diff --git a/src/pages/queryBuilder/textEditor/textEditorRow/NodeSelector.jsx b/src/pages/queryBuilder/textEditor/textEditorRow/NodeSelector.jsx index e52f46f6..c299e643 100644 --- a/src/pages/queryBuilder/textEditor/textEditorRow/NodeSelector.jsx +++ b/src/pages/queryBuilder/textEditor/textEditorRow/NodeSelector.jsx @@ -19,11 +19,28 @@ import useDebounce from '~/stores/useDebounce'; import fetchCuries from '~/utils/fetchCuries'; import highlighter from '~/utils/d3/highlighter'; +import taxaCurieLookup from './taxon-curie-lookup.json'; + function isValidNode(properties) { return (properties.categories && properties.categories.length) || (properties.ids && properties.ids.length); } +/** + * Given an array of taxa (returns null if empty), get the name based on a lookup table, + * or just return the curie string if it isn't found in the table + * @param {string[]} taxaIdArray + */ +function lookupTaxaName(taxaIdArray) { + if (!Array.isArray(taxaIdArray) || taxaIdArray.length < 1) return null; + + const firstTaxaCurie = taxaIdArray[0]; + const firstTaxaName = taxaCurieLookup[firstTaxaCurie]; + + if (!firstTaxaName) return firstTaxaCurie; + return firstTaxaName; +} + const { CancelToken } = axios; let cancel; @@ -249,7 +266,11 @@ const CustomTooltip = withStyles((theme) => ({ }, }))(Tooltip); -function Option({ name, ids, categories }) { +function Option({ + name, ids, categories, taxa, +}) { + const taxaName = lookupTaxaName(taxa); + return (
- { name } + { name } {taxaName ? `(${taxaName})` : null}
); diff --git a/src/pages/queryBuilder/textEditor/textEditorRow/taxon-curie-lookup.json b/src/pages/queryBuilder/textEditor/textEditorRow/taxon-curie-lookup.json new file mode 100644 index 00000000..20150d9e --- /dev/null +++ b/src/pages/queryBuilder/textEditor/textEditorRow/taxon-curie-lookup.json @@ -0,0 +1,687 @@ +{ + "NCBITaxon:9606": "Homo sapiens", + "NCBITaxon:3702": "Arabidopsis thaliana", + "NCBITaxon:10090": "Mus musculus", + "NCBITaxon:9913": "Bos taurus", + "NCBITaxon:9823": "Sus scrofa", + "NCBITaxon:7227": "Drosophila melanogaster", + "NCBITaxon:10116": "Rattus norvegicus", + "NCBITaxon:7955": "Danio rerio", + "NCBITaxon:559292": "Saccharomyces cerevisiae S288C", + "NCBITaxon:4577": "Zea mays", + "NCBITaxon:4896": "Schizosaccharomyces pombe", + "NCBITaxon:352472": "Dictyostelium discoideum AX4", + "NCBITaxon:9031": "Gallus gallus", + "NCBITaxon:511145": "Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655", + "NCBITaxon:192222": "Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 = ATCC 700819", + "NCBITaxon:36329": "Plasmodium falciparum 3D7", + "NCBITaxon:8355": "Xenopus laevis", + "NCBITaxon:237561": "Candida albicans SC5314", + "NCBITaxon:9615": "Canis lupus familiaris", + "NCBITaxon:261594": "Bacillus anthracis str. \"Ames Ancestor\"", + "NCBITaxon:8364": "Xenopus tropicalis", + "NCBITaxon:224308": "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168", + "NCBITaxon:6239": "Caenorhabditis elegans", + "NCBITaxon:93061": "Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325", + "NCBITaxon:1035377": "Yersinia pestis A1122", + "NCBITaxon:273123": "Yersinia pseudotuberculosis IP 32953", + "NCBITaxon:491078": "Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD", + "NCBITaxon:413999": "Clostridium botulinum A str. ATCC 3502", + "NCBITaxon:9986": "Oryctolagus cuniculus", + "NCBITaxon:2104": "Mycoplasmoides pneumoniae", + "NCBITaxon:39947": "Oryza sativa Japonica Group", + "NCBITaxon:83332": "Mycobacterium tuberculosis H37Rv", + "NCBITaxon:300852": "Thermus thermophilus HB8", + "NCBITaxon:208964": "Pseudomonas aeruginosa PAO1", + "NCBITaxon:2026186": "Bacillus paranthracis", + "NCBITaxon:309800": "Haloferax volcanii DS2", + "NCBITaxon:10359": "Human betaherpesvirus 5", + "NCBITaxon:483179": "Brucella canis ATCC 23365", + "NCBITaxon:311400": "Thermococcus kodakarensis", + "NCBITaxon:759272": "Thermochaetoides thermophila DSM 1495", + "NCBITaxon:185431": "Trypanosoma brucei brucei TREU927", + "NCBITaxon:1772": "Mycolicibacterium smegmatis", + "NCBITaxon:621": "Shigella boydii", + "NCBITaxon:1313": "Streptococcus pneumoniae", + "NCBITaxon:186497": "Pyrococcus furiosus DSM 3638", + "NCBITaxon:480808": "Mycobacterium phage Giles", + "NCBITaxon:70601": "Pyrococcus horikoshii OT3", + "NCBITaxon:37296": "Human gammaherpesvirus 8", + "NCBITaxon:1286640": "Sinorhizobium meliloti 2011", + "NCBITaxon:312017": "Tetrahymena thermophila SB210", + "NCBITaxon:10376": "Human gammaherpesvirus 4", + "NCBITaxon:10245": "Vaccinia virus", + "NCBITaxon:1076": "Rhodopseudomonas palustris", + "NCBITaxon:246197": "Myxococcus