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+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- LF.7.1 (2024-10-19) +- LF.7.1.1 (2024-10-19) +- LF.7.2 (2024-10-19) +- LF.7.2.1 (2024-10-19) +- LF.7.3 (2024-10-19) +- LF.7.4 (2024-10-19) +- JN.1.49.3 (2024-10-20) +- MV.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.3 (2024-10-20) +- NA.1 (2024-10-20) +- NA.1.1 (2024-10-20) +- XDV.1.5.1 (2024-10-20) +- NB.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.2 (2024-10-20) +- LF.3.1.2 (2024-10-20) +- XEL (2024-10-20) +- NC.1 (2024-10-20) +- ND.1 (2024-10-20) +- ND.1.1 (2024-10-20) +- ND.2 (2024-10-20) +- ND.3 (2024-10-20) +- MC.10.1 (2024-10-20) +- KP.2.2.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.2 (2024-10-20) +- KP.2.25.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.1 (2024-10-20) +- MD.3.1.2 (2024-10-20) +- MD.3.1.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.4 (2024-10-20) +- MD.1.2 (2024-10-20) +- MD.1.1.1 (2024-10-20) +- KP.3.2.6 (2024-10-21) +- MC.1.1 (2024-10-21) +- MC.18 (2024-10-21) +- KP.2.27 (2024-10-22) +- KP.2.3.8 (2024-10-22) +- KP.2.2.2 (2024-10-22) +- XEM (2024-10-22) +- KP.3.1.9 (2024-10-22) +- KP.1.1.6 (2024-10-23) +- NE.1 (2024-10-23) +- XEN (2024-10-23) +- NF.1 (2024-10-24) +- KP.2.3.9 (2024-10-24) +- NG.1 (2024-10-24) +- NH.1 (2024-10-24) +- NH.2 (2024-10-24) +- NH.3 (2024-10-24) +- JN.1.11.2 (2024-10-25) +- NJ.1 (2024-10-25) +- KP.2.3.10 (2024-10-25) +- NK.1 (2024-10-25) +- LP.5 (2024-10-25) +- LP.6 (2024-10-25) +- LP.7 (2024-10-25) +- KP.2.3.11 (2024-10-25) +- LD.2 (2024-10-25) +- KP.3.1.10 (2024-10-25) +- NL.1 (2024-10-25) +- MU.2 (2024-10-25) +- MU.2.1 (2024-10-25) +- KP.3.7 (2024-10-25) +- LZ.2.1.2 (2024-10-27) +- LZ.2.1.1 (2024-10-27) +- KR.1.4 (2024-10-27) +- KP.2.3.12 (2024-10-27) +- NM.1 (2024-10-27) +- LP.8 (2024-10-27) +- LP.7.1.2 (2024-10-27) +- KP.4.2.5 (2024-10-27) +- KP.4.2.4 (2024-10-27) +- LF.7.1.2 (2024-10-27) +- MC.19 (2024-11-01) +- KP.2.6.1 (2024-11-01) +- MC.20 (2024-11-01) +- MC.10.2 (2024-11-01) +- KP.3.2.7 (2024-11-01) +- KP.3.2.8 (2024-11-01) +- KP.3.2.9 (2024-11-01) +- XEC.3 (2024-11-01) +- XEC.4 (2024-11-01) +- XEC.5 (2024-11-01) +- XEC.6 (2024-11-01) +- XEC.7 (2024-11-01) +- MJ.2 (2024-11-05) +- MJ.2.1 (2024-11-05) +- MJ.2.1.1 (2024-11-05) +- MJ.1.1 (2024-11-05) +- LF.10 (2024-11-05) +- LP.8.1 (2024-11-08) +- LP.8.2 (2024-11-08) +- LF.7.1.3 (2024-11-08) +- NL.2 (2024-11-08) +- NL.3 (2024-11-08) +- NL.4 (2024-11-08) +- NL.5 (2024-11-08) +- NL.6 (2024-11-08) +- NL.7 (2024-11-08) +- NM.2 (2024-11-12) +- LP.9 (2024-11-12) +- LP.9.1 (2024-11-12) +- NN.1 (2024-11-12) +- NN.1.1 (2024-11-12) +- NN.2 (2024-11-12) +- LP.1.2.1 (2024-11-12) +- NC.1.1 (2024-11-12) +- NC.1.2 (2024-11-12) +- LB.1.10 (2024-11-12) +- NP.1 (2024-11-12) +- NP.2 (2024-11-12) +- XEP (2024-11-12) +- MC.13.2 (2024-11-12) +- MC.21 (2024-11-12) +- MC.21.1 (2024-11-12) +- MC.22 (2024-11-12) +- XDY.1 (2024-11-12) +- LP.10 (2024-11-12) +- LP.10.1 (2024-11-12) +- NQ.1 (2024-11-12) +- NH.4 (2024-11-12) +- MU.3 (2024-11-12) +- KP.2.3.13 (2024-11-13) +- MG.2 (2024-11-13) +- MG.3 (2024-11-13) +- MG.4 (2024-11-14) + +
+ +## Unreleased + +- Add newly designated Nextstrain clades 24H (LF.7) and 24I (MV.1) +- Add all 128 Pango lineages newly designated between 2024-10-19 and 2024-11-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- LF.7.1 (2024-10-19) +- LF.7.1.1 (2024-10-19) +- LF.7.2 (2024-10-19) +- LF.7.2.1 (2024-10-19) +- LF.7.3 (2024-10-19) +- LF.7.4 (2024-10-19) +- JN.1.49.3 (2024-10-20) +- MV.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.3 (2024-10-20) +- NA.1 (2024-10-20) +- NA.1.1 (2024-10-20) +- XDV.1.5.1 (2024-10-20) +- NB.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.2 (2024-10-20) +- LF.3.1.2 (2024-10-20) +- XEL (2024-10-20) +- NC.1 (2024-10-20) +- ND.1 (2024-10-20) +- ND.1.1 (2024-10-20) +- ND.2 (2024-10-20) +- ND.3 (2024-10-20) +- MC.10.1 (2024-10-20) +- KP.2.2.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.2 (2024-10-20) +- KP.2.25.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.1 (2024-10-20) +- MD.3.1.2 (2024-10-20) +- MD.3.1.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.4 (2024-10-20) +- MD.1.2 (2024-10-20) +- MD.1.1.1 (2024-10-20) +- KP.3.2.6 (2024-10-21) +- MC.1.1 (2024-10-21) +- MC.18 (2024-10-21) +- KP.2.27 (2024-10-22) +- KP.2.3.8 (2024-10-22) +- KP.2.2.2 (2024-10-22) +- XEM (2024-10-22) +- KP.3.1.9 (2024-10-22) +- KP.1.1.6 (2024-10-23) +- NE.1 (2024-10-23) +- XEN (2024-10-23) +- NF.1 (2024-10-24) +- KP.2.3.9 (2024-10-24) +- NG.1 (2024-10-24) +- NH.1 (2024-10-24) +- NH.2 (2024-10-24) +- NH.3 (2024-10-24) +- JN.1.11.2 (2024-10-25) +- NJ.1 (2024-10-25) +- KP.2.3.10 (2024-10-25) +- NK.1 (2024-10-25) +- LP.5 (2024-10-25) +- LP.6 (2024-10-25) +- LP.7 (2024-10-25) +- KP.2.3.11 (2024-10-25) +- LD.2 (2024-10-25) +- KP.3.1.10 (2024-10-25) +- NL.1 (2024-10-25) +- MU.2 (2024-10-25) +- MU.2.1 (2024-10-25) +- KP.3.7 (2024-10-25) +- LZ.2.1.2 (2024-10-27) +- LZ.2.1.1 (2024-10-27) +- KR.1.4 (2024-10-27) +- KP.2.3.12 (2024-10-27) +- NM.1 (2024-10-27) +- LP.8 (2024-10-27) +- LP.7.1.2 (2024-10-27) +- KP.4.2.5 (2024-10-27) +- KP.4.2.4 (2024-10-27) +- LF.7.1.2 (2024-10-27) +- MC.19 (2024-11-01) +- KP.2.6.1 (2024-11-01) +- MC.20 (2024-11-01) +- MC.10.2 (2024-11-01) +- KP.3.2.7 (2024-11-01) +- KP.3.2.8 (2024-11-01) +- KP.3.2.9 (2024-11-01) +- XEC.3 (2024-11-01) +- XEC.4 (2024-11-01) +- XEC.5 (2024-11-01) +- XEC.6 (2024-11-01) +- XEC.7 (2024-11-01) +- MJ.2 (2024-11-05) +- MJ.2.1 (2024-11-05) +- MJ.2.1.1 (2024-11-05) +- MJ.1.1 (2024-11-05) +- LF.10 (2024-11-05) +- LP.8.1 (2024-11-08) +- LP.8.2 (2024-11-08) +- LF.7.1.3 (2024-11-08) +- NL.2 (2024-11-08) +- NL.3 (2024-11-08) +- NL.4 (2024-11-08) +- NL.5 (2024-11-08) +- NL.6 (2024-11-08) +- NL.7 (2024-11-08) +- NM.2 (2024-11-12) +- LP.9 (2024-11-12) +- LP.9.1 (2024-11-12) +- NN.1 (2024-11-12) +- NN.1.1 (2024-11-12) +- NN.2 (2024-11-12) +- LP.1.2.1 (2024-11-12) +- NC.1.1 (2024-11-12) +- NC.1.2 (2024-11-12) +- LB.1.10 (2024-11-12) +- NP.1 (2024-11-12) +- NP.2 (2024-11-12) +- XEP (2024-11-12) +- MC.13.2 (2024-11-12) +- MC.21 (2024-11-12) +- MC.21.1 (2024-11-12) +- MC.22 (2024-11-12) +- XDY.1 (2024-11-12) +- LP.10 (2024-11-12) +- LP.10.1 (2024-11-12) +- NQ.1 (2024-11-12) +- NH.4 (2024-11-12) +- MU.3 (2024-11-12) +- KP.2.3.13 (2024-11-13) +- MG.2 (2024-11-13) +- MG.3 (2024-11-13) +- MG.4 (2024-11-14) + +
+ +## 2024-10-17T16:48:48Z + +- Add newly designated Nextstrain clades 24F (XEC) and 24G (KP.2.3) +- Add all 4 Pango lineages designated between 2024-09-26 and 2024-10-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XEH (2024-09-28) +- XEJ (2024-09-28) +- XEC.2 (2024-09-28) +- XEK (2024-09-28) + +
+ +## 2024-09-25T21:50:30Z + +- Include newly designated Nextstrain clades 24D (XDV.1) and 24E (KP.3.1.1) +- All 113 Pango lineages designated between 2024-07-15 and 2024-09-25 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XEC (2024-08-07) +- KP.2.3.5 (2024-08-07) +- KP.2.3.6 (2024-08-07) +- LP.4 (2024-08-07) +- LP.1.2 (2024-08-07) +- LB.1.2.2 (2024-08-07) +- LB.1.2.3 (2024-08-07) +- KP.2.18 (2024-08-07) +- KP.2.14.1 (2024-08-07) +- MC.2 (2024-08-08) +- MC.2.1 (2024-08-08) +- KR.1.3 (2024-08-08) +- MP.1 (2024-08-08) +- MP.1.1 (2024-08-08) +- JQ.2.1.2 (2024-08-08) +- MC.4 (2024-08-08) +- MC.3 (2024-08-08) +- LB.1.3.3 (2024-08-08) +- KP.2.15.1 (2024-08-08) +- KP.3.1.7 (2024-08-08) +- MQ.1 (2024-08-08) +- MQ.2 (2024-08-08) +- KP.3.3.4 (2024-08-08) +- MR.1 (2024-08-08) +- MK.3 (2024-08-08) +- XED (2024-08-08) +- LZ.2 (2024-08-12) +- XEC.1 (2024-08-14) +- MS.1 (2024-08-15) +- KU.2.1 (2024-08-15) +- KU.2.2 (2024-08-15) +- MA.1.1 (2024-08-15) +- MA.1.1.1 (2024-08-15) +- JN.1.18.8 (2024-08-15) +- JN.1.59.1 (2024-08-15) +- JN.1.16.4 (2024-08-15) +- LU.2.1 (2024-08-15) +- LU.2.1.1 (2024-08-15) +- MT.1 (2024-08-15) +- KP.2.19 (2024-08-15) +- LF.6 (2024-08-15) +- LR.3 (2024-08-15) +- XDV.1.1 (2024-08-15) +- XDV.1.2 (2024-08-15) +- XDV.1.2.1 (2024-08-15) +- XDV.1.3 (2024-08-15) +- XDV.1.4 (2024-08-15) +- XDV.1.5 (2024-08-15) +- XDV.1.6 (2024-08-15) +- LF.7 (2024-08-15) +- MU.1 (2024-08-15) +- JN.1.4.9 (2024-08-15) +- JN.1.38.1 (2024-08-15) +- MC.5 (2024-08-15) +- MC.6 (2024-08-15) +- MC.7 (2024-08-15) +- MC.8 (2024-08-15) +- MC.8.1 (2024-08-15) +- MC.9 (2024-08-15) +- MC.10 (2024-08-15) +- MC.11 (2024-08-15) +- MC.11.1 (2024-08-15) +- MC.12 (2024-08-15) +- MC.13 (2024-08-15) +- MC.13.1 (2024-08-15) +- MC.14 (2024-08-15) +- MC.15 (2024-08-15) +- MC.16 (2024-08-15) +- MB.1.1.1 (2024-08-15) +- MV.1 (2024-08-15) +- KP.2.20 (2024-08-15) +- KP.2.20.1 (2024-08-15) +- JN.1.67 (2024-08-15) +- JN.1.67.1 (2024-08-15) +- XEF (2024-08-15) +- KP.2.22 (2024-08-16) +- KP.2.24 (2024-08-16) +- KP.2.25 (2024-08-16) +- KP.2.26 (2024-08-16) +- KR.4.1 (2024-08-16) +- KP.6 (2024-08-16) +- XEG (2024-08-16) +- KP.2.3.7 (2024-08-16) +- MW.1 (2024-08-16) +- KP.2.23 (2024-08-16) +- JN.1.68 (2024-08-16) +- LF.8 (2024-08-16) +- LF.8.1 (2024-08-16) +- LF.8.1.1 (2024-08-16) +- XEE (2024-08-16) +- MC.17 (2024-08-16) +- JN.1.16.5 (2024-08-16) +- LW.1.1 (2024-08-16) +- LW.1.2 (2024-08-16) +- KP.3.6 (2024-08-16) +- LB.1.9 (2024-08-16) +- KP.3.1.8 (2024-08-16) +- MY.1 (2024-08-16) +- XDV.1.7 (2024-08-17) +- XDV.1.8 (2024-08-17) +- XDV.1.9 (2024-08-17) +- XDR.1.1 (2024-08-17) +- XDR.1.2 (2024-08-17) +- XDV.1.10 (2024-08-17) +- XDV.1.11 (2024-08-17) +- LU.2.2 (2024-08-20) +- LB.1.4.3 (2024-08-24) +- LF.9 (2024-08-27) +- LF.9.1 (2024-08-27) +- XDV.1.7.1 (2024-09-05) +- XDV.1.9.1 (2024-09-05) +- LZ.2.1 (2024-09-05) +- MZ.1 (2024-09-05) + +
+ +## 2024-07-17T12:57:03Z + +- Include newly designated Nextstrain clade 24C (KP.3) +- All 84 Pango lineages designated between 2024-06-11 and 2024-07-14 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- BA.2.86.7 (2024-06-13) +- XDZ (2024-06-14) +- JN.1.1.10 (2024-06-14) +- JN.1.63 (2024-06-14) +- JN.1.63.1 (2024-06-14) +- XEA (2024-06-14) +- XEB (2024-06-14) +- XDP.2 (2024-06-14) +- XDP.3 (2024-06-14) +- LV.1 (2024-06-14) +- LV.2 (2024-06-14) +- LE.1.3 (2024-06-14) +- LE.1.3.1 (2024-06-14) +- JN.1.58.3 (2024-06-14) +- KP.4.1.1 (2024-06-17) +- KP.4.1.2 (2024-06-17) +- KP.4.1.3 (2024-06-17) +- LW.1 (2024-06-17) +- LP.3 (2024-06-17) +- KP.3.1.5 (2024-06-17) +- KP.1.1.5 (2024-06-17) +- XDD.3 (2024-06-29) +- LF.3.1.1 (2024-06-29) +- LB.1.3.1 (2024-06-29) +- KP.2.3.4 (2024-06-29) +- JN.1.18.6 (2024-06-29) +- LY.2 (2024-06-29) +- LY.1 (2024-06-29) +- JN.1.18.7 (2024-06-29) +- LZ.1 (2024-06-29) +- LZ.1.1 (2024-06-29) +- MA.1 (2024-06-29) +- MB.1 (2024-06-29) +- MB.1.1 (2024-06-29) +- LP.1.1 (2024-06-29) +- LF.4 (2024-06-29) +- LF.4.1 (2024-06-29) +- KP.3.3.1 (2024-06-29) +- MC.1 (2024-06-29) +- LU.2 (2024-07-01) +- JN.1.64 (2024-07-01) +- JN.1.64.1 (2024-07-01) +- MD.1 (2024-07-01) +- MD.1.1 (2024-07-01) +- MD.2 (2024-07-01) +- MD.3 (2024-07-01) +- MD.3.1 (2024-07-01) +- LK.2 (2024-07-03) +- LK.2.1 (2024-07-03) +- JN.1.7.8 (2024-07-03) +- JN.1.50.2 (2024-07-03) +- ME.1 (2024-07-03) +- LF.5 (2024-07-10) +- JN.1.48.3 (2024-07-10) +- KS.1.3 (2024-07-10) +- JN.1.65 (2024-07-10) +- JN.1.65.1 (2024-07-10) +- MF.1 (2024-07-10) +- MF.2 (2024-07-10) +- KP.3.3.2 (2024-07-10) +- MG.1 (2024-07-10) +- KP.4.2.3 (2024-07-10) +- KP.2.17 (2024-07-10) +- LB.1.3.2 (2024-07-10) +- MH.1 (2024-07-10) +- LB.1.8 (2024-07-10) +- JN.1.7.9 (2024-07-10) +- MJ.1 (2024-07-10) +- KP.3.1.6 (2024-07-12) +- MK.1 (2024-07-12) +- MK.2 (2024-07-12) +- KP.3.4.1 (2024-07-12) +- KP.3.3.3 (2024-07-12) +- ML.1 (2024-07-12) +- ML.2 (2024-07-12) +- MM.1 (2024-07-12) +- MM.2 (2024-07-12) +- JN.1.66 (2024-07-12) +- MN.1 (2024-07-12) +- KP.3.5 (2024-07-12) +- LB.1.4.1 (2024-07-13) +- LB.1.7.1 (2024-07-13) +- LB.1.7.2 (2024-07-13) +- LB.1.7.3 (2024-07-13) + +
+ +## 2024-07-03T08:29:55Z + +Added configuration of current and recent vaccine strains as 'reference nodes' on the reference tree, against which query sequences can be compared. This feature is in addition to the new 'compare to clade founder' feature, allowing to compare each query sequence to the most ancestral node of a clade or lineage. + +The datasets themselves remain unchanged. + +See Nextclade documentation for more details about 'relative mutations' functionality. + +## 2024-06-13T23:42:47Z + +- Labelled mutations added for Nextstrain clades 24A (JN.1) and 24B (JN.1.11.1) +- All 172 Pango lineages designated between 2024-04-13 and 2024-06-10 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: +- Fixed a bug that made amino acid gaps on the reference tree be left-aligned instead of right-aligned. This only affected the display of mutations on branches in tree view. The bug existed since switching the default gap alignment from right to left in nextclade v2. + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- KP.4 (2024-04-15) +- KP.4.1 (2024-04-15) +- KP.4.2 (2024-04-15) +- KP.1.2 (2024-04-15) +- KP.2.3 (2024-04-15) +- JN.1.47 (2024-04-15) +- JN.1.47.1 (2024-04-15) +- JN.1.47.2 (2024-04-15) +- JN.1.16.2 (2024-04-15) +- LA.1 (2024-04-15) +- LA.2 (2024-04-15) +- JN.1.9.2 (2024-04-15) +- LB.2 (2024-04-15) +- JN.1.7.4 (2024-04-15) +- JN.1.24.1 (2024-04-15) +- LC.1 (2024-04-15) +- JN.1.32.1 (2024-04-15) +- KW.1.2 (2024-04-15) +- JN.1.8.4 (2024-04-15) +- JN.1.48 (2024-04-15) +- JN.1.48.1 (2024-04-15) +- LB.1 (2024-04-16) +- XDW (2024-04-18) +- XDQ.2 (2024-04-18) +- XDQ.3 (2024-04-18) +- XDQ.1.1 (2024-05-15) +- XDK.1.1 (2024-05-15) +- XDK.1.2 (2024-05-15) +- XDK.2 (2024-05-15) +- XDK.3 (2024-05-15) +- XDR.1 (2024-05-15) +- KP.2.4 (2024-05-15) +- KP.2.5 (2024-05-15) +- KP.2.6 (2024-05-15) +- KP.2.7 (2024-05-15) +- KP.2.3.1 (2024-05-15) +- KP.4.2.1 (2024-05-15) +- KP.2.8 (2024-05-15) +- KP.2.9 (2024-05-15) +- KP.2.10 (2024-05-15) +- KP.2.11 (2024-05-15) +- KP.2.12 (2024-05-15) +- LD.1 (2024-05-15) +- JN.1.48.2 (2024-05-15) +- KP.1.1.2 (2024-05-15) +- LE.1 (2024-05-15) +- LE.1.1 (2024-05-15) +- LE.1.2 (2024-05-15) +- LE.2 (2024-05-15) +- LF.1 (2024-05-15) +- LF.1.1 (2024-05-15) +- JN.1.42.2 (2024-05-15) +- JN.1.49 (2024-05-15) +- JN.1.49.1 (2024-05-15) +- JN.1.49.2 (2024-05-15) +- KW.1.1.1 (2024-05-15) +- LG.1 (2024-05-15) +- JN.1.39.1 (2024-05-15) +- JN.1.39.2 (2024-05-16) +- KP.5 (2024-05-16) +- KP.3.1 (2024-05-16) +- KP.3.2 (2024-05-16) +- KP.3.3 (2024-05-16) +- JN.1.39.3 (2024-05-16) +- JN.15 (2024-05-16) +- JN.3.3 (2024-05-16) +- JN.16 (2024-05-16) +- JN.17 (2024-05-16) +- JN.11.1 (2024-05-16) +- BA.2.86.6 (2024-05-16) +- JN.18 (2024-05-16) +- JQ.2.1.1 (2024-05-16) +- JN.19 (2024-05-16) +- JN.1.1.8 (2024-05-17) +- KP.2.13 (2024-05-17) +- JN.1.50 (2024-05-18) +- JN.1.23.1 (2024-05-28) +- JN.1.29.1 (2024-05-28) +- JN.1.18.3 (2024-05-28) +- JN.1.18.4 (2024-05-28) +- LH.1 (2024-05-28) +- LH.2 (2024-05-28) +- KP.1.1.3 (2024-05-28) +- KP.3.1.1 (2024-05-28) +- KP.2.14 (2024-05-28) +- JN.1.51 (2024-05-28) +- JN.1.51.1 (2024-05-28) +- LJ.1 (2024-05-28) +- LF.2 (2024-05-28) +- JN.1.52 (2024-05-28) +- JN.1.7.5 (2024-05-28) +- LK.1 (2024-05-28) +- JN.1.50.1 (2024-05-28) +- LF.3 (2024-05-28) +- KP.4.2.2 (2024-05-28) +- XDK.4 (2024-05-28) +- XDK.4.1 (2024-05-28) +- XDK.5 (2024-05-28) +- XDK.6 (2024-05-28) +- LL.1 (2024-05-28) +- LM.1 (2024-05-28) +- KS.1.1 (2024-05-28) +- JN.1.53 (2024-05-28) +- JN.1.53.1 (2024-05-28) +- LN.1 (2024-05-28) +- LN.1.1 (2024-05-28) +- JN.1.54 (2024-05-28) +- JN.1.54.1 (2024-05-28) +- LP.1 (2024-05-28) +- KP.3.4 (2024-05-29) +- KP.3.2.1 (2024-05-29) +- KP.2.15 (2024-05-30) +- KR.1.1 (2024-05-30) +- KR.1.2 (2024-05-30) +- KR.3 (2024-05-30) +- KR.4 (2024-05-30) +- KR.5 (2024-05-30) +- KS.1.2 (2024-05-30) +- JN.1.55 (2024-05-30) +- JN.1.55.1 (2024-05-30) +- JN.1.55.2 (2024-05-30) +- KP.3.2.2 (2024-05-30) +- JN.1.56 (2024-05-31) +- JN.1.56.1 (2024-05-31) +- JN.1.44.1 (2024-05-31) +- LB.1.1 (2024-06-04) +- LB.1.2 (2024-06-04) +- LB.1.2.1 (2024-06-04) +- LB.1.3 (2024-06-04) +- LB.1.4 (2024-06-04) +- LB.1.5 (2024-06-04) +- LB.1.6 (2024-06-04) +- KP.2.3.2 (2024-06-04) +- KP.2.16 (2024-06-04) +- LF.3.1 (2024-06-04) +- KP.3.1.2 (2024-06-04) +- KP.3.1.3 (2024-06-04) +- KP.3.1.4 (2024-06-04) +- KP.3.2.3 (2024-06-04) +- KP.3.2.4 (2024-06-04) +- LB.1.7 (2024-06-04) +- LF.1.1.1 (2024-06-04) +- KP.1.1.4 (2024-06-04) +- LP.2 (2024-06-04) +- XDY (2024-06-04) +- LQ.1 (2024-06-04) +- LQ.1.1 (2024-06-04) +- LQ.2 (2024-06-04) +- LQ.3 (2024-06-04) +- JN.1.4.8 (2024-06-04) +- JN.1.7.6 (2024-06-04) +- JN.1.57 (2024-06-04) +- JN.1.57.1 (2024-06-04) +- JN.1.58 (2024-06-04) +- JN.1.58.1 (2024-06-04) +- JN.1.58.2 (2024-06-04) +- LR.1 (2024-06-04) +- LR.2 (2024-06-04) +- JN.1.59 (2024-06-05) +- JN.1.7.7 (2024-06-05) +- JN.1.60 (2024-06-05) +- JN.1.61 (2024-06-05) +- JN.1.18.5 (2024-06-07) +- LS.1 (2024-06-07) +- KP.2.3.3 (2024-06-07) +- JN.1.62 (2024-06-08) +- KP.3.2.5 (2024-06-09) +- LT.1 (2024-06-10) +- JN.1.1.9 (2024-06-10) +- JN.1.16.3 (2024-06-10) +- JN.1.15.1 (2024-06-10) +- LU.1 (2024-06-10) + +
+ +## 2024-04-25T01:03:07Z + +- fix: Increase Nextclade alignment parameter "excessBandwidth" from 9 to 12 to correctly align complex series of indels that has arisen in Spike NTD with the occurrence of S:31- in some JN.1. The bandwidth is chosen to be as small as possible (to ensure fast runtime) but as large as necessary for correct alignment. As a result, occasional adjustments like here are required. Nothing else is changed in this SARS-CoV-2 dataset update. + +## 2024-04-15T15:08:22Z + +- Nextstrain clades 24A (JN.1) and 24B (JN.1.11.1) are now included. +- All 83 Pango lineages designated between 2024-02-13 and 2024-04-12 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- JN.1.23 (2024-02-20) +- KP.1 (2024-02-22) +- JN.1.7.1 (2024-03-01) +- JN.1.7.2 (2024-03-01) +- KQ.1 (2024-03-01) +- JN.1.13.1 (2024-03-01) +- JN.1.1.5 (2024-03-01) +- KR.1 (2024-03-04) +- KP.1.1 (2024-03-04) +- KP.2 (2024-03-04) +- JN.1.24 (2024-03-04) +- XDK.1 (2024-03-04) +- JN.1.25 (2024-03-04) +- JN.1.25.1 (2024-03-04) +- XDQ.1 (2024-03-04) +- JQ.2 (2024-03-05) +- JN.13 (2024-03-06) +- JN.13.1 (2024-03-06) +- JN.1.1.6 (2024-03-09) +- JN.1.26 (2024-03-09) +- JN.1.27 (2024-03-09) +- JN.1.4.4 (2024-03-09) +- JN.1.8.2 (2024-03-09) +- JN.1.28 (2024-03-09) +- JN.1.1.7 (2024-03-09) +- JN.1.29 (2024-03-09) +- JN.1.4.5 (2024-03-14) +- JN.1.18.1 (2024-03-14) +- JN.1.30 (2024-03-14) +- JN.1.31 (2024-03-14) +- JN.1.16.1 (2024-03-14) +- KS.1 (2024-03-14) +- JN.1.4.6 (2024-03-14) +- JN.1.32 (2024-03-14) +- GE.1.2.2 (2024-03-17) +- KT.1 (2024-03-17) +- KT.1.1 (2024-03-17) +- KT.1.2 (2024-03-17) +- KP.3 (2024-03-17) +- JN.1.33 (2024-03-17) +- JN.1.34 (2024-03-17) +- JN.1.35 (2024-03-17) +- JN.1.36 (2024-03-17) +- KP.2.1 (2024-03-19) +- KP.2.2 (2024-03-19) +- JN.1.30.1 (2024-03-19) +- JQ.2.1 (2024-03-20) +- XDD.1.1.1 (2024-03-25) +- KU.1 (2024-03-25) +- KU.2 (2024-03-25) +- JN.1.18.2 (2024-03-25) +- JN.1.36.1 (2024-03-25) +- KV.1 (2024-03-25) +- JN.1.37 (2024-03-25) +- JN.1.28.1 (2024-03-25) +- KW.1 (2024-03-25) +- JN.1.38 (2024-03-25) +- JN.1.39 (2024-03-25) +- JN.1.40 (2024-03-25) +- JN.1.41 (2024-03-25) +- JN.1.42 (2024-03-25) +- JN.1.43 (2024-03-25) +- JN.1.43.1 (2024-03-25) +- KP.1.1.1 (2024-03-25) +- JN.1.44 (2024-03-25) +- XDU (2024-03-26) +- XDP.1 (2024-03-26) +- JN.2.2.1 (2024-03-26) +- JN.1.8.3 (2024-03-29) +- KY.1 (2024-03-29) +- JN.14 (2024-03-29) +- JN.1.45 (2024-03-29) +- XDV (2024-04-02) +- XDV.1 (2024-04-02) +- JN.1.42.1 (2024-04-02) +- JN.1.46 (2024-04-02) +- JN.1.4.7 (2024-04-02) +- KV.2 (2024-04-02) +- KW.1.1 (2024-04-03) +- KZ.1 (2024-04-04) +- KZ.1.1 (2024-04-04) +- KZ.1.1.1 (2024-04-04) +- JN.1.7.3 (2024-04-04) + +
+ +## 2024-02-16T04:00:32Z + +- All 35 Pango lineages designated between 2024-01-16 and 2024-02-12 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XDN (2024-01-16) +- XDP (2024-01-16) +- JN.3.2 (2024-01-16) +- JN.3.2.1 (2024-01-16) +- JN.11 (2024-01-21) +- JN.1.12 (2024-01-21) +- JN.12 (2024-01-22) +- JN.1.11.1 (2024-01-22) +- KM.1 (2024-01-31) +- BA.2.87 (2024-02-01) +- BA.2.87.1 (2024-02-01) +- XDQ (2024-02-01) +- GK.1.10.1 (2024-02-01) +- XDR (2024-02-01) +- JN.1.13 (2024-02-01) +- JN.1.14 (2024-02-01) +- JN.1.15 (2024-02-01) +- JN.1.4.1 (2024-02-01) +- JN.1.2.1 (2024-02-01) +- JN.1.16 (2024-02-01) +- JN.1.17 (2024-02-01) +- JN.1.4.2 (2024-02-02) +- JN.1.18 (2024-02-04) +- JN.1.19 (2024-02-04) +- JN.1.20 (2024-02-04) +- XDS (2024-02-04) +- JN.1.9.1 (2024-02-04) +- JN.1.21 (2024-02-04) +- JN.1.22 (2024-02-04) +- JN.1.4.3 (2024-02-12) +- XDT (2024-02-12) +- HK.13.2.1 (2024-02-12) +- KN.1 (2024-02-12) +- KN.1.1 (2024-02-12) +- JN.1.1.4 (2024-02-12) + +
+ +## 2024-01-16T20:31:02Z + +Initial release of this v3 dataset. + +This dataset is new to v3 and does not have a v2 equivalent. diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/unreleased/README.md b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/unreleased/README.md new file mode 100644 index 00000000..a04b75b9 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/unreleased/README.md @@ -0,0 +1,49 @@ +# SARS-CoV-2 dataset with mutations relative to BA.2.86 + +| Key | Value | +| ----------------- | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | +| authors | [Cornelius Roemer](https://neherlab.org), [Richard Neher](https://neherlab.org), [Nextstrain](https://nextstrain.org) | +| reference | `Wuhan-Hu-1/2019` with BA.2.86 SNPs added | +| workflow | https://github.com/neherlab/nextclade_data_workflows/tree/v3-sc2/sars-cov-2 | +| path | `nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86` | +| clade definitions | [Nextstrain clades](https://nextstrain.org/blog/2022-04-29-SARS-CoV-2-clade-naming-2022) and [Pango lineages](https://www.nature.com/articles/s41564-020-0770-5) | + +## Scope of this dataset + +This dataset shows mutations relative to the prototypical BA.2.86 sequence and is particularly useful for the analysis of SARS-CoV-2 sequences that are descended from BA.2.86. + +For the analysis of non-BA.2.86 sequences, other Nextclade datasets for SARS-CoV-2 may be more appropriate. In addition, the `wuhan-hu-1/proteins` dataset shows amino acid mutations in coordinates of mature proteins (nsp1-16) instead of ORF1a and ORF1b coordinates. + +## Reference sequence and reference tree + +The reference sequence in this dataset is `Wuhan-Hu-1/2019` but with BA.2.86 SNPs added. SNPs (but not indels) are thus shown with respect to BA.2.86 while the mutation positions remain within the familiar `Wuhan-Hu-1` coordinate system. + +The reference tree contains one sequence for each Pango lineage descended from BA.2 (including recombinants such as XBB) and is rooted on BA.2. + +## Features + +This dataset supports: + +- Assignment of Nextstrain clades +- Assignment of Pango lineages +- Sequence QC +- Phylogenetic placement +- Calculation of ACE2 binding scores relative to BA.2.86 as described in [Starr et al. 2022](https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1010951) + +## Nextstrain clades + +Since its emergence in late 2019, SARS-CoV-2 has evolved into many co-circulating variants. To facilitate discussion of these variants, we have grouped them into clades which are defined by specific signature mutations. + +Nextstrain clade names consist of two numbers representing a year and then a single letter representing the clade within that year. For example, 21A is the first clade we named in 2021. + +We define each clade by a combination of signature mutations. You can find the exact clade definition on Github in this [file](https://github.com/nextstrain/ncov/blob/master/defaults/clades.tsv). + +Below is an illustration of the phylogenetic relationships of Nextstrain clades ([source](https://github.com/nextstrain/ncov-clades-schema/)): + +![Illustration of phylogenetic relationships of SARS-CoV-2 clades, as defined by Nextstrain](https://raw.githubusercontent.com/nextstrain/ncov-clades-schema/master/clades.svg) + +Learn more about how Nextclade assigns clades in the [documentation](https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/algorithm/). + +## What are Nextclade datasets + +Read more about Nextclade datasets in the Nextclade documentation: https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/datasets.html diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/unreleased/dataset.zip b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/unreleased/dataset.zip new file mode 100644 index 00000000..9fed6aac Binary files /dev/null and b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/unreleased/dataset.zip differ diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/unreleased/genome_annotation.gff3 b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/unreleased/genome_annotation.gff3 new file mode 100644 index 00000000..d728c52e --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/unreleased/genome_annotation.gff3 @@ -0,0 +1,16 @@ +# Gene map (genome annotation) of SARS-CoV-2 in GFF format. +# For gene map purpses we only need some of the columns. We substitute unused values with "." as per GFF spec. +# See GFF format reference at https://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html +# seqname source feature start end score strand frame attribute +. . gene 26245 26472 . + . gene_name=E +. . gene 26523 27191 . + . gene_name=M +. . gene 28274 29533 . + . gene_name=N +. . gene 266 13468 . + . gene_name=ORF1a +. . gene 13468 21555 . + . gene_name=ORF1b +. . gene 25393 26220 . + . gene_name=ORF3a +. . gene 27202 27387 . + . gene_name=ORF6 +. . gene 27394 27759 . + . gene_name=ORF7a +. . gene 27756 27887 . + . gene_name=ORF7b +. . gene 27894 28259 . + . gene_name=ORF8 +. . gene 28284 28577 . + . gene_name=ORF9b +. . gene 21563 25384 . + . gene_name=S \ No newline at end of file diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/unreleased/pathogen.json b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/unreleased/pathogen.json new file mode 100644 index 00000000..bfba8cc6 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2.86/unreleased/pathogen.json @@ -0,0 +1,11698 @@ +{ + "alignmentParams": { + "excessBandwidth": 12, + "terminalBandwidth": 100, + "allowedMismatches": 4, + "gapAlignmentSide": "right", + "minSeedCover": 0.1 + }, + "compatibility": { + "cli": "3.0.0-alpha.0", + "web": "3.0.0-alpha.0" + }, + "defaultCds": "S", + "files": { + "changelog": "CHANGELOG.md", + "examples": "sequences.fasta", + "genomeAnnotation": "genome_annotation.gff3", + "pathogenJson": "pathogen.json", + "readme": "README.md", + "reference": "reference.fasta", + "treeJson": "tree.json" + }, + "cdsOrderPreference": [ + "S", + "N", + "M", + "E", + "ORF1a", + "ORF1b", + "nsp1", + "nsp2", + "nsp3", + "nsp4", + "nsp5", + "nsp6", + "nsp7", + "nsp8", + "nsp9", + "nsp10", + "nsp11", + "nsp12", + "nsp13", + "nsp14", + "nsp15", + "nsp16", + "ORF3a", + "ORF6", + "ORF7a", + "ORF7b", + "ORF8", + "ORF9b" + ], + "qc": { + "frameShifts": { + "enabled": true, + "ignoredFrameShifts": [ + { + 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], + "24424A": [ + "rev" + ], + "24469T": [ + "rev" + ], + "24990C": [ + "rev" + ], + "25000C": [ + "rev" + ], + "25207C": [ + "rev" + ], + "25584C": [ + "rev" + ], + "26060C": [ + "rev" + ], + "26270C": [ + "rev" + ], + "26529G": [ + "rev" + ], + "26577C": [ + "rev" + ], + "26610A": [ + "rev" + ], + "26681C": [ + "rev" + ], + "26709G": [ + "rev" + ], + "26833C": [ + "rev" + ], + "26858C": [ + "rev" + ], + "27259A": [ + "rev" + ], + "27382G": [ + "rev" + ], + "27383A": [ + "rev" + ], + "27384T": [ + "rev" + ], + "27807C": [ + "rev" + ], + "28271A": [ + "rev" + ], + "28311C": [ + "rev" + ], + "28881G": [ + "rev" + ], + "28882G": [ + "rev" + ], + "28883G": [ + "rev" + ], + "28958C": [ + "rev" + ], + "29510A": [ + "rev" + ] + } + }, + "phenotypeData": [ + { + "aaRange": { + "begin": 330, + "end": 531 + }, + "description": "This column displays the predicted impact of RBD mutations on ACE2 binding, relative to a BA.2.86 baseline.