. ├── Demos │ ├── 92imageData │ │ ├── 92_behavRDMs.mat │ │ ├── 92_brainRDMs.mat │ │ ├── 92_modelRDMs.mat │ │ ├── faceAnimateInaniClustersRDM.mat │ │ ├── Kriegeskorte_Neuron2008_supplementalData.mat │ │ ├── rdm92_HMAXnatImPatch.mat │ │ ├── rdm92_V1model.mat │ │ └── simTruePatterns.mat │ ├── anatomy.mat │ ├── compareRefRDM2candRDMs_barGraph.pdf │ ├── compareRefRDM2candRDMs_RDMcomparisonPvalues.pdf │ ├── defineUserOptions2.m │ ├── defineUserOptions.m │ ├── DEMO1_RSA_ROI_simulatedAndRealData.m │ ├── DEMO2_RSA_ROI_sim.m │ ├── DEMO3_LDt_sim.m │ ├── DEMO4_RSAsearchlight_sim.m │ ├── modelRDMs_demo2.m │ ├── modelRDMs_SL_sim.m │ ├── projectOptions_DEMO1.m │ ├── projectOptions_demo.m │ ├── sampleMask_org.mat │ ├── simulationOptions_demo_LDt.m │ ├── simulationOptions_demo.m │ └── simulationOptions_demo_SL.m ├── Documentation │ ├── license.txt │ ├── toolbox documentation.pdf │ └── userOptions_guide.m ├── README.md ├── Recipes │ ├── betaCorrespondence.m │ ├── defineUserOptions.m │ ├── Recipe_fMRI.m │ └── Recipe_fMRI_searchlight.m ├── +rsa │ ├── compareRefRDM2candRDMs.m │ ├── constructModelRDMs.m │ ├── constructRDMs.m │ ├── crossvalIPM.m │ ├── defineSearchlight.m │ ├── defineSearchlight_surface.m │ ├── defineSearchlight_volume.m │ ├── dendrogramConditions.m │ ├── distanceLDC.m │ ├── +fig │ │ ├── addComparisonBars.m │ │ ├── addHeading.m │ │ ├── addImageSequenceToAxes.m │ │ ├── colorScale.m │ │ ├── exportCurrentFigAsPDF.m │ │ ├── exportCurrentFigAsPostscript.m │ │ ├── exportfig.m │ │ ├── figureDendrogram.m │ │ ├── figureMDSArrangement.m │ │ ├── handleCurrentFigure.m │ │ ├── imageRDMs.m │ │ ├── image_thr.m │ │ ├── mat2RGBimage.m │ │ ├── pageFigure.m │ │ ├── paneling.m │ │ ├── plotDotsWithTextLabels.m │ │ ├── plotTextLabels.m │ │ ├── RDMcolormap.m │ │ ├── rubberbandGraphPlot.m │ │ ├── selectPlot.m │ │ ├── setPapertoFigPos.m │ │ ├── shepardPlot.m │ │ ├── showRDMs.m │ │ ├── showVol.m │ │ ├── showVoxObj.m │ │ └── xticklabel_rotate.m │ ├── figureRDMs.m │ ├── +fmri │ │ ├── addBinaryMapToVol.m │ │ ├── addRoiToVol.m │ │ ├── boyntonModel.m │ │ ├── fMRIDataMasking.m │ │ ├── fMRIDataPreparation.m │ │ ├── fMRIMaskPreparation.m │ │ ├── fMRISearchlight.m │ │ ├── generateCognitiveModel_fastButTrialsNeedToStartOnVols.m │ │ ├── readMask.m │ │ ├── readSurf.m │ │ ├── searchlightMapping_fMRI.m │ │ ├── spatiallySmooth4DfMRI_mm.m │ │ ├── sphericalRelativeRoi.m │ │ └── temporallySmoothTimeSpaceMatrix.m │ ├── getUserOptions.m │ ├── @gifti │ │ ├── Contents.m │ │ ├── display.m │ │ ├── export.m │ │ ├── fieldnames.m │ │ ├── gifti.m │ │ ├── isfield.m │ │ ├── plot.m │ │ ├── private │ │ │ ├── base64decode.m │ │ │ ├── base64encode.m │ │ │ ├── dunzip.m │ │ │ ├── dzip.m │ │ │ ├── getdict.m │ │ │ ├── isintent.m │ │ │ └── read_gifti_file.m │ │ ├── save.m │ │ ├── struct.m │ │ ├── subsasgn.m │ │ └── subsref.m │ ├── +gifti │ │ ├── makeGifti.m │ │ └── save_gii.m │ ├── MDSConditions.m │ ├── MDSRDMs.m │ ├── pairwiseCorrelateRDMs.m │ ├── +rdm │ │ ├── averageRDMs_subjectSession.m │ │ ├── categoricalRDM.m │ │ ├── concatenateRDMs.m │ │ ├── concatRDMs.m │ │ ├── concatRDMs_unwrapped.m │ │ ├── interleaveRDMs.m │ │ ├── squareRDM.m │ │ ├── squareRDMs.m │ │ ├── stripNsquareRDMs.m │ │ ├── unwrapRDMs.m │ │ ├── vectorizeRDM.m │ │ ├── vectorizeRDMs.m │ │ ├── wrapAndNameRDMs.m │ │ └── wrapRDMs.m │ ├── runSearchlightLDC.m │ ├── runSearchlight.m │ ├── +sim │ │ ├── generateBetaPatterns.m │ │ ├── simulateClusteredfMRIData_fullBrain.m │ │ ├── simulateClusteredfMRIData.m │ │ └── simulateDataFiles.m │ ├── +spm │ │ ├── crossvalIPMraw.m │ │ ├── distanceLDCraw.m │ │ ├── getDataFromSPM.m │ │ ├── noiseNormalizeBeta.m │ │ ├── spm_create_vol.m │ │ ├── spm_type.m │ │ ├── spm_write_plane.m │ │ └── spm_write_vol.m │ ├── +stat │ │ ├── bootstrapRDMs.m │ │ ├── ceilingAvgRDMcorr.m │ │ ├── compactPvalueString.m │ │ ├── covdiag.m │ │ ├── FDRthreshold.m │ │ ├── features2ModelRDMs.m │ │ ├── fisherDiscrTRDM.m │ │ ├── fisherTransform.m │ │ ├── fitModelOLS.m │ │ ├── gaussian_nk.m │ │ ├── modelMANOVA.m │ │ ├── pairCACt.c │ │ ├── pairCACt.m │ │ ├── pairCACt.mexmaci64 │ │ ├── raeSpearmanCorr.m │ │ ├── randomlyPermute.m │ │ ├── randomPermutation.m │ │ ├── rankCorr_Kendall_taua.m │ │ ├── RDMCorrMat.m │ │ ├── signrank_onesided.m │ │ └── varianceLDC.m │ └── +util │ ├── affine_transform.m │ ├── brightness.m │ ├── dataframe2struct.m │ ├── deunderscore.m │ ├── gotoDir.m │ ├── indicatorMatrix.m │ ├── map2vec.m │ ├── map2vol.m │ ├── mask2roi.m │ ├── overwritePrompt.m │ ├── pairMatrix.m │ ├── rankTransform_equalsStayEqual.m │ ├── rankTransform.m │ ├── relRankIn_includeValue_lowerBound.m │ ├── removeSpaces.m │ ├── replaceWildcards.m │ ├── scale01.m │ ├── setIfUnset.m │ ├── struct2dataframe.m │ ├── underscoresToSpaces.m │ ├── upSample.m │ └── vec2map.m └── tree.md
15 directories, 179 files