old_mkdocs.yml

site_name: Notes
repo_url: https://github.com/gdemare/notes/
repo_name: gdemare/notes
edit_uri: edit/main/docs/

# mkdocs.yml
theme:
  language: fr
  name: "material"
  features:
    - content.action.edit # bouton edit
    - content.action.view # bouton voir
    - content.tabs.link
    - content.code.copy
    - content.tabs.link 
     - toc.integrate # réuni le plan et le sommaire
    - header.autohide
    - navigation.tabs #onglet
    - navigation.tabs.sticky #menu avec les onglets tout le temps visible
    - navigation.sections # section dans le menu a gauche
    # - navigation.expand # menu a gauche déroulant ouvert apr défaut
    - navigation.path # affiche le chemin au début de la page.
    - navigation.top # bouton pour remonter en haut
    # - navigation.indexes # pour avoir une page d'index dans chaque partie
  palette:
      scheme: slate
      primary: indigo
      accent: indigo
  font:
    text: Roboto
    code: Roboto Mono
    
  theme:
    icon:
      edit: material/pencil

plugins:
  - search # barre de rechercher
  - mkdocstrings
  - glightbox #pour les images
  - git-revision-date-localized: #pour avoir la date de maj 
      type: date

markdown_extensions:
  - pymdownx.superfences #ajouter box, notes warning, ...
  - pymdownx.tabbed:
      alternate_style: true
  - admonition
  - pymdownx.details # créer des éléments masquables
  - pymdownx.superfences
  - pymdownx.arithmatex:
      generic: true
  - tables
  - pymdownx.tasklist #ajouter les task lists
  - pymdownx.magiclink # transforme les liens en éléments cliquables.
  
extra_javascript:
  - javascripts/mathjax.js
  - https://polyfill.io/v3/polyfill.min.js?features=es6
  - https://cdn.jsdelivr.net/npm/mathjax@3/es5/tex-mml-chtml.js