\nA score is in log10 space. Hence a score of +1 should be interpreted as 10x higher affinity.\nThe score assumes that mutations do not interact. The underlying data looked at the impact of each mutation independently.\nThe score is calculated using the same data and logic as Bloom lab's ACE2 binding calculator (see https://doi.org/10.1101/2022.09.20.508745).", + "cds": "S", + "ignore": { + "clades": [ + "outgroup" + ] + }, + "name": "ace2_binding", + "nameFriendly": "ACE2 binding", + "data": [ + { + "name": "binding", + "weight": 1.0, + "locations": { + "330": { + "A": -0.08339, + "C": -0.61624, + "D": -0.1467, + "E": -0.14146, + "F": -0.53604, + "G": -0.14484, + "H": -0.19436, + "I": -0.46421, + "K": -0.09607, + "L": -0.55369, + "M": -0.25741, + "N": 0.0, + "P": -0.06521, + "Q": -0.13873, + "R": -0.18489, + "S": -0.16987, + "T": -0.10898, + "V": -0.32157, + "W": -0.6072, + "Y": -0.44272 + }, + "331": { + "A": 0.03543, + "C": -0.1664, + "D": -0.09634, + "E": -0.01135, + "F": -0.02541, + "G": -0.00994, + "H": -0.01281, + "I": -0.0018, + "K": -0.07389, + "L": -0.02379, + "M": -0.01696, + "N": 0.02746, + "P": -0.06473, + "Q": 0.01534, + "R": 0.0046, + "S": 0.0187, + "T": 0.00885, + "V": 0.0, + "W": -0.1423, + "Y": -0.07383 + }, + "332": { + "A": -0.2175, + "C": -0.51502, + "D": -0.21308, + "E": -0.18687, + "F": -0.49592, + "G": -0.20532, + "H": -0.20389, + "I": -0.42507, + "K": -0.23397, + "L": -0.40154, + "M": -0.31041, + "N": -0.18362, + "P": -0.17295, + "Q": -0.22336, + "R": -0.21457, + "S": -0.04613, + "T": 0.0, + "V": -0.29518, + "W": -0.47201, + "Y": -0.3974 + }, + "333": { + "A": -0.09013, + "C": -0.44868, + "D": -0.0576, + "E": 0.02585, + "F": -0.51715, + "G": -0.10246, + "H": -0.10042, + "I": -0.58908, + "K": 0.02457, + "L": -0.51049, + "M": -0.3047, + "N": 0.0, + "P": -0.2513, + "Q": -0.00543, + "R": 0.03989, + "S": -0.03017, + "T": 0.05743, + "V": -0.29943, + "W": -0.5553, + "Y": -0.43137 + }, + "334": { + "A": -0.02993, + "C": -0.38026, + "D": -0.092, + "E": -0.0485, + "F": -0.13744, + "G": -0.25263, + "H": -0.08903, + "I": -0.06898, + "K": 0.02653, + "L": 0.0, + "M": -0.14279, + "N": -0.01831, + "P": 0.06855, + "Q": -0.0014, + "R": 0.00481, + "S": -0.08327, + "T": -0.04527, + "V": -0.00661, + "W": -0.11379, + "Y": -0.11917 + }, + "335": { + "A": -0.89269, + "C": 0.0, + "D": -0.68736, + "E": -0.9959, + "F": -0.78086, + "G": -1.02591, + "H": -0.70291, + "I": -1.32182, + "K": -1.05794, + "L": -1.26645, + "M": -1.15926, + "N": -0.62528, + "P": -1.26784, + "Q": -1.00287, + "R": -1.18928, + "S": -0.66859, + "T": -0.7873, + "V": -1.10881, + "W": -1.17309, + "Y": -0.88445 + }, + "336": { + "A": -0.08566, + "C": -0.3254, + "D": -1e-05, + "E": -0.07561, + "F": -0.56725, + "G": -0.25244, + "H": -0.26266, + "I": -0.52345, + "K": -0.07651, + "L": -0.55503, + "M": -0.54688, + "N": 0.07919, + "P": 0.0, + "Q": -0.11927, + "R": -0.02397, + "S": -0.07993, + "T": -0.21713, + "V": -0.37882, + "W": -0.72039, + "Y": -0.57162 + }, + "337": { + "A": -1.63629, + "C": -1.80981, + "D": -1.9329, + "E": -2.05251, + "F": 0.0, + "G": -1.62107, + "H": -1.44867, + "I": -0.601, + "K": -1.45901, + "L": -0.13852, + "M": -0.56316, + "N": -1.59717, + "P": -1.44914, + "Q": -1.54551, + "R": -1.80161, + "S": -1.64422, + "T": -1.51278, + "V": -1.13315, + "W": -0.2531, + "Y": -0.58482 + }, + "338": { + "A": 0.01589, + "C": -0.61415, + "D": 0.02718, + "E": 0.05066, + "F": -0.00351, + "G": -0.07017, + "H": 0.0, + "I": 0.03301, + "K": -0.00168, + "L": 0.06279, + "M": 0.08414, + "N": -0.00454, + "P": -0.51496, + "Q": -0.05766, + "R": -0.07705, + "S": -0.025, + "T": 0.00837, + "V": -0.03533, + "W": -0.20383, + "Y": -0.02897 + }, + "339": { + "A": -0.23553, + "C": -0.56606, + "D": -0.26595, + "E": 0.0, + "F": -0.81069, + "G": -0.56443, + "H": -0.55099, + "I": -0.58538, + "K": -0.10226, + "L": -0.54341, + "M": -0.5239, + "N": -0.58251, + "P": -1.01938, + "Q": -0.11237, + "R": -0.39293, + "S": -0.2338, + "T": -0.30019, + "V": -0.50701, + "W": -0.87044, + "Y": -0.70568 + }, + "340": { + "A": -1.36535, + "C": -1.28784, + "D": -1.6572, + "E": -1.57593, + "F": -0.72406, + "G": -1.78898, + "H": -1.57307, 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-1.43323, + "G": -0.56291, + "H": -0.57109, + "I": -0.78219, + "K": -0.2819, + "L": -0.9155, + "M": -0.48728, + "N": -0.51065, + "P": -0.89553, + "Q": -0.02179, + "R": -0.40807, + "S": -0.35136, + "T": -0.56425, + "V": -0.53173, + "W": -1.28324, + "Y": -1.14196 + }, + "344": { + "A": -0.21944, + "C": -1.10259, + "D": -0.12037, + "E": -0.0583, + "F": -0.78963, + "G": -0.5135, + "H": -0.27207, + "I": -0.50452, + "K": -0.03905, + "L": -0.57868, + "M": -0.5492, + "N": -0.40541, + "P": -0.02507, + "Q": -0.16083, + "R": -0.24537, + "S": 0.04119, + "T": 0.0, + "V": -0.43673, + "W": -1.17091, + "Y": -0.60719 + }, + "345": { + "A": -0.17628, + "C": -0.49125, + "D": -0.12458, + "E": 0.03, + "F": -0.28887, + "G": -0.55439, + "H": -0.01054, + "I": -0.1593, + "K": 0.05231, + "L": -0.44387, + "M": -0.28338, + "N": 0.04814, + "P": -0.51536, + "Q": -0.0552, + "R": 0.0, + "S": -0.00693, + "T": 0.11142, + "V": -0.06784, + "W": -0.36121, + "Y": -0.14616 + }, + "346": { + "A": -1.1911, + "C": -1.35768, + 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"349": { + "A": -0.57779, + "C": -1.31585, + "D": -3.16117, + "E": -3.48486, + "F": -1.98616, + "G": -2.1059, + "H": -2.77365, + "I": -0.60203, + "K": -2.34357, + "L": -1.92407, + "M": -2.2193, + "N": -1.81276, + "P": -0.63018, + "Q": -2.71241, + "R": -2.12639, + "S": -1.51627, + "T": -1.37788, + "V": 0.0, + "W": -1.86117, + "Y": -2.09588 + }, + "350": { + "A": -0.83709, + "C": -1.01335, + "D": -2.56367, + "E": -1.90464, + "F": -0.14197, + "G": -2.13822, + "H": -0.37435, + "I": -0.81661, + "K": -2.19263, + "L": -1.18555, + "M": -0.60627, + "N": -0.70085, + "P": -1.46385, + "Q": -1.12873, + "R": -2.03611, + "S": -0.86552, + "T": -0.78935, + "V": -0.37639, + "W": -0.49764, + "Y": 0.0 + }, + "351": { + "A": 0.0, + "C": -0.44044, + "D": -0.18998, + "E": -0.16804, + "F": -0.56779, + "G": -0.57656, + "H": -0.17923, + "I": -0.69967, + "K": -0.26076, + "L": -0.62028, + "M": -0.26437, + "N": -0.02984, + "P": -2.33651, + "Q": -0.17349, + "R": -0.23568, + "S": -0.1063, + "T": -0.55225, + "V": 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"502": { + "A": -0.13462, + "C": -0.66798, + "D": -0.15447, + "E": -0.05044, + "F": -0.02577, + "G": -0.6068, + "H": -0.14131, + "I": -0.00035, + "K": 0.01581, + "L": 0.04414, + "M": -0.03075, + "N": -0.1959, + "P": -0.64265, + "Q": -0.01807, + "R": -0.16541, + "S": -0.2247, + "T": 0.01066, + "V": 0.0, + "W": -0.08139, + "Y": -0.0281 + }, + "503": { + "A": -0.34767, + "C": -1.62959, + "D": -0.30839, + "E": -0.52971, + "F": -0.54531, + "G": 0.0, + "H": -0.73144, + "I": -1.45266, + "K": -0.54321, + "L": -0.20187, + "M": -0.17501, + "N": -0.53354, + "P": -0.72532, + "Q": -0.45526, + "R": -0.82757, + "S": -0.34123, + "T": -0.55551, + "V": -1.31861, + "W": -0.49962, + "Y": -0.44878 + }, + "504": { + "A": -1.8893, + "C": -2.49127, + "D": -0.9175, + "E": -0.87121, + "F": -0.14406, + "G": -2.44743, + "H": 0.0, + "I": -3.09259, + "K": -2.86934, + "L": -2.76494, + "M": -2.61513, + "N": -1.04377, + "P": -2.6553, + "Q": -1.54506, + "R": -2.54267, + "S": -1.46447, + "T": -2.9789, + "V": -2.63919, + 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+>USA/MS-MSPHL-0434/2023 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA +CTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTC +AACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAA +TTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAG +TGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACA +TTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACC +TTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAG +TTGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCAT +ATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGTTGTGGTTATACCTACTAAAA +AGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATT +ATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAG +TGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGC +AAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGANN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTANNCAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGG +ACATGTCAATGACATATGGACAACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTA +CTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATG +ACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTA +GGTACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAATGGTTTAA +CTTCTATTAAATGGGCAGATAACAACTGTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNAAGTTGTAGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTTA +AAATTACAGAAGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATTCTAGTC +TTACTATTAAGAAACCTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTC +ATGGTTTAGCTGCTGTTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTT +TTCTTAACAAAGTTGTTAGTACAACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTT +GTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTACTTTATTGCTACAATTGTGTACTTTTACTAGAA +GTACAAATTCTAGAATTAAAGCATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGANNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTA +TTAGTGATGAAGTTGCGAGAGACTTGTCACTACAGTTTAAAAGACCAATAAATCCTACTG +ACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCATCTTTACT +TTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAG +ACAACCTGAGAGCTAATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATG +GTAAATCAAAATGTGAAGAATCATCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTA +TGTGTCAACCTATACTGTTACTAGATCAGGCATTAGTGTCTGATGTTGGTGATAGNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGTTAC +TCACAATTTTGACTTCACTTTTAGTTTTAGTCCAGAGTACTCAATGGTCTTTGTTCTTTT +TTTTGTATGAAAATGCCTTTTTACCTTTTGCTATGGGTATTATTGCTATGTCTGCTTTTG +CAATGATGTTTGTCAAACATAAGCATGCATTTCTCTGTTTGTTTTTGTTACCTTCTCTTG +CCACTGTAGCTTATTTTAATATGGTCTATATGCCTGCTAGTTGGGTGATGCGTATTATGA +CATGGTTGGATATGGTTGATACTAGTTTGTCTGGTTTTAAGCTAAAAGACTGTGTTATGT +ATGCATCAGCTGTAGTGTTACTAATCCTTATGACAGCAAGAACTGTGTATGATGATGGTG +CTAGGAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNCTTCATAACTGGTAATACACTTCAGTGTATAATGCTAGTTTATTGTT +TCTTAGGCTATTTTTGTACTTGTTACTTTGGCCTCNTTTGTTTACTCAACCGCTACTTTA +GACTGACTCTTGGTGTTTATGATTAYTTAGTTTCTACACAGGAGTTTAGATATATGAATT +CACAGGGACTACTCCCACCCAAGAATAGCATAGATGCCTTCAAACTCAACATTAAATTGT +TGGGTGTTGGTGGCAAACCTTGTATCAAAGTAGCCACTGTACAGTCTAAAATGTCAGATG +TAAAGTGCACATCAGTAGTCTTACTCTCAGTTTTGCAACAACTCAGAGTAGAATCATCAT +CTAAATTGTGGGCTCAATGTGTCCAGTTAYACAATGACATTCTCTTAGCTAAAGATACTA +CTGAAGCCTTTGAAAAAATGGTTTCACTACTTTCTGTTTTGCTTTCCATGCAGGGTGCTG +TAGACATAAACAAGCTTTGTGAAGAAATGCTGGACAACAGGGCAACCTTACAAGCTATAG +CCTCAGAGTTTAGTTCCCTTCCATCATATGCAGCTTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATG +AGCAGGCTGTTGCTAATGGTGATTCTGAAGTTGTTCTTAAAAAGTTGAAGAAGTCTTTGA +ATGTGGCTAAATCTGAATTTGACCGTGATGCAGCCATGCAACGTAAGTTGGAAAAGATGG +CTGATCAAGCTATGACCCAAATGTATAAACAGGCTAGATCTGAGGACAAGAGGGCAAAAG +TTACTAGTGCTATGCAGACAATGCTTTTCACTATGCTTAGAAAGTTGGATAATGATGCAC +TCAACAACATTATCAACAATGCAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAACATAATACCTCTTA +CAACAGCAGCCAAACTAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT +GTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCTGCTTCTGGTAATCTATTACTAGATAAACGCAC +TACGTGCTTTTCAGTAGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAACTGTCAAACCCGG +TAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAAGGGTTTCTTTAAGGAAGGAAG +TTCTGTTGAATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTTCTATCAGCGATTA +TGACTACTATCGTTATAATCTACCAACAATGTGTGATATCAGACAACTACTATTTGTAGT +TGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCTAACCAAGN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGT +TTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCCAATGTTAATGCACTTTTATCTACTGATGGTAA +CAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGAGTGTCTCTATAG +AAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCATATTTGCGTAAACATTT +CTCAATGATGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCA +AGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTTAAGTCAGTTCTTTATTATCAAAACAATGTTTT +TATGTCTGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCATGAATTTTG +CTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGTGATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGA +TCCATCAAGAATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTAC +ACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTTAGCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCC +TAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAGAAAGCTACATGA +TGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTC +AAGGTATTGGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAGGC +TGTTGGGGCTTGTGTTCTTTGCAATTCACAGACTTCATTAAGATGTGGTGCTTGCATACG +TAGACCATTCTTATGTTGTAAATGCTGTTACGACCATGTCATATCAACATCACATAAATT +AGTCTTGTCTGTTAATCCGTATGTTTGCAATGCTCCAGGTTGTGATGTCACAGATGTGAC +TCAACTTTACTTAGGAGGTATGAGCTATTATTGTAAATCACATAAACCACCCATTAGTTT +TCCATTGTGTGCTAATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCCA +GGGACCACCTGGTACTGGTAAGAGTCATTTTGCTATTGGCCTAGCTCTCTACTACCCTTC +TGCTCGCATAGTGTATACAGCTTGCTCTCATGCCGCTGTTGATGCACTATGTGAGAAGGC +ATTAAAATATTTGCCTATAGATAAATGTAGTAGAATTATACCTGCACGTGCTCGTGTAGA +GTGTTTTGATAAATTCAAAGTGAATTCAACATTAGAACAGTATGTCTTTTGTACTGTAAA +TGCATTGCCTGAGACGACAGCAGATATAGTTGTCTTTGATGAAATTTCAATGGCCACAAA +TTATGATTTGAGTGTTGTCAATGCCAGATTACGTGCTAAGCACTATGTGTACATTGGCGA +CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAT +AAGACATGTACGTGCATGGATTGGCTTCGATGTCGAGGGGTGTCATGCTACTAGAGAAGC +TGTTGGTACCAATTTACCTTTACAGCTAGGTTTTTCTACAGGTGTTAACCTAGTTGCTGT +ACCTACAGGTTATGTTGATACACCTAATAATACAGATTTTTCCAGAGTTAGTGCTAAACC +ACCGCCTGGAGATCAATTTAAACACCTCATACCACTTATGTACAAAGGACTTCCTTGGAA +TGTAGTGCGTATAAAGATTGTACAAATGTTAAGTGACACACTTAAAAATCTCTCTGACAG +AGTCGTATTTGTCTTATGGGCACATGGCTTTGAGTTGACATCTATGAAGTATTTTGTGAA +AATAGGACCTGAGCGCACCTGTTGTCTATGTGATAGACGTGCCACATGCTTTTCCACTGC +TTCAGACACTTATGCCTGTTGGCATCATTCTATTGGATTTGATTACGTCTATAATCCGTT +TATGATTGATGTTCAACAATGGGGTTTTACAGGTAACCTACAAAGCAACCATGATCTGTA +TTGTCAAGTCCATGGTAATGCACATGTAGCTAGTTGTGATGCAATCATGACTAGGTGTCT +AGCTGTCCACGAGTGCTTTGTTAAGCGTGTTGACTGGACTATTGAATATCCTATAATTGG +TGATGAACTGAAGATTAATGCGGCTTGTAGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTAAAGCTGC +ATTATTAGCAGACAAATTCCCAGTTCTTCACGACATTGGTAACCCTAAAGCTATTAAGTG +TGTACCTCAAGCTGATGTAGAATGGAAGTTCTATGATGCACAGCCTTGTAGTGACAAAGC +TTATAAAATAGAAGAATTATTCTATTCTTATGCCACACATTCTGACAAATTCACAGATGG +TGTATGCCTATTTTGGAATTGCAATGTCGATAGATATCCTGCTAATTCCATTGTTTGTAG +ATTTGACACTAGAGTGCTATCTAACCTTAACTTGCCTGGTTGTGATGGTGGCAGTTTGTA 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNCTTTTGAATATGTCTCTCAGCCTTTTCTTATGGACCTTGAAGGAAAACAGGGTAATT +TCAAAAATCTTAGGGAATTTGTGTTTAAGAATATTGATGGTTATTTTAAAATATATTCTA +AGCACACGCCTATTAATTTAGTGCGTGATCTCCCTCAGGGTTTTTCGGCTTTAGAACCAT +TGGTAGATTTGCCAATAGGTATTAACATCACTAGGTTTCAAACTTTACTTGCTTTACATN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTATGCAGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNATCTTATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGA +CTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAACTGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAA +AAGCACACTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACACACTGGTTTGTAACAC +AAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACT +GTGATGTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACCTGAATTAG +ACTCATTCAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATT 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A full listing of all originating and submitting laboratories is available below. An attribution table is available by clicking on \"Download Data\" at the bottom of the page and then clicking on \"Strain Metadata\" in the resulting dialog box.\n","colorings":[{"key":"clade_membership","title":"Clade","type":"categorical","scale":[["21L","#5E1D9D"],["22A","#4B25B1"],["22B","#4137C2"],["22C","#3F4CCB"],["22D","#3F62D0"],["22E","#4376CD"],["22F","#4887C6"],["23A","#4F97BB"],["23B","#58A2AC"],["23C","#62AB9C"],["23D","#6DB38A"],["23E","#7BB77A"],["23F","#89BB6B"],["23G","#98BD5E"],["23H","#A8BE54"],["23I","#B7BD4B"],["24A","#C5B945"],["24B","#D2B340"],["24C","#DDAA3C"],["24D","#E39C39"],["24E","#E68B35"],["24F","#E67631"],["24G","#E35C2C"],["24H","#DF4227"],["24I","#DB2823"]]},{"key":"gt","title":"Genotype","type":"categorical"},{"key":"designation_date","title":"Designation 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diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/CHANGELOG.md b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/CHANGELOG.md new file mode 100644 index 00000000..be57088d --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/CHANGELOG.md @@ -0,0 +1,852 @@ +## Unreleased + +- Add newly designated Nextstrain clades 24H (LF.7) and 24I (MV.1) +- Add all 128 Pango lineages newly designated between 2024-10-19 and 2024-11-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- LF.7.1 (2024-10-19) +- LF.7.1.1 (2024-10-19) +- LF.7.2 (2024-10-19) +- LF.7.2.1 (2024-10-19) +- LF.7.3 (2024-10-19) +- LF.7.4 (2024-10-19) +- JN.1.49.3 (2024-10-20) +- MV.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.3 (2024-10-20) +- NA.1 (2024-10-20) +- NA.1.1 (2024-10-20) +- XDV.1.5.1 (2024-10-20) +- NB.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.2 (2024-10-20) +- LF.3.1.2 (2024-10-20) +- XEL (2024-10-20) +- NC.1 (2024-10-20) +- ND.1 (2024-10-20) +- ND.1.1 (2024-10-20) +- ND.2 (2024-10-20) +- ND.3 (2024-10-20) +- MC.10.1 (2024-10-20) +- KP.2.2.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.2 (2024-10-20) +- KP.2.25.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.1 (2024-10-20) +- MD.3.1.2 (2024-10-20) +- MD.3.1.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.4 (2024-10-20) +- MD.1.2 (2024-10-20) +- MD.1.1.1 (2024-10-20) +- KP.3.2.6 (2024-10-21) +- MC.1.1 (2024-10-21) +- MC.18 (2024-10-21) +- KP.2.27 (2024-10-22) +- KP.2.3.8 (2024-10-22) +- KP.2.2.2 (2024-10-22) +- XEM (2024-10-22) +- KP.3.1.9 (2024-10-22) +- KP.1.1.6 (2024-10-23) +- NE.1 (2024-10-23) +- XEN (2024-10-23) +- NF.1 (2024-10-24) +- KP.2.3.9 (2024-10-24) +- NG.1 (2024-10-24) +- NH.1 (2024-10-24) +- NH.2 (2024-10-24) +- NH.3 (2024-10-24) +- JN.1.11.2 (2024-10-25) +- NJ.1 (2024-10-25) +- KP.2.3.10 (2024-10-25) +- NK.1 (2024-10-25) +- LP.5 (2024-10-25) +- LP.6 (2024-10-25) +- LP.7 (2024-10-25) +- KP.2.3.11 (2024-10-25) +- LD.2 (2024-10-25) +- KP.3.1.10 (2024-10-25) +- NL.1 (2024-10-25) +- MU.2 (2024-10-25) +- MU.2.1 (2024-10-25) +- KP.3.7 (2024-10-25) +- LZ.2.1.2 (2024-10-27) +- LZ.2.1.1 (2024-10-27) +- KR.1.4 (2024-10-27) +- KP.2.3.12 (2024-10-27) +- NM.1 (2024-10-27) +- LP.8 (2024-10-27) +- LP.7.1.2 (2024-10-27) +- KP.4.2.5 (2024-10-27) +- KP.4.2.4 (2024-10-27) +- LF.7.1.2 (2024-10-27) +- MC.19 (2024-11-01) +- KP.2.6.1 (2024-11-01) +- MC.20 (2024-11-01) +- MC.10.2 (2024-11-01) +- KP.3.2.7 (2024-11-01) +- KP.3.2.8 (2024-11-01) +- KP.3.2.9 (2024-11-01) +- XEC.3 (2024-11-01) +- XEC.4 (2024-11-01) +- XEC.5 (2024-11-01) +- XEC.6 (2024-11-01) +- XEC.7 (2024-11-01) +- MJ.2 (2024-11-05) +- MJ.2.1 (2024-11-05) +- MJ.2.1.1 (2024-11-05) +- MJ.1.1 (2024-11-05) +- LF.10 (2024-11-05) +- LP.8.1 (2024-11-08) +- LP.8.2 (2024-11-08) +- LF.7.1.3 (2024-11-08) +- NL.2 (2024-11-08) +- NL.3 (2024-11-08) +- NL.4 (2024-11-08) +- NL.5 (2024-11-08) +- NL.6 (2024-11-08) +- NL.7 (2024-11-08) +- NM.2 (2024-11-12) +- LP.9 (2024-11-12) +- LP.9.1 (2024-11-12) +- NN.1 (2024-11-12) +- NN.1.1 (2024-11-12) +- NN.2 (2024-11-12) +- LP.1.2.1 (2024-11-12) +- NC.1.1 (2024-11-12) +- NC.1.2 (2024-11-12) +- LB.1.10 (2024-11-12) +- NP.1 (2024-11-12) +- NP.2 (2024-11-12) +- XEP (2024-11-12) +- MC.13.2 (2024-11-12) +- MC.21 (2024-11-12) +- MC.21.1 (2024-11-12) +- MC.22 (2024-11-12) +- XDY.1 (2024-11-12) +- LP.10 (2024-11-12) +- LP.10.1 (2024-11-12) +- NQ.1 (2024-11-12) +- NH.4 (2024-11-12) +- MU.3 (2024-11-12) +- KP.2.3.13 (2024-11-13) +- MG.2 (2024-11-13) +- MG.3 (2024-11-13) +- MG.4 (2024-11-14) + +
+ +## Unreleased + +- Add newly designated Nextstrain clades 24H (LF.7) and 24I (MV.1) +- Add all 128 Pango lineages newly designated between 2024-10-19 and 2024-11-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- LF.7.1 (2024-10-19) +- LF.7.1.1 (2024-10-19) +- LF.7.2 (2024-10-19) +- LF.7.2.1 (2024-10-19) +- LF.7.3 (2024-10-19) +- LF.7.4 (2024-10-19) +- JN.1.49.3 (2024-10-20) +- MV.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.3 (2024-10-20) +- NA.1 (2024-10-20) +- NA.1.1 (2024-10-20) +- XDV.1.5.1 (2024-10-20) +- NB.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.2 (2024-10-20) +- LF.3.1.2 (2024-10-20) +- XEL (2024-10-20) +- NC.1 (2024-10-20) +- ND.1 (2024-10-20) +- ND.1.1 (2024-10-20) +- ND.2 (2024-10-20) +- ND.3 (2024-10-20) +- MC.10.1 (2024-10-20) +- KP.2.2.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.2 (2024-10-20) +- KP.2.25.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.1 (2024-10-20) +- MD.3.1.2 (2024-10-20) +- MD.3.1.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.4 (2024-10-20) +- MD.1.2 (2024-10-20) +- MD.1.1.1 (2024-10-20) +- KP.3.2.6 (2024-10-21) +- MC.1.1 (2024-10-21) +- MC.18 (2024-10-21) +- KP.2.27 (2024-10-22) +- KP.2.3.8 (2024-10-22) +- KP.2.2.2 (2024-10-22) +- XEM (2024-10-22) +- KP.3.1.9 (2024-10-22) +- KP.1.1.6 (2024-10-23) +- NE.1 (2024-10-23) +- XEN (2024-10-23) +- NF.1 (2024-10-24) +- KP.2.3.9 (2024-10-24) +- NG.1 (2024-10-24) +- NH.1 (2024-10-24) +- NH.2 (2024-10-24) +- NH.3 (2024-10-24) +- JN.1.11.2 (2024-10-25) +- NJ.1 (2024-10-25) +- KP.2.3.10 (2024-10-25) +- NK.1 (2024-10-25) +- LP.5 (2024-10-25) +- LP.6 (2024-10-25) +- LP.7 (2024-10-25) +- KP.2.3.11 (2024-10-25) +- LD.2 (2024-10-25) +- KP.3.1.10 (2024-10-25) +- NL.1 (2024-10-25) +- MU.2 (2024-10-25) +- MU.2.1 (2024-10-25) +- KP.3.7 (2024-10-25) +- LZ.2.1.2 (2024-10-27) +- LZ.2.1.1 (2024-10-27) +- KR.1.4 (2024-10-27) +- KP.2.3.12 (2024-10-27) +- NM.1 (2024-10-27) +- LP.8 (2024-10-27) +- LP.7.1.2 (2024-10-27) +- KP.4.2.5 (2024-10-27) +- KP.4.2.4 (2024-10-27) +- LF.7.1.2 (2024-10-27) +- MC.19 (2024-11-01) +- KP.2.6.1 (2024-11-01) +- MC.20 (2024-11-01) +- MC.10.2 (2024-11-01) +- KP.3.2.7 (2024-11-01) +- KP.3.2.8 (2024-11-01) +- KP.3.2.9 (2024-11-01) +- XEC.3 (2024-11-01) +- XEC.4 (2024-11-01) +- XEC.5 (2024-11-01) +- XEC.6 (2024-11-01) +- XEC.7 (2024-11-01) +- MJ.2 (2024-11-05) +- MJ.2.1 (2024-11-05) +- MJ.2.1.1 (2024-11-05) +- MJ.1.1 (2024-11-05) +- LF.10 (2024-11-05) +- LP.8.1 (2024-11-08) +- LP.8.2 (2024-11-08) +- LF.7.1.3 (2024-11-08) +- NL.2 (2024-11-08) +- NL.3 (2024-11-08) +- NL.4 (2024-11-08) +- NL.5 (2024-11-08) +- NL.6 (2024-11-08) +- NL.7 (2024-11-08) +- NM.2 (2024-11-12) +- LP.9 (2024-11-12) +- LP.9.1 (2024-11-12) +- NN.1 (2024-11-12) +- NN.1.1 (2024-11-12) +- NN.2 (2024-11-12) +- LP.1.2.1 (2024-11-12) +- NC.1.1 (2024-11-12) +- NC.1.2 (2024-11-12) +- LB.1.10 (2024-11-12) +- NP.1 (2024-11-12) +- NP.2 (2024-11-12) +- XEP (2024-11-12) +- MC.13.2 (2024-11-12) +- MC.21 (2024-11-12) +- MC.21.1 (2024-11-12) +- MC.22 (2024-11-12) +- XDY.1 (2024-11-12) +- LP.10 (2024-11-12) +- LP.10.1 (2024-11-12) +- NQ.1 (2024-11-12) +- NH.4 (2024-11-12) +- MU.3 (2024-11-12) +- KP.2.3.13 (2024-11-13) +- MG.2 (2024-11-13) +- MG.3 (2024-11-13) +- MG.4 (2024-11-14) + +
+ +## 2024-10-17T16:48:48Z + +- Add newly designated Nextstrain clades 24F (XEC) and 24G (KP.2.3) +- Add all 4 Pango lineages designated between 2024-09-26 and 2024-10-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XEH (2024-09-28) +- XEJ (2024-09-28) +- XEC.2 (2024-09-28) +- XEK (2024-09-28) + +