xanthus DK 1622", + "NCBITaxon:224914": "Brucella melitensis bv. 1 str. 16M", + "NCBITaxon:10029": "Cricetulus griseus", + "NCBITaxon:3055": "Chlamydomonas reinhardtii", + "NCBITaxon:272561": "Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX", + "NCBITaxon:145262": "Methanothermobacter thermautotrophicus", + "NCBITaxon:10298": "Human alphaherpesvirus 1", + "NCBITaxon:359391": "Brucella abortus 2308", + "NCBITaxon:330879": "Aspergillus fumigatus Af293", + "NCBITaxon:33708": "Murid gammaherpesvirus 4", + "NCBITaxon:121224": "Pediculus humanus corporis", + "NCBITaxon:2681611": "Escherichia phage Lambda", + "NCBITaxon:1169293": "Enterococcus faecalis EnGen0336", + "NCBITaxon:2287": "Saccharolobus solfataricus", + "NCBITaxon:5693": "Trypanosoma cruzi", + "NCBITaxon:644": "Aeromonas hydrophila", + "NCBITaxon:44689": "Dictyostelium discoideum", + "NCBITaxon:10141": "Cavia porcellus", + "NCBITaxon:243230": "Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539", + "NCBITaxon:243232": "Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661", + "NCBITaxon:3562": "Spinacia oleracea", + "NCBITaxon:284591": "Yarrowia lipolytica CLIB122", + "NCBITaxon:210": "Helicobacter pylori", + "NCBITaxon:10036": "Mesocricetus auratus", + "NCBITaxon:1450527": "Francisella tularensis subsp. novicida D9876", + "NCBITaxon:235443": "Cryptococcus neoformans var. grubii H99", + "NCBITaxon:59241": "Streptococcus phage Dp-1", + "NCBITaxon:204722": "Brucella suis 1330", + "NCBITaxon:10335": "Human alphaherpesvirus 3", + "NCBITaxon:1048245": "Mycobacterium canettii CIPT 140010059", + "NCBITaxon:1509": "Clostridium sporogenes", + "NCBITaxon:565050": "Caulobacter vibrioides NA1000", + "NCBITaxon:7719": "Ciona intestinalis", + "NCBITaxon:367110": "Neurospora crassa OR74A", + "NCBITaxon:227377": "Coxiella burnetii RSA 493", + "NCBITaxon:7091": "Bombyx mori", + "NCBITaxon:44275": "Leptospira interrogans serovar Copenhageni", + "NCBITaxon:10366": "Murid betaherpesvirus 1", + "NCBITaxon:4097": "Nicotiana tabacum", + "NCBITaxon:10760": "Escherichia phage T7", + "NCBITaxon:444178": "Brucella ovis ATCC 25840", + "NCBITaxon:198214": "Shigella flexneri 2a str. 301", + "NCBITaxon:818": "Bacteroides thetaiotaomicron", + "NCBITaxon:4081": "Solanum lycopersicum", + "NCBITaxon:9544": "Macaca mulatta", + "NCBITaxon:28985": "Kluyveromyces lactis", + "NCBITaxon:1283": "Staphylococcus haemolyticus", + "NCBITaxon:470": "Acinetobacter baumannii", + "NCBITaxon:565042": "Bifidobacterium longum subsp. longum JCM 1217", + "NCBITaxon:662476": "Haloarcula sinaiiensis ATCC 33800", + "NCBITaxon:644223": "Komagataella phaffii GS115", + "NCBITaxon:442694": "Xanthomonas perforans", + "NCBITaxon:1341656": "Francisella tularensis subsp. tularensis str. SCHU S4 substr. NR-28534", + "NCBITaxon:1176649": "Agrobacterium fabrum", + "NCBITaxon:446": "Legionella pneumophila", + "NCBITaxon:485": "Neisseria gonorrhoeae", + "NCBITaxon:645": "Aeromonas salmonicida", + "NCBITaxon:666": "Vibrio cholerae", + "NCBITaxon:38323": "Bartonella henselae", + "NCBITaxon:4113": "Solanum tuberosum", + "NCBITaxon:10747": "Streptococcus phage Cp1", + "NCBITaxon:9796": "Equus caballus", + "NCBITaxon:1183413": "Agrobacterium salinitolerans", + "NCBITaxon:1396": "Bacillus cereus", + "NCBITaxon:9940": "Ovis aries", + "NCBITaxon:1140": "Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805", + "NCBITaxon:1314": "Streptococcus pyogenes", + "NCBITaxon:182082": "Chlamydia pneumoniae TW-183", + "NCBITaxon:272942": "Rhodobacter capsulatus SB 1003", + "NCBITaxon:420247": "Methanobrevibacter smithii ATCC 35061", + "NCBITaxon:2681598": "Escherichia phage T4", + "NCBITaxon:622": "Shigella dysenteriae", + "NCBITaxon:24": "Shewanella putrefaciens", + "NCBITaxon:1914243": "Citrobacter europaeus", + "NCBITaxon:359110": "Pseudomonas extremaustralis", + "NCBITaxon:47715": "Lacticaseibacillus rhamnosus", + "NCBITaxon:227321": "Aspergillus nidulans FGSC A4", + "NCBITaxon:1197719": "Salmonella bongori N268-08", + "NCBITaxon:306263": "Campylobacter lari RM2100", + "NCBITaxon:1355477": "Bradyrhizobium diazoefficiens", + "NCBITaxon:45351": "Nematostella vectensis", + "NCBITaxon:1496": "Clostridioides difficile", + "NCBITaxon:72758": "Staphylococcus capitis subsp. capitis", + "NCBITaxon:306537": "Corynebacterium jeikeium K411", + "NCBITaxon:341663": "Aspergillus terreus NIH2624", + "NCBITaxon:198628": "Dickeya dadantii 3937", + "NCBITaxon:436717": "Acinetobacter oleivorans DR1", + "NCBITaxon:821": "Phocaeicola vulgatus", + "NCBITaxon:1311": "Streptococcus agalactiae", + "NCBITaxon:2317": "Methanosphaera