Bug reporting BlastAlign

[Mataivic]

Déroulé du bug tracking :

Bug 1:

Sur certains fichiers, une erreur "Illegal division by 0" est lancée, causant un crash et donc la présence d'un fichier corrompu dans la dataset collection en sortie de l'outil. Cela rend la colelction inutilisable pour l'outil suivant, CDS_Search.

Bug 2:

Pour corriger cela, on a appliqué un patch au code source de BlastAlign. Il s'agit de quelques lignes supplémentaires qui testent la valeur de la variable impliquée, et qui lancent un arrêt propre du programme en cas de valeur 0.

Bug 3:
Apparition de nouvelles erreurs suite à la correction du bug 2 (lors d'un planemo serve)
Nouvelles erreurs, jamais eu jusque là :
Fatal error: Exit code 2 ()
/w/galaxy/galaxydev/galaxy/database/jobs_directory/001/1199/tool_script.sh: line 42: syntax error: unexpected end of file
WARNING:galaxy.model:Datatype class not found for extension 'nxs'
WARNING:galaxy.model:Datatype class not found for extension 'phy'

J'ai changé 'nxs' et 'phy' pour 'nexus' et 'phylip' dans le wrapper. Le test fonctionnel passe (mais il passait également avant, donc ça ne prouve pas grand chose. J'investigue avec le toolscript.sh, et je met le wrapper corrigé (avec nexus et phylip) sur une nouvelle branche GitHub

Bug 4:
2 erreurs suivantes (lors d'un planemo serve) :

1 ) Lorsqu'on coche "yes" à "Do you want to convert the output phylip in fasta format ? "
Fatal error: Exit code 1 ()
Traceback (most recent call last):
File "/home/umr7144/abice/vmataigne/Documents/Fork_AdaptSearch/adaptsearch/galaxy_wrappers/04_BlastAlign/scripts/S01_phylip2fasta.py", line 17, in
F1 = open("%s" %f1, 'r')
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'out.phy'

-> On dirait qu'il va falloir faire des corrections dans le script S01_phylip2fasta.py

2. Lorsqu'on coche "Non" à "Do you want to convert the output phylip in fasta format ? "
   Fatal error: Exit code 2 ()
   /tmp/tmpGqjEJm/job_working_directory/000/27/tool_script.sh: ligne 42: Erreur de syntaxe : fin de fichier prématurée

-> Je crois que j'ai trouvé : il y a un "&&" en trop à la fin de tool_script.sh. Je n'ai pas eu d'erreur en l'enlevant. Pas eu le temps d'aller plus loin.

[Mataivic]

J'ai réussi à corriger les bugs de BlastAlign (du moins, il n'y a plus de bug avec les jeux de données test que j'utilise). Un inconvenient cependant : certains fichiers de la collection sont vides.

Il s'agit des sorties des fichiers d'entrée que BlastAlign n'a pas réussi à aligner. Les bugs sont corrigés mais la dataset collection crée tout de même un fichier de sortie pour ces inputs... vides du coup.