+ +## 2024-09-25T21:50:30Z + +- Include newly designated Nextstrain clades 24D (XDV.1) and 24E (KP.3.1.1) +- All 113 Pango lineages designated between 2024-07-15 and 2024-09-25 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XEC (2024-08-07) +- KP.2.3.5 (2024-08-07) +- KP.2.3.6 (2024-08-07) +- LP.4 (2024-08-07) +- LP.1.2 (2024-08-07) +- LB.1.2.2 (2024-08-07) +- LB.1.2.3 (2024-08-07) +- KP.2.18 (2024-08-07) +- KP.2.14.1 (2024-08-07) +- MC.2 (2024-08-08) +- MC.2.1 (2024-08-08) +- KR.1.3 (2024-08-08) +- MP.1 (2024-08-08) +- MP.1.1 (2024-08-08) +- JQ.2.1.2 (2024-08-08) +- MC.4 (2024-08-08) +- MC.3 (2024-08-08) +- LB.1.3.3 (2024-08-08) +- KP.2.15.1 (2024-08-08) +- KP.3.1.7 (2024-08-08) +- MQ.1 (2024-08-08) +- MQ.2 (2024-08-08) +- KP.3.3.4 (2024-08-08) +- MR.1 (2024-08-08) +- MK.3 (2024-08-08) +- XED (2024-08-08) +- LZ.2 (2024-08-12) +- XEC.1 (2024-08-14) +- MS.1 (2024-08-15) +- KU.2.1 (2024-08-15) +- KU.2.2 (2024-08-15) +- MA.1.1 (2024-08-15) +- MA.1.1.1 (2024-08-15) +- JN.1.18.8 (2024-08-15) +- JN.1.59.1 (2024-08-15) +- JN.1.16.4 (2024-08-15) +- LU.2.1 (2024-08-15) +- LU.2.1.1 (2024-08-15) +- MT.1 (2024-08-15) +- KP.2.19 (2024-08-15) +- LF.6 (2024-08-15) +- LR.3 (2024-08-15) +- XDV.1.1 (2024-08-15) +- XDV.1.2 (2024-08-15) +- XDV.1.2.1 (2024-08-15) +- XDV.1.3 (2024-08-15) +- XDV.1.4 (2024-08-15) +- XDV.1.5 (2024-08-15) +- XDV.1.6 (2024-08-15) +- LF.7 (2024-08-15) +- MU.1 (2024-08-15) +- JN.1.4.9 (2024-08-15) +- JN.1.38.1 (2024-08-15) +- MC.5 (2024-08-15) +- MC.6 (2024-08-15) +- MC.7 (2024-08-15) +- MC.8 (2024-08-15) +- MC.8.1 (2024-08-15) +- MC.9 (2024-08-15) +- MC.10 (2024-08-15) +- MC.11 (2024-08-15) +- MC.11.1 (2024-08-15) +- MC.12 (2024-08-15) +- MC.13 (2024-08-15) +- MC.13.1 (2024-08-15) +- MC.14 (2024-08-15) +- MC.15 (2024-08-15) +- MC.16 (2024-08-15) +- MB.1.1.1 (2024-08-15) +- MV.1 (2024-08-15) +- KP.2.20 (2024-08-15) +- KP.2.20.1 (2024-08-15) +- JN.1.67 (2024-08-15) +- JN.1.67.1 (2024-08-15) +- XEF (2024-08-15) +- KP.2.22 (2024-08-16) +- KP.2.24 (2024-08-16) +- KP.2.25 (2024-08-16) +- KP.2.26 (2024-08-16) +- KR.4.1 (2024-08-16) +- KP.6 (2024-08-16) +- XEG (2024-08-16) +- KP.2.3.7 (2024-08-16) +- MW.1 (2024-08-16) +- KP.2.23 (2024-08-16) +- JN.1.68 (2024-08-16) +- LF.8 (2024-08-16) +- LF.8.1 (2024-08-16) +- LF.8.1.1 (2024-08-16) +- XEE (2024-08-16) +- MC.17 (2024-08-16) +- JN.1.16.5 (2024-08-16) +- LW.1.1 (2024-08-16) +- LW.1.2 (2024-08-16) +- KP.3.6 (2024-08-16) +- LB.1.9 (2024-08-16) +- KP.3.1.8 (2024-08-16) +- MY.1 (2024-08-16) +- XDV.1.7 (2024-08-17) +- XDV.1.8 (2024-08-17) +- XDV.1.9 (2024-08-17) +- XDR.1.1 (2024-08-17) +- XDR.1.2 (2024-08-17) +- XDV.1.10 (2024-08-17) +- XDV.1.11 (2024-08-17) +- LU.2.2 (2024-08-20) +- LB.1.4.3 (2024-08-24) +- LF.9 (2024-08-27) +- LF.9.1 (2024-08-27) +- XDV.1.7.1 (2024-09-05) +- XDV.1.9.1 (2024-09-05) +- LZ.2.1 (2024-09-05) +- MZ.1 (2024-09-05) + +
+ +## 2024-07-17T12:57:03Z + +- Include newly designated Nextstrain clade 24C (KP.3) +- All 84 Pango lineages designated between 2024-06-11 and 2024-07-14 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- BA.2.86.7 (2024-06-13) +- XDZ (2024-06-14) +- JN.1.1.10 (2024-06-14) +- JN.1.63 (2024-06-14) +- JN.1.63.1 (2024-06-14) +- XEA (2024-06-14) +- XEB (2024-06-14) +- XDP.2 (2024-06-14) +- XDP.3 (2024-06-14) +- LV.1 (2024-06-14) +- LV.2 (2024-06-14) +- LE.1.3 (2024-06-14) +- LE.1.3.1 (2024-06-14) +- JN.1.58.3 (2024-06-14) +- KP.4.1.1 (2024-06-17) +- KP.4.1.2 (2024-06-17) +- KP.4.1.3 (2024-06-17) +- LW.1 (2024-06-17) +- LP.3 (2024-06-17) +- KP.3.1.5 (2024-06-17) +- KP.1.1.5 (2024-06-17) +- XDD.3 (2024-06-29) +- LF.3.1.1 (2024-06-29) +- LB.1.3.1 (2024-06-29) +- KP.2.3.4 (2024-06-29) +- JN.1.18.6 (2024-06-29) +- LY.2 (2024-06-29) +- LY.1 (2024-06-29) +- JN.1.18.7 (2024-06-29) +- LZ.1 (2024-06-29) +- LZ.1.1 (2024-06-29) +- MA.1 (2024-06-29) +- MB.1 (2024-06-29) +- MB.1.1 (2024-06-29) +- LP.1.1 (2024-06-29) +- LF.4 (2024-06-29) +- LF.4.1 (2024-06-29) +- KP.3.3.1 (2024-06-29) +- MC.1 (2024-06-29) +- LU.2 (2024-07-01) +- JN.1.64 (2024-07-01) +- JN.1.64.1 (2024-07-01) +- MD.1 (2024-07-01) +- MD.1.1 (2024-07-01) +- MD.2 (2024-07-01) +- MD.3 (2024-07-01) +- MD.3.1 (2024-07-01) +- LK.2 (2024-07-03) +- LK.2.1 (2024-07-03) +- JN.1.7.8 (2024-07-03) +- JN.1.50.2 (2024-07-03) +- ME.1 (2024-07-03) +- LF.5 (2024-07-10) +- JN.1.48.3 (2024-07-10) +- KS.1.3 (2024-07-10) +- JN.1.65 (2024-07-10) +- JN.1.65.1 (2024-07-10) +- MF.1 (2024-07-10) +- MF.2 (2024-07-10) +- KP.3.3.2 (2024-07-10) +- MG.1 (2024-07-10) +- KP.4.2.3 (2024-07-10) +- KP.2.17 (2024-07-10) +- LB.1.3.2 (2024-07-10) +- MH.1 (2024-07-10) +- LB.1.8 (2024-07-10) +- JN.1.7.9 (2024-07-10) +- MJ.1 (2024-07-10) +- KP.3.1.6 (2024-07-12) +- MK.1 (2024-07-12) +- MK.2 (2024-07-12) +- KP.3.4.1 (2024-07-12) +- KP.3.3.3 (2024-07-12) +- ML.1 (2024-07-12) +- ML.2 (2024-07-12) +- MM.1 (2024-07-12) +- MM.2 (2024-07-12) +- JN.1.66 (2024-07-12) +- MN.1 (2024-07-12) +- KP.3.5 (2024-07-12) +- LB.1.4.1 (2024-07-13) +- LB.1.7.1 (2024-07-13) +- LB.1.7.2 (2024-07-13) +- LB.1.7.3 (2024-07-13) + +
+ +## 2024-07-03T08:29:55Z + +Added configuration of current and recent vaccine strains as 'reference nodes' on the reference tree, against which query sequences can be compared. This feature is in addition to the new 'compare to clade founder' feature, allowing to compare each query sequence to the most ancestral node of a clade or lineage. + +The datasets themselves remain unchanged. + +See Nextclade documentation for more details about 'relative mutations' functionality. + +## 2024-06-13T23:42:47Z + +- Labelled mutations added for Nextstrain clades 24A (JN.1) and 24B (JN.1.11.1) +- All 172 Pango lineages designated between 2024-04-13 and 2024-06-10 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: +- Fixed a bug that made amino acid gaps on the reference tree be left-aligned instead of right-aligned. This only affected the display of mutations on branches in tree view. The bug existed since switching the default gap alignment from right to left in nextclade v2. + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- KP.4 (2024-04-15) +- KP.4.1 (2024-04-15) +- KP.4.2 (2024-04-15) +- KP.1.2 (2024-04-15) +- KP.2.3 (2024-04-15) +- JN.1.47 (2024-04-15) +- JN.1.47.1 (2024-04-15) +- JN.1.47.2 (2024-04-15) +- JN.1.16.2 (2024-04-15) +- LA.1 (2024-04-15) +- LA.2 (2024-04-15) +- JN.1.9.2 (2024-04-15) +- LB.2 (2024-04-15) +- JN.1.7.4 (2024-04-15) +- JN.1.24.1 (2024-04-15) +- LC.1 (2024-04-15) +- JN.1.32.1 (2024-04-15) +- KW.1.2 (2024-04-15) +- JN.1.8.4 (2024-04-15) +- JN.1.48 (2024-04-15) +- JN.1.48.1 (2024-04-15) +- LB.1 (2024-04-16) +- XDW (2024-04-18) +- XDQ.2 (2024-04-18) +- XDQ.3 (2024-04-18) +- XDQ.1.1 (2024-05-15) +- XDK.1.1 (2024-05-15) +- XDK.1.2 (2024-05-15) +- XDK.2 (2024-05-15) +- XDK.3 (2024-05-15) +- XDR.1 (2024-05-15) +- KP.2.4 (2024-05-15) +- KP.2.5 (2024-05-15) +- KP.2.6 (2024-05-15) +- KP.2.7 (2024-05-15) +- KP.2.3.1 (2024-05-15) +- KP.4.2.1 (2024-05-15) +- KP.2.8 (2024-05-15) +- KP.2.9 (2024-05-15) +- KP.2.10 (2024-05-15) +- KP.2.11 (2024-05-15) +- KP.2.12 (2024-05-15) +- LD.1 (2024-05-15) +- JN.1.48.2 (2024-05-15) +- KP.1.1.2 (2024-05-15) +- LE.1 (2024-05-15) +- LE.1.1 (2024-05-15) +- LE.1.2 (2024-05-15) +- LE.2 (2024-05-15) +- LF.1 (2024-05-15) +- LF.1.1 (2024-05-15) +- JN.1.42.2 (2024-05-15) +- JN.1.49 (2024-05-15) +- JN.1.49.1 (2024-05-15) +- JN.1.49.2 (2024-05-15) +- KW.1.1.1 (2024-05-15) +- LG.1 (2024-05-15) +- JN.1.39.1 (2024-05-15) +- JN.1.39.2 (2024-05-16) +- KP.5 (2024-05-16) +- KP.3.1 (2024-05-16) +- KP.3.2 (2024-05-16) +- KP.3.3 (2024-05-16) +- JN.1.39.3 (2024-05-16) +- JN.15 (2024-05-16) +- JN.3.3 (2024-05-16) +- JN.16 (2024-05-16) +- JN.17 (2024-05-16) +- JN.11.1 (2024-05-16) +- BA.2.86.6 (2024-05-16) +- JN.18 (2024-05-16) +- JQ.2.1.1 (2024-05-16) +- JN.19 (2024-05-16) +- JN.1.1.8 (2024-05-17) +- KP.2.13 (2024-05-17) +- JN.1.50 (2024-05-18) +- JN.1.23.1 (2024-05-28) +- JN.1.29.1 (2024-05-28) +- JN.1.18.3 (2024-05-28) +- JN.1.18.4 (2024-05-28) +- LH.1 (2024-05-28) +- LH.2 (2024-05-28) +- KP.1.1.3 (2024-05-28) +- KP.3.1.1 (2024-05-28) +- KP.2.14 (2024-05-28) +- JN.1.51 (2024-05-28) +- JN.1.51.1 (2024-05-28) +- LJ.1 (2024-05-28) +- LF.2 (2024-05-28) +- JN.1.52 (2024-05-28) +- JN.1.7.5 (2024-05-28) +- LK.1 (2024-05-28) +- JN.1.50.1 (2024-05-28) +- LF.3 (2024-05-28) +- KP.4.2.2 (2024-05-28) +- XDK.4 (2024-05-28) +- XDK.4.1 (2024-05-28) +- XDK.5 (2024-05-28) +- XDK.6 (2024-05-28) +- LL.1 (2024-05-28) +- LM.1 (2024-05-28) +- KS.1.1 (2024-05-28) +- JN.1.53 (2024-05-28) +- JN.1.53.1 (2024-05-28) +- LN.1 (2024-05-28) +- LN.1.1 (2024-05-28) +- JN.1.54 (2024-05-28) +- JN.1.54.1 (2024-05-28) +- LP.1 (2024-05-28) +- KP.3.4 (2024-05-29) +- KP.3.2.1 (2024-05-29) +- KP.2.15 (2024-05-30) +- KR.1.1 (2024-05-30) +- KR.1.2 (2024-05-30) +- KR.3 (2024-05-30) +- KR.4 (2024-05-30) +- KR.5 (2024-05-30) +- KS.1.2 (2024-05-30) +- JN.1.55 (2024-05-30) +- JN.1.55.1 (2024-05-30) +- JN.1.55.2 (2024-05-30) +- KP.3.2.2 (2024-05-30) +- JN.1.56 (2024-05-31) +- JN.1.56.1 (2024-05-31) +- JN.1.44.1 (2024-05-31) +- LB.1.1 (2024-06-04) +- LB.1.2 (2024-06-04) +- LB.1.2.1 (2024-06-04) +- LB.1.3 (2024-06-04) +- LB.1.4 (2024-06-04) +- LB.1.5 (2024-06-04) +- LB.1.6 (2024-06-04) +- KP.2.3.2 (2024-06-04) +- KP.2.16 (2024-06-04) +- LF.3.1 (2024-06-04) +- KP.3.1.2 (2024-06-04) +- KP.3.1.3 (2024-06-04) +- KP.3.1.4 (2024-06-04) +- KP.3.2.3 (2024-06-04) +- KP.3.2.4 (2024-06-04) +- LB.1.7 (2024-06-04) +- LF.1.1.1 (2024-06-04) +- KP.1.1.4 (2024-06-04) +- LP.2 (2024-06-04) +- XDY (2024-06-04) +- LQ.1 (2024-06-04) +- LQ.1.1 (2024-06-04) +- LQ.2 (2024-06-04) +- LQ.3 (2024-06-04) +- JN.1.4.8 (2024-06-04) +- JN.1.7.6 (2024-06-04) +- JN.1.57 (2024-06-04) +- JN.1.57.1 (2024-06-04) +- JN.1.58 (2024-06-04) +- JN.1.58.1 (2024-06-04) +- JN.1.58.2 (2024-06-04) +- LR.1 (2024-06-04) +- LR.2 (2024-06-04) +- JN.1.59 (2024-06-05) +- JN.1.7.7 (2024-06-05) +- JN.1.60 (2024-06-05) +- JN.1.61 (2024-06-05) +- JN.1.18.5 (2024-06-07) +- LS.1 (2024-06-07) +- KP.2.3.3 (2024-06-07) +- JN.1.62 (2024-06-08) +- KP.3.2.5 (2024-06-09) +- LT.1 (2024-06-10) +- JN.1.1.9 (2024-06-10) +- JN.1.16.3 (2024-06-10) +- JN.1.15.1 (2024-06-10) +- LU.1 (2024-06-10) + +
+ +## 2024-04-25T01:03:07Z + +- fix: Increase Nextclade alignment parameter "excessBandwidth" from 9 to 12 to correctly align complex series of indels that has arisen in Spike NTD with the occurrence of S:31- in some JN.1. The bandwidth is chosen to be as small as possible (to ensure fast runtime) but as large as necessary for correct alignment. As a result, occasional adjustments like here are required. Nothing else is changed in this SARS-CoV-2 dataset update. + +## 2024-04-15T15:08:22Z + +- Nextstrain clades 24A (JN.1) and 24B (JN.1.11.1) are now included. +- All 83 Pango lineages designated between 2024-02-13 and 2024-04-12 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- JN.1.23 (2024-02-20) +- KP.1 (2024-02-22) +- JN.1.7.1 (2024-03-01) +- JN.1.7.2 (2024-03-01) +- KQ.1 (2024-03-01) +- JN.1.13.1 (2024-03-01) +- JN.1.1.5 (2024-03-01) +- KR.1 (2024-03-04) +- KP.1.1 (2024-03-04) +- KP.2 (2024-03-04) +- JN.1.24 (2024-03-04) +- XDK.1 (2024-03-04) +- JN.1.25 (2024-03-04) +- JN.1.25.1 (2024-03-04) +- XDQ.1 (2024-03-04) +- JQ.2 (2024-03-05) +- JN.13 (2024-03-06) +- JN.13.1 (2024-03-06) +- JN.1.1.6 (2024-03-09) +- JN.1.26 (2024-03-09) +- JN.1.27 (2024-03-09) +- JN.1.4.4 (2024-03-09) +- JN.1.8.2 (2024-03-09) +- JN.1.28 (2024-03-09) +- JN.1.1.7 (2024-03-09) +- JN.1.29 (2024-03-09) +- JN.1.4.5 (2024-03-14) +- JN.1.18.1 (2024-03-14) +- JN.1.30 (2024-03-14) +- JN.1.31 (2024-03-14) +- JN.1.16.1 (2024-03-14) +- KS.1 (2024-03-14) +- JN.1.4.6 (2024-03-14) +- JN.1.32 (2024-03-14) +- GE.1.2.2 (2024-03-17) +- KT.1 (2024-03-17) +- KT.1.1 (2024-03-17) +- KT.1.2 (2024-03-17) +- KP.3 (2024-03-17) +- JN.1.33 (2024-03-17) +- JN.1.34 (2024-03-17) +- JN.1.35 (2024-03-17) +- JN.1.36 (2024-03-17) +- KP.2.1 (2024-03-19) +- KP.2.2 (2024-03-19) +- JN.1.30.1 (2024-03-19) +- JQ.2.1 (2024-03-20) +- XDD.1.1.1 (2024-03-25) +- KU.1 (2024-03-25) +- KU.2 (2024-03-25) +- JN.1.18.2 (2024-03-25) +- JN.1.36.1 (2024-03-25) +- KV.1 (2024-03-25) +- JN.1.37 (2024-03-25) +- JN.1.28.1 (2024-03-25) +- KW.1 (2024-03-25) +- JN.1.38 (2024-03-25) +- JN.1.39 (2024-03-25) +- JN.1.40 (2024-03-25) +- JN.1.41 (2024-03-25) +- JN.1.42 (2024-03-25) +- JN.1.43 (2024-03-25) +- JN.1.43.1 (2024-03-25) +- KP.1.1.1 (2024-03-25) +- JN.1.44 (2024-03-25) +- XDU (2024-03-26) +- XDP.1 (2024-03-26) +- JN.2.2.1 (2024-03-26) +- JN.1.8.3 (2024-03-29) +- KY.1 (2024-03-29) +- JN.14 (2024-03-29) +- JN.1.45 (2024-03-29) +- XDV (2024-04-02) +- XDV.1 (2024-04-02) +- JN.1.42.1 (2024-04-02) +- JN.1.46 (2024-04-02) +- JN.1.4.7 (2024-04-02) +- KV.2 (2024-04-02) +- KW.1.1 (2024-04-03) +- KZ.1 (2024-04-04) +- KZ.1.1 (2024-04-04) +- KZ.1.1.1 (2024-04-04) +- JN.1.7.3 (2024-04-04) + +
+ +## 2024-02-16T04:00:32Z + +- All 35 Pango lineages designated between 2024-01-16 and 2024-02-12 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XDN (2024-01-16) +- XDP (2024-01-16) +- JN.3.2 (2024-01-16) +- JN.3.2.1 (2024-01-16) +- JN.11 (2024-01-21) +- JN.1.12 (2024-01-21) +- JN.12 (2024-01-22) +- JN.1.11.1 (2024-01-22) +- KM.1 (2024-01-31) +- BA.2.87 (2024-02-01) +- BA.2.87.1 (2024-02-01) +- XDQ (2024-02-01) +- GK.1.10.1 (2024-02-01) +- XDR (2024-02-01) +- JN.1.13 (2024-02-01) +- JN.1.14 (2024-02-01) +- JN.1.15 (2024-02-01) +- JN.1.4.1 (2024-02-01) +- JN.1.2.1 (2024-02-01) +- JN.1.16 (2024-02-01) +- JN.1.17 (2024-02-01) +- JN.1.4.2 (2024-02-02) +- JN.1.18 (2024-02-04) +- JN.1.19 (2024-02-04) +- JN.1.20 (2024-02-04) +- XDS (2024-02-04) +- JN.1.9.1 (2024-02-04) +- JN.1.21 (2024-02-04) +- JN.1.22 (2024-02-04) +- JN.1.4.3 (2024-02-12) +- XDT (2024-02-12) +- HK.13.2.1 (2024-02-12) +- KN.1 (2024-02-12) +- KN.1.1 (2024-02-12) +- JN.1.1.4 (2024-02-12) + +
+ +## 2024-01-16T20:31:02Z + +Initial release of this v3 dataset. + +This dataset is very similar to the v2 dataset `sars-cov-2-21L`. Immune escape scores are informed by some additional DMS data. diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/README.md b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/README.md new file mode 100644 index 00000000..670168d2 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/README.md @@ -0,0 +1,50 @@ +# SARS-CoV-2 dataset with mutations relative to BA.2 + +| Key | Value | +| ----------------- | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | +| authors | [Cornelius Roemer](https://neherlab.org), [Richard Neher](https://neherlab.org), [Nextstrain](https://nextstrain.org) | +| reference | `Wuhan-Hu-1/2019` with BA.2 SNPs added | +| workflow | https://github.com/neherlab/nextclade_data_workflows/tree/v3-sc2/sars-cov-2 | +| path | `nextstrain/sars-cov-2/BA.2` | +| clade definitions | [Nextstrain clades](https://nextstrain.org/blog/2022-04-29-SARS-CoV-2-clade-naming-2022) and [Pango lineages](https://www.nature.com/articles/s41564-020-0770-5) | + +## Scope of this dataset + +This dataset shows mutations relative to the prototypical BA.2 sequence and is particularly useful for the analysis of SARS-CoV-2 sequences that are descended from the BA.2 lineage. + +For the analysis of sequences not descended from BA.2, the `wuhan-hu-1/orfs` is more appropriate as it includes lineages from the start of the pandemic. The `wuhan-hu-1/proteins` dataset shows amino acid mutations in coordinates of mature proteins (nsp1-16) instead of ORF1a/b polyproteins. + +## Reference sequence and reference tree + +The reference sequence in this dataset is `Wuhan-Hu-1/2019` but with BA.2 SNPs added. SNPs (but not indels) are thus shown with respect to BA.2 while the mutation positions remain within the familiar `Wuhan-Hu-1` coordinate system. + +The reference tree contains one sequence for each Pango lineage descended from BA.2 (including recombinants such as XBB) and is rooted on BA.2. + +## Features + +This dataset supports: + +- Assignment of Nextstrain clades +- Assignment of Pango lineages +- Sequence QC +- Phylogenetic placement +- Calculation of immune escape scores relative to BA.2 neutralizing antibodies as described in [Greaney et al. 2022](https://doi.org/10.1093/ve/veac021) +- Calculation of ACE2 binding scores relative to BA.2 as described in [Starr et al. 2022](https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1010951) + +## Nextstrain clades + +Since its emergence in late 2019, SARS-CoV-2 has evolved into many co-circulating variants. To facilitate discussion of these variants, we have grouped them into clades which are defined by specific signature mutations. + +Nextstrain clade names consist of two numbers representing a year and then a single letter representing the clade within that year. For example, 21A is the first clade we named in 2021. + +We define each clade by a combination of signature mutations. You can find the exact clade definition on Github in this [file](https://github.com/nextstrain/ncov/blob/master/defaults/clades.tsv). + +Below is an illustration of the phylogenetic relationships of Nextstrain clades ([source](https://github.com/nextstrain/ncov-clades-schema/)): + +![Illustration of phylogenetic relationships of SARS-CoV-2 clades, as defined by Nextstrain](https://raw.githubusercontent.com/nextstrain/ncov-clades-schema/master/clades.svg) + +Learn more about how Nextclade assigns clades in the [documentation](https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/algorithm/). + +## What are Nextclade datasets + +Read more about Nextclade datasets in the Nextclade documentation: https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/datasets.html diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/dataset.zip b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/dataset.zip new file mode 100644 index 00000000..a016d6e4 Binary files /dev/null and b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/dataset.zip differ diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/genome_annotation.gff3 b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/genome_annotation.gff3 new file mode 100644 index 00000000..d728c52e --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/genome_annotation.gff3 @@ -0,0 +1,16 @@ +# Gene map (genome annotation) of SARS-CoV-2 in GFF format. +# For gene map purpses we only need some of the columns. We substitute unused values with "." as per GFF spec. +# See GFF format reference at https://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html +# seqname source feature start end score strand frame attribute +. . gene 26245 26472 . + . gene_name=E +. . gene 26523 27191 . + . gene_name=M +. . gene 28274 29533 . + . gene_name=N +. . gene 266 13468 . + . gene_name=ORF1a +. . gene 13468 21555 . + . gene_name=ORF1b +. . gene 25393 26220 . + . gene_name=ORF3a +. . gene 27202 27387 . + . gene_name=ORF6 +. . gene 27394 27759 . + . gene_name=ORF7a +. . gene 27756 27887 . + . gene_name=ORF7b +. . gene 27894 28259 . + . gene_name=ORF8 +. . gene 28284 28577 . + . gene_name=ORF9b +. . gene 21563 25384 . + . gene_name=S \ No newline at end of file diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/pathogen.json b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/pathogen.json new file mode 100644 index 00000000..e2114fb6 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/BA.2/unreleased/pathogen.json @@ -0,0 +1,223705 @@ +{ + "alignmentParams": { + "excessBandwidth": 12, + "terminalBandwidth": 100, + "allowedMismatches": 4, + "gapAlignmentSide": "right", + "minSeedCover": 0.1 + }, + "compatibility": { + "cli": "3.0.0-alpha.0", + "web": "3.0.0-alpha.0" + }, + "defaultCds": "S", + "files": { + "changelog": "CHANGELOG.md", + "examples": "sequences.fasta", + "genomeAnnotation": "genome_annotation.gff3", + "pathogenJson": "pathogen.json", + "readme": "README.md", + "reference": "reference.fasta", + "treeJson": "tree.json" + }, + "cdsOrderPreference": [ + "S", + "N", + "M", + "E", + "ORF1a", + "ORF1b", + "nsp1", + "nsp2", + "nsp3", + "nsp4", + "nsp5", + "nsp6", + "nsp7", + "nsp8", + "nsp9", + "nsp10", + "nsp11", + "nsp12", + "nsp13", + "nsp14", + "nsp15", + "nsp16", + "ORF3a", + "ORF6", + "ORF7a", + "ORF7b", + "ORF8", + "ORF9b" + ], + "qc": { + "frameShifts": { + "enabled": true, + "ignoredFrameShifts": [ + { + 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An escape value of 0 means all binding is retained. A value of 1 means e^(-1)=0.4 of binding is retained. A value of 2 means ~17% of binding is retained etc.\nNote that the score does not distinguish between amino acids that are subsituted, so S:346T has the same score as S:346I.\nNote that only RBD mutations are considered, defined as mutations between S:330 and S:531. Mutations outside this range are ignored.\nAll reversions are ignored as they are assumed to be artefacts.\nThe score assumes that mutations do not interact. The underlying data looked at the impact of each mutation independently.\nThe score is calculated using the same logic as Bloom lab's antibody escape calculator (see https://doi.org/10.1093/ve/veac021) using data generated by Yunlong Cao's group (see https://doi.org/10.1101/2022.09.15.507787).", + "cds": "S", + "ignore": { + "clades": [ + "outgroup" + ] + }, + "name": "immune_escape", + "nameFriendly": "Immune escape", + "data": [ + { + "name": "BD30-604", + "weight": 0.00045, + "locations": { + "334": { + "default": 0.10128, + "L": 0 + }, + "339": { + "default": 0.10537, + "E": 0 + }, + "345": { + "default": 0.06691, + "R": 0 + }, + "364": { + "default": 0.1515, + "Y": 0 + }, + "369": { + "default": 0.08152, + "N": 0 + }, + "389": { + "default": 0.09649, + "L": 0 + }, + "390": { + "default": 0.12086, + "C": 0 + }, + "393": { + "default": 0.10822, + "N": 0 + }, + "402": { + "default": 0.45908, + "R": 0 + }, + "412": { + "default": 0.14151, + "G": 0 + }, + "416": { + "default": 0.60519, 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"486": { + "default": 3.48823, + "N": 0 + }, + "488": { + "default": 7.78444, + "Y": 0 + }, + "504": { + "default": 0.16294, + "Y": 0 + }, + "513": { + "default": 0.10015, + "S": 0 + } + } + }, + { + "name": "BD45-105", + "weight": 0.00015, + "locations": { + "336": { + "default": 0.17456, + "P": 0 + }, + "345": { + "default": 0.28405, + "R": 0 + }, + "347": { + "default": 0.23194, + "A": 0 + }, + "356": { + "default": 0.17024, + "R": 0 + }, + "362": { + "default": 0.17402, + "A": 0 + }, + "364": { + "default": 0.37821, + "Y": 0 + }, + "365": { + "default": 0.26569, + "S": 0 + }, + "371": { + "default": 0.18594, + "A": 0 + }, + "372": { + "default": 0.23015, + "S": 0 + }, + "376": { + "default": 0.14564, + "F": 0 + }, + "385": { + "default": 0.11543, + "K": 0 + }, + "387": { + "default": 0.17007, + "N": 0 + }, + "390": { + "default": 0.28451, + "C": 0 + }, + "392": { + "default": 0.42441, + "T": 0 + }, + "393": { + "default": 1.23571, + "N": 0 + }, + "395": { + "default": 0.50721, + 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is in log10 space. Hence a score of +1 should be interpreted as 10x higher affinity.\nThe score assumes that mutations do not interact. The underlying data looked at the impact of each mutation independently.