stadtmanae", + "NCBITaxon:12509": "Human herpesvirus 4 type 2", + "NCBITaxon:630": "Yersinia enterocolitica", + "NCBITaxon:431895": "Monosiga brevicollis MX1", + "NCBITaxon:7165": "Anopheles gambiae", + "NCBITaxon:2026188": "Bacillus tropicus", + "NCBITaxon:108015": "Bradyrhizobium yuanmingense", + "NCBITaxon:6183": "Schistosoma mansoni", + "NCBITaxon:284813": "Encephalitozoon cuniculi GB-M1", + "NCBITaxon:10345": "Suid alphaherpesvirus 1", + "NCBITaxon:9598": "Pan troglodytes", + "NCBITaxon:557760": "Cereibacter sphaeroides KD131", + "NCBITaxon:508536": "Leptospira borgpetersenii serovar Ceylonica", + "NCBITaxon:283643": "Cryptococcus neoformans var. neoformans B-3501A", + "NCBITaxon:2026187": "Bacillus pacificus", + "NCBITaxon:663": "Vibrio alginolyticus", + "NCBITaxon:515620": "[Eubacterium] eligens ATCC 27750", + "NCBITaxon:211044": "Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1))", + "NCBITaxon:3847": "Glycine max", + "NCBITaxon:214684": "Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21", + "NCBITaxon:29518": "Borreliella afzelii", + "NCBITaxon:388396": "Aliivibrio fischeri MJ11", + "NCBITaxon:272944": "Rickettsia conorii str. Malish 7", + "NCBITaxon:568814": "Streptococcus suis BM407", + "NCBITaxon:6500": "Aplysia californica", + "NCBITaxon:208223": "Kosakonia cowanii", + "NCBITaxon:1344584": "Archaeoglobus fulgidus DSM 8774", + "NCBITaxon:1134454": "Cutibacterium acnes HL096PA1", + "NCBITaxon:2746961": "Streptomyces caniscabiei", + "NCBITaxon:93838": "Influenza A virus (A/goose/Guangdong/1/1996(H5N1))", + "NCBITaxon:318586": "Paracoccus denitrificans PD1222", + "NCBITaxon:1263550": "Edwardsiella piscicida", + "NCBITaxon:95485": "Burkholderia stabilis", + "NCBITaxon:79929": "Methanothermobacter marburgensis str. Marburg", + "NCBITaxon:1318": "Streptococcus parasanguinis", + "NCBITaxon:11676": "Human immunodeficiency virus 1", + "NCBITaxon:381666": "Cupriavidus necator H16", + "NCBITaxon:267377": "Methanococcus maripaludis S2", + "NCBITaxon:110321": "Sinorhizobium medicae", + "NCBITaxon:52242": "Lactobacillus gallinarum", + "NCBITaxon:187420": "Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H", + "NCBITaxon:294747": "Candida tropicalis MYA-3404", + "NCBITaxon:347515": "Leishmania major strain Friedlin", + "NCBITaxon:272569": "Haloarcula marismortui ATCC 43049", + "NCBITaxon:8030": "Salmo salar", + "NCBITaxon:375899": "Trichormus variabilis 0441", + "NCBITaxon:520": "Bordetella pertussis", + "NCBITaxon:223283": "Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000", + "NCBITaxon:186538": "Zaire ebolavirus", + "NCBITaxon:985002": "Staphylococcus argenteus", + "NCBITaxon:2908168": "Salmonella phage P22", + "NCBITaxon:7460": "Apis mellifera", + "NCBITaxon:488241": "Influenza A virus (A/Korea/426/1968(H2N2))", + "NCBITaxon:4952": "Yarrowia lipolytica", + "NCBITaxon:169963": "Listeria monocytogenes EGD-e", + "NCBITaxon:436113": "Mycoplasma mycoides subsp. capri str. GM12", + "NCBITaxon:300876": "Vibrio europaeus", + "NCBITaxon:9601": "Pongo abelii", + "NCBITaxon:937593": "Geobacillus stearothermophilus ATCC 7953", + "NCBITaxon:5478": "Nakaseomyces glabratus", + "NCBITaxon:487": "Neisseria meningitidis", + "NCBITaxon:637914": "Methanococcus maripaludis KA1", + "NCBITaxon:359385": "Xanthomonas campestris pv. raphani", + "NCBITaxon:3085316": null, + "NCBITaxon:2026190": "Bacillus mobilis", + "NCBITaxon:10310": "Human alphaherpesvirus 2", + "NCBITaxon:2209": "Methanosarcina mazei", + "NCBITaxon:7237": "Drosophila pseudoobscura", + "NCBITaxon:129951": "Human mastadenovirus C", + "NCBITaxon:1389922": "Achromobacter mucicolens", + "NCBITaxon:9541": "Macaca fascicularis", + "NCBITaxon:5741": "Giardia intestinalis", + "NCBITaxon:7070": "Tribolium castaneum", + "NCBITaxon:28171": "Vibrio aestuarianus", + "NCBITaxon:9103": "Meleagris gallopavo", + "NCBITaxon:32603": "Human betaherpesvirus 6A", + "NCBITaxon:12643": "Ectromelia virus", + "NCBITaxon:518987": "Influenza B virus (B/Lee/1940)", + "NCBITaxon:284811": "Eremothecium gossypii ATCC 10895", + "NCBITaxon:3052225": "Henipavirus nipahense", + "NCBITaxon:83559": "Chlamydia suis", + "NCBITaxon:8022": "Oncorhynchus mykiss", + "NCBITaxon:294381": "Entamoeba histolytica HM-1:IMSS", + "NCBITaxon:665029": "Erwinia amylovora CFBP1430", + "NCBITaxon:57975": "Burkholderia thailandensis", + "NCBITaxon:2497436": "Enterobacter quasiroggenkampii", + "NCBITaxon:694008": "Pipistrellus bat coronavirus HKU5", + "NCBITaxon:445984": "Borreliella burgdorferi Bol26", + "NCBITaxon:158849": "Moellerella wisconsensis", + "NCBITaxon:572545": "Acetivibrio thermocellus DSM 