From f73c2d3cc0ff48fb49e413b184c60d025b976810 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andrew D Smith Date: Sun, 24 Sep 2023 16:02:06 -0700 Subject: [PATCH 1/7] Adding test data for pmd --- data/pmd_test_data.counts.sym | 5582 +++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 5582 insertions(+) create mode 100644 data/pmd_test_data.counts.sym diff --git a/data/pmd_test_data.counts.sym b/data/pmd_test_data.counts.sym new file mode 100644 index 00000000..e49f8bc3 --- /dev/null +++ b/data/pmd_test_data.counts.sym @@ -0,0 +1,5582 @@ +chr1 163 + CpG 1 9 +chr1 206 + CpG 1 8 +chr1 232 + CpG 0.909091 11 +chr1 278 + CpG 1 4 +chr1 296 + CpG 0.846154 13 +chr1 310 + CpG 0.923077 13 +chr1 322 + CpG 0.857143 14 +chr1 324 + CpG 0.8 10 +chr1 350 + CpG 1 8 +chr1 356 + CpG 1 10 +chr1 358 + CpG 0.857143 7 +chr1 367 + CpG 1 8 +chr1 388 + CpG 1 7 +chr1 402 + CpG 0.933333 15 +chr1 404 + CpG 1 14 +chr1 422 + CpG 0.875 8 +chr1 434 + CpG 0.9 10 +chr1 442 + CpG 0.9 10 +chr1 448 + CpG 0.916667 12 +chr1 461 + CpG 0.923077 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z){2DH9jiAf_Vr9QIR1`v8u%W+4z4Shj361@LSc~|C+IS4hEBnP1rCj*z)G+hf`>cG ze#;)(-K~zD4h|eh$CLLPCCDnzT#@v(4D6X1zI;6J^#?eEf$1TJO0=!> z{Q}LF+AjxHEGP~Dh1a|G4vJkL#3NXKpSUj+@{-{@v43WK)WZ0*>29RRS9~`EHTBMS z8{Ci)SOd<;^5i>it5tlwfbXZb_pgP2!^M6sm_wS9K(C>UcW?67iHPNWQ-X?vRM4aBJ_Tto>wPxX`2TDm@en?H=!swn^)?`o3VV_T4T$?_N$*`su>H>$|g2 za4>ARNmdVgsD;S>jdzuVZg1osw6WsVYJA$@ea(0Z0xHHND#~`@FQG4#pH|-Qy8>7`9 z$ez)j0QSl}vUB12wI>IAZh6Jwpe_~Gac-p*u$_Yg74f*w#D;A)7e=uM?(+Q+wjm0) z=&V(!9S3_=98`Y=$KV-`&%_?nj?*^Tky6s?l(hQl3ij1$+uh>U+Q{;`6fsM=B1rmJ z2WGK4w$xw*nps^3+Tja@B-OjJp50sd5RgLmePhFC-)F2icpV<~(N%Z~pMk*Uahkkf zQ3zd9(ht91e*YXBSRe@rhT_$feR@hotU=K}z5-LrJ`ogEJ*Yx+!y@jKIt~G z#G~z4>g!i*8kFL0jYd!W`hk-vTvsriGtqkdjZSEYq%}J{|L(@brcghY^tg&(n}i*` z{K-$+!H;lhYGQ9If1k9$b*VD6$-qoNv&@^sCwksE)Bi zT@g8c+XRZ@T^v@6;IYyz>~8QBVD8-#uQ z8P?ne!WS%+qKUadb#$*`yU#Lyi~H9Y z+woFLu-Gyvyy?1Zt_C!4H#rHRv!@2P&=J~Lo?&gG53=5zTk&06MCM1l zZ;ve8nT>rR<9m*g+Z}#ZL=+T5_3haQT_>moiox*&9T#K&sMXe2r-Ks$mcgK7 z(VrkcKrLRRiyjJu1_#O5TEHI_x3cT8B4?r&aRV>ldr*w?P0aN*;c$Nod6(I8f+WL| z;gie|QZLUAmSKm@H$7R+LZLxB$c1CVX?FXDiA;MzHXf|?@uxYS2^4&vNWEruf`v;N z--kVT{D%t`1Eo%qkLMu6c`g`21q9F}4l~+1HA@|BLlnV)xuQTpB6sRPeZt$t5?nrh zp`1B9M}O+UwTea8jXUL@DB5(9=rVUU&FFVpF{mITRWaW$=q6(I?o>ApBsipw9)Be1 z(NALZ3l!3&{Ph{SQyI%0I-5S@Fk_6oGoN54vTw_=v>p6CsQdbl@ahrbHLf zk;);7bH7L|nhlp}8l&1@m)W5O$a}04OO|Ycj?Opz$T`q~V%Uo2e!_ZY4Au?P2g7gd zLYZ!!bte{H>G(6NAb!hk7{0h*w9ejh-eV=PjmqfGLo9gQd`}zfV+GSc_*l^l1SxH8Kra({z-O-d%=t#dwa~@!8?YwuzVm8ZN5H=ohS5S~68vN6=xbmm} z6LgQ)R=}7xkE_Ne9`R|YTE08eFy-8dI*smC$)0nXNjD$|1#wpV)P~JP!;9tzN&bYq z%sI8Y{Qdbu>|g1Xj0sa|@EAp-i+(~4c*Nu_kKD!H%Y;pt`=G1R+BDO2 zUJukUF(T#(V48$5C&cHx?l@eGNmaq`#W@Rxo0=YRPO?wv5!Vp9)5Na1u$5pqiiNe3 zLA)%yM`nd`5kSPi*#{`+8t9aHZ^W9MNVv6H`o|0OJ!d%xawM@I`Q)cw z^2WR$ukPw@CAUm8^W?