\nThe score is calculated using the same data and logic as Bloom lab's ACE2 binding calculator (see https://doi.org/10.1101/2022.09.20.508745).", + "cds": "S", + "ignore": { + "clades": [ + "outgroup" + ] + }, + "name": "ace2_binding", + "nameFriendly": "ACE2 binding", + "data": [ + { + "name": "binding", + "weight": 1.0, + "locations": { + "330": { + "A": -0.08339, + "C": -0.61624, + "D": -0.1467, + "E": -0.14146, + "F": -0.53604, + "G": -0.14484, + "H": -0.19436, + "I": -0.46421, + "K": -0.09607, + "L": -0.55369, + "M": -0.25741, + "N": 0.0, + "P": -0.06521, + "Q": -0.13873, + "R": -0.18489, + "S": -0.16987, + "T": -0.10898, + "V": -0.32157, + "W": -0.6072, + "Y": -0.44272 + }, + "331": { + "A": 0.03723, + "C": -0.1646, + "D": -0.09454, + "E": -0.00955, + "F": -0.02361, + "G": -0.00814, + "H": -0.01101, + "I": 0.0, + "K": -0.07209, + "L": -0.02199, + "M": -0.01516, + "N": 0.02926, + "P": -0.06293, + "Q": 0.01714, 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"T": -1.62803, + "V": -0.32319, + "W": -0.83221, + "Y": -1.23 + }, + "439": { + "A": -0.29044, + "C": -0.84102, + "D": -0.25613, + "E": -0.38119, + "F": -0.66218, + "G": -0.20928, + "H": -0.06691, + "I": -0.61565, + "K": 0.0, + "L": -0.62623, + "M": -0.53742, + "N": -0.17271, + "P": -0.60613, + "Q": -0.26977, + "R": -0.10166, + "S": -0.19205, + "T": -0.29865, + "V": -0.56694, + "W": -0.63776, + "Y": -0.58456 + }, + "440": { + "A": -0.05013, + "C": -0.53501, + "D": -0.05643, + "E": -0.04657, + "F": -0.15101, + "G": -0.50907, + "H": -0.09563, + "I": 0.03756, + "K": 0.01028, + "L": 0.0, + "M": 0.00176, + "N": -0.22084, + "P": -0.6298, + "Q": 0.03055, + "R": -0.07885, + "S": -0.43403, + "T": -1.4931, + "V": -0.0448, + "W": -0.0699, + "Y": -0.12892 + }, + "441": { + "A": -1.88215, + "C": -2.45831, + "D": 0.0, + "E": -1.67308, + "F": -1.77197, + "G": -1.84069, + "H": -2.00602, + "I": -1.48449, + "K": -1.93892, + "L": -1.69461, + "M": -1.79027, + "N": -2.0973, + "P": -2.60759, + "Q": 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+>USA/MS-MSPHL-0434/2023 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA +CTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTC +AACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAA +TTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAG +TGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACA +TTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACC +TTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAG +TTGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCAT +ATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGTTGTGGTTATACCTACTAAAA +AGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATT +ATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAG +TGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGC +AAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGANN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTANNCAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGG +ACATGTCAATGACATATGGACAACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTA +CTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATG +ACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTA +GGTACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAATGGTTTAA +CTTCTATTAAATGGGCAGATAACAACTGTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNAAGTTGTAGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTTA +AAATTACAGAAGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATTCTAGTC +TTACTATTAAGAAACCTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTC +ATGGTTTAGCTGCTGTTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTT +TTCTTAACAAAGTTGTTAGTACAACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTT +GTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTACTTTATTGCTACAATTGTGTACTTTTACTAGAA +GTACAAATTCTAGAATTAAAGCATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGANNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTA +TTAGTGATGAAGTTGCGAGAGACTTGTCACTACAGTTTAAAAGACCAATAAATCCTACTG +ACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCATCTTTACT +TTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAG +ACAACCTGAGAGCTAATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATG +GTAAATCAAAATGTGAAGAATCATCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTA +TGTGTCAACCTATACTGTTACTAGATCAGGCATTAGTGTCTGATGTTGGTGATAGNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGTTAC +TCACAATTTTGACTTCACTTTTAGTTTTAGTCCAGAGTACTCAATGGTCTTTGTTCTTTT +TTTTGTATGAAAATGCCTTTTTACCTTTTGCTATGGGTATTATTGCTATGTCTGCTTTTG +CAATGATGTTTGTCAAACATAAGCATGCATTTCTCTGTTTGTTTTTGTTACCTTCTCTTG +CCACTGTAGCTTATTTTAATATGGTCTATATGCCTGCTAGTTGGGTGATGCGTATTATGA +CATGGTTGGATATGGTTGATACTAGTTTGTCTGGTTTTAAGCTAAAAGACTGTGTTATGT +ATGCATCAGCTGTAGTGTTACTAATCCTTATGACAGCAAGAACTGTGTATGATGATGGTG +CTAGGAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNCTTCATAACTGGTAATACACTTCAGTGTATAATGCTAGTTTATTGTT +TCTTAGGCTATTTTTGTACTTGTTACTTTGGCCTCNTTTGTTTACTCAACCGCTACTTTA +GACTGACTCTTGGTGTTTATGATTAYTTAGTTTCTACACAGGAGTTTAGATATATGAATT +CACAGGGACTACTCCCACCCAAGAATAGCATAGATGCCTTCAAACTCAACATTAAATTGT +TGGGTGTTGGTGGCAAACCTTGTATCAAAGTAGCCACTGTACAGTCTAAAATGTCAGATG +TAAAGTGCACATCAGTAGTCTTACTCTCAGTTTTGCAACAACTCAGAGTAGAATCATCAT +CTAAATTGTGGGCTCAATGTGTCCAGTTAYACAATGACATTCTCTTAGCTAAAGATACTA +CTGAAGCCTTTGAAAAAATGGTTTCACTACTTTCTGTTTTGCTTTCCATGCAGGGTGCTG +TAGACATAAACAAGCTTTGTGAAGAAATGCTGGACAACAGGGCAACCTTACAAGCTATAG +CCTCAGAGTTTAGTTCCCTTCCATCATATGCAGCTTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATG +AGCAGGCTGTTGCTAATGGTGATTCTGAAGTTGTTCTTAAAAAGTTGAAGAAGTCTTTGA +ATGTGGCTAAATCTGAATTTGACCGTGATGCAGCCATGCAACGTAAGTTGGAAAAGATGG +CTGATCAAGCTATGACCCAAATGTATAAACAGGCTAGATCTGAGGACAAGAGGGCAAAAG +TTACTAGTGCTATGCAGACAATGCTTTTCACTATGCTTAGAAAGTTGGATAATGATGCAC +TCAACAACATTATCAACAATGCAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAACATAATACCTCTTA +CAACAGCAGCCAAACTAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT +GTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCTGCTTCTGGTAATCTATTACTAGATAAACGCAC +TACGTGCTTTTCAGTAGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAACTGTCAAACCCGG +TAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAAGGGTTTCTTTAAGGAAGGAAG +TTCTGTTGAATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTTCTATCAGCGATTA +TGACTACTATCGTTATAATCTACCAACAATGTGTGATATCAGACAACTACTATTTGTAGT +TGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCTAACCAAGN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGT +TTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCCAATGTTAATGCACTTTTATCTACTGATGGTAA +CAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGAGTGTCTCTATAG +AAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCATATTTGCGTAAACATTT +CTCAATGATGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCA +AGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTTAAGTCAGTTCTTTATTATCAAAACAATGTTTT +TATGTCTGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCATGAATTTTG +CTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGTGATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGA +TCCATCAAGAATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTAC +ACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTTAGCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCC +TAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAGAAAGCTACATGA +TGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTC +AAGGTATTGGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAGGC +TGTTGGGGCTTGTGTTCTTTGCAATTCACAGACTTCATTAAGATGTGGTGCTTGCATACG +TAGACCATTCTTATGTTGTAAATGCTGTTACGACCATGTCATATCAACATCACATAAATT +AGTCTTGTCTGTTAATCCGTATGTTTGCAATGCTCCAGGTTGTGATGTCACAGATGTGAC +TCAACTTTACTTAGGAGGTATGAGCTATTATTGTAAATCACATAAACCACCCATTAGTTT +TCCATTGTGTGCTAATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCCA +GGGACCACCTGGTACTGGTAAGAGTCATTTTGCTATTGGCCTAGCTCTCTACTACCCTTC +TGCTCGCATAGTGTATACAGCTTGCTCTCATGCCGCTGTTGATGCACTATGTGAGAAGGC +ATTAAAATATTTGCCTATAGATAAATGTAGTAGAATTATACCTGCACGTGCTCGTGTAGA +GTGTTTTGATAAATTCAAAGTGAATTCAACATTAGAACAGTATGTCTTTTGTACTGTAAA +TGCATTGCCTGAGACGACAGCAGATATAGTTGTCTTTGATGAAATTTCAATGGCCACAAA +TTATGATTTGAGTGTTGTCAATGCCAGATTACGTGCTAAGCACTATGTGTACATTGGCGA +CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAT +AAGACATGTACGTGCATGGATTGGCTTCGATGTCGAGGGGTGTCATGCTACTAGAGAAGC +TGTTGGTACCAATTTACCTTTACAGCTAGGTTTTTCTACAGGTGTTAACCTAGTTGCTGT +ACCTACAGGTTATGTTGATACACCTAATAATACAGATTTTTCCAGAGTTAGTGCTAAACC +ACCGCCTGGAGATCAATTTAAACACCTCATACCACTTATGTACAAAGGACTTCCTTGGAA +TGTAGTGCGTATAAAGATTGTACAAATGTTAAGTGACACACTTAAAAATCTCTCTGACAG +AGTCGTATTTGTCTTATGGGCACATGGCTTTGAGTTGACATCTATGAAGTATTTTGTGAA +AATAGGACCTGAGCGCACCTGTTGTCTATGTGATAGACGTGCCACATGCTTTTCCACTGC +TTCAGACACTTATGCCTGTTGGCATCATTCTATTGGATTTGATTACGTCTATAATCCGTT +TATGATTGATGTTCAACAATGGGGTTTTACAGGTAACCTACAAAGCAACCATGATCTGTA +TTGTCAAGTCCATGGTAATGCACATGTAGCTAGTTGTGATGCAATCATGACTAGGTGTCT +AGCTGTCCACGAGTGCTTTGTTAAGCGTGTTGACTGGACTATTGAATATCCTATAATTGG +TGATGAACTGAAGATTAATGCGGCTTGTAGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTAAAGCTGC +ATTATTAGCAGACAAATTCCCAGTTCTTCACGACATTGGTAACCCTAAAGCTATTAAGTG +TGTACCTCAAGCTGATGTAGAATGGAAGTTCTATGATGCACAGCCTTGTAGTGACAAAGC +TTATAAAATAGAAGAATTATTCTATTCTTATGCCACACATTCTGACAAATTCACAGATGG +TGTATGCCTATTTTGGAATTGCAATGTCGATAGATATCCTGCTAATTCCATTGTTTGTAG +ATTTGACACTAGAGTGCTATCTAACCTTAACTTGCCTGGTTGTGATGGTGGCAGTTTGTA 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNCTTTTGAATATGTCTCTCAGCCTTTTCTTATGGACCTTGAAGGAAAACAGGGTAATT +TCAAAAATCTTAGGGAATTTGTGTTTAAGAATATTGATGGTTATTTTAAAATATATTCTA +AGCACACGCCTATTAATTTAGTGCGTGATCTCCCTCAGGGTTTTTCGGCTTTAGAACCAT +TGGTAGATTTGCCAATAGGTATTAACATCACTAGGTTTCAAACTTTACTTGCTTTACATN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTATGCAGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNATCTTATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGA +CTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAACTGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAA +AAGCACACTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACACACTGGTTTGTAACAC +AAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACT +GTGATGTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACCTGAATTAG +ACTCATTCAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATT 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A full listing of all originating and submitting laboratories is available below. An attribution table is available by clicking on \"Download Data\" at the bottom of the page and then clicking on \"Strain Metadata\" in the resulting dialog box.\n","colorings":[{"key":"clade_membership","title":"Clade","type":"categorical","scale":[["21L","#5E1D9D"],["22A","#4B25B1"],["22B","#4137C2"],["22C","#3F4CCB"],["22D","#3F62D0"],["22E","#4376CD"],["22F","#4887C6"],["23A","#4F97BB"],["23B","#58A2AC"],["23C","#62AB9C"],["23D","#6DB38A"],["23E","#7BB77A"],["23F","#89BB6B"],["23G","#98BD5E"],["23H","#A8BE54"],["23I","#B7BD4B"],["24A","#C5B945"],["24B","#D2B340"],["24C","#DDAA3C"],["24D","#E39C39"],["24E","#E68B35"],["24F","#E67631"],["24G","#E35C2C"],["24H","#DF4227"],["24I","#DB2823"]]},{"key":"gt","title":"Genotype","type":"categorical"},{"key":"designation_date","title":"Designation 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diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/CHANGELOG.md b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/CHANGELOG.md new file mode 100644 index 00000000..1230ea00 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/CHANGELOG.md @@ -0,0 +1,852 @@ +## Unreleased + +- Add newly designated Nextstrain clades 24H (LF.7) and 24I (MV.1) +- Add all 128 Pango lineages newly designated between 2024-10-19 and 2024-11-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- LF.7.1 (2024-10-19) +- LF.7.1.1 (2024-10-19) +- LF.7.2 (2024-10-19) +- LF.7.2.1 (2024-10-19) +- LF.7.3 (2024-10-19) +- LF.7.4 (2024-10-19) +- JN.1.49.3 (2024-10-20) +- MV.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.3 (2024-10-20) +- NA.1 (2024-10-20) +- NA.1.1 (2024-10-20) +- XDV.1.5.1 (2024-10-20) +- NB.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.2 (2024-10-20) +- LF.3.1.2 (2024-10-20) +- XEL (2024-10-20) +- NC.1 (2024-10-20) +- ND.1 (2024-10-20) +- ND.1.1 (2024-10-20) +- ND.2 (2024-10-20) +- ND.3 (2024-10-20) +- MC.10.1 (2024-10-20) +- KP.2.2.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.2 (2024-10-20) +- KP.2.25.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.1 (2024-10-20) +- MD.3.1.2 (2024-10-20) +- MD.3.1.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.4 (2024-10-20) +- MD.1.2 (2024-10-20) +- MD.1.1.1 (2024-10-20) +- KP.3.2.6 (2024-10-21) +- MC.1.1 (2024-10-21) +- MC.18 (2024-10-21) +- KP.2.27 (2024-10-22) +- KP.2.3.8 (2024-10-22) +- KP.2.2.2 (2024-10-22) +- XEM (2024-10-22) +- KP.3.1.9 (2024-10-22) +- KP.1.1.6 (2024-10-23) +- NE.1 (2024-10-23) +- XEN (2024-10-23) +- NF.1 (2024-10-24) +- KP.2.3.9 (2024-10-24) +- NG.1 (2024-10-24) +- NH.1 (2024-10-24) +- NH.2 (2024-10-24) +- NH.3 (2024-10-24) +- JN.1.11.2 (2024-10-25) +- NJ.1 (2024-10-25) +- KP.2.3.10 (2024-10-25) +- NK.1 (2024-10-25) +- LP.5 (2024-10-25) +- LP.6 (2024-10-25) +- LP.7 (2024-10-25) +- KP.2.3.11 (2024-10-25) +- LD.2 (2024-10-25) +- KP.3.1.10 (2024-10-25) +- NL.1 (2024-10-25) +- MU.2 (2024-10-25) +- MU.2.1 (2024-10-25) +- KP.3.7 (2024-10-25) +- LZ.2.1.2 (2024-10-27) +- LZ.2.1.1 (2024-10-27) +- KR.1.4 (2024-10-27) +- KP.2.3.12 (2024-10-27) +- NM.1 (2024-10-27) +- LP.8 (2024-10-27) +- LP.7.1.2 (2024-10-27) +- KP.4.2.5 (2024-10-27) +- KP.4.2.4 (2024-10-27) +- LF.7.1.2 (2024-10-27) +- MC.19 (2024-11-01) +- KP.2.6.1 (2024-11-01) +- MC.20 (2024-11-01) +- MC.10.2 (2024-11-01) +- KP.3.2.7 (2024-11-01) +- KP.3.2.8 (2024-11-01) +- KP.3.2.9 (2024-11-01) +- XEC.3 (2024-11-01) +- XEC.4 (2024-11-01) +- XEC.5 (2024-11-01) +- XEC.6 (2024-11-01) +- XEC.7 (2024-11-01) +- MJ.2 (2024-11-05) +- MJ.2.1 (2024-11-05) +- MJ.2.1.1 (2024-11-05) +- MJ.1.1 (2024-11-05) +- LF.10 (2024-11-05) +- LP.8.1 (2024-11-08) +- LP.8.2 (2024-11-08) +- LF.7.1.3 (2024-11-08) +- NL.2 (2024-11-08) +- NL.3 (2024-11-08) +- NL.4 (2024-11-08) +- NL.5 (2024-11-08) +- NL.6 (2024-11-08) +- NL.7 (2024-11-08) +- NM.2 (2024-11-12) +- LP.9 (2024-11-12) +- LP.9.1 (2024-11-12) +- NN.1 (2024-11-12) +- NN.1.1 (2024-11-12) +- NN.2 (2024-11-12) +- LP.1.2.1 (2024-11-12) +- NC.1.1 (2024-11-12) +- NC.1.2 (2024-11-12) +- LB.1.10 (2024-11-12) +- NP.1 (2024-11-12) +- NP.2 (2024-11-12) +- XEP (2024-11-12) +- MC.13.2 (2024-11-12) +- MC.21 (2024-11-12) +- MC.21.1 (2024-11-12) +- MC.22 (2024-11-12) +- XDY.1 (2024-11-12) +- LP.10 (2024-11-12) +- LP.10.1 (2024-11-12) +- NQ.1 (2024-11-12) +- NH.4 (2024-11-12) +- MU.3 (2024-11-12) +- KP.2.3.13 (2024-11-13) +- MG.2 (2024-11-13) +- MG.3 (2024-11-13) +- MG.4 (2024-11-14) + +
+ +## Unreleased + +- Add newly designated Nextstrain clades 24H (LF.7) and 24I (MV.1) +- Add all 128 Pango lineages newly designated between 2024-10-19 and 2024-11-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- LF.7.1 (2024-10-19) +- LF.7.1.1 (2024-10-19) +- LF.7.2 (2024-10-19) +- LF.7.2.1 (2024-10-19) +- LF.7.3 (2024-10-19) +- LF.7.4 (2024-10-19) +- JN.1.49.3 (2024-10-20) +- MV.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.3 (2024-10-20) +- NA.1 (2024-10-20) +- NA.1.1 (2024-10-20) +- XDV.1.5.1 (2024-10-20) +- NB.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.2 (2024-10-20) +- LF.3.1.2 (2024-10-20) +- XEL (2024-10-20) +- NC.1 (2024-10-20) +- ND.1 (2024-10-20) +- ND.1.1 (2024-10-20) +- ND.2 (2024-10-20) +- ND.3 (2024-10-20) +- MC.10.1 (2024-10-20) +- KP.2.2.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.2 (2024-10-20) +- KP.2.25.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.1 (2024-10-20) +- MD.3.1.2 (2024-10-20) +- MD.3.1.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.4 (2024-10-20) +- MD.1.2 (2024-10-20) +- MD.1.1.1 (2024-10-20) +- KP.3.2.6 (2024-10-21) +- MC.1.1 (2024-10-21) +- MC.18 (2024-10-21) +- KP.2.27 (2024-10-22) +- KP.2.3.8 (2024-10-22) +- KP.2.2.2 (2024-10-22) +- XEM (2024-10-22) +- KP.3.1.9 (2024-10-22) +- KP.1.1.6 (2024-10-23) +- NE.1 (2024-10-23) +- XEN (2024-10-23) +- NF.1 (2024-10-24) +- KP.2.3.9 (2024-10-24) +- NG.1 (2024-10-24) +- NH.1 (2024-10-24) +- NH.2 (2024-10-24) +- NH.3 (2024-10-24) +- JN.1.11.2 (2024-10-25) +- NJ.1 (2024-10-25) +- KP.2.3.10 (2024-10-25) +- NK.1 (2024-10-25) +- LP.5 (2024-10-25) +- LP.6 (2024-10-25) +- LP.7 (2024-10-25) +- KP.2.3.11 (2024-10-25) +- LD.2 (2024-10-25) +- KP.3.1.10 (2024-10-25) +- NL.1 (2024-10-25) +- MU.2 (2024-10-25) +- MU.2.1 (2024-10-25) +- KP.3.7 (2024-10-25) +- LZ.2.1.2 (2024-10-27) +- LZ.2.1.1 (2024-10-27) +- KR.1.4 (2024-10-27) +- KP.2.3.12 (2024-10-27) +- NM.1 (2024-10-27) +- LP.8 (2024-10-27) +- LP.7.1.2 (2024-10-27) +- KP.4.2.5 (2024-10-27) +- KP.4.2.4 (2024-10-27) +- LF.7.1.2 (2024-10-27) +- MC.19 (2024-11-01) +- KP.2.6.1 (2024-11-01) +- MC.20 (2024-11-01) +- MC.10.2 (2024-11-01) +- KP.3.2.7 (2024-11-01) +- KP.3.2.8 (2024-11-01) +- KP.3.2.9 (2024-11-01) +- XEC.3 (2024-11-01) +- XEC.4 (2024-11-01) +- XEC.5 (2024-11-01) +- XEC.6 (2024-11-01) +- XEC.7 (2024-11-01) +- MJ.2 (2024-11-05) +- MJ.2.1 (2024-11-05) +- MJ.2.1.1 (2024-11-05) +- MJ.1.1 (2024-11-05) +- LF.10 (2024-11-05) +- LP.8.1 (2024-11-08) +- LP.8.2 (2024-11-08) +- LF.7.1.3 (2024-11-08) +- NL.2 (2024-11-08) +- NL.3 (2024-11-08) +- NL.4 (2024-11-08) +- NL.5 (2024-11-08) +- NL.6 (2024-11-08) +- NL.7 (2024-11-08) +- NM.2 (2024-11-12) +- LP.9 (2024-11-12) +- LP.9.1 (2024-11-12) +- NN.1 (2024-11-12) +- NN.1.1 (2024-11-12) +- NN.2 (2024-11-12) +- LP.1.2.1 (2024-11-12) +- NC.1.1 (2024-11-12) +- NC.1.2 (2024-11-12) +- LB.1.10 (2024-11-12) +- NP.1 (2024-11-12) +- NP.2 (2024-11-12) +- XEP (2024-11-12) +- MC.13.2 (2024-11-12) +- MC.21 (2024-11-12) +- MC.21.1 (2024-11-12) +- MC.22 (2024-11-12) +- XDY.1 (2024-11-12) +- LP.10 (2024-11-12) +- LP.10.1 (2024-11-12) +- NQ.1 (2024-11-12) +- NH.4 (2024-11-12) +- MU.3 (2024-11-12) +- KP.2.3.13 (2024-11-13) +- MG.2 (2024-11-13) +- MG.3 (2024-11-13) +- MG.4 (2024-11-14) + +
+ +## 2024-10-17T16:48:48Z + +- Add newly designated Nextstrain clades 24F (XEC) and 24G (KP.2.3) +- Add all 4 Pango lineages designated between 2024-09-26 and 2024-10-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XEH (2024-09-28) +- XEJ (2024-09-28) +- XEC.2 (2024-09-28) +- XEK (2024-09-28) + +
+ +## 2024-09-25T21:50:30Z + +- Include newly designated Nextstrain clades 24D (XDV.1) and 24E (KP.3.1.1) +- All 113 Pango lineages designated between 2024-07-15 and 2024-09-25 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XEC (2024-08-07) +- KP.2.3.5 (2024-08-07) +- KP.2.3.6 (2024-08-07) +- LP.4 (2024-08-07) +- LP.1.2 (2024-08-07) +- LB.1.2.2 (2024-08-07) +- LB.1.2.3 (2024-08-07) +- KP.2.18 (2024-08-07) +- KP.2.14.1 (2024-08-07) +- MC.2 (2024-08-08) +- MC.2.1 (2024-08-08) +- KR.1.3 (2024-08-08) +- MP.1 (2024-08-08) +- MP.1.1 (2024-08-08) +- JQ.2.1.2 (2024-08-08) +- MC.4 (2024-08-08) +- MC.3 (2024-08-08) +- LB.1.3.3 (2024-08-08) +- KP.2.15.1 (2024-08-08) +- KP.3.1.7 (2024-08-08) +- MQ.1 (2024-08-08) +- MQ.2 (2024-08-08) +- KP.3.3.4 (2024-08-08) +- MR.1 (2024-08-08) +- MK.3 (2024-08-08) +- XED (2024-08-08) +- LZ.2 (2024-08-12) +- XEC.1 (2024-08-14) +- MS.1 (2024-08-15) +- KU.2.1 (2024-08-15) +- KU.2.2 (2024-08-15) +- MA.1.1 (2024-08-15) +- MA.1.1.1 (2024-08-15) +- JN.1.18.8 (2024-08-15) +- JN.1.59.1 (2024-08-15) +- JN.1.16.4 (2024-08-15) +- LU.2.1 (2024-08-15) +- LU.2.1.1 (2024-08-15) +- MT.1 (2024-08-15) +- KP.2.19 (2024-08-15) +- LF.6 (2024-08-15) +- LR.3 (2024-08-15) +- XDV.1.1 (2024-08-15) +- XDV.1.2 (2024-08-15) +- XDV.1.2.1 (2024-08-15) +- XDV.1.3 (2024-08-15) +- XDV.1.4 (2024-08-15) +- XDV.1.5 (2024-08-15) +- XDV.1.6 (2024-08-15) +- LF.7 (2024-08-15) +- MU.1 (2024-08-15) +- JN.1.4.9 (2024-08-15) +- JN.1.38.1 (2024-08-15) +- MC.5 (2024-08-15) +- MC.6 (2024-08-15) +- MC.7 (2024-08-15) +- MC.8 (2024-08-15) +- MC.8.1 (2024-08-15) +- MC.9 (2024-08-15) +- MC.10 (2024-08-15) +- MC.11 (2024-08-15) +- MC.11.1 (2024-08-15) +- MC.12 (2024-08-15) +- MC.13 (2024-08-15) +- MC.13.1 (2024-08-15) +- MC.14 (2024-08-15) +- MC.15 (2024-08-15) +- MC.16 (2024-08-15) +- MB.1.1.1 (2024-08-15) +- MV.1 (2024-08-15) +- KP.2.20 (2024-08-15) +- KP.2.20.1 (2024-08-15) +- JN.1.67 (2024-08-15) +- JN.1.67.1 (2024-08-15) +- XEF (2024-08-15) +- KP.2.22 (2024-08-16) +- KP.2.24 (2024-08-16) +- KP.2.25 (2024-08-16) +- KP.2.26 (2024-08-16) +- KR.4.1 (2024-08-16) +- KP.6 (2024-08-16) +- XEG (2024-08-16) +- KP.2.3.7 (2024-08-16) +- MW.1 (2024-08-16) +- KP.2.23 (2024-08-16) +- JN.1.68 (2024-08-16) +- LF.8 (2024-08-16) +- LF.8.1 (2024-08-16) +- LF.8.1.1 (2024-08-16) +- XEE (2024-08-16) +- MC.17 (2024-08-16) +- JN.1.16.5 (2024-08-16) +- LW.1.1 (2024-08-16) +- LW.1.2 (2024-08-16) +- KP.3.6 (2024-08-16) +- LB.1.9 (2024-08-16) +- KP.3.1.8 (2024-08-16) +- MY.1 (2024-08-16) +- XDV.1.7 (2024-08-17) +- XDV.1.8 (2024-08-17) +- XDV.1.9 (2024-08-17) +- XDR.1.1 (2024-08-17) +- XDR.1.2 (2024-08-17) +- XDV.1.10 (2024-08-17) +- XDV.1.11 (2024-08-17) +- LU.2.2 (2024-08-20) +- LB.1.4.3 (2024-08-24) +- LF.9 (2024-08-27) +- LF.9.1 (2024-08-27) +- XDV.1.7.1 (2024-09-05) +- XDV.1.9.1 (2024-09-05) +- LZ.2.1 (2024-09-05) +- MZ.1 (2024-09-05) + +
+ +## 2024-07-17T12:57:03Z + +- Include newly designated Nextstrain clade 24C (KP.3) +- All 84 Pango lineages designated between 2024-06-11 and 2024-07-14 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- BA.2.86.7 (2024-06-13) +- XDZ (2024-06-14) +- JN.1.1.10 (2024-06-14) +- JN.1.63 (2024-06-14) +- JN.1.63.1 (2024-06-14) +- XEA (2024-06-14) +- XEB (2024-06-14) +- XDP.2 (2024-06-14) +- XDP.3 (2024-06-14) +- LV.1 (2024-06-14) +- LV.2 (2024-06-14) +- LE.1.3 (2024-06-14) +- LE.1.3.1 (2024-06-14) +- JN.1.58.3 (2024-06-14) +- KP.4.1.1 (2024-06-17) +- KP.4.1.2 (2024-06-17) +- KP.4.1.3 (2024-06-17) +- LW.1 (2024-06-17) +- LP.3 (2024-06-17) +- KP.3.1.5 (2024-06-17) +- KP.1.1.5 (2024-06-17) +- XDD.3 (2024-06-29) +- LF.3.1.1 (2024-06-29) +- LB.1.3.1 (2024-06-29) +- KP.2.3.4 (2024-06-29) +- JN.1.18.6 (2024-06-29) +- LY.2 (2024-06-29) +- LY.1 (2024-06-29) +- JN.1.18.7 (2024-06-29) +- LZ.1 (2024-06-29) +- LZ.1.1 (2024-06-29) +- MA.1 (2024-06-29) +- MB.1 (2024-06-29) +- MB.1.1 (2024-06-29) +- LP.1.1 (2024-06-29) +- LF.4 (2024-06-29) +- LF.4.1 (2024-06-29) +- KP.3.3.1 (2024-06-29) +- MC.1 (2024-06-29) +- LU.2 (2024-07-01) +- JN.1.64 (2024-07-01) +- JN.1.64.1 (2024-07-01) +- MD.1 (2024-07-01) +- MD.1.1 (2024-07-01) +- MD.2 (2024-07-01) +- MD.3 (2024-07-01) +- MD.3.1 (2024-07-01) +- LK.2 (2024-07-03) +- LK.2.1 (2024-07-03) +- JN.1.7.8 (2024-07-03) +- JN.1.50.2 (2024-07-03) +- ME.1 (2024-07-03) +- LF.5 (2024-07-10) +- JN.1.48.3 (2024-07-10) +- KS.1.3 (2024-07-10) +- JN.1.65 (2024-07-10) +- JN.1.65.1 (2024-07-10) +- MF.1 (2024-07-10) +- MF.2 (2024-07-10) +- KP.3.3.2 (2024-07-10) +- MG.1 (2024-07-10) +- KP.4.2.3 (2024-07-10) +- KP.2.17 (2024-07-10) +- LB.1.3.2 (2024-07-10) +- MH.1 (2024-07-10) +- LB.1.8 (2024-07-10) +- JN.1.7.9 (2024-07-10) +- MJ.1 (2024-07-10) +- KP.3.1.6 (2024-07-12) +- MK.1 (2024-07-12) +- MK.2 (2024-07-12) +- KP.3.4.1 (2024-07-12) +- KP.3.3.3 (2024-07-12) +- ML.1 (2024-07-12) +- ML.2 (2024-07-12) +- MM.1 (2024-07-12) +- MM.2 (2024-07-12) +- JN.1.66 (2024-07-12) +- MN.1 (2024-07-12) +- KP.3.5 (2024-07-12) +- LB.1.4.1 (2024-07-13) +- LB.1.7.1 (2024-07-13) +- LB.1.7.2 (2024-07-13) +- LB.1.7.3 (2024-07-13) + +
+ +## 2024-07-03T08:29:55Z + +Added configuration of current and recent vaccine strains as 'reference nodes' on the reference tree, against which query sequences can be compared. This feature is in addition to the new 'compare to clade founder' feature, allowing to compare each query sequence to the most ancestral node of a clade or lineage. + +The datasets themselves remain unchanged. + +See Nextclade documentation for more details about 'relative mutations' functionality. + +## 2024-06-13T23:42:47Z + +- Labelled mutations added for Nextstrain clades 24A (JN.1) and 24B (JN.1.11.1) +- All 172 Pango lineages designated between 2024-04-13 and 2024-06-10 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: +- Fixed a bug that made amino acid gaps on the reference tree be left-aligned instead of right-aligned. This only affected the display of mutations on branches in tree view. The bug existed since switching the default gap alignment from right to left in nextclade v2. + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- KP.4 (2024-04-15) +- KP.4.1 (2024-04-15) +- KP.4.2 (2024-04-15) +- KP.1.2 (2024-04-15) +- KP.2.3 (2024-04-15) +- JN.1.47 (2024-04-15) +- JN.1.47.1 (2024-04-15) +- JN.1.47.2 (2024-04-15) +- JN.1.16.2 (2024-04-15) +- LA.1 (2024-04-15) +- LA.2 (2024-04-15) +- JN.1.9.2 (2024-04-15) +- LB.2 (2024-04-15) +- JN.1.7.4 (2024-04-15) +- JN.1.24.1 (2024-04-15) +- LC.1 (2024-04-15) +- JN.1.32.1 (2024-04-15) +- KW.1.2 (2024-04-15) +- JN.1.8.4 (2024-04-15) +- JN.1.48 (2024-04-15) +- JN.1.48.1 (2024-04-15) +- LB.1 (2024-04-16) +- XDW (2024-04-18) +- XDQ.2 (2024-04-18) +- XDQ.3 (2024-04-18) +- XDQ.1.1 (2024-05-15) +- XDK.1.1 (2024-05-15) +- XDK.1.2 (2024-05-15) +- XDK.2 (2024-05-15) +- XDK.3 (2024-05-15) +- XDR.1 (2024-05-15) +- KP.2.4 (2024-05-15) +- KP.2.5 (2024-05-15) +- KP.2.6 (2024-05-15) +- KP.2.7 (2024-05-15) +- KP.2.3.1 (2024-05-15) +- KP.4.2.1 (2024-05-15) +- KP.2.8 (2024-05-15) +- KP.2.9 (2024-05-15) +- KP.2.10 (2024-05-15) +- KP.2.11 (2024-05-15) +- KP.2.12 (2024-05-15) +- LD.1 (2024-05-15) +- JN.1.48.2 (2024-05-15) +- KP.1.1.2 (2024-05-15) +- LE.1 (2024-05-15) +- LE.1.1 (2024-05-15) +- LE.1.2 (2024-05-15) +- LE.2 (2024-05-15) +- LF.1 (2024-05-15) +- LF.1.1 (2024-05-15) +- JN.1.42.2 (2024-05-15) +- JN.1.49 (2024-05-15) +- JN.1.49.1 (2024-05-15) +- JN.1.49.2 (2024-05-15) +- KW.1.1.1 (2024-05-15) +- LG.1 (2024-05-15) +- JN.1.39.1 (2024-05-15) +- JN.1.39.2 (2024-05-16) +- KP.5 (2024-05-16) +- KP.3.1 (2024-05-16) +- KP.3.2 (2024-05-16) +- KP.3.3 (2024-05-16) +- JN.1.39.3 (2024-05-16) +- JN.15 (2024-05-16) +- JN.3.3 (2024-05-16) +- JN.16 (2024-05-16) +- JN.17 (2024-05-16) +- JN.11.1 (2024-05-16) +- BA.2.86.6 (2024-05-16) +- JN.18 (2024-05-16) +- JQ.2.1.1 (2024-05-16) +- JN.19 (2024-05-16) +- JN.1.1.8 (2024-05-17) +- KP.2.13 (2024-05-17) +- JN.1.50 (2024-05-18) +- JN.1.23.1 (2024-05-28) +- JN.1.29.1 (2024-05-28) +- JN.1.18.3 (2024-05-28) +- JN.1.18.4 (2024-05-28) +- LH.1 (2024-05-28) +- LH.2 (2024-05-28) +- KP.1.1.3 (2024-05-28) +- KP.3.1.1 (2024-05-28) +- KP.2.14 (2024-05-28) +- JN.1.51 (2024-05-28) +- JN.1.51.1 (2024-05-28) +- LJ.1 (2024-05-28) +- LF.2 (2024-05-28) +- JN.1.52 (2024-05-28) +- JN.1.7.5 (2024-05-28) +- LK.1 (2024-05-28) +- JN.1.50.1 (2024-05-28) +- LF.3 (2024-05-28) +- KP.4.2.2 (2024-05-28) +- XDK.4 (2024-05-28) +- XDK.4.1 (2024-05-28) +- XDK.5 (2024-05-28) +- XDK.6 (2024-05-28) +- LL.1 (2024-05-28) +- LM.1 (2024-05-28) +- KS.1.1 (2024-05-28) +- JN.1.53 (2024-05-28) +- JN.1.53.1 (2024-05-28) +- LN.1 (2024-05-28) +- LN.1.1 (2024-05-28) +- JN.1.54 (2024-05-28) +- JN.1.54.1 (2024-05-28) +- LP.1 (2024-05-28) +- KP.3.4 (2024-05-29) +- KP.3.2.1 (2024-05-29) +- KP.2.15 (2024-05-30) +- KR.1.1 (2024-05-30) +- KR.1.2 (2024-05-30) +- KR.3 (2024-05-30) +- KR.4 (2024-05-30) +- KR.5 (2024-05-30) +- KS.1.2 (2024-05-30) +- JN.1.55 (2024-05-30) +- JN.1.55.1 (2024-05-30) +- JN.1.55.2 (2024-05-30) +- KP.3.2.2 (2024-05-30) +- JN.1.56 (2024-05-31) +- JN.1.56.1 (2024-05-31) +- JN.1.44.1 (2024-05-31) +- LB.1.1 (2024-06-04) +- LB.1.2 (2024-06-04) +- LB.1.2.1 (2024-06-04) +- LB.1.3 (2024-06-04) +- LB.1.4 (2024-06-04) +- LB.1.5 (2024-06-04) +- LB.1.6 (2024-06-04) +- KP.2.3.2 (2024-06-04) +- KP.2.16 (2024-06-04) +- LF.3.1 (2024-06-04) +- KP.3.1.2 (2024-06-04) +- KP.3.1.3 (2024-06-04) +- KP.3.1.4 (2024-06-04) +- KP.3.2.3 (2024-06-04) +- KP.3.2.4 (2024-06-04) +- LB.1.7 (2024-06-04) +- LF.1.1.1 (2024-06-04) +- KP.1.1.4 (2024-06-04) +- LP.2 (2024-06-04) +- XDY (2024-06-04) +- LQ.1 (2024-06-04) +- LQ.1.1 (2024-06-04) +- LQ.2 (2024-06-04) +- LQ.3 (2024-06-04) +- JN.1.4.8 (2024-06-04) +- JN.1.7.6 (2024-06-04) +- JN.1.57 (2024-06-04) +- JN.1.57.1 (2024-06-04) +- JN.1.58 (2024-06-04) +- JN.1.58.1 (2024-06-04) +- JN.1.58.2 (2024-06-04) +- LR.1 (2024-06-04) +- LR.2 (2024-06-04) +- JN.1.59 (2024-06-05) +- JN.1.7.7 (2024-06-05) +- JN.1.60 (2024-06-05) +- JN.1.61 (2024-06-05) +- JN.1.18.5 (2024-06-07) +- LS.1 (2024-06-07) +- KP.2.3.3 (2024-06-07) +- JN.1.62 (2024-06-08) +- KP.3.2.5 (2024-06-09) +- LT.1 (2024-06-10) +- JN.1.1.9 (2024-06-10) +- JN.1.16.3 (2024-06-10) +- JN.1.15.1 (2024-06-10) +- LU.1 (2024-06-10) + +
