diff --git a/tools/chewbbaca/.shed.yml b/tools/chewbbaca/.shed.yml
new file mode 100644
index 00000000000..7c3d125ed42
--- /dev/null
+++ b/tools/chewbbaca/.shed.yml
@@ -0,0 +1,15 @@
+categories:
+- Variant Analysis
+description: BSR-Based Allele Calling Algorithm
+long_description: chewBBACA is a comprehensive pipeline including a set of functions for the creation and validation of whole genome and core genome MultiLocus Sequence Typing (wg/cgMLST) schemas, providing an allele calling algorithm based on Blast Score Ratio that can be run in multiprocessor settings and a set of functions to visualize and validate allele variation in the loci. chewBBACA performs the schema creation and allele calls on complete or draft genomes.
+homepage_url: https://github.com/B-UMMI/chewBBACA/tree/master
+name: chewbbaca
+owner: iuc
+remote_repository_url: https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/chewbbaca
+auto_tool_repositories:
+ name_template: "{{ tool_id }}"
+ description_template: "Wrapper for {{ tool_name }}."
+suite:
+ name: "suite_chewbbaca"
+ description: "A suite of Galaxy tools designed to work with the chewbbaca-tools collection."
+ type: repository_suite_definition
diff --git a/tools/chewbbaca/AlleleCall.xml b/tools/chewbbaca/AlleleCall.xml
new file mode 100644
index 00000000000..a2fad21cdee
--- /dev/null
+++ b/tools/chewbbaca/AlleleCall.xml
@@ -0,0 +1,178 @@
+
+ Determine the allelic profiles of a set of genomes
+
+ macros.xml
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ output['output_selector'] and 'output_unclassified' in output['output_selector']
+
+
+ output['output_selector'] and 'output_missing' in output['output_selector']
+
+
+ output['output_selector'] and 'output_novel' in output['output_selector']
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+chewBBACA is a software suite for the creation and evaluation of core genome and whole genome MultiLocus Sequence Typing (cg/wgMLST) schemas and results.
+
+In chewBBACA, by default, an allele needs to be a CDS defined by Prodigal_. To ensure reproducibility of the CDS prediction, the same Prodigal training file for each bacterial species should be used and provided as input.
+
+.. class:: infomark
+
+**Important**
+
+Although the use of a training file is optional, it is highly recommended to ensure consistent results.
+
+If the schema files are created by chewBBACA v2, please use the PrepExternalSchema module to convert the schema to a format fully compatible with chewBBACA v3.
+
+By default, the AlleleCall module uses the Prodigal training file included in the schema’s directory and it is not necessary to pass a training file to the --ptf parameter.
+
+.. class:: infomark
+
+**Note**
+
+If a text file that contains a list of full paths to loci FASTA files or loci IDs, one per line, is passed to the --genes-list parameter, the process will only perform allele calling for the loci in that list.
+
+.. _Prodigal: https://github.com/hyattpd/Prodigal
+
+
+
\ No newline at end of file
diff --git a/tools/chewbbaca/AlleleCallEvaluator.xml b/tools/chewbbaca/AlleleCallEvaluator.xml
new file mode 100644
index 00000000000..e93895a50d4
--- /dev/null
+++ b/tools/chewbbaca/AlleleCallEvaluator.xml
@@ -0,0 +1,100 @@
+
+ Build an interactive report for allele calling results evaluation
+
+ macros.xml
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+chewBBACA is a software suite for the creation and evaluation of core genome and whole genome MultiLocus Sequence Typing (cg/wgMLST) schemas and results.
+
+The AlleleCallEvaluator module allows users to generate an interactive HTML report to evaluate allele calling results generated by the AlleleCall module. The report provides summary statistics to evaluate results per sample and per locus (with the possibility to provide a TSV file with loci annotations to include on a table). The report includes components to display a heatmap representing the loci presence-absence matrix, a heatmap representing the distance matrix based on allelic differences and a Neighbor-Joining (NJ) tree based on the MSA of the core genome loci.
+
+.. class:: warningmark
+
+**Warning**
+
+The JS bundle is necessary to visualize the HTML report. Do not move or delete this file.
+
+
+
+
\ No newline at end of file
diff --git a/tools/chewbbaca/CreateSchema.xml b/tools/chewbbaca/CreateSchema.xml
new file mode 100644
index 00000000000..df7bf2cb871
--- /dev/null
+++ b/tools/chewbbaca/CreateSchema.xml
@@ -0,0 +1,117 @@
+
+ Create a gene-by-gene schema
+
+ macros.xml
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ output['show_cds_invalid']
+
+
+ output['show_cds_coord']
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+chewBBACA is a software suite for the creation and evaluation of core genome and whole genome MultiLocus Sequence Typing (cg/wgMLST) schemas and results.
+
+A Schema is a pre-defined set of loci that is used in MLST analyses. Traditional MLST schemas relied in 7 loci that were internal fragments of housekeeping genes and each locus was defined by its amplification by a pair of primers yielding a fragment of a defined size.
+
+In genomic analyses, schemas are a set of loci that are:
+
+- Present in the majority of strains for core genome (cg) MLST schemas, typically a threshold of presence in 95% of the strains is used in schema creation. The assumption is that in each strain up to 5% of loci may not be identified due to sequencing coverage problems, assembly problems or other issues related to the use of draft genome assemblies.
+- Present in at least one of the analyzed strains in the schema creation for pan genome/whole genome (pg/wg) MLST schemas.