2360", + "NCBITaxon:10600": "Human papillomavirus type 6b", + "NCBITaxon:5855": "Plasmodium vivax", + "NCBITaxon:330779": "Sulfolobus acidocaldarius DSM 639", + "NCBITaxon:3888": "Pisum sativum", + "NCBITaxon:10506": "Paramecium bursaria Chlorella virus 1", + "NCBITaxon:9483": "Callithrix jacchus", + "NCBITaxon:11909": "Human T-lymphotropic virus 2", + "NCBITaxon:10258": "Orf virus", + "NCBITaxon:333760": "Human papillomavirus type 16", + "NCBITaxon:10255": "Variola virus", + "NCBITaxon:328668": "Bombyx mori densovirus 3", + "NCBITaxon:331636": "Chlamydia psittaci 6BC", + "NCBITaxon:7245": "Drosophila yakuba", + "NCBITaxon:273063": "Sulfurisphaera tokodaii str. 7", + "NCBITaxon:7668": "Strongylocentrotus purpuratus", + "NCBITaxon:47716": "Streptomyces olivaceus", + "NCBITaxon:1309": "Streptococcus mutans", + "NCBITaxon:246410": "Coccidioides immitis RS", + "NCBITaxon:2587529": "Klebsiella pasteurii", + "NCBITaxon:559295": "Lachancea thermotolerans CBS 6340", + "NCBITaxon:2026240": "Klebsiella quasivariicola", + "NCBITaxon:47770": "Lactobacillus crispatus", + "NCBITaxon:332186": "Shewanella xiamenensis", + "NCBITaxon:823": "Parabacteroides distasonis", + "NCBITaxon:502780": "Paracoccidioides brasiliensis Pb18", + "NCBITaxon:271108": "Bombyx mori nucleopolyhedrovirus", + "NCBITaxon:2742203": "Staphylococcus borealis", + "NCBITaxon:129875": "Human mastadenovirus A", + "NCBITaxon:243275": "Treponema denticola ATCC 35405", + "NCBITaxon:3052505": "Orthomarburgvirus marburgense", + "NCBITaxon:10228": "Trichoplax adhaerens", + "NCBITaxon:10326": "Equid alphaherpesvirus 1", + "NCBITaxon:2912228": "Staphylococcus shinii", + "NCBITaxon:510516": "Aspergillus oryzae RIB40", + "NCBITaxon:222929": "Coccidioides posadasii C735 delta SOWgp", + "NCBITaxon:502779": "Paracoccidioides lutzii Pb01", + "NCBITaxon:242507": "Pyricularia oryzae 70-15", + "NCBITaxon:237631": "Ustilago maydis 521", + "NCBITaxon:1173064": "Anaplasma phagocytophilum str. JM", + "NCBITaxon:3046": "Dunaliella salina", + "NCBITaxon:527031": "Bacillus thuringiensis serovar berliner ATCC 10792", + "NCBITaxon:364410": "Granulibacter bethesdensis", + "NCBITaxon:2886895": "Halobacterium salinarum NRC-34001", + "NCBITaxon:3052223": "Henipavirus hendraense", + "NCBITaxon:2703794": "Serratia nevei", + "NCBITaxon:573729": "Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464", + "NCBITaxon:680": "Vibrio campbellii", + "NCBITaxon:991791": "Clostridium acetobutylicum DSM 1731", + "NCBITaxon:333923": "Human papillomavirus 5", + "NCBITaxon:334380": "Orientia tsutsugamushi str. Ikeda", + "NCBITaxon:37636": "Thermus scotoductus", + "NCBITaxon:10621": "Human papillomavirus 9", + "NCBITaxon:674529": "Bacteroides faecis", + "NCBITaxon:195": "Campylobacter coli", + "NCBITaxon:334203": "Mupapillomavirus 1", + "NCBITaxon:218496": "Tropheryma whipplei TW08/27", + "NCBITaxon:122928": "Norovirus GI", + "NCBITaxon:1767": "Mycobacterium intracellulare", + "NCBITaxon:8090": "Oryzias latipes", + "NCBITaxon:7425": "Nasonia vitripennis", + "NCBITaxon:1134687": "Klebsiella michiganensis", + "NCBITaxon:490": "Neisseria sicca", + "NCBITaxon:11138": "Murine hepatitis virus", + "NCBITaxon:2886926": "Escherichia phage P1", + "NCBITaxon:3694": "Populus trichocarpa", + "NCBITaxon:694006": "Rousettus bat coronavirus HKU9", + "NCBITaxon:155322": "Bacillus toyonensis", + "NCBITaxon:1054460": "Streptococcus pseudopneumoniae IS7493", + "NCBITaxon:11908": "Human T-cell leukemia virus type I", + "NCBITaxon:265293": "Burkholderia ubonensis subsp. mesacidophila", + "NCBITaxon:2907838": "Streptococcus phage C1", + "NCBITaxon:803": "Bartonella quintana", + "NCBITaxon:588": "Providencia stuartii", + "NCBITaxon:392021": "Rickettsia rickettsii str. \"Sheila Smith\"", + "NCBITaxon:624": "Shigella sonnei", + "NCBITaxon:6279": "Brugia malayi", + "NCBITaxon:336963": "Uncinocarpus reesii 1704", + "NCBITaxon:1525": "Moorella thermoacetica", + "NCBITaxon:223926": "Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633", + "NCBITaxon:1885902": "Xanthomonas cannabis pv. phaseoli", + "NCBITaxon:333763": "Human papillomavirus type 32", + "NCBITaxon:333761": "human papillomavirus 18", + "NCBITaxon:1714621": "Borna disease virus 1", + "NCBITaxon:269145": "Sulfolobus turreted icosahedral virus 1", + "NCBITaxon:2885909": "Bordetella phage BPP-1", + "NCBITaxon:5661": "Leishmania donovani", + "NCBITaxon:386585": "Escherichia coli O157:H7 str. Sakai", + "NCBITaxon:1354": "Enterococcus hirae", + "NCBITaxon:224325": "Archaeoglobus fulgidus DSM 4304", + "NCBITaxon:186540": "Sudan ebolavirus", + "NCBITaxon:523850": "Thermococcus