nav:
  - Biologie :
    - "Ressources" : biologie/ressources_biologie.md
    - "Biochimie et biomol" :
      - "Biomolécules simples" :
        - "Panorama" : biologie/biochimie/introduction-biochimie.md
        - "Lipides" : biologie/biochimie/lipides.md
        - "Sucres" : biologie/biochimie/sucres.md
      - "ADN et ARN" :
        - "ADN et ARN" : biologie/biochimie/ADN-ARN.md
        - "Synthèse ADN et ARN " : biologie/cellule/ADN-ARN-synthese.md
        - "Etude ARN ADN" : biologie/methodes-techniques/etude_acide_nucleique.md
        - "PCR" : biologie/methodes-techniques/etude_pcr.md
      - "Métabolisme" :
        - "Introduction au métabolisme" : biologie/biochimie/introduction-metabolisme.md
        - "Respiration et fermentation" : biologie/biochimie/respiration-fermentation.md
        - "Métabolisme secondaire" : biologie/biochimie/metabolisme-secondaire.md
        - "Photosynthèse" : biologie/biochimie/photosynthese.md
        - "Réactivité chimique en biologie" : biologie/biochimie/reactivite-chimique-biologie.md
      - "Protéines" :
        - "Généralités": biologie/biochimie/proteines.md
        - "Enzymes" : biologie/biochimie/enzymes.md
        - "Etude des protéines" : biologie/methodes-techniques/etude_proteines.md
    - Bioinformatique :
        - "Aligner des séquences" : biologie/bioinformatique/aligner-sequences.md
        - "Génomique" : biologie/bioinformatique/genomique.md
        - "Rechercher des séquences" : biologie/bioinformatique/rechercher-sequences.md
    - "Cellule et tissus" :
      - "Structure et fonctions" : biologie/structure-fonction-principes.md
      - "Histologie" :
        - "Histologie" : biologie/histologie/histologie.md
        - "Tissu conjonctif" : biologie/histologie/tissu-conjonctif.md
        - "Tissu épithélial" : biologie/histologie/tissu-epithelial.md
        - "Tissu musculaire" : biologie/histologie/tissu-musculaire.md
        - "Tissu nerveux" : biologie/histologie/tissu-nerveux.md
      - "Organisation cellulaire" :
        - "Organisation cellulaire" : biologie/cellule/organisation/organisation-cellulaire.md
        - "Cytosquelette" : biologie/cellule/organisation/cytosquelette.md
        - "MEC et jonctions cellulaires" : biologie/cellule/organisation/mec-jonctions-cellulaires.md
        - "Membrane plasmique" : biologie/cellule/organisation/membrane-plasmique.md
        - "Noyau" : biologie/cellule/organisation/noyau.md
        - "Organites" : biologie/cellule/organisation/organites.md
        - "Système endomembranaire" : biologie/cellule/organisation/systeme-endomembranaire.md
      - "Biologie cellulaire" :
        - "Communication cellulaire" : biologie/cellule/communication-cellulaire.md
        - "Cycle cellulaire" : biologie/cellule/cycle-cellulaire.md
        - "Mort cellulaire" : biologie/cellule/mort-cellulaire.md
        - "Potentiel cellulaire" : biologie/cellule/potentiel-cellulaire.md
        - "Régulation de l'expression génétique" : biologie/cellule/regulation-expression-genique.md
      - "Physologie animale" :
        - "Physiolgoi" : biologie/physiologie-animale/physiologie.md
        - "Circulation et échange gazeux" : biologie/physiologie-animale/circulation-echanges-gazeux.md
        - "Comportement" : biologie/physiologie-animale/comportement.md
        - "Nutrition" : biologie/physiologie-animale/nutrition-animaux.md
        - "Immunologie" : biologie/physiologie-animale/immunologie.md
        - "Muscle" : biologie/physiologie-animale/muscle.md
        - "Neurologie" : biologie/physiologie-animale/neurobiologie.md
        - "Osmorégulation et excrétion" : biologie/physiologie-animale/osmoregulation-excretion.md
        - "Reproduction" : biologie/physiologie-animale/reproduction.md
        - "Reprodctuion sexuée" : biologie/physiologie-animale/reproduction-sexue.md
        - "Système endorinien" : biologie/physiologie-animale/systeme-endocrinien.md
        - "Système nerveux" : biologie/physiologie-animale/systeme-nerveux.md
      - Plante :
        - "Cellule" : biologie/plante/cellule-vegetale.md
        - "Nutrition" : biologie/plante/nutrition-vegetale.md
        - "Organisation" : biologie/plante/organisation-vegetale.md
        - "Reponses au stimuli" : biologie/plante/reponse-vegetaux.md
      - "Procaryotes et virus" :
        - Bactéries : biologie/cellule/bacteries.md
        - Virus : biologie/cellule/virus.md
      - "Techniques" :
        - "Clonage" : biologie/methodes-techniques/clonage.md
        - "Culture cellulaire" : biologie/methodes-techniques/culture-cellulaire.md
        - "Génie génétique" : biologie/methodes-techniques/clonage_genie.md
        - "Histologie" : biologie/methodes-techniques/histologie.md
    - Ecologie :
      - "Populations et communautés" :
        - "Biologie de la conservation" : biologie/ecologie/biologie-conservation.md
        - "Ecologie des communautés" : biologie/ecologie/ecologie-communautes.md
        - "Ecosystème et écologie de la restauration" : biologie/ecologie/ecosysteme-ecologie-restauration.md
        - "Evolution des populations" : biologie/ecologie/evolution-population.md
      - Evolution :
        - "Génétique Mendel" : biologie/evolution/genetique-mendel.md
        - "Génétique des populations" : biologie/ecologie/genetique-population.md
        - "Génome évolution" : biologie/evolution/genome-evolution.md
        - "Phylogénie" : biologie/evolution/phylogenie.md
        - "Origine de la biodiversité" : biologie/ecologie/origine-biodiversite.md
        - "Théorie de l'évolution" : biologie/evolution/theorie-evolution.md
      - Taxonomie :
        - "Classification" : biologie/taxonomie/classification.md
        - "Animaux" : biologie/taxonomie/animaux.md
        - "Champignons" : biologie/taxonomie/champignons.md