+- Present in less than 95% of the strains for accessory genome (ag) MLST schemas.
+
+.. class:: infomark
+
+**Note**
+
+These definitions are always operational in nature, in the sense that the analyses are performed on a limited number of strains representing part of the biological diversity of a given species or genus and are always dependent on the definition of thresholds.
+
+.. class:: infomark
+
+**Important**
+
+The use of a prodigal training file for schema creation is highly recommended.
+
+.. class:: infomark
+
+**Important**
+
+If you provide the **--cds-input** parameter, chewBBACA assumes that the input FASTA files contain coding sequences and skips the gene prediction step with Prodigal. To avoid issues related with the format of the sequence headers, chewBBACA renames the sequence headers based on the unique basename prefix determined for each input file and on the order of the coding sequences (e.g.: coding sequences inside a file named GCF_000007125.1_ASM712v1_cds_from_genomic.fna are renamed to GCF_000007125-protein1, GCF_000007125-protein2, …, GCF_000007125-proteinN).
+
+
+
+
\ No newline at end of file
diff --git a/tools/chewbbaca/DownloadSchema.xml b/tools/chewbbaca/DownloadSchema.xml
new file mode 100644
index 00000000000..2c1c7fc9bb5
--- /dev/null
+++ b/tools/chewbbaca/DownloadSchema.xml
@@ -0,0 +1,83 @@
+
+ Download a schema from Chewie-NS
+
+ macros.xml
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+chewBBACA is a software suite for the creation and evaluation of core genome and whole genome MultiLocus Sequence Typing (cg/wgMLST) schemas and results.
+
+The DownloadSchema module enables the download of schemas from the Chewie-NS server.
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Note**
+
+The output schema files are in a zip file. This file can be used as input for other chewBBACA tools.
+
+-----
+
+Compressed versions of every schema in the Chewie-NS are also available for download:
+ - through the `Chewie-NS public website`_
+ - through the (/species/{species_id}/schemas/{schema_id}/zip) API endpoint in Swagger_
+ - with a simple curl command (e.g.: curl -X GET "https://chewbbaca.online/NS/api/species/9/schemas/1/zip?request_type=download" -H "accept: application/json")
+
+.. _Chewie-NS public website: https://chewbbaca.online/
+.. _Swagger: https://chewbbaca.online/api/NS/api/docs
+
+
+
\ No newline at end of file
diff --git a/tools/chewbbaca/ExtractCgMLST.xml b/tools/chewbbaca/ExtractCgMLST.xml
new file mode 100644
index 00000000000..e59618e571b
--- /dev/null
+++ b/tools/chewbbaca/ExtractCgMLST.xml
@@ -0,0 +1,70 @@
+
\ No newline at end of file
diff --git a/tools/chewbbaca/JoinProfiles.xml b/tools/chewbbaca/JoinProfiles.xml
new file mode 100644
index 00000000000..bb89b6d15ed
--- /dev/null
+++ b/tools/chewbbaca/JoinProfiles.xml
@@ -0,0 +1,38 @@
+
+ Join allele calling results from different runs
+
+ macros.xml
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+chewBBACA is a software suite for the creation and evaluation of core genome and whole genome MultiLocus Sequence Typing (cg/wgMLST) schemas and results.
+
+The process creates a TSV file with the allelic profiles of all samples in the input files.
+
+.. class:: infomark
+
+**Important**
+
+It is necessary to pass the --common argument if the input files do not have the same set of loci (this option creates a new file only with the set of loci shared between all input files).
+
+
+
\ No newline at end of file
diff --git a/tools/chewbbaca/NSStats.xml b/tools/chewbbaca/NSStats.xml
new file mode 100644
index 00000000000..3794f4e5fb2
--- /dev/null
+++ b/tools/chewbbaca/NSStats.xml
@@ -0,0 +1,50 @@
+
+ Retrieve basic information about the species and schemas in Chewie-NS
+
+ macros.xml
+
+
+ 'NSStats.txt'
+ ]]>
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+chewBBACA is a software suite for the creation and evaluation of core genome and whole genome MultiLocus Sequence Typing (cg/wgMLST) schemas and results.
+
+The NSStats module enables the retrieval of information from the Chewie-NS server. Its main objective is to provide information about the list of species and schemas in Chewie-NS, so that users can quickly identify a schema of interest and download it.
+
+
+
+
\ No newline at end of file
diff --git a/tools/chewbbaca/PrepExternalSchema.xml b/tools/chewbbaca/PrepExternalSchema.xml
new file mode 100644
index 00000000000..18234a1baf4
--- /dev/null
+++ b/tools/chewbbaca/PrepExternalSchema.xml
@@ -0,0 +1,56 @@
+
+ Adapt an external schema to be used with chewBBACA
+
+ macros.xml
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+chewBBACA is a software suite for the creation and evaluation of core genome and whole genome MultiLocus Sequence Typing (cg/wgMLST) schemas and results.
+
+The PrepExternalSchema module enables the adaptation of external schemas so that it is possible to use those schemas with chewBBACA.