onnurineus NA1", + "NCBITaxon:11801": "Moloney murine leukemia virus", + "NCBITaxon:3052310": "Mammarenavirus lassaense", + "NCBITaxon:67824": "Citrobacter farmeri", + "NCBITaxon:435258": "Leishmania infantum JPCM5", + "NCBITaxon:46015": "Autographa californica nucleopolyhedrovirus", + "NCBITaxon:559305": "Trichophyton rubrum CBS 118892", + "NCBITaxon:75985": "Mannheimia haemolytica", + "NCBITaxon:69966": "Macrococcus caseolyticus", + "NCBITaxon:11120": "Infectious bronchitis virus", + "NCBITaxon:10804": "adeno-associated virus 2", + "NCBITaxon:277944": "Human coronavirus NL63", + "NCBITaxon:10243": "Cowpox virus", + "NCBITaxon:1580": "Levilactobacillus brevis", + "NCBITaxon:9595": "Gorilla gorilla gorilla", + "NCBITaxon:672": "Vibrio vulnificus", + "NCBITaxon:41202": "Ewingella americana", + "NCBITaxon:2902907": "Mycobacterium phage Bxb1", + "NCBITaxon:7159": "Aedes aegypti", + "NCBITaxon:1343": "Streptococcus vestibularis", + "NCBITaxon:83555": "Chlamydia abortus", + "NCBITaxon:11886": "Rous sarcoma virus", + "NCBITaxon:11250": "Human orthopneumovirus", + "NCBITaxon:1226753": "Mycolicibacterium mucogenicum DSM 44124", + "NCBITaxon:2681617": "Escherichia phage HK97", + "NCBITaxon:735": "Haemophilus parahaemolyticus", + "NCBITaxon:730": "[Haemophilus] ducreyi", + "NCBITaxon:5888": "Paramecium tetraurelia", + "NCBITaxon:9365": "Erinaceus europaeus", + "NCBITaxon:7370": "Musca domestica", + "NCBITaxon:192": "Azospirillum brasilense", + "NCBITaxon:82541": "Cupriavidus gilardii", + "NCBITaxon:12558": "Sesbania mosaic virus", + "NCBITaxon:12639": "Duck hepatitis B virus", + "NCBITaxon:10724": "Bacillus phage SPP1", + "NCBITaxon:208962": "Escherichia albertii", + "NCBITaxon:649604": "Banna virus strain JKT-6423", + "NCBITaxon:2928686": "Pseudomonas phage phi6", + "NCBITaxon:2172043": "Bifidobacterium tibiigranuli", + "NCBITaxon:11277": "Vesicular stomatitis Indiana virus", + "NCBITaxon:62977": "Acinetobacter baylyi ADP1", + "NCBITaxon:213585": "Methanosarcina mazei S-6", + "NCBITaxon:7998": "Ictalurus punctatus", + "NCBITaxon:11723": "Simian immunodeficiency virus", + "NCBITaxon:1353": "Enterococcus gallinarum", + "NCBITaxon:82983": "Obesumbacterium proteus", + "NCBITaxon:1286": "Staphylococcus simulans", + "NCBITaxon:1281486": "Lactococcus formosensis", + "NCBITaxon:1642": "Listeria innocua", + "NCBITaxon:591001": "Acidaminococcus fermentans DSM 20731", + "NCBITaxon:529507": "Proteus mirabilis HI4320", + "NCBITaxon:280147": "Acinetobacter courvalinii", + "NCBITaxon:4558": "Sorghum bicolor", + "NCBITaxon:2494701": "Enterobacter chengduensis", + "NCBITaxon:1434109": "Methanosarcina barkeri str. Wiesmoor", + "NCBITaxon:9685": "Felis catus", + "NCBITaxon:10730": "Escherichia phage 933W", + "NCBITaxon:1310165": "Ralstonia pseudosolanacearum", + "NCBITaxon:12242": "Tobacco mosaic virus", + "NCBITaxon:1282": "Staphylococcus epidermidis", + "NCBITaxon:694581": "Marseillevirus marseillevirus", + "NCBITaxon:523849": "Thermococcus litoralis DSM 5473", + "NCBITaxon:2919548": "Thermus phage P23-77", + "NCBITaxon:11041": "Rubella virus", + "NCBITaxon:243265": "Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1", + "NCBITaxon:663331": "Trichophyton benhamiae CBS 112371", + "NCBITaxon:425944": "Sulfolobus islandicus L.D.8.5", + "NCBITaxon:1404": "Priestia megaterium", + "NCBITaxon:9925": "Capra hircus", + "NCBITaxon:13373": "Burkholderia mallei", + "NCBITaxon:3635": "Gossypium hirsutum", + "NCBITaxon:188937": "Methanosarcina acetivorans C2A", + "NCBITaxon:33945": "Enterococcus avium", + "NCBITaxon:655827": "Metarhizium acridum CQMa 102", + "NCBITaxon:10390": "Gallid alphaherpesvirus 2", + "NCBITaxon:243161": "Chlamydia muridarum str. Nigg", + "NCBITaxon:12302": "Brome mosaic virus", + "NCBITaxon:11577": "La Crosse virus", + "NCBITaxon:3052317": "Mammarenavirus machupoense", + "NCBITaxon:11553": "Influenza C virus (C/Ann Arbor/1/50)", + "NCBITaxon:1890302": "Bacillus wiedmannii", + "NCBITaxon:291644": "Bacteroides salyersiae", + "NCBITaxon:28295": "Porcine epidemic diarrhea virus", + "NCBITaxon:660122": "Fusarium vanettenii 77-13-4", + "NCBITaxon:186539": "Reston ebolavirus", + "NCBITaxon:537973": "Lacticaseibacillus paracasei subsp. paracasei 8700:2", + "NCBITaxon:3988": "Ricinus communis", + "NCBITaxon:1211579": "Pseudomonas putida NBRC 14164", + "NCBITaxon:431947": "Porphyromonas gingivalis ATCC 33277", + "NCBITaxon:11234": "Measles morbillivirus", + "NCBITaxon:10632": "JC polyomavirus", + "NCBITaxon:212035": "Acanthamoeba polyphaga mimivirus", + "NCBITaxon:5061": "Aspergillus niger", + "NCBITaxon:992212": "SFTS virus