-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 14
/
main.nf
81 lines (67 loc) · 2.75 KB
/
main.nf
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
nf-core/circdna
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Github : https://github.com/nf-core/circdna
Website: https://nf-co.re/circdna
Slack : https://nfcore.slack.com/channels/circdna
----------------------------------------------------------------------------------------
*/
nextflow.enable.dsl = 2
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
GENOME PARAMETER VALUES
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
// This is an example of how to use getGenomeAttribute() to fetch parameters
// from igenomes.config using `--genome`
params.fasta = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'fasta')
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
VALIDATE & PRINT PARAMETER SUMMARY
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
include { validateParameters; paramsHelp } from 'plugin/nf-validation'
// Print help message if needed
if (params.help) {
def logo = NfcoreTemplate.logo(workflow, params.monochrome_logs)
def citation = '\n' + WorkflowMain.citation(workflow) + '\n'
def String command = "nextflow run ${workflow.manifest.name} --input samplesheet.csv --genome GRCh38 -profile docker -outdir results --circle_identifier [circexplorer2,circle_map_realign,circle_map_repeats,circle_finder,unicycler,ampliconarchitect]"
log.info logo + paramsHelp(command) + citation + NfcoreTemplate.dashedLine(params.monochrome_logs)
System.exit(0)
}
// Validate input parameters
if (params.validate_params) {
validateParameters()
}
WorkflowMain.initialise(workflow, params, log, args)
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
NAMED WORKFLOW FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
include { CIRCDNA } from './workflows/circdna'
//
// WORKFLOW: Run main nf-core/circdna analysis pipeline
//
workflow NFCORE_CIRCDNA {
CIRCDNA ()
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
RUN ALL WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/
//
// WORKFLOW: Execute a single named workflow for the pipeline
// See: https://github.com/nf-core/rnaseq/issues/619
//
workflow {
NFCORE_CIRCDNA ()
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/