&tmfYbrMzspaUdKiSJ1@Ks!ZJAIVnjQt-I{~4;+}Ft z6$c)|n268;nr#Wh?gNMC#q~Gvjx=&LEZ#{D*kpQYx?)-hA7PVZ?^PmZa80}id7hoS z66QhIchEMpc|=_FStq$wXSdXkq4UL)JU0QODSA)wU>7`JmLgb;4-z@NStWeYm@DQZ zh=M@DAcWswPpv?GV)NEscAe(kBC${Opm?6D^J(fl#%0=Jgq>GsL*z^KTV7&Ck7)lbog5sLv9(d!1v=TL zhUBl%z4v-|$Y6Rm3g(*Qjop}c0^l>U%U}{E48z@bX4lo66biQhz^l~Tbg=oTx0s5E z@`4VM&49V|!O4H23krW_Qjz`rpjIav3V}SeLsN&E*ID>W$2w%+!29E35bwnKtW(mH zP>D7z{t!W?iKOfJuUL?hc=&Wqwr+l&4-vu-roqh%o{6jwXf>f)k-*~sTHES^%v^l} z#wrE;M8PC{Mud}9T&|$v2Dcr)x{c^I6e#48!5?FTk8tpex|~;9c))$UpZ(##SUi)w zZh`g>t>mmHcqGn6_TbtgKt?lYX%CzH01n0*!j(KYKnHK~IpD}4fJQq{pgT=F5(Mf1 zKS{XP-5^-hg?^v5pXa0WQn28agzwy@OM#b8`$1cr0UFJG9Y9xCt?j3eXddrp&RS0w zESJX9ey}e^{3&V;Y(9ARm_xbK0F5?tGLeq^c$!J(m4Fjldp~><=bi{+ka_PPH*_Xl z=o+;xwEJT!gpe-?uJDTL0Q(pb(z2JjBv`PNvSiT^&|~#(Nas}x*KO*s+$?K#;(-z^aH78PSA0>f)&9FU<*6->Ghmc#>l_Eo(@Fh)#WbnI2?omb1*^H$E zs>lyEGB_#A*3N2aQqG2SqwGzTh={>SV})&|5c~2+#jb>M4pyJtJwE8a2_J|JXna(C zYxCgzLl5Sf2U0oc4!rb*qauI`=JNz){;p84p~2j^NU(Lo$C(bSPCeV&rXuG!ropOb zY!kbM<43er`)Czgnp-*mH0s-Xwh#6y+%=P*vwbm~X-dB7g4dJK%^b7#Qz|xF^UV5z z?1|mr;-ltBF0DZ4$9`7Xx{ApinS%LfA+V=utm3Zj+%1|nd+tQB)!NiDuUQ+~WQyuU z-RT}Oahaa6CqtHEV7Sw;JTJNDrwSt4Rv8=HW@@6!RJ8c@!x^VY~{q72r+U8tpV9x9hMu%Wr zEkpS{{3dVNu=$t*J&d;O^EA-a`vs#y;m%!TY@ta^8 zMS?G9AMA7*F80|)sDB@`P4@K2_%JS%dP2AY&iFO8{oyYX1BXiDp@tK0;cOL=`|GKl z5#1VEt5*kcsXuiN3U#BJI=_`*cb#5Cz4yq11&UV!{uo)I70%RA2Lvbvv&T>dMf zEK^q`b_ujTa_Y-;X}KG)u#uTlj;ZgDV5?&5G+ydxgx^mlG_5=}b;`ReP{#>hW=jaw z7mKJnV#sSwZs%xeWu2_9g_O}3El{rgE+V_?jx{vaM;WSOu~_0(0Mpn-850dt^zI3M zU|U=h86ab)$EBbu>&aVZp}a`nm{l8QSIw$L$H%?%Mm<@R#_iplGodie2dzKDRK{O= zn0FAt^&<%sRn@Szg^{fLLHkKvpER)xv}aS3R!{}+>M$e0>*#_-7Hr;lFb@sB>(tft zf}C|6oz{b@mHR17ONIkktq!*c5~GCef+?zFqPe**y}Q2VhZuyBwzw_~`XjShE34+B zwbRD+g1|=9=0O;&!#!*RBXi-=}8$*;A+A#}sUU2`AXB#I-LllQL)@=p#V`H?ylitQ* zjb0m6Y;s{X*74&}?{T6!DmKcK>1`WFT6twbkjahMI7=Fkn_m5r` zqT-C4Ab724hAA{R7DxvZUsAb`!8YXallF(!$wvQoLXA-eGwUX7GU|B>b4%p9u%X(k zP3I{m^9d5oxVwsjGfu*9Of8dVpl4!)={@ALOyR5B$g}HGTiK9a+OA}pvic)9SW)W@ zTZWuwa|ZmhdeDVpSM9nHEXV|xULk_#iCzhTqW<{jKB}XR=^QO&$pxV_S*pHMw zehg2Br3_$-e4#}_sVHT;_Qml-Bd9$uy{glvOxorL<9P5y?Bo&O$CR!9B;C)oS~s`9 zxjm=ULAaT`UGp=X8R7_3kVyi8dUTTfFmBin=e~J-DD{G+nkCDo!EyV>m^y$sXO?Wb zv^n;`?O^%CUA-y5bH~~rY|!B;qGJ~&_zkx1c`g{UFWi22jPQlc>d*SZn(m$xz;M2} zkhT(u^4C;KceSI}*I)*^;P0cx0QD-YcTBV&)&-yFYUQyx)%e+@oSQ{WoVo5Wv($VQ zS$yT}IGLkgaPD{Ki7l1ATZgqfN=c*Iyrfj;*n}m|g|;Mhg6I5DoY`3EL0D+vTToKi zjA0Bc+62z_Wzo~fI;R8(7Hy>X%vBpQJWm`8d3Oa<>E73^=Skdm0`5_%S7_ZQloyVu z2^?