HB29", + "NCBITaxon:87883": "Burkholderia multivorans", + "NCBITaxon:417368": "Enterococcus thailandicus", + "NCBITaxon:453591": "Ignicoccus hospitalis KIN4/I", + "NCBITaxon:10497": "African swine fever virus", + "NCBITaxon:436907": "Vanderwaltozyma polyspora DSM 70294", + "NCBITaxon:363745": "Avian leukosis virus - RSA", + "NCBITaxon:29347": "[Clostridium] scindens", + "NCBITaxon:95486": "Burkholderia cenocepacia", + "NCBITaxon:1892": "Streptomyces anulatus", + "NCBITaxon:648": "Aeromonas caviae", + "NCBITaxon:59300": "Getah virus", + "NCBITaxon:36427": "Rotavirus C", + "NCBITaxon:227984": "SARS coronavirus Tor2", + "NCBITaxon:2907963": "Aeromonas phage 44RR2.8t", + "NCBITaxon:1905730": "Pectobacterium parmentieri", + "NCBITaxon:11569": "Thogotovirus thogotoense", + "NCBITaxon:3052307": "Mammarenavirus guanaritoense", + "NCBITaxon:12267": "Red clover necrotic mosaic virus", + "NCBITaxon:13689": "Sphingomonas paucimobilis", + "NCBITaxon:35269": "Woodchuck hepatitis virus", + "NCBITaxon:9209": "Phalacrocorax carbo", + "NCBITaxon:8839": "Anas platyrhynchos", + "NCBITaxon:381124": "Zea mays subsp. mays", + "NCBITaxon:249584": "Lyssavirus caucasicus", + "NCBITaxon:104628": "Helicobacter suis", + "NCBITaxon:130308": "Human mastadenovirus E", + "NCBITaxon:1330524": "Salivirus A", + "NCBITaxon:1124983": "Pseudomonas protegens CHA0", + "NCBITaxon:28875": "Rotavirus A", + "NCBITaxon:2911440": "Staphylococcus phage 80alpha", + "NCBITaxon:7029": "Acyrthosiphon pisum", + "NCBITaxon:1894": "Kitasatospora aureofaciens", + "NCBITaxon:480": "Moraxella catarrhalis", + "NCBITaxon:864596": "Bat coronavirus BM48-31/BGR/2008", + "NCBITaxon:211787": "Human papillomavirus type 92", + "NCBITaxon:661410": "Methylorubrum extorquens DM4", + "NCBITaxon:46473": "Breda virus", + "NCBITaxon:5874": "Theileria annulata", + "NCBITaxon:1434121": "Methanosarcina thermophila CHTI-55", + "NCBITaxon:11082": "West Nile virus", + "NCBITaxon:9669": "Mustela putorius furo", + "NCBITaxon:11047": "Equine arteritis virus", + "NCBITaxon:165432": "Cucumber leaf spot virus", + "NCBITaxon:998086": "Pseudomonas phage PhiPA3", + "NCBITaxon:229533": "Fusarium graminearum PH-1", + "NCBITaxon:515849": "Podospora anserina S mat+", + "NCBITaxon:12136": "Cricket paralysis virus", + "NCBITaxon:69014": "Thermococcus kodakarensis KOD1", + "NCBITaxon:440266": "WU Polyomavirus", + "NCBITaxon:157899": "Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2", + "NCBITaxon:9798": "Equus przewalskii", + "NCBITaxon:402880": "Methanococcus maripaludis C5", + "NCBITaxon:331117": "Aspergillus fischeri NRRL 181", + "NCBITaxon:553239": "Vibrio breoganii", + "NCBITaxon:42858": "Mammaliicoccus lentus", + "NCBITaxon:40215": "Acinetobacter junii", + "NCBITaxon:69656": "Sulfurisphaera ohwakuensis", + "NCBITaxon:2908095": "Prochlorococcus phage P-SSP7", + "NCBITaxon:28090": "Acinetobacter lwoffii", + "NCBITaxon:9534": "Chlorocebus aethiops", + "NCBITaxon:9531": "Cercocebus atys", + "NCBITaxon:12287": "Flock House virus", + "NCBITaxon:696472": "Ostreococcus tauri virus 2", + "NCBITaxon:61645": "Enterobacter asburiae", + "NCBITaxon:198110": "Pseudomonas phage 201phi2-1", + "NCBITaxon:35345": "Lactococcus phage TP901-1", + "NCBITaxon:91753": "Cucurbit aphid-borne yellows virus", + "NCBITaxon:1314884": "Lactobacillus acidophilus La-14", + "NCBITaxon:1756149": "Elizabethkingia bruuniana", + "NCBITaxon:1744": "Propionibacterium freudenreichii", + "NCBITaxon:6238": "Caenorhabditis briggsae", + "NCBITaxon:238": "Elizabethkingia meningoseptica", + "NCBITaxon:82633": "Cupriavidus pauculus", + "NCBITaxon:12131": "rhinovirus B14", + "NCBITaxon:1332244": "Influenza A virus (A/Shanghai/02/2013(H7N9))", + "NCBITaxon:28377": "Anolis carolinensis", + "NCBITaxon:81947": "Vagococcus lutrae", + "NCBITaxon:2905681": "Bacteriophage P2", + "NCBITaxon:212717": "Clostridium tetani E88", + "NCBITaxon:518": "Bordetella bronchiseptica", + "NCBITaxon:138950": "Enterovirus C", + "NCBITaxon:10617": "Human papillomavirus 4", + "NCBITaxon:1434114": "Methanosarcina mazei LYC", + "NCBITaxon:267818": "Lactobacillus kefiranofaciens", + "NCBITaxon:215158": "Salmonella phage epsilon15", + "NCBITaxon:154334": "Macacine gammaherpesvirus 5", + "NCBITaxon:7240": "Drosophila simulans", + "NCBITaxon:85698": "Achromobacter xylosoxidans", + "NCBITaxon:399550": "Staphylothermus marinus F1", + "NCBITaxon:2847087": "GB virus-B", + "NCBITaxon:1232383": "Corynebacterium glutamicum SCgG2", + "NCBITaxon:190061": "Fowl aviadenovirus A", + "NCBITaxon:12327": "Barley stripe mosaic virus", + "NCBITaxon:871585": "Acinetobacter pittii PHEA-2", + "NCBITaxon:11855": "Mason-Pfizer