+ +## 2024-04-25T01:03:07Z + +- fix: Increase Nextclade alignment parameter "excessBandwidth" from 9 to 12 to correctly align complex series of indels that has arisen in Spike NTD with the occurrence of S:31- in some JN.1. The bandwidth is chosen to be as small as possible (to ensure fast runtime) but as large as necessary for correct alignment. As a result, occasional adjustments like here are required. Nothing else is changed in this SARS-CoV-2 dataset update. + +## 2024-04-15T15:08:22Z + +- Nextstrain clades 24A (JN.1) and 24B (JN.1.11.1) are now included. +- All 83 Pango lineages designated between 2024-02-13 and 2024-04-12 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- JN.1.23 (2024-02-20) +- KP.1 (2024-02-22) +- JN.1.7.1 (2024-03-01) +- JN.1.7.2 (2024-03-01) +- KQ.1 (2024-03-01) +- JN.1.13.1 (2024-03-01) +- JN.1.1.5 (2024-03-01) +- KR.1 (2024-03-04) +- KP.1.1 (2024-03-04) +- KP.2 (2024-03-04) +- JN.1.24 (2024-03-04) +- XDK.1 (2024-03-04) +- JN.1.25 (2024-03-04) +- JN.1.25.1 (2024-03-04) +- XDQ.1 (2024-03-04) +- JQ.2 (2024-03-05) +- JN.13 (2024-03-06) +- JN.13.1 (2024-03-06) +- JN.1.1.6 (2024-03-09) +- JN.1.26 (2024-03-09) +- JN.1.27 (2024-03-09) +- JN.1.4.4 (2024-03-09) +- JN.1.8.2 (2024-03-09) +- JN.1.28 (2024-03-09) +- JN.1.1.7 (2024-03-09) +- JN.1.29 (2024-03-09) +- JN.1.4.5 (2024-03-14) +- JN.1.18.1 (2024-03-14) +- JN.1.30 (2024-03-14) +- JN.1.31 (2024-03-14) +- JN.1.16.1 (2024-03-14) +- KS.1 (2024-03-14) +- JN.1.4.6 (2024-03-14) +- JN.1.32 (2024-03-14) +- GE.1.2.2 (2024-03-17) +- KT.1 (2024-03-17) +- KT.1.1 (2024-03-17) +- KT.1.2 (2024-03-17) +- KP.3 (2024-03-17) +- JN.1.33 (2024-03-17) +- JN.1.34 (2024-03-17) +- JN.1.35 (2024-03-17) +- JN.1.36 (2024-03-17) +- KP.2.1 (2024-03-19) +- KP.2.2 (2024-03-19) +- JN.1.30.1 (2024-03-19) +- JQ.2.1 (2024-03-20) +- XDD.1.1.1 (2024-03-25) +- KU.1 (2024-03-25) +- KU.2 (2024-03-25) +- JN.1.18.2 (2024-03-25) +- JN.1.36.1 (2024-03-25) +- KV.1 (2024-03-25) +- JN.1.37 (2024-03-25) +- JN.1.28.1 (2024-03-25) +- KW.1 (2024-03-25) +- JN.1.38 (2024-03-25) +- JN.1.39 (2024-03-25) +- JN.1.40 (2024-03-25) +- JN.1.41 (2024-03-25) +- JN.1.42 (2024-03-25) +- JN.1.43 (2024-03-25) +- JN.1.43.1 (2024-03-25) +- KP.1.1.1 (2024-03-25) +- JN.1.44 (2024-03-25) +- XDU (2024-03-26) +- XDP.1 (2024-03-26) +- JN.2.2.1 (2024-03-26) +- JN.1.8.3 (2024-03-29) +- KY.1 (2024-03-29) +- JN.14 (2024-03-29) +- JN.1.45 (2024-03-29) +- XDV (2024-04-02) +- XDV.1 (2024-04-02) +- JN.1.42.1 (2024-04-02) +- JN.1.46 (2024-04-02) +- JN.1.4.7 (2024-04-02) +- KV.2 (2024-04-02) +- KW.1.1 (2024-04-03) +- KZ.1 (2024-04-04) +- KZ.1.1 (2024-04-04) +- KZ.1.1.1 (2024-04-04) +- JN.1.7.3 (2024-04-04) + +
+ +## 2024-02-16T04:00:32Z + +- All 35 Pango lineages designated between 2024-01-16 and 2024-02-12 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XDN (2024-01-16) +- XDP (2024-01-16) +- JN.3.2 (2024-01-16) +- JN.3.2.1 (2024-01-16) +- JN.11 (2024-01-21) +- JN.1.12 (2024-01-21) +- JN.12 (2024-01-22) +- JN.1.11.1 (2024-01-22) +- KM.1 (2024-01-31) +- BA.2.87 (2024-02-01) +- BA.2.87.1 (2024-02-01) +- XDQ (2024-02-01) +- GK.1.10.1 (2024-02-01) +- XDR (2024-02-01) +- JN.1.13 (2024-02-01) +- JN.1.14 (2024-02-01) +- JN.1.15 (2024-02-01) +- JN.1.4.1 (2024-02-01) +- JN.1.2.1 (2024-02-01) +- JN.1.16 (2024-02-01) +- JN.1.17 (2024-02-01) +- JN.1.4.2 (2024-02-02) +- JN.1.18 (2024-02-04) +- JN.1.19 (2024-02-04) +- JN.1.20 (2024-02-04) +- XDS (2024-02-04) +- JN.1.9.1 (2024-02-04) +- JN.1.21 (2024-02-04) +- JN.1.22 (2024-02-04) +- JN.1.4.3 (2024-02-12) +- XDT (2024-02-12) +- HK.13.2.1 (2024-02-12) +- KN.1 (2024-02-12) +- KN.1.1 (2024-02-12) +- JN.1.1.4 (2024-02-12) + +
+ +## 2024-01-16T20:31:02Z + +Initial release of this v3 dataset. + +This dataset is new to v3 and does not have a v2 equivalent. diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/README.md b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/README.md new file mode 100644 index 00000000..b84022a2 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/README.md @@ -0,0 +1,50 @@ +# SARS-CoV-2 dataset with mutations relative to XBB + +| Key | Value | +| ----------------- | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | +| authors | [Cornelius Roemer](https://neherlab.org), [Richard Neher](https://neherlab.org), [Nextstrain](https://nextstrain.org) | +| reference | `Wuhan-Hu-1/2019` with XBB SNPs added | +| workflow | https://github.com/neherlab/nextclade_data_workflows/tree/v3-sc2/sars-cov-2 | +| path | `nextstrain/sars-cov-2/XBB` | +| clade definitions | [Nextstrain clades](https://nextstrain.org/blog/2022-04-29-SARS-CoV-2-clade-naming-2022) and [Pango lineages](https://www.nature.com/articles/s41564-020-0770-5) | + +## Scope of this dataset + +This dataset shows mutations relative to the prototypical XBB sequence and is particularly useful for the analysis of SARS-CoV-2 sequences that are descended from the XBB lineage. + +For the analysis of non-XBB sequences, other Nextclade datasets for SARS-CoV-2 may be more appropriate. In addition, the `wuhan-hu-1/proteins` dataset shows amino acid mutations in coordinates of mature proteins (nsp1-16) instead of ORF1a and ORF1b coordinates. + +## Reference sequence and reference tree + +The reference sequence used in this dataset is `Wuhan-Hu-1/2019` but with XBB SNPs added. SNPs (but not indels) are thus shown with respect to XBB while the mutation positions remain within the familiar `Wuhan-Hu-1` coordinate system. + +The reference tree contains one sequence for each Pango lineage descended from BA.2 (including recombinants such as XBB) and is rooted on BA.2. + +## Features + +This dataset supports: + +- Assignment of Nextstrain clades +- Assignment of Pango lineages +- Sequence QC +- Phylogenetic placement +- Calculation of immune escape scores relative to XBB neutralizing antibodies as described in [Greaney et al. 2022](https://doi.org/10.1093/ve/veac021) +- Calculation of ACE2 binding scores relative to XBB as described in [Starr et al. 2022](https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1010951) + +## Nextstrain clades + +Since its emergence in late 2019, SARS-CoV-2 has evolved into many co-circulating variants. To facilitate discussion of these variants, we have grouped them into clades which are defined by specific signature mutations. + +Nextstrain clade names consist of two numbers representing a year and then a single letter representing the clade within that year. For example, 21A is the first clade we named in 2021. + +We define each clade by a combination of signature mutations. You can find the exact clade definition on Github in this [file](https://github.com/nextstrain/ncov/blob/master/defaults/clades.tsv). + +Below is an illustration of the phylogenetic relationships of Nextstrain clades ([source](https://github.com/nextstrain/ncov-clades-schema/)): + +![Illustration of phylogenetic relationships of SARS-CoV-2 clades, as defined by Nextstrain](https://raw.githubusercontent.com/nextstrain/ncov-clades-schema/master/clades.svg) + +Learn more about how Nextclade assigns clades in the [documentation](https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/algorithm/). + +## What are Nextclade datasets + +Read more about Nextclade datasets in the Nextclade documentation: https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/datasets.html diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/dataset.zip b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/dataset.zip new file mode 100644 index 00000000..6bf2c466 Binary files /dev/null and b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/dataset.zip differ diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/genome_annotation.gff3 b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/genome_annotation.gff3 new file mode 100644 index 00000000..d728c52e --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/genome_annotation.gff3 @@ -0,0 +1,16 @@ +# Gene map (genome annotation) of SARS-CoV-2 in GFF format. +# For gene map purpses we only need some of the columns. We substitute unused values with "." as per GFF spec. +# See GFF format reference at https://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html +# seqname source feature start end score strand frame attribute +. . gene 26245 26472 . + . gene_name=E +. . gene 26523 27191 . + . gene_name=M +. . gene 28274 29533 . + . gene_name=N +. . gene 266 13468 . + . gene_name=ORF1a +. . gene 13468 21555 . + . gene_name=ORF1b +. . gene 25393 26220 . + . gene_name=ORF3a +. . gene 27202 27387 . + . gene_name=ORF6 +. . gene 27394 27759 . + . gene_name=ORF7a +. . gene 27756 27887 . + . gene_name=ORF7b +. . gene 27894 28259 . + . gene_name=ORF8 +. . gene 28284 28577 . + . gene_name=ORF9b +. . gene 21563 25384 . + . gene_name=S \ No newline at end of file diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/pathogen.json b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/pathogen.json new file mode 100644 index 00000000..a630ffa5 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/XBB/unreleased/pathogen.json @@ -0,0 +1,48103 @@ +{ + "alignmentParams": { + "excessBandwidth": 12, + "terminalBandwidth": 100, + "allowedMismatches": 4, + "gapAlignmentSide": "right", + "minSeedCover": 0.1 + }, + "compatibility": { + "cli": "3.0.0-alpha.0", + "web": "3.0.0-alpha.0" + }, + "defaultCds": "S", + "files": { + "changelog": "CHANGELOG.md", + "examples": "sequences.fasta", + "genomeAnnotation": "genome_annotation.gff3", + "pathogenJson": "pathogen.json", + "readme": "README.md", + "reference": "reference.fasta", + "treeJson": "tree.json" + }, + "cdsOrderPreference": [ + "S", + "N", + "M", + "E", + "ORF1a", + "ORF1b", + "nsp1", + "nsp2", + "nsp3", + "nsp4", + "nsp5", + "nsp6", + "nsp7", + "nsp8", + "nsp9", + "nsp10", + "nsp11", + "nsp12", + "nsp13", + "nsp14", + "nsp15", + "nsp16", + "ORF3a", + "ORF6", + "ORF7a", + "ORF7b", + "ORF8", + "ORF9b" + ], + "qc": { + "frameShifts": { + "enabled": true, + "ignoredFrameShifts": [ + { + "codonRange": 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An escape value of 0 means all binding is retained. A value of 1 means e^(-1)=0.4 of binding is retained. A value of 2 means ~17% of binding is retained etc.\nNote that the score does not distinguish between amino acids that are subsituted, so S:346T has the same score as S:346I.\nNote that only RBD mutations are considered, defined as mutations between S:330 and S:531. Mutations outside this range are ignored.\nThe score assumes that mutations do not interact. The underlying data looked at the impact of each mutation independently.\nThe score is calculated using the same logic as Bloom lab's antibody escape calculator (see https://doi.org/10.1093/ve/veac021) using data generated by Yunlong Cao's group (see https://doi.org/10.1101/2022.09.15.507787).", + "cds": "S", + "ignore": { + "clades": [ + "outgroup" + ] + }, + "name": "immune_escape", + "nameFriendly": "Immune escape", + "data": [ + { + "name": "BD45-105", + "weight": 0.00034, + "locations": { + "336": 0.17456, + "345": 0.28405, + "347": 0.23194, + "356": 0.17024, + "362": 0.17402, + "364": 0.37821, + "365": 0.26569, + "371": 0.18594, + "372": 0.23015, + "376": 0.14564, + "385": 0.11543, + "387": 0.17007, + "390": 0.28451, + "392": 0.42441, + "393": 1.23571, + "395": 0.50721, + "403": 0.21695, + "413": 0.15361, + "423": 0.25362, + "427": 0.16175, + "439": 0.26272, + "440": 0.49795, + "443": 0.12539, + "445": 0.31846, + "451": 0.14818, + "461": 0.28221, + "468": 0.19514, + "471": 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Hence a score of +1 should be interpreted as 10x higher affinity.\nThe score assumes that mutations do not interact. The underlying data looked at the impact of each mutation independently.\nThe score is calculated using the same data and logic as Bloom lab's ACE2 binding calculator (see https://doi.org/10.1101/2022.09.20.508745).", + "cds": "S", + "ignore": { + "clades": [ + "outgroup" + ] + }, + "name": "ace2_binding", + "nameFriendly": "ACE2 binding", + "data": [ + { + "name": "binding", + "weight": 1.0, + "locations": { + "330": { + "A": -0.08339, + "C": -0.61624, + "D": -0.1467, + "E": -0.14146, + "F": -0.53604, + "G": -0.14484, + "H": -0.19436, + "I": -0.46421, + "K": -0.09607, + "L": -0.55369, + "M": -0.25741, + "N": 0.0, + "P": -0.06521, + "Q": -0.13873, + "R": -0.18489, + "S": -0.16987, + "T": -0.10898, + "V": -0.32157, + "W": -0.6072, + "Y": -0.44272 + }, + "331": { + "A": 0.03723, + "C": -0.1646, + "D": -0.09454, + "E": -0.00955, + "F": -0.02361, + "G": -0.00814, + "H": -0.01101, + "I": 0.0, + "K": -0.07209, + "L": -0.02199, + "M": -0.01516, + "N": 0.02926, + "P": -0.06293, + "Q": 0.01714, 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"M": -0.56316, + "N": -1.59717, + "P": -1.44914, + "Q": -1.54551, + "R": -1.80161, + "S": -1.64422, + "T": -1.51278, + "V": -1.13315, + "W": -0.2531, + "Y": -0.58482 + }, + "338": { + "A": 0.01589, + "C": -0.61415, + "D": 0.02718, + "E": 0.05066, + "F": -0.00351, + "G": -0.07017, + "H": 0.0, + "I": 0.03301, + "K": -0.00168, + "L": 0.06279, + "M": 0.08414, + "N": -0.00454, + "P": -0.51496, + "Q": -0.05766, + "R": -0.07705, + "S": -0.025, + "T": 0.00837, + "V": -0.03533, + "W": -0.20383, + "Y": -0.02897 + }, + "339": { + "A": -0.23553, + "C": -0.56606, + "D": -0.26595, + "E": 0.0, + "F": -0.81069, + "G": -0.56443, + "H": -0.55099, + "I": -0.58538, + "K": -0.10226, + "L": -0.54341, + "M": -0.5239, + "N": -0.58251, + "P": -1.01938, + "Q": -0.11237, + "R": -0.39293, + "S": -0.2338, + "T": -0.30019, + "V": -0.50701, + "W": -0.87044, + "Y": -0.70568 + }, + "340": { + "A": -1.36535, + "C": -1.28784, + "D": -1.6572, + "E": -1.57593, + "F": -0.72406, + "G": -1.78898, + "H": -1.57307, + "I": 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"N": 0.0, + "P": -2.3244, + "Q": -2.31482, + "R": -1.83159, + "S": -1.53266, + "T": -2.46466, + "V": -2.2511, + "W": -2.15993, + "Y": -1.97505 + }, + "422": { + "A": -2.61288, + "C": -2.76776, + "D": -3.1493, + "E": -3.28004, + "F": -1.08952, + "G": -2.67179, + "H": -2.25056, + "I": -1.7922, + "K": -1.93088, + "L": -2.07821, + "M": -1.901, + "N": -2.54235, + "P": -2.66873, + "Q": -2.94539, + "R": -1.99083, + "S": -2.47675, + "T": -2.7929, + "V": -2.03688, + "W": -2.28, + "Y": 0.0 + }, + "423": { + "A": -0.55471, + "C": -1.19117, + "D": -2.57823, + "E": -2.75936, + "F": -1.98573, + "G": -1.49579, + "H": -0.33594, + "I": -2.5382, + "K": 0.0, + "L": -2.07648, + "M": -1.37324, + "N": -0.66844, + "P": -2.59029, + "Q": -1.03147, + "R": -0.40738, + "S": -0.63999, + "T": -3.04677, + "V": -1.66527, + "W": -2.74404, + "Y": -1.6269 + }, + "424": { + "A": -2.03934, + "C": -1.33529, + "D": -3.43848, + "E": -3.24835, + "F": -1.81381, + "G": -2.47695, + "H": -2.70041, + "I": -0.08629, + "K": 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"K": -2.30925, + "L": -2.79427, + "M": -2.64621, + "N": -2.95301, + "P": -3.17457, + "Q": -2.97196, + "R": -1.9876, + "S": -2.89243, + "T": -2.98577, + "V": -2.86432, + "W": -1.23906, + "Y": -0.83095 + }, + "497": { + "A": -1.25648, + "C": -2.29022, + "D": -3.88252, + "E": -2.76416, + "F": -2.3642, + "G": -2.97088, + "H": -1.3455, + "I": -2.15737, + "K": -1.61307, + "L": -2.21129, + "M": -1.13639, + "N": -2.1055, + "P": -2.98067, + "Q": -0.80446, + "R": 0.0, + "S": -2.11513, + "T": -1.50678, + "V": -2.21982, + "W": -1.28932, + "Y": -1.73656 + }, + "498": { + "A": -0.84475, + "C": -1.71997, + "D": -1.58382, + "E": -1.60636, + "F": -1.39798, + "G": -1.0875, + "H": -0.82773, + "I": -1.54544, + "K": -0.80507, + "L": -1.34223, + "M": -1.40177, + "N": -0.82626, + "P": 0.0, + "Q": -1.00518, + "R": -0.86083, + "S": -0.80067, + "T": -0.9553, + "V": -1.46031, + "W": -1.54203, + "Y": -1.11114 + }, + "499": { + "A": -0.68654, + "C": -1.8411, + "D": -2.59045, + "E": -2.33775, + "F": -1.51093, + "G": -0.90979, + "H": -1.47724, + "I": -2.34162, + "K": -0.93385, + "L": -1.68352, + "M": -0.99144, + "N": -1.37305, + "P": -1.69812, + "Q": -0.63148, + "R": -1.51722, + "S": -0.73097, + "T": 0.0, + "V": -2.53858, + "W": -1.33788, + "Y": -1.50778 + }, + "500": { + "A": -2.76637, + "C": -2.95806, + "D": -3.78708, + "E": -3.11943, + "F": -0.71655, + "G": -3.29637, + "H": -2.56834, + "I": -2.64591, + "K": -3.42469, + "L": -3.16666, + "M": -1.37001, + "N": -3.04163, + "P": -3.30241, + "Q": -2.76233, + "R": -3.34824, + "S": -2.92365, + "T": -1.57355, + "V": -2.1568, + "W": -1.24562, + "Y": 0.0 + }, + "501": { + "A": -2.92102, + "C": -2.33214, + "D": -3.15773, + "E": -3.92526, + "F": -2.29755, + "G": 0.0, + "H": -3.20941, + "I": -3.38618, + "K": -3.21149, + "L": -3.33505, + "M": -3.3246, + "N": -3.22374, + "P": -3.31503, + "Q": -3.73805, + "R": -2.53605, + "S": -2.8118, + "T": -3.68284, + "V": -3.4084, + "W": -2.00394, + "Y": -2.30534 + }, + "502": { + "A": -0.13462, + "C": -0.66798, + "D": 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+>USA/MS-MSPHL-0434/2023 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA +CTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTC +AACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAA +TTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAG +TGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACA +TTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACC +TTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAG +TTGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCAT +ATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGTTGTGGTTATACCTACTAAAA +AGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATT +ATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAG +TGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGC +AAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGANN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTANNCAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGG +ACATGTCAATGACATATGGACAACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTA +CTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATG +ACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTA +GGTACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAATGGTTTAA +CTTCTATTAAATGGGCAGATAACAACTGTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNAAGTTGTAGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTTA +AAATTACAGAAGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATTCTAGTC +TTACTATTAAGAAACCTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTC +ATGGTTTAGCTGCTGTTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTT +TTCTTAACAAAGTTGTTAGTACAACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTT +GTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTACTTTATTGCTACAATTGTGTACTTTTACTAGAA +GTACAAATTCTAGAATTAAAGCATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGANNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTA +TTAGTGATGAAGTTGCGAGAGACTTGTCACTACAGTTTAAAAGACCAATAAATCCTACTG +ACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCATCTTTACT +TTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAG +ACAACCTGAGAGCTAATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATG +GTAAATCAAAATGTGAAGAATCATCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTA +TGTGTCAACCTATACTGTTACTAGATCAGGCATTAGTGTCTGATGTTGGTGATAGNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGTTAC +TCACAATTTTGACTTCACTTTTAGTTTTAGTCCAGAGTACTCAATGGTCTTTGTTCTTTT +TTTTGTATGAAAATGCCTTTTTACCTTTTGCTATGGGTATTATTGCTATGTCTGCTTTTG +CAATGATGTTTGTCAAACATAAGCATGCATTTCTCTGTTTGTTTTTGTTACCTTCTCTTG +CCACTGTAGCTTATTTTAATATGGTCTATATGCCTGCTAGTTGGGTGATGCGTATTATGA +CATGGTTGGATATGGTTGATACTAGTTTGTCTGGTTTTAAGCTAAAAGACTGTGTTATGT +ATGCATCAGCTGTAGTGTTACTAATCCTTATGACAGCAAGAACTGTGTATGATGATGGTG +CTAGGAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNCTTCATAACTGGTAATACACTTCAGTGTATAATGCTAGTTTATTGTT +TCTTAGGCTATTTTTGTACTTGTTACTTTGGCCTCNTTTGTTTACTCAACCGCTACTTTA +GACTGACTCTTGGTGTTTATGATTAYTTAGTTTCTACACAGGAGTTTAGATATATGAATT +CACAGGGACTACTCCCACCCAAGAATAGCATAGATGCCTTCAAACTCAACATTAAATTGT +TGGGTGTTGGTGGCAAACCTTGTATCAAAGTAGCCACTGTACAGTCTAAAATGTCAGATG +TAAAGTGCACATCAGTAGTCTTACTCTCAGTTTTGCAACAACTCAGAGTAGAATCATCAT +CTAAATTGTGGGCTCAATGTGTCCAGTTAYACAATGACATTCTCTTAGCTAAAGATACTA +CTGAAGCCTTTGAAAAAATGGTTTCACTACTTTCTGTTTTGCTTTCCATGCAGGGTGCTG +TAGACATAAACAAGCTTTGTGAAGAAATGCTGGACAACAGGGCAACCTTACAAGCTATAG +CCTCAGAGTTTAGTTCCCTTCCATCATATGCAGCTTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATG +AGCAGGCTGTTGCTAATGGTGATTCTGAAGTTGTTCTTAAAAAGTTGAAGAAGTCTTTGA +ATGTGGCTAAATCTGAATTTGACCGTGATGCAGCCATGCAACGTAAGTTGGAAAAGATGG +CTGATCAAGCTATGACCCAAATGTATAAACAGGCTAGATCTGAGGACAAGAGGGCAAAAG +TTACTAGTGCTATGCAGACAATGCTTTTCACTATGCTTAGAAAGTTGGATAATGATGCAC +TCAACAACATTATCAACAATGCAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAACATAATACCTCTTA +CAACAGCAGCCAAACTAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT +GTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCTGCTTCTGGTAATCTATTACTAGATAAACGCAC +TACGTGCTTTTCAGTAGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAACTGTCAAACCCGG +TAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAAGGGTTTCTTTAAGGAAGGAAG +TTCTGTTGAATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTTCTATCAGCGATTA +TGACTACTATCGTTATAATCTACCAACAATGTGTGATATCAGACAACTACTATTTGTAGT +TGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCTAACCAAGN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGT +TTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCCAATGTTAATGCACTTTTATCTACTGATGGTAA +CAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGAGTGTCTCTATAG +AAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCATATTTGCGTAAACATTT +CTCAATGATGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCA +AGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTTAAGTCAGTTCTTTATTATCAAAACAATGTTTT +TATGTCTGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCATGAATTTTG +CTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGTGATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGA +TCCATCAAGAATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTAC +ACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTTAGCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCC +TAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAGAAAGCTACATGA +TGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTC +AAGGTATTGGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAGGC +TGTTGGGGCTTGTGTTCTTTGCAATTCACAGACTTCATTAAGATGTGGTGCTTGCATACG +TAGACCATTCTTATGTTGTAAATGCTGTTACGACCATGTCATATCAACATCACATAAATT +AGTCTTGTCTGTTAATCCGTATGTTTGCAATGCTCCAGGTTGTGATGTCACAGATGTGAC +TCAACTTTACTTAGGAGGTATGAGCTATTATTGTAAATCACATAAACCACCCATTAGTTT +TCCATTGTGTGCTAATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCCA +GGGACCACCTGGTACTGGTAAGAGTCATTTTGCTATTGGCCTAGCTCTCTACTACCCTTC +TGCTCGCATAGTGTATACAGCTTGCTCTCATGCCGCTGTTGATGCACTATGTGAGAAGGC +ATTAAAATATTTGCCTATAGATAAATGTAGTAGAATTATACCTGCACGTGCTCGTGTAGA +GTGTTTTGATAAATTCAAAGTGAATTCAACATTAGAACAGTATGTCTTTTGTACTGTAAA +TGCATTGCCTGAGACGACAGCAGATATAGTTGTCTTTGATGAAATTTCAATGGCCACAAA +TTATGATTTGAGTGTTGTCAATGCCAGATTACGTGCTAAGCACTATGTGTACATTGGCGA +CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAT +AAGACATGTACGTGCATGGATTGGCTTCGATGTCGAGGGGTGTCATGCTACTAGAGAAGC +TGTTGGTACCAATTTACCTTTACAGCTAGGTTTTTCTACAGGTGTTAACCTAGTTGCTGT +ACCTACAGGTTATGTTGATACACCTAATAATACAGATTTTTCCAGAGTTAGTGCTAAACC +ACCGCCTGGAGATCAATTTAAACACCTCATACCACTTATGTACAAAGGACTTCCTTGGAA +TGTAGTGCGTATAAAGATTGTACAAATGTTAAGTGACACACTTAAAAATCTCTCTGACAG +AGTCGTATTTGTCTTATGGGCACATGGCTTTGAGTTGACATCTATGAAGTATTTTGTGAA +AATAGGACCTGAGCGCACCTGTTGTCTATGTGATAGACGTGCCACATGCTTTTCCACTGC +TTCAGACACTTATGCCTGTTGGCATCATTCTATTGGATTTGATTACGTCTATAATCCGTT +TATGATTGATGTTCAACAATGGGGTTTTACAGGTAACCTACAAAGCAACCATGATCTGTA +TTGTCAAGTCCATGGTAATGCACATGTAGCTAGTTGTGATGCAATCATGACTAGGTGTCT +AGCTGTCCACGAGTGCTTTGTTAAGCGTGTTGACTGGACTATTGAATATCCTATAATTGG +TGATGAACTGAAGATTAATGCGGCTTGTAGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTAAAGCTGC +ATTATTAGCAGACAAATTCCCAGTTCTTCACGACATTGGTAACCCTAAAGCTATTAAGTG +TGTACCTCAAGCTGATGTAGAATGGAAGTTCTATGATGCACAGCCTTGTAGTGACAAAGC +TTATAAAATAGAAGAATTATTCTATTCTTATGCCACACATTCTGACAAATTCACAGATGG +TGTATGCCTATTTTGGAATTGCAATGTCGATAGATATCCTGCTAATTCCATTGTTTGTAG +ATTTGACACTAGAGTGCTATCTAACCTTAACTTGCCTGGTTGTGATGGTGGCAGTTTGTA 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNCTTTTGAATATGTCTCTCAGCCTTTTCTTATGGACCTTGAAGGAAAACAGGGTAATT +TCAAAAATCTTAGGGAATTTGTGTTTAAGAATATTGATGGTTATTTTAAAATATATTCTA +AGCACACGCCTATTAATTTAGTGCGTGATCTCCCTCAGGGTTTTTCGGCTTTAGAACCAT +TGGTAGATTTGCCAATAGGTATTAACATCACTAGGTTTCAAACTTTACTTGCTTTACATN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTATGCAGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNATCTTATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGA +CTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAACTGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAA +AAGCACACTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACACACTGGTTTGTAACAC +AAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACT +GTGATGTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACCTGAATTAG +ACTCATTCAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATT 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A full listing of all originating and submitting laboratories is available below. An attribution table is available by clicking on \"Download Data\" at the bottom of the page and then clicking on \"Strain Metadata\" in the resulting dialog box.\n","colorings":[{"key":"clade_membership","title":"Clade","type":"categorical","scale":[["21L","#5E1D9D"],["22A","#4B25B1"],["22B","#4137C2"],["22C","#3F4CCB"],["22D","#3F62D0"],["22E","#4376CD"],["22F","#4887C6"],["23A","#4F97BB"],["23B","#58A2AC"],["23C","#62AB9C"],["23D","#6DB38A"],["23E","#7BB77A"],["23F","#89BB6B"],["23G","#98BD5E"],["23H","#A8BE54"],["23I","#B7BD4B"],["24A","#C5B945"],["24B","#D2B340"],["24C","#DDAA3C"],["24D","#E39C39"],["24E","#E68B35"],["24F","#E67631"],["24G","#E35C2C"],["24H","#DF4227"],["24I","#DB2823"]]},{"key":"gt","title":"Genotype","type":"categorical"},{"key":"designation_date","title":"Designation 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diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/CHANGELOG.md b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/CHANGELOG.md new file mode 100644 index 00000000..0b1cff35 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/CHANGELOG.md @@ -0,0 +1,852 @@ +## Unreleased + +- Add newly designated Nextstrain clades 24H (LF.7) and 24I (MV.1) +- Add all 128 Pango lineages newly designated between 2024-10-19 and 2024-11-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- LF.7.1 (2024-10-19) +- LF.7.1.1 (2024-10-19) +- LF.7.2 (2024-10-19) +- LF.7.2.1 (2024-10-19) +- LF.7.3 (2024-10-19) +- LF.7.4 (2024-10-19) +- JN.1.49.3 (2024-10-20) +- MV.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.3 (2024-10-20) +- NA.1 (2024-10-20) +- NA.1.1 (2024-10-20) +- XDV.1.5.1 (2024-10-20) +- NB.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.2 (2024-10-20) +- LF.3.1.2 (2024-10-20) +- XEL (2024-10-20) +- NC.1 (2024-10-20) +- ND.1 (2024-10-20) +- ND.1.1 (2024-10-20) +- ND.2 (2024-10-20) +- ND.3 (2024-10-20) +- MC.10.1 (2024-10-20) +- KP.2.2.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.2 (2024-10-20) +- KP.2.25.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.1 (2024-10-20) +- MD.3.1.2 (2024-10-20) +- MD.3.1.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.4 (2024-10-20) +- MD.1.2 (2024-10-20) +- MD.1.1.1 (2024-10-20) +- KP.3.2.6 (2024-10-21) +- MC.1.1 (2024-10-21) +- MC.18 (2024-10-21) +- KP.2.27 (2024-10-22) +- KP.2.3.8 (2024-10-22) +- KP.2.2.2 (2024-10-22) +- XEM (2024-10-22) +- KP.3.1.9 (2024-10-22) +- KP.1.1.6 (2024-10-23) +- NE.1 (2024-10-23) +- XEN (2024-10-23) +- NF.1 (2024-10-24) +- KP.2.3.9 (2024-10-24) +- NG.1 (2024-10-24) +- NH.1 (2024-10-24) +- NH.2 (2024-10-24) +- NH.3 (2024-10-24) +- JN.1.11.2 (2024-10-25) +- NJ.1 (2024-10-25) +- KP.2.3.10 (2024-10-25) +- NK.1 (2024-10-25) +- LP.5 (2024-10-25) +- LP.6 (2024-10-25) +- LP.7 (2024-10-25) +- KP.2.3.11 (2024-10-25) +- LD.2 (2024-10-25) +- KP.3.1.10 (2024-10-25) +- NL.1 (2024-10-25) +- MU.2 (2024-10-25) +- MU.2.1 (2024-10-25) +- KP.3.7 (2024-10-25) +- LZ.2.1.2 (2024-10-27) +- LZ.2.1.1 (2024-10-27) +- KR.1.4 (2024-10-27) +- KP.2.3.12 (2024-10-27) +- NM.1 (2024-10-27) +- LP.8 (2024-10-27) +- LP.7.1.2 (2024-10-27) +- KP.4.2.5 (2024-10-27) +- KP.4.2.4 (2024-10-27) +- LF.7.1.2 (2024-10-27) +- MC.19 (2024-11-01) +- KP.2.6.1 (2024-11-01) +- MC.20 (2024-11-01) +- MC.10.2 (2024-11-01) +- KP.3.2.7 (2024-11-01) +- KP.3.2.8 (2024-11-01) +- KP.3.2.9 (2024-11-01) +- XEC.3 (2024-11-01) +- XEC.4 (2024-11-01) +- XEC.5 (2024-11-01) +- XEC.6 (2024-11-01) +- XEC.7 (2024-11-01) +- MJ.2 (2024-11-05) +- MJ.2.1 (2024-11-05) +- MJ.2.1.1 (2024-11-05) +- MJ.1.1 (2024-11-05) +- LF.10 (2024-11-05) +- LP.8.1 (2024-11-08) +- LP.8.2 (2024-11-08) +- LF.7.1.3 (2024-11-08) +- NL.2 (2024-11-08) +- NL.3 (2024-11-08) +- NL.4 (2024-11-08) +- NL.5 (2024-11-08) +- NL.6 (2024-11-08) +- NL.7 (2024-11-08) +- NM.2 (2024-11-12) +- LP.9 (2024-11-12) +- LP.9.1 (2024-11-12) +- NN.1 (2024-11-12) +- NN.1.1 (2024-11-12) +- NN.2 (2024-11-12) +- LP.1.2.1 (2024-11-12) +- NC.1.1 (2024-11-12) +- NC.1.2 (2024-11-12) +- LB.1.10 (2024-11-12) +- NP.1 (2024-11-12) +- NP.2 (2024-11-12) +- XEP (2024-11-12) +- MC.13.2 (2024-11-12) +- MC.21 (2024-11-12) +- MC.21.1 (2024-11-12) +- MC.22 (2024-11-12) +- XDY.1 (2024-11-12) +- LP.10 (2024-11-12) +- LP.10.1 (2024-11-12) +- NQ.1 (2024-11-12) +- NH.4 (2024-11-12) +- MU.3 (2024-11-12) +- KP.2.3.13 (2024-11-13) +- MG.2 (2024-11-13) +- MG.3 (2024-11-13) +- MG.4 (2024-11-14) + +