(UmGxX@;aF6!s4&FDaHm#lbxe?r#g4=XX1PxwQyjeMf>Bet(A{f&S0_f*y0T!w z!4(vjWoFgeCRx0&>2TaDESvP6Gd3-$1NoS4F>rFGGs69A<|Mm7wez%rn;@vR=0$sN z84ujp&nH~}-N5&JF7!j|6)aeQ36>I7V`Ikv&!Kk5qSAK3^Mg7!>V*C_Y#eNhq$@^s zCP?>KHZ$TRkt$)-Um{s04syQ%Z9-#sP9 ztLwjpVnxyx#&v*ROdor!PK9x&+h7R6;r<=kR1$SfH6hxfMev z$)#0STV6Y)nB2L-CdhNo2uhdW1!fl3^_sJ(WqLo_lqQ9{#8?{=sDLq--&?(GX0+Yk zpc~xZ64lR=n4bWgR{_&dFZNDy0ojH&KFKt@o9A?2%B+o=JXq< z;blRb4>S3+BzmRLBpIC#j{n*KEn^ab#N=PUD`@puv+8tg-s+W#)06B>fns3NZ`?=X zl^{V_24}(PROtK%(^BH^&?y&$*cp}2@QkFml=T50L~APM;755rfFO`H!eb~`HjYV8 zva6+!YdO%BVxCtwQ4^+arb^u{L;s>(#Eku7;m*#Fxn3$ll4KtNuVU#l$sS1hYS!T?Z@E7C_6ERD7_5IIQ5D PjN|=(tGH^x0YCx(+n;Iz literal 0 HcmV?d00001 From 23f526ee7d8c17c0492a01d8eb39d86f9bbf6603 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andrew D Smith Date: Sun, 24 Sep 2023 16:08:16 -0700 Subject: [PATCH 3/7] pmd: fixing an issue with p-values when the learned fdr cutoff is 0 --- src/analysis/pmd.cpp | 61 ++++++++++++++++++++++---------------------- 1 file changed, 30 insertions(+), 31 deletions(-) diff --git a/src/analysis/pmd.cpp b/src/analysis/pmd.cpp index 00b72297..bfcc60c3 100644 --- a/src/analysis/pmd.cpp +++ b/src/analysis/pmd.cpp @@ -55,13 +55,15 @@ using std::to_string; using bamxx::bgzf_file; +template using num_lim = std::numeric_limits; + struct pmd_summary { pmd_summary(const vector &pmds) { pmd_count = pmds.size(); pmd_total_size = accumulate(cbegin(pmds), cend(pmds), 0, [](const uint64_t t, const GenomicRegion &p) { return t + p.get_width(); }); - pmd_mean_size = + pmd_mean_size = static_cast(pmd_total_size)/std::max(1ul, pmd_count); } // pmd_count is the number of identified PMDs. @@ -166,7 +168,7 @@ find_best_bound(const bool IS_RIGHT_BOUNDARY, } size_t best_idx = 0; - double best_score = -numeric_limits::max(); + double best_score = -num_lim::max(); if (meth_tot.size() > 0) for (size_t i = 1; i < meth_tot.size()-1; ++i) { size_t N_low, k_low, N_hi, k_hi; @@ -199,8 +201,8 @@ find_best_bound(const bool IS_RIGHT_BOUNDARY, } } } - return (best_score > -numeric_limits::max()) ? - positions[best_idx] : numeric_limits::max(); + return (best_score > -num_lim::max()) ? + positions[best_idx] : num_lim::max(); } @@ -419,10 +421,10 @@ optimize_boundaries(const size_t bin_size, ///// for (size_t i = 0; i < pmds.size(); ++i) { const size_t start_site = bound_site[2*i]; - if (start_site != numeric_limits::max()) + if (start_site != num_lim::max()) pmds[i].set_start(start_site); const size_t end_site = bound_site[2*i + 1]; - if (end_site != numeric_limits::max()) + if (end_site != num_lim::max()) pmds[i].set_end(end_site + 1); } @@ -476,15 +478,15 @@ optimize_boundaries(const size_t bin_size, double