monkey virus", + "NCBITaxon:8502": "Crocodylus porosus", + "NCBITaxon:32264": "Tetranychus urticae", + "NCBITaxon:353152": "Cryptosporidium parvum Iowa II", + "NCBITaxon:12023": "Pseudomonas phage PP7", + "NCBITaxon:544580": "Actinomyces oris", + "NCBITaxon:180957": "Pectobacterium brasiliense", + "NCBITaxon:290008": "Isfahan virus", + "NCBITaxon:60711": "Chlorocebus sabaeus", + "NCBITaxon:71451": "Enterococcus malodoratus", + "NCBITaxon:120086": "Pseudomonas phage phi8", + "NCBITaxon:1454641": "Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. CDC 2010K-1587", + "NCBITaxon:273133": "Pseudomonas phage EL", + "NCBITaxon:28037": "Streptococcus mitis", + "NCBITaxon:59729": "Taeniopygia guttata", + "NCBITaxon:2738": "Vagococcus fluvialis", + "NCBITaxon:53346": "Enterococcus mundtii", + "NCBITaxon:32536": "Acinonyx jubatus", + "NCBITaxon:11099": "Bovine viral diarrhea virus 1", + "NCBITaxon:1358": "Lactococcus lactis", + "NCBITaxon:344021": "Escherichia phage K1F", + "NCBITaxon:213633": "Providence virus", + "NCBITaxon:45455": "Macacine gammaherpesvirus 4", + "NCBITaxon:2905959": "Shigella phage Sf6", + "NCBITaxon:12161": "Beet yellows virus", + "NCBITaxon:664683": "Halomonas titanicae", + "NCBITaxon:356114": "Hepatitis C virus genotype 3", + "NCBITaxon:5599": "Alternaria alternata", + "NCBITaxon:431241": "Trichoderma reesei QM6a", + "NCBITaxon:11795": "Friend murine leukemia virus", + "NCBITaxon:31033": "Takifugu rubripes", + "NCBITaxon:10794": "Minute virus of mice", + "NCBITaxon:655813": "Streptococcus oralis ATCC 35037", + "NCBITaxon:10381": "Saimiriine gammaherpesvirus 2", + "NCBITaxon:2681609": "Staphylococcus phage phi 11", + "NCBITaxon:10224": "Saccoglossus kowalevskii", + "NCBITaxon:99287": "Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2", + "NCBITaxon:1891762": "Betapolyomavirus hominis", + "NCBITaxon:694007": "Tylonycteris bat coronavirus HKU4", + "NCBITaxon:72004": "Bos mutus", + "NCBITaxon:296": "Pseudomonas fragi", + "NCBITaxon:445987": "Borreliella valaisiana VS116", + "NCBITaxon:7897": "Latimeria chalumnae", + "NCBITaxon:29760": "Vitis vinifera", + "NCBITaxon:129956": "Murine mastadenovirus A", + "NCBITaxon:455632": "Streptomyces griseus subsp. griseus NBRC 13350", + "NCBITaxon:1501662": "Streptococcus parasuis", + "NCBITaxon:575": "Raoultella planticola", + "NCBITaxon:571": "Klebsiella oxytoca", + "NCBITaxon:217203": "Achromobacter spanius", + "NCBITaxon:573066": "Pseudomonas amygdali pv. tabaci str. ATCC 11528", + "NCBITaxon:85618": "Ateline gammaherpesvirus 3", + "NCBITaxon:945711": "Corynebacterium ulcerans 809", + "NCBITaxon:329": "Ralstonia pickettii", + "NCBITaxon:390157": "Senecavirus A", + "NCBITaxon:3885": "Phaseolus vulgaris", + "NCBITaxon:3880": "Medicago truncatula", + "NCBITaxon:11292": "Lyssavirus rabies", + "NCBITaxon:1502": "Clostridium perfringens", + "NCBITaxon:2907964": "Pseudomonas phage D3112", + "NCBITaxon:36914": "Lodderomyces elongisporus", + "NCBITaxon:419612": "Camelus ferus", + "NCBITaxon:505682": "Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 27815", + "NCBITaxon:3052322": "Mammarenavirus oliverosense", + "NCBITaxon:247269": "Human papillomavirus type 96", + "NCBITaxon:11224": "Human parainfluenza virus 4a", + "NCBITaxon:33745": "Hepatitis C virus genotype 4", + "NCBITaxon:11588": "Rift Valley fever virus", + "NCBITaxon:523841": "Haloferax mediterranei ATCC 33500", + "NCBITaxon:34839": "Chinchilla lanigera", + "NCBITaxon:35688": "Porphyridium purpureum", + "NCBITaxon:529": "Brucella anthropi", + "NCBITaxon:1648923": "Bacillus paralicheniformis", + "NCBITaxon:8496": "Alligator mississippiensis", + "NCBITaxon:102862": "Proteus penneri", + "NCBITaxon:2364647": "Pantoea piersonii", + "NCBITaxon:2884424": "Bacillus phage phi29", + "NCBITaxon:1891729": "Alphapolyomavirus mauratus", + "NCBITaxon:39152": "Methanococcus maripaludis", + "NCBITaxon:411470": "[Ruminococcus] gnavus ATCC 29149", + "NCBITaxon:714": "Aggregatibacter actinomycetemcomitans", + "NCBITaxon:132475": "Yaba-like disease virus", + "NCBITaxon:627343": "Zymomonas mobilis subsp. mobilis str. CP4 = NRRL B-14023", + "NCBITaxon:2890317": "Yersinia alsatica", + "NCBITaxon:2681603": "Escherichia phage Mu", + "NCBITaxon:284592": "Debaryomyces hansenii CBS767", + "NCBITaxon:4956": "Zygosaccharomyces rouxii", + "NCBITaxon:29438": "Pseudomonas savastanoi", + "NCBITaxon:11128": "Bovine coronavirus", + "NCBITaxon:2679898": "Bacillus phage GA1", + "NCBITaxon:7176": "Culex quinquefasciatus", + "NCBITaxon:310298": "Phocaeicola coprocola", + "NCBITaxon:11272": "Chandipura