+
+
+
+
\ No newline at end of file
diff --git a/tools/chewbbaca/macros.xml b/tools/chewbbaca/macros.xml
new file mode 100644
index 00000000000..29c03430ea6
--- /dev/null
+++ b/tools/chewbbaca/macros.xml
@@ -0,0 +1,48 @@
+
+ 3.3.3
+ 0
+ 22.05
+
+
+ chewbbaca
+ blast
+ zip
+ fasttree
+
+
+
+
+
+ 10.1099/mgen.0.000166
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ --bsr $blast_score_ratio
+ --l $minimum_length
+ --t $translation_table
+ --st $size_threshold
+
+
+
+
+
+
+
diff --git a/tools/chewbbaca/test-data/CDS_Str_agalactiae.fasta b/tools/chewbbaca/test-data/CDS_Str_agalactiae.fasta
new file mode 100644
index 00000000000..3896288998f
--- /dev/null
+++ b/tools/chewbbaca/test-data/CDS_Str_agalactiae.fasta
@@ -0,0 +1,28 @@
+>FJ801036.1 Streptococcus agalactiae strain ABC020023529 BibA gene, complete cds
+ATGAATAATAACGAAAAAAAAGTAAAATACTTTTTAAGAAAAACAGCTTATGGTTTGGCTTCAATGTCAG
+CGGCGTTTATAGTATGTAGTGGTATTGTAAATACTCCTACAGTGTCTGCTGATAGTCCTGATACATTAAA
+AGTCGAAAAATTAGGCAAATTGAAAGATGTGAAATCAGTTCATGAACTCACACCCATATCAATACCGAAC
+GAATTAAAAGGTGCTAAAGAGCAAGCACTTTCTTCAATAATTTCACATCCTAATATAACTAATTCGGAAG
+TAGACAAACTAGCTAGTGACTATAGTTTTAGAATTAATACATCTAATGATGTGAACGACGTTAAACGTCT
+ATTAAATGAATTTTATAACGCAGTTGCAAGGAAACAGTTAGATACAAATTCTGCTGACTACCGTAGTAAA
+ATTGATAATATCAGTACTACAGGTCTTGCGATAGCTCTTGAGGCTAAAGAAATTTATGAAGCAAATAAAT
+CTATATTACCTCATCGTTACAAAGATTCTGTTGGAACTTATGTGAACAGTTTTGAGGAAAGACGAAGTCC
+AGGAAAATTTAATATTTGGAATGGTCAGGAAGGATTTAATGCAGCTCAAAAATTGTTAGAAGATGTTAAA
+AAATTATTACTTGAGCTACAAAATTTAACAAAAAATAACAAACCAAATATTCAAGTACCTAAACAAGCAC
+CTACAGAAGCTGCAAAACCAGCTTTGTCACCAGAAGCCTTGACAAGATTGACTACATGGTATAATCAAGC
+TAAAGATCTGCTTAAAGATGATCAAGTAAAGGACAAATACGTAGATATACTTTCAGTTCAAAAAGCTGTT
+GACCAAGCTTATGATCATGTGGAAGAGGGAAAATTTATTACCACTGATCAAGCAAATCAATTAGCTAACA
+AGCTACGTGATGCTTTACAAAGTTTAGAATTAAAAGATAAAAAAGTAGCCAAACCAGTAGCTAAAGGTAC
+ATACGATGTTAAGTATGTAGACACAGAAGGAAAAGAAGTAGCTAAGTCACGTCACTTCGAAGGAGAAGAA
+GGCGCAGCTTTTGTCACTTCAGCGAAAGAAGTAGCGGGTTACAAACTTGTTAGAACGGAAGGCGCTGTTT
+CAAATGTCTTCACAGCAGGAGCACAAGTACGTACATATGTTTACGAAAAAGTAGCCAAACCAGTAGCTAA
+AGGTACATACGATGTTAAGTATGTAGACACAGAAGGAAAAGAAGTAGCTAAGTCGCGTCACTTCGAAGGA
+GAAGAAGGCGCAGCTTTTGTCACTTCAGCGAAAGAAGTAGCGGGTTACAAACTTGTTAGAACGGAAGGTG
+CTGTTTCAAATGTCTTCACAGCAGGAGCACAAGTACGTACATATGTTTACGAAAAAGTTAAACCAGAAGT
+TAAACCAGACGTTAAGCCAGAGGCCAAACCAGAGGCTAAGCCAGAAGTTAAACCAGACGTTAAGCCAGAG
+GCCAAACCAGAGGCTAAGCCAGAAGTTAAATCAGACGTTAAGCCAGAGGCTAAGCCAGAAGCCAAACCAG
+AGGCTAAACCAGAAGTTAAACCAGACGTTAAGCCAGAGGCTAAACCAGAAGCCAAGCCAGCAACCAAAAA
+ATCGGTTAATACTAGCGGAAACTTGGTGGCTAAAAAAGCTATTGAAAACAAAAAGTATAGTAAAAAATTA
+CCATCAACGGGTGAAGCCGCAAGTCCACTCTTAGCAATTGTATCACTAATTGTTATGTTAAGTGCAGGTC
+TTATTACGATAGTTTTAAAGCATAAAAAAAATTAA
+
diff --git a/tools/chewbbaca/test-data/GCA_000007265.1_ASM726v1_genomic.fna b/tools/chewbbaca/test-data/GCA_000007265.1_ASM726v1_genomic.fna
new file mode 100644
index 00000000000..5312e4b628f
--- /dev/null
+++ b/tools/chewbbaca/test-data/GCA_000007265.1_ASM726v1_genomic.fna
@@ -0,0 +1,1500 @@
+>AE009948.1 Streptococcus agalactiae 2603V/R, complete genome
+AATTAACATTGTTGATTTTATTCTTCAACATCTGTGGAAAACTTTATTTTTTTATGGTACAATATAACAATAATTATCCA
+CAAGACAATAAGGAAGAAGCTATGACGGAAAACGAACAACTATTTTGGAATAGAGTACTAGAGCTATCTCGTTCTCAAAT
+AGCACCAGCAGCTTATGAATTTTTTGTTCTAGAGGCTAGACTCCTCAAAATTGAACATCAAACTGCAGTTATTACTTTAG
+ATAACATTGAAATGAAAAAGCTATTCTGGGAACAAAATTTGGGGCCTGTTATCCTAACAGCTGGTTTTGAAATTTTCAAT
+GCTGAAATTACAGCTAACTATGTCTCAAACGATTTACATTTACAAGAAACTAGTTTTTCTAACTACCAGCAATCTAGCAA
+TGAAGTAAATACTTTACCAATTAGAAAAATCGACTCTAACCTTAAAGAGAAATATACTTTTGCTAATTTTGTTCAAGGAG
+ATGAAAATAGATGGGCTGTTTCAGCATCAATTGCTGTAGCTGATAGTCCTGGCACGACTTATAATCCTCTATTTATCTGG
+GGGGGACCTGGTCTAGGAAAGACGCATCTACTAAATGCTATTGGAAATCAAGTCTTAAGAGATAATCCAAACGCGAGGGT
+TTTATACATCACTGCTGAGAATTTTATTAATGAATTTGTCAGTCATATTCGTTTAGATTCGATGGAAGAATTAAAAGAAA
+AGTTTCGCAACTTAGACTTACTCCTGATTGATGATATTCAGTCGCTTGCTAAGAAAACCTTAGGGGGGACCCAAGAGGAG
+TTCTTCAATACTTTCAATGCTTTACATACAAACGATAAACAAATCGTATTGACCAGTGACCGAAATCCAAATCAATTAAA