get_score_cutoff_for_fdr(const vector &scores, const double fdr) { if (fdr <= 0) - return numeric_limits::max(); + return num_lim::max(); else if (fdr > 1) - return numeric_limits::min(); + return num_lim::min(); vector local(scores); std::sort(begin(local), end(local)); size_t i = 0; for (; i < local.size() - 1 && local[i+1] < fdr*static_cast(i+1)/local.size(); ++i); - return local[i]; + return local[i] + 1.0/scores.size(); } @@ -616,7 +618,7 @@ separate_regions(const bool VERBOSE, const size_t desert_size, size_t prev_cpg = 0; for (size_t i = 0; i < bins[0].size(); ++i) { const size_t dist = (i > 0 && bins[0][i].same_chrom(bins[0][i - 1])) ? - bins[0][i].get_start() - prev_cpg : numeric_limits::max(); + bins[0][i].get_start() - prev_cpg : num_lim::max(); if (dist > desert_size) reset_points.push_back(i); prev_cpg = bins[0][i].get_start(); @@ -662,16 +664,14 @@ static void assign_p_values(const vector &random_scores, const vector &observed_scores, vector &p_values) { - const double n_randoms = - random_scores.size() == 0 ? 1 : random_scores.size(); - for (size_t i = 0; i < observed_scores.size(); ++i) - p_values.push_back((end(random_scores) - - upper_bound(begin(random_scores), - end(random_scores), - observed_scores[i]))/n_randoms); + const double n_randoms = random_scores.size() == 0 ? 1 : random_scores.size(); + for (auto scr : observed_scores) { + const auto scr_itr = + upper_bound(cbegin(random_scores), cend(random_scores), scr); + p_values.push_back(std::distance(scr_itr, cend(random_scores)) / n_randoms); + } } - static void read_params_file(const bool VERBOSE, const string ¶ms_file, @@ -794,8 +794,8 @@ load_array_data(const size_t bin_size, MSite site; while (read_site(in, site)) { // TODO: MN: I think that the block below should be placed later - // in this scope. At this location, the methylation level of the - // first site in a new chrom is contributed to the last bin of the + // in this scope. At this location, the methylation level of the + // first site in a new chrom is contributed to the last bin of the // previous chrom. if (site.n_reads > 0) { // its covered by a probe ++num_probes_in_bin; @@ -1026,7 +1026,7 @@ get_min_reads_for_confidence(const double conf_level) { } -// ADS: this function will return numeric_limits::max() if the +// ADS: this function will return num_lim::max() if the // fraction of "good" bins is zero for all attempted bin sizes. static size_t binsize_selection(const bool &VERBOSE, const size_t resolution, @@ -1049,8 +1049,8 @@ binsize_selection(const bool &VERBOSE, const size_t resolution, if (frac_passed < min_frac_passed) bin_size += resolution; } - return