        - "Végétaux" : biologie/taxonomie/plantes.md 
    - "Matériels et méthodes" :
      - "Méthodes" :
        - "Généralités" : biologie/methodes-techniques/etude_biologie.md
        - "Méthodes" : biologie/methodes-techniques/methodes.md
        - "Introduction biologie expérimentale" : biologie/methodes-techniques/introduction-biologie-experiementale.md
        - "Immunomarquage" : biologie/methodes-techniques/immunomarquage.md
      - "Matériels" :
        - "Microscopie" : biologie/methodes-techniques/microscopie.md
        - "Imagerie" : biologie/methodes-techniques/imagerie.md
        - "RMN" :  biologie/methodes-techniques/RMN.md
        - "Spectrométrie de masse" : biologie/methodes-techniques/spectrometrie.md
  - "Data Science" :
    - "Ressources" : data-science/ressources_data.md
    - "Dictionnaire Statistique" : data-science/dictionnaire-statistique.md
    - "Données non structurées" :
      - "Cartographie" : data-science/cartographie.md
      - "Fouille de textes" : data-science/text-mining.md
      - "Traitement des images" : data-science/traitement-image.md
      - "Traitement du signal" : data-science/traitement-signal.md
      - "Transformation des données" : data-science/transformation-donnees.md
    - "Modèles" :
      - "Modèles" : data-science/models/models.md
      - "Echantillionnage" : data-science/models/echantillionnage.md
      - "Coût & critères" : data-science/models/indicateurs-couts.md
      - "Type classification" : data-science/models/classification-all.md
      - "Type régression" : data-science/models/regression-all.md
      - "Classification" : 
        - "Arbre de décision & forêt aléatoire" : data-science/models/classification/arbre-de-décision.md
      - "Mixtes" : 
        - "Régression" : data-science/models/regression.md
      - "Réseaux de neurones" :
        - "Réseaux de neurones" : data-science/models/reseaux-neurones/reseaux-neurones.md
        - "Couches convulsives" : data-science/models/reseaux-neurones/couche-convulsive.md
    - "Descriptions des données" :
      - Cluestering : 
        - Cluestering : data-science/clustering/cluestering.md
        - "Cluestering des variables" : data-science/clustering/clustering-variables.md
        - "CAH" : data-science/clustering/CAH.md
        - "CFH" : data-science/clustering/CDH.md
        - "Centres mobiles" : data-science/clustering/centres-mobiles.md
      - "Réduction de dimensions" :
        - "Réduction de dimensions" : data-science/reduction-dimensions/reduction-dimension.md
        - "AFC et ACM" : data-science/reduction-dimensions/AFC-ACM.md
        - "ACP" : data-science/reduction-dimensions/ACP.md
        - "Analyse discriminante" : data-science/reduction-dimensions/analyse-discriminante.md
        - "Positionnement multidimensionnel" : data-science/reduction-dimensions/positionnement-multidimensionnel.md
  - Histoire :
    - Futur : histoire/anticipation.md
    - Frise chronologique : histoire/chronologie.md
    - Sapiens : histoire/sapiens.md
    - "Le propre de l'Homme" :
      - "L'écriture" : histoire/ecriture.md
  - Mathématique :
    - "Symboles et notation" : mathematique/mathematique.md
    - Arithmétique :  mathematique/arithmetique.md
    - Geométrie :  mathematique/geometrie.md
    - Matrice : mathematique/matrice.md
    - Analyse :
      - "Optimisation" : mathematique/analyse/optimisation.md
      - "Algorithmie" :  mathematique/analyse/algorithmique.md
      - "Fonctions" :
        - "Equation différentielle" : mathematique/analyse/equation-differentielle.md
        - "Définition, dérivé, primitive, limite" : mathematique/analyse/definition-derives-primitives-limites.md
        - "Fonctions remarquables" : mathematique/analyse/fonctions-remarquables.md
    - "Statistique" : 
      - Probabilité : mathematique/statistique/probabilite.md
      - Statistique : 
        - Statistique : mathematique/statistique/statistique.md
        - Graphique : mathematique/statistique/graphiques.md
        - "Tests statistiques" : mathematique/statistique/tests-statistiques.md
      - "Probabilité et statistique" : mathematique/statistique/probabilite-statistique.md
  - 'Physique Chimie' :
    - "Unité" :  physique-chimie/unites.md
    - Chimie :
      - "Cinétique" : physique-chimie/chimie/cinetique.md
      - "Structure & représentation" : physique-chimie/chimie/stucture-representation.md
      - Thermodynamique : 
        - Thermodynamique : physique-chimie/chimie/thermodynamique.md
        - "Acide-base" : physique-chimie/chimie/acide-base.md
      - "Réactions chimiques" : physique-chimie/chimie/reactions-chimiques.md
    - Physique :
      - Physique : physique-chimie/physique/physique.md
      - Optique : physique-chimie/physique/optique.md
      - "Physique classique" : physique-chimie/physique-classique.md
      - "Physique quantique" : physique-chimie/physique/physique-quantique.md
      - "Les atomes" : physique-chimie/physique/atomes.md
  - Autres :

    - Démocratie : autres/démocratie.md
    - "Se connaitre" : autres/se-connaitre.md
    - Anglais :
      - Conjugaison : autres/anglais/conjugaison.md
      - Grammaire : autres/anglais/grammaire.md
      - "Ortographe et vocabulaire" : autres/anglais/ortographe-vocabulaire.md
    - Informatique :
        - "Base de données" : informatique/database.md
        - "Math jax" : informatique/markdown-math.md
        - "Réseau" : informatique/reseau.md
    - Ressources :
        - Emploi : autres/ressources/emploi.md
        - Location : autres/ressources/location.md
    - Communication :
      - Candidater : autres/communication/entretien-embauche.md
      - "Gestion de projet" : autres/communication/gestion-projet.md
      - Rhétorique : autres/communication/rhetorique.md
    - Finance : 
      - Epargne : autres/epargne.md