+TGATCTAGAAGAACGTCTAGTCACGCGCTTTAGTTGGGGACTCCCAGTAAATATCACACCACCTGATTTTGAAACACGAG
+TTGCTATTTTAACCAATAAAATTCAAGAATATCCTTATGATTTTCCTCAAGATACCATTGAATACTTAGCAGGAGAATTT
+GATTCCAACGTACGTGAATTAGAAGGAGCCTTGAAAAATATTAGTCTAGTTGCTGACTTTAAGCATGCTAAAACTATTAC
+AGTAGATATAGCTGCAGAAGCTATCAGAGCACGTAAAAATGATGGTCCTATTGTTACTGTCATTCCTATAGAAGAAATTC
+AAATACAAGTTGGTAAATTCTATGGCGTAACTGTAAAAGAGATAAAAGCAACTAAAAGAACACAAGATATTGTCCTTGCA
+AGACAGGTAGCCATGTACTTAGCTCGTGAGATGACAGATAACAGTCTCCCAAAAATAGGTAAAGAATTTGGGGGACGAGA
+TCACTCAACTGTTCTCCACGCTTATAATAAAATAAAAAATATGGTTGCTCAAGATGACAACTTACGAATTGAGATAGAAA
+CTATCAAAAATAAAATCAGATAGGCTTTGTGGATAAGTATCAGAAAAATACGAGACTTTTCCACAGGTTGTGAACAAGTT
+ATTTTCCTTATGAATATTAAAGTTATAATACTTATTCACAACTTTAACAGGACCTACTATTACTACTAAATTTATACTAA
+TATATAAAGGATATACTATGATTCATTTTTCAATAAATAAAAATTTCTTCTTGCATGCTCTAACGGTAACCAAACGAGCT
+ATTAGTCATAAAAATGCGATTCCAATCCTTTCAACTGTTAAAATAGAAGTGACTAGGGATGCTATCATTTTAACGGGGTC
+AAATGGACAAATTTCAATTGAAAATACTATTCCTGCTTCAAATGAAAATGCAGGTTTACTAGTAACGAATCCAGGCTCTA
+TTTTGTTAGAAGCTGGTTTCTTTATTAATATTATTTCAAGTTTACCAGATGTAACTTTAGAATTTACAGAGATTGAACAA
+CATCAAATTGTTCTTACTAGTGGAAAATCAGAGATTACTTTGAAAGGTAAGGATGTCGATCAATACCCTCGTCTGCAGGA
+AATGACAACAGATACTCCATTAACATTAGAAACTAAACTGTTAAAATCAATTATTAATGAAACTGCTTTTGCTGCTAGCC
+AACAAGAAAGCCGTCCAATCTTAACAGGTGTTCATTTGGTTATCAGTCAAAATAAATACTTTAAGGCTGTTGCGACAGAT
+TCACACCGTATGAGTCAACGCACTTTCCAATTAGAGAAATCGGCTAATAATTTTGATTTGGTTGTTCCAAGTAAATCCCT
+TCGAGAATTTTCGGCTGTTTTTACAGATGATATTGAAACTGTAGAGGTTTTCTTCTCAGATAGTCAAATGTTATTTAGAA
+GTGAAAATATCAGCTTCTATACACGTTTGCTTGAAGGAAACTACCCTGATACTGATCGCCTCCTAACTAATCAGTTTGAA
+ACCGAAATTATCTTTAATACAAATGCTTTACGCCATGCTATGGAACGTGCTTATTTAATTTCGAATGCAACTCAGAACGG
+TACTGTTCGTTTAGAAATTCAAAATGAGACAGTCTCAGCTCATGTAAACTCTCCAGAAGTTGGTAAAGTTAATGAGGAAT
+TGGATACTGTTAGTCTTAAAGGTGATAGTTTAAATATTAGCTTTAATCCAACTTACCTAATTGAATCTTTAAAAGCAGTA
+AAAAGCGAAACAGTTACGATTCGATTTATTTCTCCAGTACGTCCATTTACTTTGACACCTGGTGAAGATACTGAAGATTT
+CATCCAATTAATAACTCCTGTTCGTACTAACTAAATAAGAAAACTACCCAAGTTATTCTTGGGTAGTTTTCTTATTCTAA
+GATATGCTATAATGATGAGTAATATGACTCTATATATAATAGCTAACCCCCATGCTGGTAATAAAAATGCCTCCACTATT
+GTTGGTAAAATTCAGGAGCTTTATCATACTGAAGATATTTCTGTGTTCTATACAGAACAGAAAGATGATGAAAAAAAACA
+AGTCATTAATATACTAAGGTCTTTTAAAGAAAGTGATCATCTAATGATTATAGGAGGAGATGGTACCTTATCAAAAGTAA
+TGACTTATCTCCCCCAACATATTCCGTGCACTTATTATCCTGTTGGTTCGGGAAATGATTTTGCCAGAGCTTTGAAAATT
+CCTAACCTCAAAGAAACCCTTACCGCTATTCAGACAGAAAGATTAAAGGAAATTAATTGCTTTATTTATGATAAAGGGCT
+GATTTTGAATAGTTTAGATTTAGGTTTTGCAGCCTATGTCGTTTGGAAAGCATCTAACTCTAAAATAAAAAATATTTTGA
+ATAGATATCGTCTAGGAAAAATAACTTACATTGTTATAGCTATCAAATCATTATTACATTCTTCTAAAGTACAAGTATTA
+GTGGAAGGAGAGACAGGACAGCAGATAAAACTAAATGACCTTTATTTTTTCGCATTAGCAAATAACACTTATTTTGGAGG
+TGGCATTACTATTTGGCCTAAAGCAAGTGCTTTAACTGCAGAGTTAGATATGGTTTACGCTAAAGGGCATACTTTTCTAA
+AACGATTAAGTATTTTATTATCTTTGGTTTTTAAAAGGCATACTACCTCTAAAAGTATAAAACACCAGACTTTCAAAGCT
+ATGACCGTATATTTTCCTAAAAATAGTTTGATTGAAATAGATGGCGAAATAGTTGAGTTAGATCAGATTAGTTTAAAATG
+TCAAAAAAGGTATTTATATATGTAAGGAGAAAAGATGTATCAAGTTGGATCACTTGTTGAAATGAAAAAACCTCATGCTT
+GTGTAATTAAAGAAACTGGTAAAAAGGCTAATCAATGGAAGGTACTGAGAGTAGGAGCTGATATTAAAATTCAGTGTACT
+AACTGTCAGCATGTGATTATGATGAGTCGTTATGATTTTGAGCGAAAATTAAAAAAAGTACTGCAACCATGAAAGTCCTT
+TTAAACAAATAATTATAGCTATATTTGCAACCAATACTTTCCTAAATAATGCTAGTATGCCGTTGGAAAATTAGCTATTC
+TAATGTTATCGAAAGAAGAAAGGTGGTCATTGACAATGACGAAAGTTGCAGAACAGTTATTTATTTTTCGGTAAGTCATA
+TCAAAATGGGAAAATGGGGATACCACACCAGATTTGGATAATTTAATCAGGTTAGCTGAGATTTTTGACGTGAGCTTAGA
+TGAACATGTTTTAGCTAAAACAAATGAAGTTAAAGTTGAACGTATTTATGAAAATAAACCCCTTGATCTACGAAAATACA
+ATAAAATTTATTGGTTTATTTTTCGAAATATTATTCGATCTCTACTAATTATTTTAGCTATATTAACTTTCTTATAAGCT
+CTAGGTATTCCCTTTGTTTCGGAGTGGATAATTTAAATGAAGGTGAAAGAGTGGCATAATGATAAGCAAATCTGAAATTT
+TCTTCTTATCATACCGCTTTTTCTTCTATTTTTTGATATAATAGTCTTGATTGAAATTTGAATGGAGACTCACTAAATGG
+CTTTAACAGCAGGTATTGTAGGCTTACCAAATGTTGGTAAATCAACTTTATTTAACGCAATTACAAAAGCAGGAGCAGAA
+GCTGCTAATTATCCTTTTGCGACTATTGATCCCAATGTTGGTATGGTAGAAGTACCAGATGAGCGTCTACAAAAATTGAC