+ +## Unreleased + +- Add newly designated Nextstrain clades 24H (LF.7) and 24I (MV.1) +- Add all 128 Pango lineages newly designated between 2024-10-19 and 2024-11-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- LF.7.1 (2024-10-19) +- LF.7.1.1 (2024-10-19) +- LF.7.2 (2024-10-19) +- LF.7.2.1 (2024-10-19) +- LF.7.3 (2024-10-19) +- LF.7.4 (2024-10-19) +- JN.1.49.3 (2024-10-20) +- MV.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.3 (2024-10-20) +- NA.1 (2024-10-20) +- NA.1.1 (2024-10-20) +- XDV.1.5.1 (2024-10-20) +- NB.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.2 (2024-10-20) +- LF.3.1.2 (2024-10-20) +- XEL (2024-10-20) +- NC.1 (2024-10-20) +- ND.1 (2024-10-20) +- ND.1.1 (2024-10-20) +- ND.2 (2024-10-20) +- ND.3 (2024-10-20) +- MC.10.1 (2024-10-20) +- KP.2.2.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.2 (2024-10-20) +- KP.2.25.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.1 (2024-10-20) +- MD.3.1.2 (2024-10-20) +- MD.3.1.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.4 (2024-10-20) +- MD.1.2 (2024-10-20) +- MD.1.1.1 (2024-10-20) +- KP.3.2.6 (2024-10-21) +- MC.1.1 (2024-10-21) +- MC.18 (2024-10-21) +- KP.2.27 (2024-10-22) +- KP.2.3.8 (2024-10-22) +- KP.2.2.2 (2024-10-22) +- XEM (2024-10-22) +- KP.3.1.9 (2024-10-22) +- KP.1.1.6 (2024-10-23) +- NE.1 (2024-10-23) +- XEN (2024-10-23) +- NF.1 (2024-10-24) +- KP.2.3.9 (2024-10-24) +- NG.1 (2024-10-24) +- NH.1 (2024-10-24) +- NH.2 (2024-10-24) +- NH.3 (2024-10-24) +- JN.1.11.2 (2024-10-25) +- NJ.1 (2024-10-25) +- KP.2.3.10 (2024-10-25) +- NK.1 (2024-10-25) +- LP.5 (2024-10-25) +- LP.6 (2024-10-25) +- LP.7 (2024-10-25) +- KP.2.3.11 (2024-10-25) +- LD.2 (2024-10-25) +- KP.3.1.10 (2024-10-25) +- NL.1 (2024-10-25) +- MU.2 (2024-10-25) +- MU.2.1 (2024-10-25) +- KP.3.7 (2024-10-25) +- LZ.2.1.2 (2024-10-27) +- LZ.2.1.1 (2024-10-27) +- KR.1.4 (2024-10-27) +- KP.2.3.12 (2024-10-27) +- NM.1 (2024-10-27) +- LP.8 (2024-10-27) +- LP.7.1.2 (2024-10-27) +- KP.4.2.5 (2024-10-27) +- KP.4.2.4 (2024-10-27) +- LF.7.1.2 (2024-10-27) +- MC.19 (2024-11-01) +- KP.2.6.1 (2024-11-01) +- MC.20 (2024-11-01) +- MC.10.2 (2024-11-01) +- KP.3.2.7 (2024-11-01) +- KP.3.2.8 (2024-11-01) +- KP.3.2.9 (2024-11-01) +- XEC.3 (2024-11-01) +- XEC.4 (2024-11-01) +- XEC.5 (2024-11-01) +- XEC.6 (2024-11-01) +- XEC.7 (2024-11-01) +- MJ.2 (2024-11-05) +- MJ.2.1 (2024-11-05) +- MJ.2.1.1 (2024-11-05) +- MJ.1.1 (2024-11-05) +- LF.10 (2024-11-05) +- LP.8.1 (2024-11-08) +- LP.8.2 (2024-11-08) +- LF.7.1.3 (2024-11-08) +- NL.2 (2024-11-08) +- NL.3 (2024-11-08) +- NL.4 (2024-11-08) +- NL.5 (2024-11-08) +- NL.6 (2024-11-08) +- NL.7 (2024-11-08) +- NM.2 (2024-11-12) +- LP.9 (2024-11-12) +- LP.9.1 (2024-11-12) +- NN.1 (2024-11-12) +- NN.1.1 (2024-11-12) +- NN.2 (2024-11-12) +- LP.1.2.1 (2024-11-12) +- NC.1.1 (2024-11-12) +- NC.1.2 (2024-11-12) +- LB.1.10 (2024-11-12) +- NP.1 (2024-11-12) +- NP.2 (2024-11-12) +- XEP (2024-11-12) +- MC.13.2 (2024-11-12) +- MC.21 (2024-11-12) +- MC.21.1 (2024-11-12) +- MC.22 (2024-11-12) +- XDY.1 (2024-11-12) +- LP.10 (2024-11-12) +- LP.10.1 (2024-11-12) +- NQ.1 (2024-11-12) +- NH.4 (2024-11-12) +- MU.3 (2024-11-12) +- KP.2.3.13 (2024-11-13) +- MG.2 (2024-11-13) +- MG.3 (2024-11-13) +- MG.4 (2024-11-14) + +
+ +## 2024-10-17T16:48:48Z + +- Add newly designated Nextstrain clades 24F (XEC) and 24G (KP.2.3) +- Add all 4 Pango lineages designated between 2024-09-26 and 2024-10-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XEH (2024-09-28) +- XEJ (2024-09-28) +- XEC.2 (2024-09-28) +- XEK (2024-09-28) + +
+ +## 2024-09-25T21:50:30Z + +- Include newly designated Nextstrain clades 24D (XDV.1) and 24E (KP.3.1.1) +- All 113 Pango lineages designated between 2024-07-15 and 2024-09-25 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XEC (2024-08-07) +- KP.2.3.5 (2024-08-07) +- KP.2.3.6 (2024-08-07) +- LP.4 (2024-08-07) +- LP.1.2 (2024-08-07) +- LB.1.2.2 (2024-08-07) +- LB.1.2.3 (2024-08-07) +- KP.2.18 (2024-08-07) +- KP.2.14.1 (2024-08-07) +- MC.2 (2024-08-08) +- MC.2.1 (2024-08-08) +- KR.1.3 (2024-08-08) +- MP.1 (2024-08-08) +- MP.1.1 (2024-08-08) +- JQ.2.1.2 (2024-08-08) +- MC.4 (2024-08-08) +- MC.3 (2024-08-08) +- LB.1.3.3 (2024-08-08) +- KP.2.15.1 (2024-08-08) +- KP.3.1.7 (2024-08-08) +- MQ.1 (2024-08-08) +- MQ.2 (2024-08-08) +- KP.3.3.4 (2024-08-08) +- MR.1 (2024-08-08) +- MK.3 (2024-08-08) +- XED (2024-08-08) +- LZ.2 (2024-08-12) +- XEC.1 (2024-08-14) +- MS.1 (2024-08-15) +- KU.2.1 (2024-08-15) +- KU.2.2 (2024-08-15) +- MA.1.1 (2024-08-15) +- MA.1.1.1 (2024-08-15) +- JN.1.18.8 (2024-08-15) +- JN.1.59.1 (2024-08-15) +- JN.1.16.4 (2024-08-15) +- LU.2.1 (2024-08-15) +- LU.2.1.1 (2024-08-15) +- MT.1 (2024-08-15) +- KP.2.19 (2024-08-15) +- LF.6 (2024-08-15) +- LR.3 (2024-08-15) +- XDV.1.1 (2024-08-15) +- XDV.1.2 (2024-08-15) +- XDV.1.2.1 (2024-08-15) +- XDV.1.3 (2024-08-15) +- XDV.1.4 (2024-08-15) +- XDV.1.5 (2024-08-15) +- XDV.1.6 (2024-08-15) +- LF.7 (2024-08-15) +- MU.1 (2024-08-15) +- JN.1.4.9 (2024-08-15) +- JN.1.38.1 (2024-08-15) +- MC.5 (2024-08-15) +- MC.6 (2024-08-15) +- MC.7 (2024-08-15) +- MC.8 (2024-08-15) +- MC.8.1 (2024-08-15) +- MC.9 (2024-08-15) +- MC.10 (2024-08-15) +- MC.11 (2024-08-15) +- MC.11.1 (2024-08-15) +- MC.12 (2024-08-15) +- MC.13 (2024-08-15) +- MC.13.1 (2024-08-15) +- MC.14 (2024-08-15) +- MC.15 (2024-08-15) +- MC.16 (2024-08-15) +- MB.1.1.1 (2024-08-15) +- MV.1 (2024-08-15) +- KP.2.20 (2024-08-15) +- KP.2.20.1 (2024-08-15) +- JN.1.67 (2024-08-15) +- JN.1.67.1 (2024-08-15) +- XEF (2024-08-15) +- KP.2.22 (2024-08-16) +- KP.2.24 (2024-08-16) +- KP.2.25 (2024-08-16) +- KP.2.26 (2024-08-16) +- KR.4.1 (2024-08-16) +- KP.6 (2024-08-16) +- XEG (2024-08-16) +- KP.2.3.7 (2024-08-16) +- MW.1 (2024-08-16) +- KP.2.23 (2024-08-16) +- JN.1.68 (2024-08-16) +- LF.8 (2024-08-16) +- LF.8.1 (2024-08-16) +- LF.8.1.1 (2024-08-16) +- XEE (2024-08-16) +- MC.17 (2024-08-16) +- JN.1.16.5 (2024-08-16) +- LW.1.1 (2024-08-16) +- LW.1.2 (2024-08-16) +- KP.3.6 (2024-08-16) +- LB.1.9 (2024-08-16) +- KP.3.1.8 (2024-08-16) +- MY.1 (2024-08-16) +- XDV.1.7 (2024-08-17) +- XDV.1.8 (2024-08-17) +- XDV.1.9 (2024-08-17) +- XDR.1.1 (2024-08-17) +- XDR.1.2 (2024-08-17) +- XDV.1.10 (2024-08-17) +- XDV.1.11 (2024-08-17) +- LU.2.2 (2024-08-20) +- LB.1.4.3 (2024-08-24) +- LF.9 (2024-08-27) +- LF.9.1 (2024-08-27) +- XDV.1.7.1 (2024-09-05) +- XDV.1.9.1 (2024-09-05) +- LZ.2.1 (2024-09-05) +- MZ.1 (2024-09-05) + +
+ +## 2024-07-17T12:57:03Z + +- Include newly designated Nextstrain clade 24C (KP.3) +- All 84 Pango lineages designated between 2024-06-11 and 2024-07-14 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- BA.2.86.7 (2024-06-13) +- XDZ (2024-06-14) +- JN.1.1.10 (2024-06-14) +- JN.1.63 (2024-06-14) +- JN.1.63.1 (2024-06-14) +- XEA (2024-06-14) +- XEB (2024-06-14) +- XDP.2 (2024-06-14) +- XDP.3 (2024-06-14) +- LV.1 (2024-06-14) +- LV.2 (2024-06-14) +- LE.1.3 (2024-06-14) +- LE.1.3.1 (2024-06-14) +- JN.1.58.3 (2024-06-14) +- KP.4.1.1 (2024-06-17) +- KP.4.1.2 (2024-06-17) +- KP.4.1.3 (2024-06-17) +- LW.1 (2024-06-17) +- LP.3 (2024-06-17) +- KP.3.1.5 (2024-06-17) +- KP.1.1.5 (2024-06-17) +- XDD.3 (2024-06-29) +- LF.3.1.1 (2024-06-29) +- LB.1.3.1 (2024-06-29) +- KP.2.3.4 (2024-06-29) +- JN.1.18.6 (2024-06-29) +- LY.2 (2024-06-29) +- LY.1 (2024-06-29) +- JN.1.18.7 (2024-06-29) +- LZ.1 (2024-06-29) +- LZ.1.1 (2024-06-29) +- MA.1 (2024-06-29) +- MB.1 (2024-06-29) +- MB.1.1 (2024-06-29) +- LP.1.1 (2024-06-29) +- LF.4 (2024-06-29) +- LF.4.1 (2024-06-29) +- KP.3.3.1 (2024-06-29) +- MC.1 (2024-06-29) +- LU.2 (2024-07-01) +- JN.1.64 (2024-07-01) +- JN.1.64.1 (2024-07-01) +- MD.1 (2024-07-01) +- MD.1.1 (2024-07-01) +- MD.2 (2024-07-01) +- MD.3 (2024-07-01) +- MD.3.1 (2024-07-01) +- LK.2 (2024-07-03) +- LK.2.1 (2024-07-03) +- JN.1.7.8 (2024-07-03) +- JN.1.50.2 (2024-07-03) +- ME.1 (2024-07-03) +- LF.5 (2024-07-10) +- JN.1.48.3 (2024-07-10) +- KS.1.3 (2024-07-10) +- JN.1.65 (2024-07-10) +- JN.1.65.1 (2024-07-10) +- MF.1 (2024-07-10) +- MF.2 (2024-07-10) +- KP.3.3.2 (2024-07-10) +- MG.1 (2024-07-10) +- KP.4.2.3 (2024-07-10) +- KP.2.17 (2024-07-10) +- LB.1.3.2 (2024-07-10) +- MH.1 (2024-07-10) +- LB.1.8 (2024-07-10) +- JN.1.7.9 (2024-07-10) +- MJ.1 (2024-07-10) +- KP.3.1.6 (2024-07-12) +- MK.1 (2024-07-12) +- MK.2 (2024-07-12) +- KP.3.4.1 (2024-07-12) +- KP.3.3.3 (2024-07-12) +- ML.1 (2024-07-12) +- ML.2 (2024-07-12) +- MM.1 (2024-07-12) +- MM.2 (2024-07-12) +- JN.1.66 (2024-07-12) +- MN.1 (2024-07-12) +- KP.3.5 (2024-07-12) +- LB.1.4.1 (2024-07-13) +- LB.1.7.1 (2024-07-13) +- LB.1.7.2 (2024-07-13) +- LB.1.7.3 (2024-07-13) + +
+ +## 2024-07-03T08:29:55Z + +Added configuration of current and recent vaccine strains as 'reference nodes' on the reference tree, against which query sequences can be compared. This feature is in addition to the new 'compare to clade founder' feature, allowing to compare each query sequence to the most ancestral node of a clade or lineage. + +The datasets themselves remain unchanged. + +See Nextclade documentation for more details about 'relative mutations' functionality. + +## 2024-06-13T23:42:47Z + +- Labelled mutations added for Nextstrain clades 24A (JN.1) and 24B (JN.1.11.1) +- All 172 Pango lineages designated between 2024-04-13 and 2024-06-10 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: +- Fixed a bug that made amino acid gaps on the reference tree be left-aligned instead of right-aligned. This only affected the display of mutations on branches in tree view. The bug existed since switching the default gap alignment from right to left in nextclade v2. + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- KP.4 (2024-04-15) +- KP.4.1 (2024-04-15) +- KP.4.2 (2024-04-15) +- KP.1.2 (2024-04-15) +- KP.2.3 (2024-04-15) +- JN.1.47 (2024-04-15) +- JN.1.47.1 (2024-04-15) +- JN.1.47.2 (2024-04-15) +- JN.1.16.2 (2024-04-15) +- LA.1 (2024-04-15) +- LA.2 (2024-04-15) +- JN.1.9.2 (2024-04-15) +- LB.2 (2024-04-15) +- JN.1.7.4 (2024-04-15) +- JN.1.24.1 (2024-04-15) +- LC.1 (2024-04-15) +- JN.1.32.1 (2024-04-15) +- KW.1.2 (2024-04-15) +- JN.1.8.4 (2024-04-15) +- JN.1.48 (2024-04-15) +- JN.1.48.1 (2024-04-15) +- LB.1 (2024-04-16) +- XDW (2024-04-18) +- XDQ.2 (2024-04-18) +- XDQ.3 (2024-04-18) +- XDQ.1.1 (2024-05-15) +- XDK.1.1 (2024-05-15) +- XDK.1.2 (2024-05-15) +- XDK.2 (2024-05-15) +- XDK.3 (2024-05-15) +- XDR.1 (2024-05-15) +- KP.2.4 (2024-05-15) +- KP.2.5 (2024-05-15) +- KP.2.6 (2024-05-15) +- KP.2.7 (2024-05-15) +- KP.2.3.1 (2024-05-15) +- KP.4.2.1 (2024-05-15) +- KP.2.8 (2024-05-15) +- KP.2.9 (2024-05-15) +- KP.2.10 (2024-05-15) +- KP.2.11 (2024-05-15) +- KP.2.12 (2024-05-15) +- LD.1 (2024-05-15) +- JN.1.48.2 (2024-05-15) +- KP.1.1.2 (2024-05-15) +- LE.1 (2024-05-15) +- LE.1.1 (2024-05-15) +- LE.1.2 (2024-05-15) +- LE.2 (2024-05-15) +- LF.1 (2024-05-15) +- LF.1.1 (2024-05-15) +- JN.1.42.2 (2024-05-15) +- JN.1.49 (2024-05-15) +- JN.1.49.1 (2024-05-15) +- JN.1.49.2 (2024-05-15) +- KW.1.1.1 (2024-05-15) +- LG.1 (2024-05-15) +- JN.1.39.1 (2024-05-15) +- JN.1.39.2 (2024-05-16) +- KP.5 (2024-05-16) +- KP.3.1 (2024-05-16) +- KP.3.2 (2024-05-16) +- KP.3.3 (2024-05-16) +- JN.1.39.3 (2024-05-16) +- JN.15 (2024-05-16) +- JN.3.3 (2024-05-16) +- JN.16 (2024-05-16) +- JN.17 (2024-05-16) +- JN.11.1 (2024-05-16) +- BA.2.86.6 (2024-05-16) +- JN.18 (2024-05-16) +- JQ.2.1.1 (2024-05-16) +- JN.19 (2024-05-16) +- JN.1.1.8 (2024-05-17) +- KP.2.13 (2024-05-17) +- JN.1.50 (2024-05-18) +- JN.1.23.1 (2024-05-28) +- JN.1.29.1 (2024-05-28) +- JN.1.18.3 (2024-05-28) +- JN.1.18.4 (2024-05-28) +- LH.1 (2024-05-28) +- LH.2 (2024-05-28) +- KP.1.1.3 (2024-05-28) +- KP.3.1.1 (2024-05-28) +- KP.2.14 (2024-05-28) +- JN.1.51 (2024-05-28) +- JN.1.51.1 (2024-05-28) +- LJ.1 (2024-05-28) +- LF.2 (2024-05-28) +- JN.1.52 (2024-05-28) +- JN.1.7.5 (2024-05-28) +- LK.1 (2024-05-28) +- JN.1.50.1 (2024-05-28) +- LF.3 (2024-05-28) +- KP.4.2.2 (2024-05-28) +- XDK.4 (2024-05-28) +- XDK.4.1 (2024-05-28) +- XDK.5 (2024-05-28) +- XDK.6 (2024-05-28) +- LL.1 (2024-05-28) +- LM.1 (2024-05-28) +- KS.1.1 (2024-05-28) +- JN.1.53 (2024-05-28) +- JN.1.53.1 (2024-05-28) +- LN.1 (2024-05-28) +- LN.1.1 (2024-05-28) +- JN.1.54 (2024-05-28) +- JN.1.54.1 (2024-05-28) +- LP.1 (2024-05-28) +- KP.3.4 (2024-05-29) +- KP.3.2.1 (2024-05-29) +- KP.2.15 (2024-05-30) +- KR.1.1 (2024-05-30) +- KR.1.2 (2024-05-30) +- KR.3 (2024-05-30) +- KR.4 (2024-05-30) +- KR.5 (2024-05-30) +- KS.1.2 (2024-05-30) +- JN.1.55 (2024-05-30) +- JN.1.55.1 (2024-05-30) +- JN.1.55.2 (2024-05-30) +- KP.3.2.2 (2024-05-30) +- JN.1.56 (2024-05-31) +- JN.1.56.1 (2024-05-31) +- JN.1.44.1 (2024-05-31) +- LB.1.1 (2024-06-04) +- LB.1.2 (2024-06-04) +- LB.1.2.1 (2024-06-04) +- LB.1.3 (2024-06-04) +- LB.1.4 (2024-06-04) +- LB.1.5 (2024-06-04) +- LB.1.6 (2024-06-04) +- KP.2.3.2 (2024-06-04) +- KP.2.16 (2024-06-04) +- LF.3.1 (2024-06-04) +- KP.3.1.2 (2024-06-04) +- KP.3.1.3 (2024-06-04) +- KP.3.1.4 (2024-06-04) +- KP.3.2.3 (2024-06-04) +- KP.3.2.4 (2024-06-04) +- LB.1.7 (2024-06-04) +- LF.1.1.1 (2024-06-04) +- KP.1.1.4 (2024-06-04) +- LP.2 (2024-06-04) +- XDY (2024-06-04) +- LQ.1 (2024-06-04) +- LQ.1.1 (2024-06-04) +- LQ.2 (2024-06-04) +- LQ.3 (2024-06-04) +- JN.1.4.8 (2024-06-04) +- JN.1.7.6 (2024-06-04) +- JN.1.57 (2024-06-04) +- JN.1.57.1 (2024-06-04) +- JN.1.58 (2024-06-04) +- JN.1.58.1 (2024-06-04) +- JN.1.58.2 (2024-06-04) +- LR.1 (2024-06-04) +- LR.2 (2024-06-04) +- JN.1.59 (2024-06-05) +- JN.1.7.7 (2024-06-05) +- JN.1.60 (2024-06-05) +- JN.1.61 (2024-06-05) +- JN.1.18.5 (2024-06-07) +- LS.1 (2024-06-07) +- KP.2.3.3 (2024-06-07) +- JN.1.62 (2024-06-08) +- KP.3.2.5 (2024-06-09) +- LT.1 (2024-06-10) +- JN.1.1.9 (2024-06-10) +- JN.1.16.3 (2024-06-10) +- JN.1.15.1 (2024-06-10) +- LU.1 (2024-06-10) + +
+ +## 2024-04-25T01:03:07Z + +- fix: Increase Nextclade alignment parameter "excessBandwidth" from 9 to 12 to correctly align complex series of indels that has arisen in Spike NTD with the occurrence of S:31- in some JN.1. The bandwidth is chosen to be as small as possible (to ensure fast runtime) but as large as necessary for correct alignment. As a result, occasional adjustments like here are required. Nothing else is changed in this SARS-CoV-2 dataset update. + +## 2024-04-15T15:08:22Z + +- Nextstrain clades 24A (JN.1) and 24B (JN.1.11.1) are now included. +- All 83 Pango lineages designated between 2024-02-13 and 2024-04-12 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- JN.1.23 (2024-02-20) +- KP.1 (2024-02-22) +- JN.1.7.1 (2024-03-01) +- JN.1.7.2 (2024-03-01) +- KQ.1 (2024-03-01) +- JN.1.13.1 (2024-03-01) +- JN.1.1.5 (2024-03-01) +- KR.1 (2024-03-04) +- KP.1.1 (2024-03-04) +- KP.2 (2024-03-04) +- JN.1.24 (2024-03-04) +- XDK.1 (2024-03-04) +- JN.1.25 (2024-03-04) +- JN.1.25.1 (2024-03-04) +- XDQ.1 (2024-03-04) +- JQ.2 (2024-03-05) +- JN.13 (2024-03-06) +- JN.13.1 (2024-03-06) +- JN.1.1.6 (2024-03-09) +- JN.1.26 (2024-03-09) +- JN.1.27 (2024-03-09) +- JN.1.4.4 (2024-03-09) +- JN.1.8.2 (2024-03-09) +- JN.1.28 (2024-03-09) +- JN.1.1.7 (2024-03-09) +- JN.1.29 (2024-03-09) +- JN.1.4.5 (2024-03-14) +- JN.1.18.1 (2024-03-14) +- JN.1.30 (2024-03-14) +- JN.1.31 (2024-03-14) +- JN.1.16.1 (2024-03-14) +- KS.1 (2024-03-14) +- JN.1.4.6 (2024-03-14) +- JN.1.32 (2024-03-14) +- GE.1.2.2 (2024-03-17) +- KT.1 (2024-03-17) +- KT.1.1 (2024-03-17) +- KT.1.2 (2024-03-17) +- KP.3 (2024-03-17) +- JN.1.33 (2024-03-17) +- JN.1.34 (2024-03-17) +- JN.1.35 (2024-03-17) +- JN.1.36 (2024-03-17) +- KP.2.1 (2024-03-19) +- KP.2.2 (2024-03-19) +- JN.1.30.1 (2024-03-19) +- JQ.2.1 (2024-03-20) +- XDD.1.1.1 (2024-03-25) +- KU.1 (2024-03-25) +- KU.2 (2024-03-25) +- JN.1.18.2 (2024-03-25) +- JN.1.36.1 (2024-03-25) +- KV.1 (2024-03-25) +- JN.1.37 (2024-03-25) +- JN.1.28.1 (2024-03-25) +- KW.1 (2024-03-25) +- JN.1.38 (2024-03-25) +- JN.1.39 (2024-03-25) +- JN.1.40 (2024-03-25) +- JN.1.41 (2024-03-25) +- JN.1.42 (2024-03-25) +- JN.1.43 (2024-03-25) +- JN.1.43.1 (2024-03-25) +- KP.1.1.1 (2024-03-25) +- JN.1.44 (2024-03-25) +- XDU (2024-03-26) +- XDP.1 (2024-03-26) +- JN.2.2.1 (2024-03-26) +- JN.1.8.3 (2024-03-29) +- KY.1 (2024-03-29) +- JN.14 (2024-03-29) +- JN.1.45 (2024-03-29) +- XDV (2024-04-02) +- XDV.1 (2024-04-02) +- JN.1.42.1 (2024-04-02) +- JN.1.46 (2024-04-02) +- JN.1.4.7 (2024-04-02) +- KV.2 (2024-04-02) +- KW.1.1 (2024-04-03) +- KZ.1 (2024-04-04) +- KZ.1.1 (2024-04-04) +- KZ.1.1.1 (2024-04-04) +- JN.1.7.3 (2024-04-04) + +
+ +## 2024-02-16T04:00:32Z + +- All 35 Pango lineages designated between 2024-01-16 and 2024-02-12 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XDN (2024-01-16) +- XDP (2024-01-16) +- JN.3.2 (2024-01-16) +- JN.3.2.1 (2024-01-16) +- JN.11 (2024-01-21) +- JN.1.12 (2024-01-21) +- JN.12 (2024-01-22) +- JN.1.11.1 (2024-01-22) +- KM.1 (2024-01-31) +- BA.2.87 (2024-02-01) +- BA.2.87.1 (2024-02-01) +- XDQ (2024-02-01) +- GK.1.10.1 (2024-02-01) +- XDR (2024-02-01) +- JN.1.13 (2024-02-01) +- JN.1.14 (2024-02-01) +- JN.1.15 (2024-02-01) +- JN.1.4.1 (2024-02-01) +- JN.1.2.1 (2024-02-01) +- JN.1.16 (2024-02-01) +- JN.1.17 (2024-02-01) +- JN.1.4.2 (2024-02-02) +- JN.1.18 (2024-02-04) +- JN.1.19 (2024-02-04) +- JN.1.20 (2024-02-04) +- XDS (2024-02-04) +- JN.1.9.1 (2024-02-04) +- JN.1.21 (2024-02-04) +- JN.1.22 (2024-02-04) +- JN.1.4.3 (2024-02-12) +- XDT (2024-02-12) +- HK.13.2.1 (2024-02-12) +- KN.1 (2024-02-12) +- KN.1.1 (2024-02-12) +- JN.1.1.4 (2024-02-12) + +
+ +## 2024-01-16T20:31:02Z + +Initial release of this v3 dataset. + +This dataset is very similar to the v2 dataset `sars-cov-2`. diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/README.md b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/README.md new file mode 100644 index 00000000..3d8580c1 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/README.md @@ -0,0 +1,48 @@ +# SARS-CoV-2 dataset with reference Wuhan-Hu-1/2019 + +| Key | Value | +| ----------------- | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | +| authors | [Cornelius Roemer](https://neherlab.org), [Richard Neher](https://neherlab.org), [Nextstrain](https://nextstrain.org) | +| reference | `Wuhan-Hu-1/2019` | +| workflow | https://github.com/neherlab/nextclade_data_workflows/tree/v3-sc2/sars-cov-2 | +| path | `nextstrain/sars-cov-2/orfs` | +| clade definitions | [Nextstrain clades](https://nextstrain.org/blog/2022-04-29-SARS-CoV-2-clade-naming-2022) and [Pango lineages](https://www.nature.com/articles/s41564-020-0770-5) | + +## Scope of this dataset + +This dataset shows mutations relative to `Wuhan-Hu-1/2019` and is particularly useful for the analysis of SARS-CoV-2 sequences spanning the entire pandemic. + +For the analysis of more recent sequences, the BA.2, XBB and BA.2.86 datasets may be more appropriate, as they show mutations relative to the respective variants. The related `wuhan-hu-1/proteins` dataset shows amino acid mutations in coordinates of mature proteins (nsp1-16) instead of ORF1a/ORF1b coordinates. + +## Reference sequence and reference tree + +The reference sequence in this dataset is `Wuhan-Hu-1/2019`. Amino acids in the polyprotein ORF1ab are annotated relative to ORF1a and ORF1b. + +The reference tree contains one sequence for each Pango lineage designated since mid-2021 and most lineages designated before that. + +## Features + +This dataset supports: + +- Assignment of Nextstrain clades +- Assignment of Pango lineages +- Sequence QC +- Phylogenetic placement + +## Nextstrain clades + +Since its emergence in late 2019, SARS-CoV-2 has evolved into many co-circulating variants. To facilitate discussion of these variants, we have grouped them into clades which are defined by specific signature mutations. + +Nextstrain clade names consist of two numbers representing a year and then a single letter representing the clade within that year. For example, 21A is the first clade we named in 2021. + +We define each clade by a combination of signature mutations. You can find the exact clade definition on Github in this [file](https://github.com/nextstrain/ncov/blob/master/defaults/clades.tsv). + +Below is an illustration of the phylogenetic relationships of Nextstrain clades ([source](https://github.com/nextstrain/ncov-clades-schema/)): + +![Illustration of phylogenetic relationships of SARS-CoV-2 clades, as defined by Nextstrain](https://raw.githubusercontent.com/nextstrain/ncov-clades-schema/master/clades.svg) + +Learn more about how Nextclade assigns clades in the [documentation](https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/algorithm/). + +## What are Nextclade datasets + +Read more about Nextclade datasets in the Nextclade documentation: https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/datasets.html diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/dataset.zip b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/dataset.zip new file mode 100644 index 00000000..074ed8fd Binary files /dev/null and b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/dataset.zip differ diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/genome_annotation.gff3 b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/genome_annotation.gff3 new file mode 100644 index 00000000..d728c52e --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/genome_annotation.gff3 @@ -0,0 +1,16 @@ +# Gene map (genome annotation) of SARS-CoV-2 in GFF format. +# For gene map purpses we only need some of the columns. We substitute unused values with "." as per GFF spec. +# See GFF format reference at https://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html +# seqname source feature start end score strand frame attribute +. . gene 26245 26472 . + . gene_name=E +. . gene 26523 27191 . + . gene_name=M +. . gene 28274 29533 . + . gene_name=N +. . gene 266 13468 . + . gene_name=ORF1a +. . gene 13468 21555 . + . gene_name=ORF1b +. . gene 25393 26220 . + . gene_name=ORF3a +. . gene 27202 27387 . + . gene_name=ORF6 +. . gene 27394 27759 . + . gene_name=ORF7a +. . gene 27756 27887 . + . gene_name=ORF7b +. . gene 27894 28259 . + . gene_name=ORF8 +. . gene 28284 28577 . + . gene_name=ORF9b +. . gene 21563 25384 . + . gene_name=S \ No newline at end of file diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/pathogen.json b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/pathogen.json new file mode 100644 index 00000000..d488de38 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/orfs/unreleased/pathogen.json @@ -0,0 +1,6927 @@ +{ + "alignmentParams": { + "excessBandwidth": 12, + "terminalBandwidth": 100, + "allowedMismatches": 4, + "gapAlignmentSide": "right", + "minSeedCover": 0.1 + }, + "compatibility": { + "cli": "3.0.0-alpha.0", + "web": "3.0.0-alpha.0" + }, + "defaultCds": "S", + "files": { + "changelog": "CHANGELOG.md", + "examples": "sequences.fasta", + "genomeAnnotation": "genome_annotation.gff3", + "pathogenJson": "pathogen.json", + "readme": "README.md", + "reference": "reference.fasta", + "treeJson": "tree.json" + }, + "cdsOrderPreference": [ + "S", + "N", + "M", + "E", + "ORF1a", + "ORF1b", + "nsp1", + "nsp2", + "nsp3", + "nsp4", + "nsp5", + "nsp6", + "nsp7", + "nsp8", + "nsp9", + "nsp10", + "nsp11", + "nsp12", + "nsp13", + "nsp14", + "nsp15", + "nsp16", + "ORF3a", + "ORF6", + "ORF7a", + "ORF7b", + "ORF8", + "ORF9b" + ], + "qc": { + "frameShifts": { + "enabled": true, + "ignoredFrameShifts": [ + { + 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+>USA/MS-MSPHL-0434/2023 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA +CTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTC +AACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAA +TTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAG +TGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACA +TTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACC +TTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAG +TTGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCAT +ATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGTTGTGGTTATACCTACTAAAA +AGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATT +ATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAG +TGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGC +AAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGANN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTANNCAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGG +ACATGTCAATGACATATGGACAACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTA +CTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATG +ACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTA +GGTACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAATGGTTTAA +CTTCTATTAAATGGGCAGATAACAACTGTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNAAGTTGTAGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTTA +AAATTACAGAAGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATTCTAGTC +TTACTATTAAGAAACCTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTC +ATGGTTTAGCTGCTGTTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTT +TTCTTAACAAAGTTGTTAGTACAACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTT +GTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTACTTTATTGCTACAATTGTGTACTTTTACTAGAA +GTACAAATTCTAGAATTAAAGCATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGANNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTA +TTAGTGATGAAGTTGCGAGAGACTTGTCACTACAGTTTAAAAGACCAATAAATCCTACTG +ACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCATCTTTACT +TTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAG +ACAACCTGAGAGCTAATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATG +GTAAATCAAAATGTGAAGAATCATCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTA +TGTGTCAACCTATACTGTTACTAGATCAGGCATTAGTGTCTGATGTTGGTGATAGNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGTTAC +TCACAATTTTGACTTCACTTTTAGTTTTAGTCCAGAGTACTCAATGGTCTTTGTTCTTTT +TTTTGTATGAAAATGCCTTTTTACCTTTTGCTATGGGTATTATTGCTATGTCTGCTTTTG +CAATGATGTTTGTCAAACATAAGCATGCATTTCTCTGTTTGTTTTTGTTACCTTCTCTTG +CCACTGTAGCTTATTTTAATATGGTCTATATGCCTGCTAGTTGGGTGATGCGTATTATGA +CATGGTTGGATATGGTTGATACTAGTTTGTCTGGTTTTAAGCTAAAAGACTGTGTTATGT +ATGCATCAGCTGTAGTGTTACTAATCCTTATGACAGCAAGAACTGTGTATGATGATGGTG +CTAGGAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNCTTCATAACTGGTAATACACTTCAGTGTATAATGCTAGTTTATTGTT +TCTTAGGCTATTTTTGTACTTGTTACTTTGGCCTCNTTTGTTTACTCAACCGCTACTTTA +GACTGACTCTTGGTGTTTATGATTAYTTAGTTTCTACACAGGAGTTTAGATATATGAATT +CACAGGGACTACTCCCACCCAAGAATAGCATAGATGCCTTCAAACTCAACATTAAATTGT +TGGGTGTTGGTGGCAAACCTTGTATCAAAGTAGCCACTGTACAGTCTAAAATGTCAGATG +TAAAGTGCACATCAGTAGTCTTACTCTCAGTTTTGCAACAACTCAGAGTAGAATCATCAT +CTAAATTGTGGGCTCAATGTGTCCAGTTAYACAATGACATTCTCTTAGCTAAAGATACTA +CTGAAGCCTTTGAAAAAATGGTTTCACTACTTTCTGTTTTGCTTTCCATGCAGGGTGCTG +TAGACATAAACAAGCTTTGTGAAGAAATGCTGGACAACAGGGCAACCTTACAAGCTATAG +CCTCAGAGTTTAGTTCCCTTCCATCATATGCAGCTTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATG +AGCAGGCTGTTGCTAATGGTGATTCTGAAGTTGTTCTTAAAAAGTTGAAGAAGTCTTTGA +ATGTGGCTAAATCTGAATTTGACCGTGATGCAGCCATGCAACGTAAGTTGGAAAAGATGG +CTGATCAAGCTATGACCCAAATGTATAAACAGGCTAGATCTGAGGACAAGAGGGCAAAAG +TTACTAGTGCTATGCAGACAATGCTTTTCACTATGCTTAGAAAGTTGGATAATGATGCAC +TCAACAACATTATCAACAATGCAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAACATAATACCTCTTA +CAACAGCAGCCAAACTAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT +GTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCTGCTTCTGGTAATCTATTACTAGATAAACGCAC +TACGTGCTTTTCAGTAGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAACTGTCAAACCCGG +TAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAAGGGTTTCTTTAAGGAAGGAAG +TTCTGTTGAATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTTCTATCAGCGATTA +TGACTACTATCGTTATAATCTACCAACAATGTGTGATATCAGACAACTACTATTTGTAGT +TGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCTAACCAAGN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGT +TTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCCAATGTTAATGCACTTTTATCTACTGATGGTAA +CAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGAGTGTCTCTATAG +AAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCATATTTGCGTAAACATTT +CTCAATGATGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCA +AGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTTAAGTCAGTTCTTTATTATCAAAACAATGTTTT +TATGTCTGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCATGAATTTTG +CTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGTGATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGA +TCCATCAAGAATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTAC +ACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTTAGCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCC +TAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAGAAAGCTACATGA +TGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTC +AAGGTATTGGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAGGC +TGTTGGGGCTTGTGTTCTTTGCAATTCACAGACTTCATTAAGATGTGGTGCTTGCATACG +TAGACCATTCTTATGTTGTAAATGCTGTTACGACCATGTCATATCAACATCACATAAATT +AGTCTTGTCTGTTAATCCGTATGTTTGCAATGCTCCAGGTTGTGATGTCACAGATGTGAC +TCAACTTTACTTAGGAGGTATGAGCTATTATTGTAAATCACATAAACCACCCATTAGTTT +TCCATTGTGTGCTAATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCCA +GGGACCACCTGGTACTGGTAAGAGTCATTTTGCTATTGGCCTAGCTCTCTACTACCCTTC +TGCTCGCATAGTGTATACAGCTTGCTCTCATGCCGCTGTTGATGCACTATGTGAGAAGGC +ATTAAAATATTTGCCTATAGATAAATGTAGTAGAATTATACCTGCACGTGCTCGTGTAGA +GTGTTTTGATAAATTCAAAGTGAATTCAACATTAGAACAGTATGTCTTTTGTACTGTAAA +TGCATTGCCTGAGACGACAGCAGATATAGTTGTCTTTGATGAAATTTCAATGGCCACAAA +TTATGATTTGAGTGTTGTCAATGCCAGATTACGTGCTAAGCACTATGTGTACATTGGCGA +CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAT +AAGACATGTACGTGCATGGATTGGCTTCGATGTCGAGGGGTGTCATGCTACTAGAGAAGC +TGTTGGTACCAATTTACCTTTACAGCTAGGTTTTTCTACAGGTGTTAACCTAGTTGCTGT +ACCTACAGGTTATGTTGATACACCTAATAATACAGATTTTTCCAGAGTTAGTGCTAAACC +ACCGCCTGGAGATCAATTTAAACACCTCATACCACTTATGTACAAAGGACTTCCTTGGAA +TGTAGTGCGTATAAAGATTGTACAAATGTTAAGTGACACACTTAAAAATCTCTCTGACAG +AGTCGTATTTGTCTTATGGGCACATGGCTTTGAGTTGACATCTATGAAGTATTTTGTGAA +AATAGGACCTGAGCGCACCTGTTGTCTATGTGATAGACGTGCCACATGCTTTTCCACTGC +TTCAGACACTTATGCCTGTTGGCATCATTCTATTGGATTTGATTACGTCTATAATCCGTT +TATGATTGATGTTCAACAATGGGGTTTTACAGGTAACCTACAAAGCAACCATGATCTGTA +TTGTCAAGTCCATGGTAATGCACATGTAGCTAGTTGTGATGCAATCATGACTAGGTGTCT +AGCTGTCCACGAGTGCTTTGTTAAGCGTGTTGACTGGACTATTGAATATCCTATAATTGG +TGATGAACTGAAGATTAATGCGGCTTGTAGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTAAAGCTGC +ATTATTAGCAGACAAATTCCCAGTTCTTCACGACATTGGTAACCCTAAAGCTATTAAGTG +TGTACCTCAAGCTGATGTAGAATGGAAGTTCTATGATGCACAGCCTTGTAGTGACAAAGC +TTATAAAATAGAAGAATTATTCTATTCTTATGCCACACATTCTGACAAATTCACAGATGG +TGTATGCCTATTTTGGAATTGCAATGTCGATAGATATCCTGCTAATTCCATTGTTTGTAG +ATTTGACACTAGAGTGCTATCTAACCTTAACTTGCCTGGTTGTGATGGTGGCAGTTTGTA 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNCTTTTGAATATGTCTCTCAGCCTTTTCTTATGGACCTTGAAGGAAAACAGGGTAATT +TCAAAAATCTTAGGGAATTTGTGTTTAAGAATATTGATGGTTATTTTAAAATATATTCTA +AGCACACGCCTATTAATTTAGTGCGTGATCTCCCTCAGGGTTTTTCGGCTTTAGAACCAT +TGGTAGATTTGCCAATAGGTATTAACATCACTAGGTTTCAAACTTTACTTGCTTTACATN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTATGCAGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNATCTTATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGA +CTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAACTGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAA +AAGCACACTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACACACTGGTTTGTAACAC +AAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACT +GTGATGTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACCTGAATTAG +ACTCATTCAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATT 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Neher","url":"https://neherlab.org"}],"display_defaults":{"color_by":"clade_membership","distance_measure":"div","map_triplicate":false,"branch_label":"clade","transmission_lines":false},"genome_annotations":{"E":{"end":26472,"seqid":"profiles/clades/wuhan/reference_seq.gb","start":26245,"strand":"+","type":"CDS"},"M":{"end":27191,"seqid":"profiles/clades/wuhan/reference_seq.gb","start":26523,"strand":"+","type":"CDS"},"N":{"end":29533,"seqid":"profiles/clades/wuhan/reference_seq.gb","start":28274,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF1a":{"end":13468,"seqid":"profiles/clades/wuhan/reference_seq.gb","start":266,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF1b":{"end":21555,"seqid":"profiles/clades/wuhan/reference_seq.gb","start":13468,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF3a":{"end":26220,"seqid":"profiles/clades/wuhan/reference_seq.gb","start":25393,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF6":{"end":27387,"seqid":"profiles/clades/wuhan/reference_seq.gb","start":27202,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF7a":{"end":27759,"seqid":"profiles/clades/wuhan/reference_seq.gb","start":27394,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF7b":{"end":27887,"seqid":"profiles/clades/wuhan/reference_seq.gb","start":27756,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF8":{"end":28259,"seqid":"profiles/clades/wuhan/reference_seq.gb","start":27894,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF9b":{"end":28577,"seqid":"profiles/clades/wuhan/reference_seq.gb","start":28284,"strand":"+","type":"CDS"},"S":{"end":25384,"seqid":"profiles/clades/wuhan/reference_seq.gb","start":21563,"strand":"+","type":"CDS"},"nuc":{"end":29903,"start":1,"strand":"+","type":"source"}},"description":"This phylogeny shows evolutionary relationships of SARS-CoV-2 viruses from the ongoing novel coronavirus COVID-19 pandemic.\n\nAll data we use were deposited in GISAID by scientists around the world.\nWe gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the genetic sequence and metadata made available through [GISAID](https://gisaid.org) on which this research is based. A full listing of all originating and submitting laboratories is available below. An attribution table is available by clicking on \"Download Data\" at the bottom of the page and then clicking on \"Strain Metadata\" in the resulting dialog box.\n","colorings":[{"key":"clade_membership","title":"Clade","type":"categorical","scale":[["21L","#5E1D9D"],["22A","#4B25B1"],["22B","#4137C2"],["22C","#3F4CCB"],["22D","#3F62D0"],["22E","#4376CD"],["22F","#4887C6"],["23A","#4F97BB"],["23B","#58A2AC"],["23C","#62AB9C"],["23D","#6DB38A"],["23E","#7BB77A"],["23F","#89BB6B"],["23G","#98BD5E"],["23H","#A8BE54"],["23I","#B7BD4B"],["24A","#C5B945"],["24B","#D2B340"],["24C","#DDAA3C"],["24D","#E39C39"],["24E","#E68B35"],["24F","#E67631"],["24G","#E35C2C"],["24H","#DF4227"],["24I","#DB2823"]]},{"key":"gt","title":"Genotype","type":"categorical"},{"key":"designation_date","title":"Designation 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diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins/unreleased/CHANGELOG.md b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins/unreleased/CHANGELOG.md new file mode 100644 index 00000000..5d1147c5 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins/unreleased/CHANGELOG.md @@ -0,0 +1,852 @@ +## Unreleased + +- Add newly designated Nextstrain clades 24H (LF.7) and 24I (MV.1) +- Add all 128 Pango lineages newly designated between 2024-10-19 and 2024-11-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- LF.7.1 (2024-10-19) +- LF.7.1.1 (2024-10-19) +- LF.7.2 (2024-10-19) +- LF.7.2.1 (2024-10-19) +- LF.7.3 (2024-10-19) +- LF.7.4 (2024-10-19) +- JN.1.49.3 (2024-10-20) +- MV.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.3 (2024-10-20) +- NA.1 (2024-10-20) +- NA.1.1 (2024-10-20) +- XDV.1.5.1 (2024-10-20) +- NB.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.2 (2024-10-20) +- LF.3.1.2 (2024-10-20) +- XEL (2024-10-20) +- NC.1 (2024-10-20) +- ND.1 (2024-10-20) +- ND.1.1 (2024-10-20) +- ND.2 (2024-10-20) +- ND.3 (2024-10-20) +- MC.10.1 (2024-10-20) +- KP.2.2.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.2 (2024-10-20) +- KP.2.25.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.1 (2024-10-20) +- MD.3.1.2 (2024-10-20) +- MD.3.1.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.4 (2024-10-20) +- MD.1.2 (2024-10-20) +- MD.1.1.1 (2024-10-20) +- KP.3.2.6 (2024-10-21) +- MC.1.1 (2024-10-21) +- MC.18 (2024-10-21) +- KP.2.27 (2024-10-22) +- KP.2.3.8 (2024-10-22) +- KP.2.2.2 (2024-10-22) +- XEM (2024-10-22) +- KP.3.1.9 (2024-10-22) +- KP.1.1.6 (2024-10-23) +- NE.1 (2024-10-23) +- XEN (2024-10-23) +- NF.1 (2024-10-24) +- KP.2.3.9 (2024-10-24) +- NG.1 (2024-10-24) +- NH.1 (2024-10-24) +- NH.2 (2024-10-24) +- NH.3 (2024-10-24) +- JN.1.11.2 (2024-10-25) +- NJ.1 (2024-10-25) +- KP.2.3.10 (2024-10-25) +- NK.1 (2024-10-25) +- LP.5 (2024-10-25) +- LP.6 (2024-10-25) +- LP.7 (2024-10-25) +- KP.2.3.11 (2024-10-25) +- LD.2 (2024-10-25) +- KP.3.1.10 (2024-10-25) +- NL.1 (2024-10-25) +- MU.2 (2024-10-25) +- MU.2.1 (2024-10-25) +- KP.3.7 (2024-10-25) +- LZ.2.1.2 (2024-10-27) +- LZ.2.1.1 (2024-10-27) +- KR.1.4 (2024-10-27) +- KP.2.3.12 (2024-10-27) +- NM.1 (2024-10-27) +- LP.8 (2024-10-27) +- LP.7.1.2 (2024-10-27) +- KP.4.2.5 (2024-10-27) +- KP.4.2.4 (2024-10-27) +- LF.7.1.2 (2024-10-27) +- MC.19 (2024-11-01) +- KP.2.6.1 (2024-11-01) +- MC.20 (2024-11-01) +- MC.10.2 (2024-11-01) +- KP.3.2.7 (2024-11-01) +- KP.3.2.8 (2024-11-01) +- KP.3.2.9 (2024-11-01) +- XEC.3 (2024-11-01) +- XEC.4 (2024-11-01) +- XEC.5 (2024-11-01) +- XEC.6 (2024-11-01) +- XEC.7 (2024-11-01) +- MJ.2 (2024-11-05) +- MJ.2.1 (2024-11-05) +- MJ.2.1.1 (2024-11-05) +- MJ.1.1 (2024-11-05) +- LF.10 (2024-11-05) +- LP.8.1 (2024-11-08) +- LP.8.2 (2024-11-08) +- LF.7.1.3 (2024-11-08) +- NL.2 (2024-11-08) +- NL.3 (2024-11-08) +- NL.4 (2024-11-08) +- NL.5 (2024-11-08) +- NL.6 (2024-11-08) +- NL.7 (2024-11-08) +- NM.2 (2024-11-12) +- LP.9 (2024-11-12) +- LP.9.1 (2024-11-12) +- NN.1 (2024-11-12) +- NN.1.1 (2024-11-12) +- NN.2 (2024-11-12) +- LP.1.2.1 (2024-11-12) +- NC.1.1 (2024-11-12) +- NC.1.2 (2024-11-12) +- LB.1.10 (2024-11-12) +- NP.1 (2024-11-12) +- NP.2 (2024-11-12) +- XEP (2024-11-12) +- MC.13.2 (2024-11-12) +- MC.21 (2024-11-12) +- MC.21.1 (2024-11-12) +- MC.22 (2024-11-12) +- XDY.1 (2024-11-12) +- LP.10 (2024-11-12) +- LP.10.1 (2024-11-12) +- NQ.1 (2024-11-12) +- NH.4 (2024-11-12) +- MU.3 (2024-11-12) +- KP.2.3.13 (2024-11-13) +- MG.2 (2024-11-13) +- MG.3 (2024-11-13) +- MG.4 (2024-11-14) + +
+ +## Unreleased + +- Add newly designated Nextstrain clades 24H (LF.7) and 24I (MV.1) +- Add all 128 Pango lineages newly designated between 2024-10-19 and 2024-11-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- LF.7.1 (2024-10-19) +- LF.7.1.1 (2024-10-19) +- LF.7.2 (2024-10-19) +- LF.7.2.1 (2024-10-19) +- LF.7.3 (2024-10-19) +- LF.7.4 (2024-10-19) +- JN.1.49.3 (2024-10-20) +- MV.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.2 (2024-10-20) +- MB.1.1.3 (2024-10-20) +- NA.1 (2024-10-20) +- NA.1.1 (2024-10-20) +- XDV.1.5.1 (2024-10-20) +- NB.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.1 (2024-10-20) +- KS.1.1.2 (2024-10-20) +- LF.3.1.2 (2024-10-20) +- XEL (2024-10-20) +- NC.1 (2024-10-20) +- ND.1 (2024-10-20) +- ND.1.1 (2024-10-20) +- ND.2 (2024-10-20) +- ND.3 (2024-10-20) +- MC.10.1 (2024-10-20) +- KP.2.2.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.1 (2024-10-20) +- KP.2.25.2 (2024-10-20) +- KP.2.25.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.1 (2024-10-20) +- MD.3.1.2 (2024-10-20) +- MD.3.1.3 (2024-10-20) +- MD.3.1.4 (2024-10-20) +- MD.1.2 (2024-10-20) +- MD.1.1.1 (2024-10-20) +- KP.3.2.6 (2024-10-21) +- MC.1.1 (2024-10-21) +- MC.18 (2024-10-21) +- KP.2.27 (2024-10-22) +- KP.2.3.8 (2024-10-22) +- KP.2.2.2 (2024-10-22) +- XEM (2024-10-22) +- KP.3.1.9 (2024-10-22) +- KP.1.1.6 (2024-10-23) +- NE.1 (2024-10-23) +- XEN (2024-10-23) +- NF.1 (2024-10-24) +- KP.2.3.9 (2024-10-24) +- NG.1 (2024-10-24) +- NH.1 (2024-10-24) +- NH.2 (2024-10-24) +- NH.3 (2024-10-24) +- JN.1.11.2 (2024-10-25) +- NJ.1 (2024-10-25) +- KP.2.3.10 (2024-10-25) +- NK.1 (2024-10-25) +- LP.5 (2024-10-25) +- LP.6 (2024-10-25) +- LP.7 (2024-10-25) +- KP.2.3.11 (2024-10-25) +- LD.2 (2024-10-25) +- KP.3.1.10 (2024-10-25) +- NL.1 (2024-10-25) +- MU.2 (2024-10-25) +- MU.2.1 (2024-10-25) +- KP.3.7 (2024-10-25) +- LZ.2.1.2 (2024-10-27) +- LZ.2.1.1 (2024-10-27) +- KR.1.4 (2024-10-27) +- KP.2.3.12 (2024-10-27) +- NM.1 (2024-10-27) +- LP.8 (2024-10-27) +- LP.7.1.2 (2024-10-27) +- KP.4.2.5 (2024-10-27) +- KP.4.2.4 (2024-10-27) +- LF.7.1.2 (2024-10-27) +- MC.19 (2024-11-01) +- KP.2.6.1 (2024-11-01) +- MC.20 (2024-11-01) +- MC.10.2 (2024-11-01) +- KP.3.2.7 (2024-11-01) +- KP.3.2.8 (2024-11-01) +- KP.3.2.9 (2024-11-01) +- XEC.3 (2024-11-01) +- XEC.4 (2024-11-01) +- XEC.5 (2024-11-01) +- XEC.6 (2024-11-01) +- XEC.7 (2024-11-01) +- MJ.2 (2024-11-05) +- MJ.2.1 (2024-11-05) +- MJ.2.1.1 (2024-11-05) +- MJ.1.1 (2024-11-05) +- LF.10 (2024-11-05) +- LP.8.1 (2024-11-08) +- LP.8.2 (2024-11-08) +- LF.7.1.3 (2024-11-08) +- NL.2 (2024-11-08) +- NL.3 (2024-11-08) +- NL.4 (2024-11-08) +- NL.5 (2024-11-08) +- NL.6 (2024-11-08) +- NL.7 (2024-11-08) +- NM.2 (2024-11-12) +- LP.9 (2024-11-12) +- LP.9.1 (2024-11-12) +- NN.1 (2024-11-12) +- NN.1.1 (2024-11-12) +- NN.2 (2024-11-12) +- LP.1.2.1 (2024-11-12) +- NC.1.1 (2024-11-12) +- NC.1.2 (2024-11-12) +- LB.1.10 (2024-11-12) +- NP.1 (2024-11-12) +- NP.2 (2024-11-12) +- XEP (2024-11-12) +- MC.13.2 (2024-11-12) +- MC.21 (2024-11-12) +- MC.21.1 (2024-11-12) +- MC.22 (2024-11-12) +- XDY.1 (2024-11-12) +- LP.10 (2024-11-12) +- LP.10.1 (2024-11-12) +- NQ.1 (2024-11-12) +- NH.4 (2024-11-12) +- MU.3 (2024-11-12) +- KP.2.3.13 (2024-11-13) +- MG.2 (2024-11-13) +- MG.3 (2024-11-13) +- MG.4 (2024-11-14) + +
+ +## 2024-10-17T16:48:48Z + +- Add newly designated Nextstrain clades 24F (XEC) and 24G (KP.2.3) +- Add all 4 Pango lineages designated between 2024-09-26 and 2024-10-14. Unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XEH (2024-09-28) +- XEJ (2024-09-28) +- XEC.2 (2024-09-28) +- XEK (2024-09-28) + +
+ +## 2024-09-25T21:50:30Z + +- Include newly designated Nextstrain clades 24D (XDV.1) and 24E (KP.3.1.1) +- All 113 Pango lineages designated between 2024-07-15 and 2024-09-25 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XEC (2024-08-07) +- KP.2.3.5 (2024-08-07) +- KP.2.3.6 (2024-08-07) +- LP.4 (2024-08-07) +- LP.1.2 (2024-08-07) +- LB.1.2.2 (2024-08-07) +- LB.1.2.3 (2024-08-07) +- KP.2.18 (2024-08-07) +- KP.2.14.1 (2024-08-07) +- MC.2 (2024-08-08) +- MC.2.1 (2024-08-08) +- KR.1.3 (2024-08-08) +- MP.1 (2024-08-08) +- MP.1.1 (2024-08-08) +- JQ.2.1.2 (2024-08-08) +- MC.4 (2024-08-08) +- MC.3 (2024-08-08) +- LB.1.3.3 (2024-08-08) +- KP.2.15.1 (2024-08-08) +- KP.3.1.7 (2024-08-08) +- MQ.1 (2024-08-08) +- MQ.2 (2024-08-08) +- KP.3.3.4 (2024-08-08) +- MR.1 (2024-08-08) +- MK.3 (2024-08-08) +- XED (2024-08-08) +- LZ.2 (2024-08-12) +- XEC.1 (2024-08-14) +- MS.1 (2024-08-15) +- KU.2.1 (2024-08-15) +- KU.2.2 (2024-08-15) +- MA.1.1 (2024-08-15) +- MA.1.1.1 (2024-08-15) +- JN.1.18.8 (2024-08-15) +- JN.1.59.1 (2024-08-15) +- JN.1.16.4 (2024-08-15) +- LU.2.1 (2024-08-15) +- LU.2.1.1 (2024-08-15) +- MT.1 (2024-08-15) +- KP.2.19 (2024-08-15) +- LF.6 (2024-08-15) +- LR.3 (2024-08-15) +- XDV.1.1 (2024-08-15) +- XDV.1.2 (2024-08-15) +- XDV.1.2.1 (2024-08-15) +- XDV.1.3 (2024-08-15) +- XDV.1.4 (2024-08-15) +- XDV.1.5 (2024-08-15) +- XDV.1.6 (2024-08-15) +- LF.7 (2024-08-15) +- MU.1 (2024-08-15) +- JN.1.4.9 (2024-08-15) +- JN.1.38.1 (2024-08-15) +- MC.5 (2024-08-15) +- MC.6 (2024-08-15) +- MC.7 (2024-08-15) +- MC.8 (2024-08-15) +- MC.8.1 (2024-08-15) +- MC.9 (2024-08-15) +- MC.10 (2024-08-15) +- MC.11 (2024-08-15) +- MC.11.1 (2024-08-15) +- MC.12 (2024-08-15) +- MC.13 (2024-08-15) +- MC.13.1 (2024-08-15) +- MC.14 (2024-08-15) +- MC.15 (2024-08-15) +- MC.16 (2024-08-15) +- MB.1.1.1 (2024-08-15) +- MV.1 (2024-08-15) +- KP.2.20 (2024-08-15) +- KP.2.20.1 (2024-08-15) +- JN.1.67 (2024-08-15) +- JN.1.67.1 (2024-08-15) +- XEF (2024-08-15) +- KP.2.22 (2024-08-16) +- KP.2.24 (2024-08-16) +- KP.2.25 (2024-08-16) +- KP.2.26 (2024-08-16) +- KR.4.1 (2024-08-16) +- KP.6 (2024-08-16) +- XEG (2024-08-16) +- KP.2.3.7 (2024-08-16) +- MW.1 (2024-08-16) +- KP.2.23 (2024-08-16) +- JN.1.68 (2024-08-16) +- LF.8 (2024-08-16) +- LF.8.1 (2024-08-16) +- LF.8.1.1 (2024-08-16) +- XEE (2024-08-16) +- MC.17 (2024-08-16) +- JN.1.16.5 (2024-08-16) +- LW.1.1 (2024-08-16) +- LW.1.2 (2024-08-16) +- KP.3.6 (2024-08-16) +- LB.1.9 (2024-08-16) +- KP.3.1.8 (2024-08-16) +- MY.1 (2024-08-16) +- XDV.1.7 (2024-08-17) +- XDV.1.8 (2024-08-17) +- XDV.1.9 (2024-08-17) +- XDR.1.1 (2024-08-17) +- XDR.1.2 (2024-08-17) +- XDV.1.10 (2024-08-17) +- XDV.1.11 (2024-08-17) +- LU.2.2 (2024-08-20) +- LB.1.4.3 (2024-08-24) +- LF.9 (2024-08-27) +- LF.9.1 (2024-08-27) +- XDV.1.7.1 (2024-09-05) +- XDV.1.9.1 (2024-09-05) +- LZ.2.1 (2024-09-05) +- MZ.1 (2024-09-05) + +
+ +## 2024-07-17T12:57:03Z + +- Include newly designated Nextstrain clade 24C (KP.3) +- All 84 Pango lineages designated between 2024-06-11 and 2024-07-14 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- BA.2.86.7 (2024-06-13) +- XDZ (2024-06-14) +- JN.1.1.10 (2024-06-14) +- JN.1.63 (2024-06-14) +- JN.1.63.1 (2024-06-14) +- XEA (2024-06-14) +- XEB (2024-06-14) +- XDP.2 (2024-06-14) +- XDP.3 (2024-06-14) +- LV.1 (2024-06-14) +- LV.2 (2024-06-14) +- LE.1.3 (2024-06-14) +- LE.1.3.1 (2024-06-14) +- JN.1.58.3 (2024-06-14) +- KP.4.1.1 (2024-06-17) +- KP.4.1.2 (2024-06-17) +- KP.4.1.3 (2024-06-17) +- LW.1 (2024-06-17) +- LP.3 (2024-06-17) +- KP.3.1.5 (2024-06-17) +- KP.1.1.5 (2024-06-17) +- XDD.3 (2024-06-29) +- LF.3.1.1 (2024-06-29) +- LB.1.3.1 (2024-06-29) +- KP.2.3.4 (2024-06-29) +- JN.1.18.6 (2024-06-29) +- LY.2 (2024-06-29) +- LY.1 (2024-06-29) +- JN.1.18.7 (2024-06-29) +- LZ.1 (2024-06-29) +- LZ.1.1 (2024-06-29) +- MA.1 (2024-06-29) +- MB.1 (2024-06-29) +- MB.1.1 (2024-06-29) +- LP.1.1 (2024-06-29) +- LF.4 (2024-06-29) +- LF.4.1 (2024-06-29) +- KP.3.3.1 (2024-06-29) +- MC.1 (2024-06-29) +- LU.2 (2024-07-01) +- JN.1.64 (2024-07-01) +- JN.1.64.1 (2024-07-01) +- MD.1 (2024-07-01) +- MD.1.1 (2024-07-01) +- MD.2 (2024-07-01) +- MD.3 (2024-07-01) +- MD.3.1 (2024-07-01) +- LK.2 (2024-07-03) +- LK.2.1 (2024-07-03) +- JN.1.7.8 (2024-07-03) +- JN.1.50.2 (2024-07-03) +- ME.1 (2024-07-03) +- LF.5 (2024-07-10) +- JN.1.48.3 (2024-07-10) +- KS.1.3 (2024-07-10) +- JN.1.65 (2024-07-10) +- JN.1.65.1 (2024-07-10) +- MF.1 (2024-07-10) +- MF.2 (2024-07-10) +- KP.3.3.2 (2024-07-10) +- MG.1 (2024-07-10) +- KP.4.2.3 (2024-07-10) +- KP.2.17 (2024-07-10) +- LB.1.3.2 (2024-07-10) +- MH.1 (2024-07-10) +- LB.1.8 (2024-07-10) +- JN.1.7.9 (2024-07-10) +- MJ.1 (2024-07-10) +- KP.3.1.6 (2024-07-12) +- MK.1 (2024-07-12) +- MK.2 (2024-07-12) +- KP.3.4.1 (2024-07-12) +- KP.3.3.3 (2024-07-12) +- ML.1 (2024-07-12) +- ML.2 (2024-07-12) +- MM.1 (2024-07-12) +- MM.2 (2024-07-12) +- JN.1.66 (2024-07-12) +- MN.1 (2024-07-12) +- KP.3.5 (2024-07-12) +- LB.1.4.1 (2024-07-13) +- LB.1.7.1 (2024-07-13) +- LB.1.7.2 (2024-07-13) +- LB.1.7.3 (2024-07-13) + +