virus", + "NCBITaxon:1105094": "Rickettsia prowazekii str. Chernikova", + "NCBITaxon:12475": "Hepatitis delta virus", + "NCBITaxon:333762": "Human papillomavirus type 26", + "NCBITaxon:11657": "Bovine immunodeficiency virus", + "NCBITaxon:1886": "Streptomyces albidoflavus", + "NCBITaxon:28172": "Vibrio metschnikovii", + "NCBITaxon:12657": "Equid gammaherpesvirus 2", + "NCBITaxon:12336": "Clostridium phage c-st", + "NCBITaxon:11970": "Woolly monkey sarcoma virus", + "NCBITaxon:254785": "Streptococcus halichoeri", + "NCBITaxon:3708": "Brassica napus", + "NCBITaxon:847": "Oxalobacter formigenes", + "NCBITaxon:1605972": "Cricetid gammaherpesvirus 2", + "NCBITaxon:1220924": "Cyphellophora europaea CBS 101466", + "NCBITaxon:11039": "Western equine encephalitis virus", + "NCBITaxon:42631": "Brome streak mosaic virus", + "NCBITaxon:1125630": "Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286", + "NCBITaxon:2890316": "Yersinia proxima", + "NCBITaxon:154654": "Mycobacterium montefiorense", + "NCBITaxon:1295826": "Lactococcus cremoris subsp. cremoris KW2", + "NCBITaxon:129394": "Xanthomonas oryzae pv. oryzicola", + "NCBITaxon:296210": "Penicillium stoloniferum virus F", + "NCBITaxon:204050": "Methanoculleus submarinus", + "NCBITaxon:905079": "Guillardia theta CCMP2712", + "NCBITaxon:32604": "Human betaherpesvirus 6B", + "NCBITaxon:747": "Pasteurella multocida", + "NCBITaxon:1323664": "Paraburkholderia caribensis MBA4", + "NCBITaxon:439334": "Mycobacterium avium subsp. hominissuis", + "NCBITaxon:1223261": "Pseudomonas phage JBD5", + "NCBITaxon:1223260": "Pseudomonas phage JBD30", + "NCBITaxon:11053": "dengue virus type 1", + "NCBITaxon:564": "Escherichia fergusonii", + "NCBITaxon:47740": "Groundnut rosette virus", + "NCBITaxon:317": "Pseudomonas syringae", + "NCBITaxon:480035": "Nocardia wallacei", + "NCBITaxon:37326": "Nocardia brasiliensis", + "NCBITaxon:2094": "Mycoplasmopsis arginini", + "NCBITaxon:10872": "Pseudomonas phage Pf3", + "NCBITaxon:10759": "Enterobacteria phage T3", + "NCBITaxon:11020": "Barmah Forest virus", + "NCBITaxon:425265": "Malassezia globosa CBS 7966", + "NCBITaxon:56867": "Marchantia paleacea", + "NCBITaxon:11029": "Ross River virus", + "NCBITaxon:29378": "Staphylococcus arlettae", + "NCBITaxon:28737": "Elephantulus edwardii", + "NCBITaxon:335103": "Adult diarrheal rotavirus strain J19", + "NCBITaxon:10334": "Felid alphaherpesvirus 1", + "NCBITaxon:2512240": "Sulfolobus sp. S-194", + "NCBITaxon:543939": "Sputnik virophage", + "NCBITaxon:1348662": "Corynebacterium argentoratense DSM 44202", + "NCBITaxon:240176": "Coprinopsis cinerea okayama7#130", + "NCBITaxon:90961": "Lyssavirus australis", + "NCBITaxon:46839": "Colorado tick fever virus", + "NCBITaxon:7244": "Drosophila virilis", + "NCBITaxon:12042": "Beet western yellows virus", + "NCBITaxon:290028": "Human coronavirus HKU1", + "NCBITaxon:72360": "Bacillus mojavensis", + "NCBITaxon:1705": "Corynebacterium stationis", + "NCBITaxon:9597": "Pan paniscus", + "NCBITaxon:12618": "Chicken anemia virus", + "NCBITaxon:54262": "Thermococcus chitonophagus", + "NCBITaxon:348780": "Natronomonas pharaonis DSM 2160", + "NCBITaxon:1901": "Streptomyces clavuligerus", + "NCBITaxon:9555": "Papio anubis", + "NCBITaxon:340047": "Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343", + "NCBITaxon:10623": "Kappapapillomavirus 2", + "NCBITaxon:1293": "Staphylococcus gallinarum", + "NCBITaxon:1223561": "CAS virus", + "NCBITaxon:615": "Serratia marcescens", + "NCBITaxon:573826": "Candida dubliniensis CD36", + "NCBITaxon:28300": "Heron hepatitis B virus", + "NCBITaxon:1529886": "Bacillus atrophaeus subsp. globigii", + "NCBITaxon:83462": "Corallococcus exiguus", + "NCBITaxon:2787": "Porphyra purpurea", + "NCBITaxon:2994495": "Pseudomonas paraeruginosa", + "NCBITaxon:2593991": "Peste des petits ruminants virus", + "NCBITaxon:768679": "Thermoproteus tenax Kra 1", + "NCBITaxon:661": "Photobacterium angustum", + "NCBITaxon:1308": "Streptococcus thermophilus", + "NCBITaxon:11665": "Equine infectious anemia virus", + "NCBITaxon:11709": "Human immunodeficiency virus 2", + "NCBITaxon:255045": "Bradyrhizobium canariense" +} \ No newline at end of file diff --git a/src/utils/fetchCuries.js b/src/utils/fetchCuries.js index e4c1990f..dfd1e7a7 100644 --- a/src/utils/fetchCuries.js +++ b/src/utils/fetchCuries.js @@ -13,9 +13,12 @@ export default async function fetchCuries(entity, displayAlert, cancel) { return []; } - return response.map(({ curie, label, types }) => ({ + return response.map(({ + curie, label, types, taxa, + }) => ({ name: label, categories: types, ids: [curie], + taxa, })); }