+AGAATTGATTACGCCTAAAAAAACAGTTCCGACAACCTTTGAATTTACTGATATTGCAGGTATTGTTAAAGGTGCTTCGA
+AGGGGGAAGGTCTAGGTAATAAATTTTTAGCTAATATTCGTGAAGTGGATGCTATTGTTCATGTGGTACGTGCGTTTGAT
+GATGAAAATGTTATGCGTGAACAAGGTCGTGAGGATGCTTTCGTTGATCCTATAGCAGATATTGATACTATTAATCTTGA
+ATTAATCTTAGCTGATTTAGAGTCAATCAATAAACGTTATGCGCGTGTTGAAAAAATGGCACGAACTCAAAAAGATAAAG
+AATCAGTAGCAGAGTTCAATGTTTTACAAAAGATTAAACCTGTTTTGGAAGATGGGAAATCAGCTCGTACCATTGAGTTT
+ACAGAAGAGGAAGCAAAAGTTGTTAAAGGTCTTTTTTTATTAACAACTAAACCTGTTTTATATGTTGCTAATGTTGATGA
+GGACAAAGTAGCTGATCCTGATGATATCGACTATGTTAATCAAATTCGTGCATTTGCAGAAACAGAGAATGCAGAAGTAG
+TCGTGATTTCTGCTCGAGCTGAAGAAGAAATATCTGAACTTGATGATGAAGATAAGTTAGAATTTTTAGAAGCTATTGGA
+TTAACAGAATCTGGTGTTGATAAATTAACACGAGCTGCTTATCATCTTTTAGGCCTTGGAACTTACTTTACTGCTGGTGA
+AAAAGAGGTTCGCGCTTGGACGTTTAAGCGTGGTATAAAAGCTCCACAAGCTGCTAGTATTATCCATTCAGATTTTGAAA
+GAGGTTTTATTCGTGCAGTAACGATGTCATATGATGACCTTATTCAATATGGATCTGAAAAAGCAGTAAAAGAAGCTGGC
+CGGTTACGTGAAGAAGGAAAAGAGTATATTGTTCAAGATGGCGATATCATGGAATTCCGTTTCAATGTCTAGTAATAAAT
+AATCGATTTGTTAACTTTTAGGTTAAGGATATTGTTAATATCCTTAACCATTTTTGCGTTTTAATGGAGAAGATAATGGT
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Binary files /dev/null and b/tools/chewbbaca/test-data/Streptococcus_agalactiae.trn differ
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+GCA-000007265-protein79 GCA_000007265 AE009948.1 85478 85918 79 1 Large ribosomal subunit protein uL15 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3V0
+GCA-000007265-protein108 GCA_000007265 AE009948.1 111995 112564 108 1 UPF0340 protein SAK_0153 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3S6
+GCA-000007265-protein58 GCA_000007265 AE009948.1 74802 76082 58 1 Probable multidrug resistance protein NorM http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EEL2
+GCA-000007265-protein32 GCA_000007265 AE009948.1 44735 46282 32 1 Bifunctional purine biosynthesis protein PurH http://purl.uniprot.org/uniprot/P67545
+GCA-000007265-protein69 GCA_000007265 AE009948.1 81183 81443 69 1 Small ribosomal subunit protein uS17 http://purl.uniprot.org/uniprot/B5XJ45
+GCA-000007265-protein80 GCA_000007265 AE009948.1 85939 87243 80 1 Protein translocase subunit SecY http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7S1
+GCA-000007265-protein62 GCA_000007265 AE009948.1 77974 78270 62 1 Large ribosomal subunit protein uL23 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7T6
+GCA-000007265-protein8 GCA_000007265 AE009948.1 6248 9745 8 1 Transcription-repair-coupling factor http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7Y7
+GCA-000007265-protein28 GCA_000007265 AE009948.1 40720 42174 28 1 Amidophosphoribosyltransferase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A8I2JU49
+GCA-000007265-protein113 GCA_000007265 AE009948.1 117633 118559 113 1 AB hydrolase-1 domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E289
+GCA-000007265-protein107 GCA_000007265 AE009948.1 111534 111998 107 1 ECF transporter S component http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A1F0CHU0
+GCA-000007265-protein46 GCA_000007265 AE009948.1 59588 60025 46 1 N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A380JAU3
+GCA-000007265-protein35 GCA_000007265 AE009948.1 49072 49770 35 1 Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase http://purl.uniprot.org/uniprot/P65518
+GCA-000007265-protein43 GCA_000007265 AE009948.1 55906 56883 43 1 Alpha/beta fold hydrolase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EEK2
+GCA-000007265-protein67 GCA_000007265 AE009948.1 80528 80941 67 1 Large ribosomal subunit protein uL16 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3W2
+GCA-000007265-protein94 GCA_000007265 AE009948.1 99401 99952 94 1 Prolyl-tRNA synthetase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2A6
+GCA-000007265-protein75 GCA_000007265 AE009948.1 83653 84189 75 1 Large ribosomal subunit protein uL6 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2B9