frac_passed <= numeric_limits::min() ? - std::numeric_limits::max() : bin_size; + return frac_passed <= num_lim::min() ? + num_lim::max() : bin_size; } @@ -1090,7 +1090,7 @@ get_union_of_bins(const vector > &orig, std::inplace_merge(first, middle, middle + orig[i].size()); } // ensure unique bins - bins.resize(std::distance(begin(bins), unique(begin(bins), end(bins)))); + bins.erase(unique(begin(bins), end(bins)), end(bins)); bins.shrink_to_fit(); // make sure all bins are aligned at same boundaries @@ -1243,7 +1243,7 @@ main_pmd(int argc, const char **argv) { min_bin_size, max_bin_size, confidence_interval, prop_accept, cpgs_file[i]); - if (bin_size == std::numeric_limits::max()) + if (bin_size == num_lim::max()) insufficient_data = true; desert_size = 5*bin_size; // TODO: explore extrapolation number } @@ -1288,7 +1288,7 @@ main_pmd(int argc, const char **argv) { reads[i], array_status); const double total_observations = accumulate(begin(reads[i]), end(reads[i]), 0); - if (total_observations <= numeric_limits::min()) + if (total_observations <= num_lim::min()) insufficient_data = true; if (VERBOSE) cerr << "TOTAL BINS: " << bins[i].size() << endl @@ -1336,7 +1336,7 @@ main_pmd(int argc, const char **argv) { vector reps_fg_beta(n_replicates, 0.95); vector reps_bg_alpha(n_replicates, 0.95); vector reps_bg_beta(n_replicates, 0.05); - double score_cutoff_for_fdr = numeric_limits::max(); + double score_cutoff_for_fdr = num_lim::max(); if (!params_in_file.empty()) { // read parameters files @@ -1387,9 +1387,8 @@ main_pmd(int argc, const char **argv) { reps_bg_alpha, reps_bg_beta, classes, scores, array_status); - if (!posteriors_out_prefix.empty()) { - write_posteriors_file(posteriors_out_prefix + ".emissions", bins, scores); - } + if (!posteriors_out_prefix.empty()) + write_posteriors_file(posteriors_out_prefix + ".posteriors", bins, scores); vector domain_scores; get_domain_scores(classes, meth, reset_points, domain_scores); @@ -1405,7 +1404,7 @@ main_pmd(int argc, const char **argv) { vector p_values; assign_p_values(random_scores, domain_scores, p_values); - if (score_cutoff_for_fdr == numeric_limits::max() && + if (score_cutoff_for_fdr == num_lim::max() && !p_values.empty()) score_cutoff_for_fdr = get_score_cutoff_for_fdr(p_values, 0.01); From 7a165fb48dbd9375ce2578ccbd68c69e54976aff Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andrew D Smith Date: Sun, 24 Sep 2023 16:08:40 -0700 Subject: [PATCH 4/7] pmd tests: adding configuration for the pmd tests --- Makefile.am | 4 ++++ configure.ac | 1 + 2 files changed, 5 insertions(+) diff --git a/Makefile.am b/Makefile.am index 