+ +## 2024-07-03T08:29:55Z + +Added configuration of current and recent vaccine strains as 'reference nodes' on the reference tree, against which query sequences can be compared. This feature is in addition to the new 'compare to clade founder' feature, allowing to compare each query sequence to the most ancestral node of a clade or lineage. + +The datasets themselves remain unchanged. + +See Nextclade documentation for more details about 'relative mutations' functionality. + +## 2024-06-13T23:42:47Z + +- Labelled mutations added for Nextstrain clades 24A (JN.1) and 24B (JN.1.11.1) +- All 172 Pango lineages designated between 2024-04-13 and 2024-06-10 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: +- Fixed a bug that made amino acid gaps on the reference tree be left-aligned instead of right-aligned. This only affected the display of mutations on branches in tree view. The bug existed since switching the default gap alignment from right to left in nextclade v2. + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- KP.4 (2024-04-15) +- KP.4.1 (2024-04-15) +- KP.4.2 (2024-04-15) +- KP.1.2 (2024-04-15) +- KP.2.3 (2024-04-15) +- JN.1.47 (2024-04-15) +- JN.1.47.1 (2024-04-15) +- JN.1.47.2 (2024-04-15) +- JN.1.16.2 (2024-04-15) +- LA.1 (2024-04-15) +- LA.2 (2024-04-15) +- JN.1.9.2 (2024-04-15) +- LB.2 (2024-04-15) +- JN.1.7.4 (2024-04-15) +- JN.1.24.1 (2024-04-15) +- LC.1 (2024-04-15) +- JN.1.32.1 (2024-04-15) +- KW.1.2 (2024-04-15) +- JN.1.8.4 (2024-04-15) +- JN.1.48 (2024-04-15) +- JN.1.48.1 (2024-04-15) +- LB.1 (2024-04-16) +- XDW (2024-04-18) +- XDQ.2 (2024-04-18) +- XDQ.3 (2024-04-18) +- XDQ.1.1 (2024-05-15) +- XDK.1.1 (2024-05-15) +- XDK.1.2 (2024-05-15) +- XDK.2 (2024-05-15) +- XDK.3 (2024-05-15) +- XDR.1 (2024-05-15) +- KP.2.4 (2024-05-15) +- KP.2.5 (2024-05-15) +- KP.2.6 (2024-05-15) +- KP.2.7 (2024-05-15) +- KP.2.3.1 (2024-05-15) +- KP.4.2.1 (2024-05-15) +- KP.2.8 (2024-05-15) +- KP.2.9 (2024-05-15) +- KP.2.10 (2024-05-15) +- KP.2.11 (2024-05-15) +- KP.2.12 (2024-05-15) +- LD.1 (2024-05-15) +- JN.1.48.2 (2024-05-15) +- KP.1.1.2 (2024-05-15) +- LE.1 (2024-05-15) +- LE.1.1 (2024-05-15) +- LE.1.2 (2024-05-15) +- LE.2 (2024-05-15) +- LF.1 (2024-05-15) +- LF.1.1 (2024-05-15) +- JN.1.42.2 (2024-05-15) +- JN.1.49 (2024-05-15) +- JN.1.49.1 (2024-05-15) +- JN.1.49.2 (2024-05-15) +- KW.1.1.1 (2024-05-15) +- LG.1 (2024-05-15) +- JN.1.39.1 (2024-05-15) +- JN.1.39.2 (2024-05-16) +- KP.5 (2024-05-16) +- KP.3.1 (2024-05-16) +- KP.3.2 (2024-05-16) +- KP.3.3 (2024-05-16) +- JN.1.39.3 (2024-05-16) +- JN.15 (2024-05-16) +- JN.3.3 (2024-05-16) +- JN.16 (2024-05-16) +- JN.17 (2024-05-16) +- JN.11.1 (2024-05-16) +- BA.2.86.6 (2024-05-16) +- JN.18 (2024-05-16) +- JQ.2.1.1 (2024-05-16) +- JN.19 (2024-05-16) +- JN.1.1.8 (2024-05-17) +- KP.2.13 (2024-05-17) +- JN.1.50 (2024-05-18) +- JN.1.23.1 (2024-05-28) +- JN.1.29.1 (2024-05-28) +- JN.1.18.3 (2024-05-28) +- JN.1.18.4 (2024-05-28) +- LH.1 (2024-05-28) +- LH.2 (2024-05-28) +- KP.1.1.3 (2024-05-28) +- KP.3.1.1 (2024-05-28) +- KP.2.14 (2024-05-28) +- JN.1.51 (2024-05-28) +- JN.1.51.1 (2024-05-28) +- LJ.1 (2024-05-28) +- LF.2 (2024-05-28) +- JN.1.52 (2024-05-28) +- JN.1.7.5 (2024-05-28) +- LK.1 (2024-05-28) +- JN.1.50.1 (2024-05-28) +- LF.3 (2024-05-28) +- KP.4.2.2 (2024-05-28) +- XDK.4 (2024-05-28) +- XDK.4.1 (2024-05-28) +- XDK.5 (2024-05-28) +- XDK.6 (2024-05-28) +- LL.1 (2024-05-28) +- LM.1 (2024-05-28) +- KS.1.1 (2024-05-28) +- JN.1.53 (2024-05-28) +- JN.1.53.1 (2024-05-28) +- LN.1 (2024-05-28) +- LN.1.1 (2024-05-28) +- JN.1.54 (2024-05-28) +- JN.1.54.1 (2024-05-28) +- LP.1 (2024-05-28) +- KP.3.4 (2024-05-29) +- KP.3.2.1 (2024-05-29) +- KP.2.15 (2024-05-30) +- KR.1.1 (2024-05-30) +- KR.1.2 (2024-05-30) +- KR.3 (2024-05-30) +- KR.4 (2024-05-30) +- KR.5 (2024-05-30) +- KS.1.2 (2024-05-30) +- JN.1.55 (2024-05-30) +- JN.1.55.1 (2024-05-30) +- JN.1.55.2 (2024-05-30) +- KP.3.2.2 (2024-05-30) +- JN.1.56 (2024-05-31) +- JN.1.56.1 (2024-05-31) +- JN.1.44.1 (2024-05-31) +- LB.1.1 (2024-06-04) +- LB.1.2 (2024-06-04) +- LB.1.2.1 (2024-06-04) +- LB.1.3 (2024-06-04) +- LB.1.4 (2024-06-04) +- LB.1.5 (2024-06-04) +- LB.1.6 (2024-06-04) +- KP.2.3.2 (2024-06-04) +- KP.2.16 (2024-06-04) +- LF.3.1 (2024-06-04) +- KP.3.1.2 (2024-06-04) +- KP.3.1.3 (2024-06-04) +- KP.3.1.4 (2024-06-04) +- KP.3.2.3 (2024-06-04) +- KP.3.2.4 (2024-06-04) +- LB.1.7 (2024-06-04) +- LF.1.1.1 (2024-06-04) +- KP.1.1.4 (2024-06-04) +- LP.2 (2024-06-04) +- XDY (2024-06-04) +- LQ.1 (2024-06-04) +- LQ.1.1 (2024-06-04) +- LQ.2 (2024-06-04) +- LQ.3 (2024-06-04) +- JN.1.4.8 (2024-06-04) +- JN.1.7.6 (2024-06-04) +- JN.1.57 (2024-06-04) +- JN.1.57.1 (2024-06-04) +- JN.1.58 (2024-06-04) +- JN.1.58.1 (2024-06-04) +- JN.1.58.2 (2024-06-04) +- LR.1 (2024-06-04) +- LR.2 (2024-06-04) +- JN.1.59 (2024-06-05) +- JN.1.7.7 (2024-06-05) +- JN.1.60 (2024-06-05) +- JN.1.61 (2024-06-05) +- JN.1.18.5 (2024-06-07) +- LS.1 (2024-06-07) +- KP.2.3.3 (2024-06-07) +- JN.1.62 (2024-06-08) +- KP.3.2.5 (2024-06-09) +- LT.1 (2024-06-10) +- JN.1.1.9 (2024-06-10) +- JN.1.16.3 (2024-06-10) +- JN.1.15.1 (2024-06-10) +- LU.1 (2024-06-10) + +
+ +## 2024-04-25T01:03:07Z + +- fix: Increase Nextclade alignment parameter "excessBandwidth" from 9 to 12 to correctly align complex series of indels that has arisen in Spike NTD with the occurrence of S:31- in some JN.1. The bandwidth is chosen to be as small as possible (to ensure fast runtime) but as large as necessary for correct alignment. As a result, occasional adjustments like here are required. Nothing else is changed in this SARS-CoV-2 dataset update. + +## 2024-04-15T15:08:22Z + +- Nextstrain clades 24A (JN.1) and 24B (JN.1.11.1) are now included. +- All 83 Pango lineages designated between 2024-02-13 and 2024-04-12 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- JN.1.23 (2024-02-20) +- KP.1 (2024-02-22) +- JN.1.7.1 (2024-03-01) +- JN.1.7.2 (2024-03-01) +- KQ.1 (2024-03-01) +- JN.1.13.1 (2024-03-01) +- JN.1.1.5 (2024-03-01) +- KR.1 (2024-03-04) +- KP.1.1 (2024-03-04) +- KP.2 (2024-03-04) +- JN.1.24 (2024-03-04) +- XDK.1 (2024-03-04) +- JN.1.25 (2024-03-04) +- JN.1.25.1 (2024-03-04) +- XDQ.1 (2024-03-04) +- JQ.2 (2024-03-05) +- JN.13 (2024-03-06) +- JN.13.1 (2024-03-06) +- JN.1.1.6 (2024-03-09) +- JN.1.26 (2024-03-09) +- JN.1.27 (2024-03-09) +- JN.1.4.4 (2024-03-09) +- JN.1.8.2 (2024-03-09) +- JN.1.28 (2024-03-09) +- JN.1.1.7 (2024-03-09) +- JN.1.29 (2024-03-09) +- JN.1.4.5 (2024-03-14) +- JN.1.18.1 (2024-03-14) +- JN.1.30 (2024-03-14) +- JN.1.31 (2024-03-14) +- JN.1.16.1 (2024-03-14) +- KS.1 (2024-03-14) +- JN.1.4.6 (2024-03-14) +- JN.1.32 (2024-03-14) +- GE.1.2.2 (2024-03-17) +- KT.1 (2024-03-17) +- KT.1.1 (2024-03-17) +- KT.1.2 (2024-03-17) +- KP.3 (2024-03-17) +- JN.1.33 (2024-03-17) +- JN.1.34 (2024-03-17) +- JN.1.35 (2024-03-17) +- JN.1.36 (2024-03-17) +- KP.2.1 (2024-03-19) +- KP.2.2 (2024-03-19) +- JN.1.30.1 (2024-03-19) +- JQ.2.1 (2024-03-20) +- XDD.1.1.1 (2024-03-25) +- KU.1 (2024-03-25) +- KU.2 (2024-03-25) +- JN.1.18.2 (2024-03-25) +- JN.1.36.1 (2024-03-25) +- KV.1 (2024-03-25) +- JN.1.37 (2024-03-25) +- JN.1.28.1 (2024-03-25) +- KW.1 (2024-03-25) +- JN.1.38 (2024-03-25) +- JN.1.39 (2024-03-25) +- JN.1.40 (2024-03-25) +- JN.1.41 (2024-03-25) +- JN.1.42 (2024-03-25) +- JN.1.43 (2024-03-25) +- JN.1.43.1 (2024-03-25) +- KP.1.1.1 (2024-03-25) +- JN.1.44 (2024-03-25) +- XDU (2024-03-26) +- XDP.1 (2024-03-26) +- JN.2.2.1 (2024-03-26) +- JN.1.8.3 (2024-03-29) +- KY.1 (2024-03-29) +- JN.14 (2024-03-29) +- JN.1.45 (2024-03-29) +- XDV (2024-04-02) +- XDV.1 (2024-04-02) +- JN.1.42.1 (2024-04-02) +- JN.1.46 (2024-04-02) +- JN.1.4.7 (2024-04-02) +- KV.2 (2024-04-02) +- KW.1.1 (2024-04-03) +- KZ.1 (2024-04-04) +- KZ.1.1 (2024-04-04) +- KZ.1.1.1 (2024-04-04) +- JN.1.7.3 (2024-04-04) + +
+ +## 2024-02-16T04:00:32Z + +- All 35 Pango lineages designated between 2024-01-16 and 2024-02-12 are now included, unfold below to see a list of all newly included lineages with their designation dates: + +
+ Newly included lineages, with designation date in parentheses + +- XDN (2024-01-16) +- XDP (2024-01-16) +- JN.3.2 (2024-01-16) +- JN.3.2.1 (2024-01-16) +- JN.11 (2024-01-21) +- JN.1.12 (2024-01-21) +- JN.12 (2024-01-22) +- JN.1.11.1 (2024-01-22) +- KM.1 (2024-01-31) +- BA.2.87 (2024-02-01) +- BA.2.87.1 (2024-02-01) +- XDQ (2024-02-01) +- GK.1.10.1 (2024-02-01) +- XDR (2024-02-01) +- JN.1.13 (2024-02-01) +- JN.1.14 (2024-02-01) +- JN.1.15 (2024-02-01) +- JN.1.4.1 (2024-02-01) +- JN.1.2.1 (2024-02-01) +- JN.1.16 (2024-02-01) +- JN.1.17 (2024-02-01) +- JN.1.4.2 (2024-02-02) +- JN.1.18 (2024-02-04) +- JN.1.19 (2024-02-04) +- JN.1.20 (2024-02-04) +- XDS (2024-02-04) +- JN.1.9.1 (2024-02-04) +- JN.1.21 (2024-02-04) +- JN.1.22 (2024-02-04) +- JN.1.4.3 (2024-02-12) +- XDT (2024-02-12) +- HK.13.2.1 (2024-02-12) +- KN.1 (2024-02-12) +- KN.1.1 (2024-02-12) +- JN.1.1.4 (2024-02-12) + +
+ +## 2024-01-16T20:31:02Z + +Initial release of this v3 dataset. + +This dataset is similar to the v2 dataset `sars-cov-2` but translating mature proteins (nsp1-16) instead of ORF1a/b. diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins/unreleased/README.md b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins/unreleased/README.md new file mode 100644 index 00000000..8fa65553 --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins/unreleased/README.md @@ -0,0 +1,50 @@ +# SARS-CoV-2 dataset with reference Wuhan-Hu-1/2019 and mature protein annotations + +| Key | Value | +| ----------------- | ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | +| authors | [Cornelius Roemer](https://neherlab.org), [Richard Neher](https://neherlab.org), [Nextstrain](https://nextstrain.org) | +| reference | `Wuhan-Hu-1/2019` | +| workflow | https://github.com/neherlab/nextclade_data_workflows/tree/v3-sc2/sars-cov-2 | +| path | `nextstrain/sars-cov-2/proteins` | +| clade definitions | [Nextstrain clades](https://nextstrain.org/blog/2022-04-29-SARS-CoV-2-clade-naming-2022) and [Pango lineages](https://www.nature.com/articles/s41564-020-0770-5) | + +## Scope of this dataset + +This dataset shows mutations relative to `Wuhan-Hu-1/2019` and is particularly useful for the analysis of datasets with sequence collection dates spanning the entire pandemic. + +In contrast to the other Nextclade SARS-CoV-2 datasets, this dataset annotates amino acids relative to their position in the mature proteins nsp1-16. The other datasets annotate amino acids relative to ORF1a and ORF1b. + +For the analysis of recent sequences, the BA.2, XBB and BA.2.86 datasets may be more appropriate, as they show mutations relative to the respective variants. + +## Reference sequence and reference tree + +The reference sequence in this dataset is `Wuhan-Hu-1/2019`. + +The reference tree contains one sequence for each Pango lineage designated since mid-2021 and most lineages designated before that. + +## Features + +This dataset supports: + +- Assignment of Nextstrain clades +- Assignment of Pango lineages +- Sequence QC +- Phylogenetic placement + +## Nextstrain clades + +Since its emergence in late 2019, SARS-CoV-2 has evolved into many co-circulating variants. To facilitate discussion of these variants, we have grouped them into clades which are defined by specific signature mutations. + +Nextstrain clade names consist of two numbers representing a year and then a single letter representing the clade within that year. For example, 21A is the first clade we named in 2021. + +We define each clade by a combination of signature mutations. You can find the exact clade definition on Github in this [file](https://github.com/nextstrain/ncov/blob/master/defaults/clades.tsv). + +Below is an illustration of the phylogenetic relationships of Nextstrain clades ([source](https://github.com/nextstrain/ncov-clades-schema/)): + +![Illustration of phylogenetic relationships of SARS-CoV-2 clades, as defined by Nextstrain](https://raw.githubusercontent.com/nextstrain/ncov-clades-schema/master/clades.svg) + +Learn more about how Nextclade assigns clades in the [documentation](https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/algorithm/). + +## What are Nextclade datasets + +Read more about Nextclade datasets in the Nextclade documentation: https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/datasets.html diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins/unreleased/dataset.zip b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins/unreleased/dataset.zip new file mode 100644 index 00000000..2b7a2bfc Binary files /dev/null and b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins/unreleased/dataset.zip differ diff --git a/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins/unreleased/genome_annotation.gff3 b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins/unreleased/genome_annotation.gff3 new file mode 100644 index 00000000..a7df03ff --- /dev/null +++ b/data_output/nextstrain/sars-cov-2/wuhan-hu-1/proteins/unreleased/genome_annotation.gff3 @@ -0,0 +1,47 @@ +##gff-version 3 +#!gff-spec-version 1.21 +#!processor NCBI annotwriter +##sequence-region NC_045512.2 1 29903 +##species https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=2697049 +NC_045512.2 RefSeq region 1 29903 . + . ID=NC_045512.2:1..29903;Dbxref=taxon:2697049;collection-date=Dec-2019;country=China;gb-acronym=SARS-CoV-2;gbkey=Src;genome=genomic;isolate=Wuhan-Hu-1;mol_type=genomic RNA;nat-host=Homo sapiens;old-name=Wuhan seafood market pneumonia virus +NC_045512.2 RefSeq five_prime_UTR 1 265 . + . ID=id-NC_045512.2:1..265;gbkey=5'UTR +NC_045512.2 RefSeq gene 266 21555 . + . ID=gene-GU280_gp01;Dbxref=GeneID:43740578;Name=ORF1ab;gbkey=Gene;gene=ORF1ab;gene_biotype=protein_coding;locus_tag=GU280_gp01 +NC_045512.2 RefSeq CDS 266 805 . + . Name=nsp1;locus_tag=nsp1;ID=id-YP_009724389.1:1..180;Note=nsp1%3B produced by both pp1a and pp1ab;Parent=gene-GU280_gp01;gbkey=Prot;product=leader protein;protein_id=YP_009725297.1 +NC_045512.2 RefSeq CDS 806 2719 . + . Name=nsp2;locus_tag=nsp2;ID=id-YP_009724389.1:181..818;Note=produced by both pp1a and pp1ab;Parent=gene-GU280_gp01;gbkey=Prot;product=nsp2;protein_id=YP_009725298.1 +NC_045512.2 RefSeq CDS 2720 8554 . + . Name=nsp3;locus_tag=nsp3;ID=id-YP_009724389.1:819..2763;Note=former nsp1%3B conserved domains are: N-terminal acidic (Ac)%2C predicted phosphoesterase%2C papain-like proteinase%2C Y-domain%2C transmembrane domain 1 (TM1)%2C adenosine diphosphate-ribose 1''-phosphatase (ADRP)%3B produced by both pp1a and pp1ab;Parent=gene-GU280_gp01;gbkey=Prot;product=nsp3;protein_id=YP_009725299.1 +NC_045512.2 RefSeq CDS 8555 10054 . + . Name=nsp4;locus_tag=nsp4;ID=id-YP_009724389.1:2764..3263;Note=nsp4B_TM%3B contains transmembrane domain 2 (TM2)%3B produced by both pp1a and pp1ab;Parent=gene-GU280_gp01;gbkey=Prot;product=nsp4;protein_id=YP_009725300.1 +NC_045512.2 RefSeq CDS 10055 10972 . + . 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+>USA/MS-MSPHL-0434/2023 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA +CTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTC +AACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAA +TTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAG +TGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACA +TTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACC +TTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAG +TTGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCAT +ATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGTTGTGGTTATACCTACTAAAA +AGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATT +ATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAG +TGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGC +AAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGANN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTANNCAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGG +ACATGTCAATGACATATGGACAACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTA +CTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAAACATTTTATGTTTTACCTAATGATG +ACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTA +GGTACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAATGGTTTAA +CTTCTATTAAATGGGCAGATAACAACTGTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNAAGTTGTAGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTTA +AAATTACAGAAGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATTCTAGTC +TTACTATTAAGAAACCTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTC +ATGGTTTAGCTGCTGTTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTT +TTCTTAACAAAGTTGTTAGTACAACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTT +GTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTACTTTATTGCTACAATTGTGTACTTTTACTAGAA +GTACAAATTCTAGAATTAAAGCATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGANNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTA +TTAGTGATGAAGTTGCGAGAGACTTGTCACTACAGTTTAAAAGACCAATAAATCCTACTG +ACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCATCTTTACT +TTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAG +ACAACCTGAGAGCTAATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATG +GTAAATCAAAATGTGAAGAATCATCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTA +TGTGTCAACCTATACTGTTACTAGATCAGGCATTAGTGTCTGATGTTGGTGATAGNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGTTAC +TCACAATTTTGACTTCACTTTTAGTTTTAGTCCAGAGTACTCAATGGTCTTTGTTCTTTT +TTTTGTATGAAAATGCCTTTTTACCTTTTGCTATGGGTATTATTGCTATGTCTGCTTTTG +CAATGATGTTTGTCAAACATAAGCATGCATTTCTCTGTTTGTTTTTGTTACCTTCTCTTG +CCACTGTAGCTTATTTTAATATGGTCTATATGCCTGCTAGTTGGGTGATGCGTATTATGA +CATGGTTGGATATGGTTGATACTAGTTTGTCTGGTTTTAAGCTAAAAGACTGTGTTATGT +ATGCATCAGCTGTAGTGTTACTAATCCTTATGACAGCAAGAACTGTGTATGATGATGGTG +CTAGGAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNCTTCATAACTGGTAATACACTTCAGTGTATAATGCTAGTTTATTGTT +TCTTAGGCTATTTTTGTACTTGTTACTTTGGCCTCNTTTGTTTACTCAACCGCTACTTTA +GACTGACTCTTGGTGTTTATGATTAYTTAGTTTCTACACAGGAGTTTAGATATATGAATT +CACAGGGACTACTCCCACCCAAGAATAGCATAGATGCCTTCAAACTCAACATTAAATTGT +TGGGTGTTGGTGGCAAACCTTGTATCAAAGTAGCCACTGTACAGTCTAAAATGTCAGATG +TAAAGTGCACATCAGTAGTCTTACTCTCAGTTTTGCAACAACTCAGAGTAGAATCATCAT +CTAAATTGTGGGCTCAATGTGTCCAGTTAYACAATGACATTCTCTTAGCTAAAGATACTA +CTGAAGCCTTTGAAAAAATGGTTTCACTACTTTCTGTTTTGCTTTCCATGCAGGGTGCTG +TAGACATAAACAAGCTTTGTGAAGAAATGCTGGACAACAGGGCAACCTTACAAGCTATAG +CCTCAGAGTTTAGTTCCCTTCCATCATATGCAGCTTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATG +AGCAGGCTGTTGCTAATGGTGATTCTGAAGTTGTTCTTAAAAAGTTGAAGAAGTCTTTGA +ATGTGGCTAAATCTGAATTTGACCGTGATGCAGCCATGCAACGTAAGTTGGAAAAGATGG +CTGATCAAGCTATGACCCAAATGTATAAACAGGCTAGATCTGAGGACAAGAGGGCAAAAG +TTACTAGTGCTATGCAGACAATGCTTTTCACTATGCTTAGAAAGTTGGATAATGATGCAC +TCAACAACATTATCAACAATGCAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAACATAATACCTCTTA +CAACAGCAGCCAAACTAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT +GTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCTGCTTCTGGTAATCTATTACTAGATAAACGCAC +TACGTGCTTTTCAGTAGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAACTGTCAAACCCGG +TAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAAGGGTTTCTTTAAGGAAGGAAG +TTCTGTTGAATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTTCTATCAGCGATTA +TGACTACTATCGTTATAATCTACCAACAATGTGTGATATCAGACAACTACTATTTGTAGT +TGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCTAACCAAGN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGT +TTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCCAATGTTAATGCACTTTTATCTACTGATGGTAA +CAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGAGTGTCTCTATAG +AAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCATATTTGCGTAAACATTT +CTCAATGATGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCA +AGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTTAAGTCAGTTCTTTATTATCAAAACAATGTTTT +TATGTCTGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCATGAATTTTG +CTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGTGATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGA +TCCATCAAGAATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTAC +ACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTTAGCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCC +TAATCAGGAGTATGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAGAAAGCTACATGA +TGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTC +AAGGTATTGGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAGGC +TGTTGGGGCTTGTGTTCTTTGCAATTCACAGACTTCATTAAGATGTGGTGCTTGCATACG +TAGACCATTCTTATGTTGTAAATGCTGTTACGACCATGTCATATCAACATCACATAAATT +AGTCTTGTCTGTTAATCCGTATGTTTGCAATGCTCCAGGTTGTGATGTCACAGATGTGAC +TCAACTTTACTTAGGAGGTATGAGCTATTATTGTAAATCACATAAACCACCCATTAGTTT +TCCATTGTGTGCTAATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCCA +GGGACCACCTGGTACTGGTAAGAGTCATTTTGCTATTGGCCTAGCTCTCTACTACCCTTC +TGCTCGCATAGTGTATACAGCTTGCTCTCATGCCGCTGTTGATGCACTATGTGAGAAGGC +ATTAAAATATTTGCCTATAGATAAATGTAGTAGAATTATACCTGCACGTGCTCGTGTAGA +GTGTTTTGATAAATTCAAAGTGAATTCAACATTAGAACAGTATGTCTTTTGTACTGTAAA +TGCATTGCCTGAGACGACAGCAGATATAGTTGTCTTTGATGAAATTTCAATGGCCACAAA +TTATGATTTGAGTGTTGTCAATGCCAGATTACGTGCTAAGCACTATGTGTACATTGGCGA +CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTAT +AAGACATGTACGTGCATGGATTGGCTTCGATGTCGAGGGGTGTCATGCTACTAGAGAAGC +TGTTGGTACCAATTTACCTTTACAGCTAGGTTTTTCTACAGGTGTTAACCTAGTTGCTGT +ACCTACAGGTTATGTTGATACACCTAATAATACAGATTTTTCCAGAGTTAGTGCTAAACC +ACCGCCTGGAGATCAATTTAAACACCTCATACCACTTATGTACAAAGGACTTCCTTGGAA +TGTAGTGCGTATAAAGATTGTACAAATGTTAAGTGACACACTTAAAAATCTCTCTGACAG +AGTCGTATTTGTCTTATGGGCACATGGCTTTGAGTTGACATCTATGAAGTATTTTGTGAA +AATAGGACCTGAGCGCACCTGTTGTCTATGTGATAGACGTGCCACATGCTTTTCCACTGC +TTCAGACACTTATGCCTGTTGGCATCATTCTATTGGATTTGATTACGTCTATAATCCGTT +TATGATTGATGTTCAACAATGGGGTTTTACAGGTAACCTACAAAGCAACCATGATCTGTA +TTGTCAAGTCCATGGTAATGCACATGTAGCTAGTTGTGATGCAATCATGACTAGGTGTCT +AGCTGTCCACGAGTGCTTTGTTAAGCGTGTTGACTGGACTATTGAATATCCTATAATTGG +TGATGAACTGAAGATTAATGCGGCTTGTAGAAAGGTTCAACACATGGTTGTTAAAGCTGC +ATTATTAGCAGACAAATTCCCAGTTCTTCACGACATTGGTAACCCTAAAGCTATTAAGTG +TGTACCTCAAGCTGATGTAGAATGGAAGTTCTATGATGCACAGCCTTGTAGTGACAAAGC +TTATAAAATAGAAGAATTATTCTATTCTTATGCCACACATTCTGACAAATTCACAGATGG +TGTATGCCTATTTTGGAATTGCAATGTCGATAGATATCCTGCTAATTCCATTGTTTGTAG +ATTTGACACTAGAGTGCTATCTAACCTTAACTTGCCTGGTTGTGATGGTGGCAGTTTGTA 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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNCTTTTGAATATGTCTCTCAGCCTTTTCTTATGGACCTTGAAGGAAAACAGGGTAATT +TCAAAAATCTTAGGGAATTTGTGTTTAAGAATATTGATGGTTATTTTAAAATATATTCTA +AGCACACGCCTATTAATTTAGTGCGTGATCTCCCTCAGGGTTTTTCGGCTTTAGAACCAT +TGGTAGATTTGCCAATAGGTATTAACATCACTAGGTTTCAAACTTTACTTGCTTTACATN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTATGCAGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN +NNNNNNATCTTATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGA +CTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAACTGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAA +AAGCACACTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACACACTGGTTTGTAACAC +AAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACT +GTGATGTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTTTATGATCCTTTGCAACCTGAATTAG +ACTCATTCAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATCATACATCACCAGATGTTGATT 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Neher","url":"https://neherlab.org"}],"display_defaults":{"color_by":"clade_membership","distance_measure":"div","map_triplicate":false,"branch_label":"clade","transmission_lines":false},"genome_annotations":{"E":{"end":26472,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":26245,"strand":"+","type":"CDS"},"M":{"end":27191,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":26523,"strand":"+","type":"CDS"},"N":{"end":29533,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":28274,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF10":{"end":29674,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":29558,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF3a":{"end":26220,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":25393,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF6":{"end":27387,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":27202,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF7a":{"end":27759,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":27394,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF7b":{"end":27887,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":27756,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF8":{"end":28259,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":27894,"strand":"+","type":"CDS"},"ORF9b":{"end":28577,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":28284,"strand":"+","type":"CDS"},"S":{"end":25384,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":21563,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp1":{"end":805,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":266,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp10":{"end":13441,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":13025,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp11":{"end":13480,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":13442,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp12":{"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","strand":"+","type":"CDS","segments":[{"start":13442,"end":13468},{"start":13468,"end":16236}]},"nsp13":{"end":18039,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":16237,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp14":{"end":19620,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":18040,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp15":{"end":20658,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":19621,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp16":{"end":21552,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":20659,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp2":{"end":2719,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":806,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp3":{"end":8554,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":2720,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp4":{"end":10054,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":8555,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp5":{"end":10972,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":10055,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp6":{"end":11842,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":10973,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp7":{"end":12091,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":11843,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp8":{"end":12685,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":12092,"strand":"+","type":"CDS"},"nsp9":{"end":13024,"seqid":"profiles/clades/proteins/reference_seq.gb","start":12686,"strand":"+","type":"CDS"},"nuc":{"end":29903,"start":1,"strand":"+","type":"source"}},"description":"This phylogeny shows evolutionary relationships of SARS-CoV-2 viruses from the ongoing novel coronavirus COVID-19 pandemic.\n\nAll data we use were deposited in GISAID by scientists around the world.\nWe gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the genetic sequence and metadata made available through [GISAID](https://gisaid.org) on which this research is based. A full listing of all originating and submitting laboratories is available below. An attribution table is available by clicking on \"Download Data\" at the bottom of the page and then clicking on \"Strain Metadata\" in the resulting dialog box.\n","colorings":[{"key":"clade_membership","title":"Clade","type":"categorical","scale":[["21L","#5E1D9D"],["22A","#4B25B1"],["22B","#4137C2"],["22C","#3F4CCB"],["22D","#3F62D0"],["22E","#4376CD"],["22F","#4887C6"],["23A","#4F97BB"],["23B","#58A2AC"],["23C","#62AB9C"],["23D","#6DB38A"],["23E","#7BB77A"],["23F","#89BB6B"],["23G","#98BD5E"],["23H","#A8BE54"],["23I","#B7BD4B"],["24A","#C5B945"],["24B","#D2B340"],["24C","#DDAA3C"],["24D","#E39C39"],["24E","#E68B35"],["24F","#E67631"],["24G","#E35C2C"],["24H","#DF4227"],["24I","#DB2823"]]},{"key":"gt","title":"Genotype","type":"categorical"},{"key":"designation_date","title":"Designation 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