+GCA-000007265-protein36 GCA_000007265 AE009948.1 49817 51133 36 1 Uncharacterized protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7W2
+GCA-000007265-protein59 GCA_000007265 AE009948.1 76288 76596 59 1 Small ribosomal subunit protein uS10 http://purl.uniprot.org/uniprot/A2RC13
+GCA-000007265-protein30 GCA_000007265 AE009948.1 43392 43940 30 1 Phosphoribosylglycinamide formyltransferase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A8I2FG92
+GCA-000007265-protein34 GCA_000007265 AE009948.1 47521 48825 34 1 LysM domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7W4
+GCA-000007265-protein6 GCA_000007265 AE009948.1 4477 5592 6 1 Ribosome-binding ATPase YchF http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7Y9
+GCA-000007265-protein87 GCA_000007265 AE009948.1 90239 90625 87 1 Large ribosomal subunit protein bL17 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3U3
+GCA-000007265-protein51 GCA_000007265 AE009948.1 65231 66229 51 1 Holliday junction branch migration complex subunit RuvB http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2D9
+GCA-000007265-protein103 GCA_000007265 AE009948.1 107456 108595 103 1 Chaperone protein DnaJ http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E298
+GCA-000007265-protein12 GCA_000007265 AE009948.1 12091 13365 12 1 tRNA(Ile)-lysidine synthase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2H4
+GCA-000007265-protein97 GCA_000007265 AE009948.1 101392 102084 97 1 Phosphoglycerate mutase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A076YUP2
+GCA-000007265-protein86 GCA_000007265 AE009948.1 89286 90224 86 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8CX32
+GCA-000007265-protein104 GCA_000007265 AE009948.1 108709 109956 104 1 PLP-dependent aminotransferase family protein http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EJF9
+GCA-000007265-protein24 GCA_000007265 AE009948.1 34390 35382 24 1 Phosphate acyltransferase http://purl.uniprot.org/uniprot/P65740
+GCA-000007265-protein100 GCA_000007265 AE009948.1 103548 104582 100 1 Heat-inducible transcription repressor HrcA http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2A0
+GCA-000007265-protein1 GCA_000007265 AE009948.1 54 1463 1 1 Chromosomal replication initiator protein DnaA http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0K0MXQ6
+GCA-000007265-protein27 GCA_000007265 AE009948.1 36583 40308 27 1 Phosphoribosylformylglycinamidine synthase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A8I2JTY4
+GCA-000007265-protein82 GCA_000007265 AE009948.1 88092 88310 82 1 Translation initiation factor IF-1 http://purl.uniprot.org/uniprot/A2RC36
+GCA-000007265-protein61 GCA_000007265 AE009948.1 77351 77974 61 1 Large ribosomal subunit protein uL4 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3W8
+GCA-000007265-protein109 GCA_000007265 AE009948.1 112601 113443 109 -1 Mechanosensitive ion channel family protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E293
+GCA-000007265-protein74 GCA_000007265 AE009948.1 83145 83543 74 1 Small ribosomal subunit protein uS8 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2C0
+GCA-000007265-protein110 GCA_000007265 AE009948.1 113600 114883 110 1 Trigger factor http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E292
+GCA-000007265-protein93 GCA_000007265 AE009948.1 98822 99082 93 -1
+GCA-000007265-protein72 GCA_000007265 AE009948.1 82245 82787 72 1 Large ribosomal subunit protein uL5 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3V7
+GCA-000007265-protein84 GCA_000007265 AE009948.1 88470 88835 84 1 Small ribosomal subunit protein uS13 http://purl.uniprot.org/uniprot/P66390
+GCA-000007265-protein19 GCA_000007265 AE009948.1 28902 30245 19 1 PcsB protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7X9
+GCA-000007265-protein65 GCA_000007265 AE009948.1 79514 79858 65 1 Large ribosomal subunit protein uL22 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3W4
