EQ(48, alignments.front()[0].getMapq()); + ASSERT_EQ(48, alignments.front()[1].getMapq()); } TEST(PairBuilder, pickBest1) diff --git a/src/lib/workflow/DualFastq2SamWorkflow.cpp b/src/lib/workflow/DualFastq2SamWorkflow.cpp index 8fb3792..1fb17db 100644 --- a/src/lib/workflow/DualFastq2SamWorkflow.cpp +++ b/src/lib/workflow/DualFastq2SamWorkflow.cpp @@ -282,6 +282,7 @@ void DualFastq2SamWorkflow::parseDualFastq( options_.gapExtendPenalty_, options_.unclipScore_, options_.alnMinScore_, + options_.alignerMapqMinLen_, options_.alignerUnpairedPen_, options_.mapperFilterLenRatio_, !options_.methodSmithWaterman_.compare("mengyao")); diff --git a/src/lib/workflow/Input2SamWorkflow.cpp b/src/lib/workflow/Input2SamWorkflow.cpp index 8843f83..5f70ee8 100644 --- a/src/lib/workflow/Input2SamWorkflow.cpp +++ b/src/lib/workflow/Input2SamWorkflow.cpp @@ -267,6 +267,7 @@ void parseSingleInput( options.gapExtendPenalty_, options.unclipScore_, options.alnMinScore_, + options.alignerMapqMinLen_, options.alignerUnpairedPen_, options.mapperFilterLenRatio_, !options.methodSmithWaterman_.compare("mengyao")); diff --git a/tests/compare.cpp b/tests/compare.cpp index e22f27c..689d952 100644 --- a/tests/compare.cpp +++ b/tests/compare.cpp @@ -302,10 +302,13 @@ int main(int argc, char *argv[]) { tagMismatchReference); std::vector empty; - + int counter = 0; while ((!samRecords[0].empty()) || (!samRecords[1].empty())) { // make sure that the comparison is for the same read name of against an // empty set + if (counter % 1000000 == 0) + std::cerr << "Input " << counter << " Records(Single or Pair)...\n"; + counter++; compareSecondary(secondaryBuffers[0], secondaryBuffers[1], statistics); compareSupplementary(supplementaryBuffers[0], supplementaryBuffers[1], statistics); @@ -349,6 +352,7 @@ int main(int argc, char *argv[]) { Sam &Sam::operator=(const std::string &line) { reset(); unparsed_ = line; + /* std::istringstream is(line); is >> name_; is >> flags_; @@ -362,9 +366,21 @@ Sam &Sam::operator=(const std::string &line) { is >> dummy; // TLEN is >> dummy; // SEQ is >> dummy; // QUAL - + */ + std::vector items; std::vector results; - while (is >> dummy) { + boost::algorithm::split(items, line, boost::is_any_of("\t")); + auto iter = items.begin(); + name_ = *iter++; + flags_ = std::stoi(*iter++); + sequence_ = *iter++; + position_ = std::stoi(*iter++); + mapq_ = std::stoi(*iter++); + cigar_ = *iter++; + iter += 5; + std::string dummy; + while (iter != items.end()) { + dummy = *iter++; boost::algorithm::split(results, dummy, boost::is_any_of(":")); tags_[results[0]] = results[2]; }