+GCA-000007265-protein49 GCA_000007265 AE009948.1 62573 63871 49 1 Adenylosuccinate lyase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EEW4
+GCA-000007265-protein55 GCA_000007265 AE009948.1 69250 71892 55 1 Aldehyde-alcohol dehydrogenase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7U2
+GCA-000007265-protein41 GCA_000007265 AE009948.1 54083 55000 41 1 N-acetylneuraminate lyase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A076Z407
+GCA-000007265-protein85 GCA_000007265 AE009948.1 88853 89236 85 1 Small ribosomal subunit protein uS11 http://purl.uniprot.org/uniprot/A2RC39
+GCA-000007265-protein70 GCA_000007265 AE009948.1 81468 81836 70 1 Large ribosomal subunit protein uL14 http://purl.uniprot.org/uniprot/A2RC24
+GCA-000007265-protein22 GCA_000007265 AE009948.1 32610 33371 22 1 DNA repair protein RecO http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2G8
+GCA-000007265-protein112 GCA_000007265 AE009948.1 115920 117524 112 1 CTP synthase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E290
+GCA-000007265-protein23 GCA_000007265 AE009948.1 33434 34312 23 1 CAAX protease http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A1F0CHG3
+GCA-000007265-protein77 GCA_000007265 AE009948.1 84665 85159 77 1 Small ribosomal subunit protein uS5 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3V2
+GCA-000007265-protein54 GCA_000007265 AE009948.1 67202 68980 54 1 Acetyltransferase family protein, putative http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EEX2
+GCA-000007265-protein9 GCA_000007265 AE009948.1 10036 10308 9 1 RNA-binding S4 domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7Y6
+GCA-000007265-protein39 GCA_000007265 AE009948.1 52961 53404 39 1 YhcH/YjgK/YiaL family protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7V9
+GCA-000007265-protein50 GCA_000007265 AE009948.1 64023 64934 50 1 Helix-turn-helix domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EEL0
+GCA-000007265-protein44 GCA_000007265 AE009948.1 56906 57709 44 -1 Sialic acid utilization regulator, RpiR family http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EEW0
+GCA-000007265-protein13 GCA_000007265 AE009948.1 13370 13912 13 1 Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2H3
+GCA-000007265-protein95 GCA_000007265 AE009948.1 100172 100591 95 1 DUF2992 domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7R4
+GCA-000007265-protein105 GCA_000007265 AE009948.1 110027 110803 105 1 tRNA pseudouridine synthase A http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8CX20
+GCA-000007265-protein2 GCA_000007265 AE009948.1 1618 2754 2 1 Beta sliding clamp http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7Z3
+GCA-000007265-protein29 GCA_000007265 AE009948.1 42202 43224 29 1 Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2G1
+GCA-000007265-protein60 GCA_000007265 AE009948.1 76701 77327 60 1 Large ribosomal subunit protein uL3 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3W9
+GCA-000007265-protein48 GCA_000007265 AE009948.1 61157 62548 48 1 Beta-carotene 15,15'-monooxygenase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A1F0CGC5
+GCA-000007265-protein114 GCA_000007265 AE009948.1 118754 119200 114 1 dUTP diphosphatase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0H1FVA3
+GCA-000007265-protein45 GCA_000007265 AE009948.1 57991 59256 45 1 Phosphoribosylamine--glycine ligase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EEK4
+GCA-000007265-protein21 GCA_000007265 AE009948.1 31334 32620 21 1
+GCA-000007265-protein81 GCA_000007265 AE009948.1 87338 87976 81 1 Adenylate kinase http://purl.uniprot.org/uniprot/P65203
+GCA-000007265-protein33 GCA_000007265 AE009948.1 46475 47374 33 1 Peptidase M23 domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7W5
+GCA-000007265-protein38 GCA_000007265 AE009948.1 52118 52948 38 1 ABC transmembrane type-1 domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7W0
+GCA-000007265-protein11 GCA_000007265 AE009948.1 10803 12089 11 1 beta-lactamase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7Y3
+GCA-000007265-protein40 GCA_000007265 AE009948.1 53424 54086 40 1 Beta-carotene 15,15'-monooxygenase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A1F0CI38
+GCA-000007265-protein56 GCA_000007265 AE009948.1 72071 73087 56 1 Alcohol dehydrogenase http://purl.uniprot.org/uniprot/X5K0V4
+GCA-000007265-protein3 GCA_000007265 AE009948.1 2812 3705 3 1 diacylglycerol kinase family protein http://purl.uniprot.org/uniparc/UPI0002BB2C63
+GCA-000007265-protein7 GCA_000007265 AE009948.1 5676 6251 7 1 Peptidyl-tRNA hydrolase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2I1
+GCA-000007265-protein53 GCA_000007265 AE009948.1 66825 67205 53 1 MORN motif family protein http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A1F0CHD6
+GCA-000007265-protein16 GCA_000007265 AE009948.1 20579 20866 16 1 RNAase http://purl.uniprot.org/uniprot/U5P1X6
+GCA-000007265-protein63 GCA_000007265 AE009948.1 78288 79121 63 1 Large ribosomal subunit protein uL2 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3W6
+GCA-000007265-protein26 GCA_000007265 AE009948.1 35756 36460 26 1 Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2G4
+GCA-000007265-protein106 GCA_000007265 AE009948.1 110766 111524 106 1 pyridoxal kinase http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7Q4
+GCA-000007265-protein37 GCA_000007265 AE009948.1 51221 52108 37 1 ABC transmembrane type-1 domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7W1
+GCA-000007265-protein5 GCA_000007265 AE009948.1 4114 4317 5 1 Gbs0005 protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7Z0
+GCA-000007265-protein71 GCA_000007265 AE009948.1 81916 82221 71 1 Large ribosomal subunit protein uL24 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3V8
+GCA-000007265-protein68 GCA_000007265 AE009948.1 80951 81157 68 1 Large ribosomal subunit protein uL29 http://purl.uniprot.org/uniprot/A2RC22
+GCA-000007265-protein47 GCA_000007265 AE009948.1 60012 61103 47 1 N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EJA7
+GCA-000007265-protein99 GCA_000007265 AE009948.1 102830 103405 99 1 Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7R0
+GCA-000007265-protein102 GCA_000007265 AE009948.1 105338 107167 102 1 Chaperone protein DnaK http://purl.uniprot.org/uniprot/P0A3J2
+GCA-000007265-protein96 GCA_000007265 AE009948.1 100791 101270 96 1 Competence-specific sigma factor ComX http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7R3
+GCA-000007265-protein66 GCA_000007265 AE009948.1 79871 80524 66 1 Small ribosomal subunit protein uS3 http://purl.uniprot.org/uniprot/A2RC20
+GCA-000007265-protein20 GCA_000007265 AE009948.1 30369 31337 20 1 Ribose-phosphate pyrophosphokinase 1 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E2H0
+GCA-000007265-protein57 GCA_000007265 AE009948.1 73207 74697 57 1 Threonine synthase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EJC0
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+GCA-000007265-protein76 GCA_000007265 AE009948.1 84290 84646 76 1 Large ribosomal subunit protein uL18 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q3K3V3
+GCA-000007265-protein98 GCA_000007265 AE009948.1 102081 102833 98 1 Peptidase M15B domain-containing protein http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7R1
+GCA-000007265-protein64 GCA_000007265 AE009948.1 79220 79498 64 1 Small ribosomal subunit protein uS19 http://purl.uniprot.org/uniprot/Q1JE54
+GCA-000007265-protein52 GCA_000007265 AE009948.1 66381 66818 52 1 protein-tyrosine-phosphatase http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A0E1EJB3
+GCA-000007265-protein10 GCA_000007265 AE009948.1 10295 10666 10 1 Cell division protein DivIC http://purl.uniprot.org/uniprot/Q8E7Y5