3aaadcd8..9009a016 100644 --- a/Makefile.am +++ b/Makefile.am @@ -67,6 +67,7 @@ EXTRA_DIST = \ data/two_epialleles.states \ data/araTha1_simulated.counts.gz \ data/mlml_test_data.tgz \ + data/pmd_test_data.counts.sym.gz \ test_scripts/test_abismalidx.test \ test_scripts/test_abismal.test \ test_scripts/test_format.test \ @@ -76,6 +77,7 @@ EXTRA_DIST = \ test_scripts/test_levels.test \ test_scripts/test_sym.test \ test_scripts/test_hmr.test \ + test_scripts/test_pmd.test \ test_scripts/test_roi.test \ test_scripts/test_selectsites.test \ test_scripts/test_radmeth.test \ @@ -114,6 +116,7 @@ TESTS = test_scripts/test_abismalidx.test \ test_scripts/test_levels.test \ test_scripts/test_sym.test \ test_scripts/test_hmr.test \ + test_scripts/test_pmd.test \ test_scripts/test_roi.test \ test_scripts/test_selectsites.test \ test_scripts/test_radmeth.test \ @@ -247,4 +250,5 @@ CLEANFILES = \ tests/two_epialleles.amr \ tests/araTha1_simulated.hypermr \ tests/methylome_ab.diff \ + tests/methylome.pmd \ tests/mlml.out diff --git a/configure.ac b/configure.ac index 03225bb7..a2f9c01d 100644 --- a/configure.ac +++ b/configure.ac @@ -76,6 +76,7 @@ tests/araTha1_simulated.counts.gz:data/araTha1_simulated.counts.gz tests/methylome_a.counts.sym:data/methylome_a.counts.sym tests/methylome_b.counts.sym:data/methylome_b.counts.sym tests/mlml_test_data.tgz:data/mlml_test_data.tgz +tests/pmd_test_data.counts.sym.gz:data/pmd_test_data.counts.sym.gz ]) AC_OUTPUT From 5fe382f033e968f776340d930081dcd742c3c105 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andrew D Smith Date: Sun, 24 Sep 2023 16:09:06 -0700 Subject: [PATCH 5/7] removing file due to renaming --- data/pmd_test_data.counts.sym | 5582 --------------------------------- 1 file changed, 5582 deletions(-) delete mode 100644 data/pmd_test_data.counts.sym diff --git a/data/pmd_test_data.counts.sym b/data/pmd_test_data.counts.sym deleted file mode 100644 index e49f8bc3..00000000 --- a/data/pmd_test_data.counts.sym +++ /dev/null @@ -1,5582 +0,0 @@ -chr1 163 + CpG 1 9 -chr1 206 + CpG 1 8 -chr1 232 + CpG 0.909091 11 -chr1 278 + CpG 1 4 -chr1 296 + CpG 0.846154 13 -chr1 310 + CpG 0.923077 13 -chr1 322 + CpG 0.857143 14 -chr1 324 + CpG 0.8 10 -chr1 350 + CpG 1 8 -chr1 356 + CpG 1 10 -chr1 358 + CpG 0.857143 7 -chr1 367 + CpG 1 8 -chr1 388 + CpG 1 7 -chr1 402 + CpG 0.933333 15 -chr1 404 + CpG 1 14 -chr1 422 + CpG 0.875 8 -chr1 434 + CpG 0.9 10 -chr1 442 + CpG 0.9 10 -chr1 448 + CpG 0.916667 12 -chr1 461 + CpG 0.923077 13 -chr1 467 + CpG 0.777778 9 -chr1 473 + CpG 0.714286 7 -chr1 485 + CpG 1 8 -chr1 488 + CpG 1 12 -chr1 496 + CpG 0.7 10 -chr1 502 + CpG 0.857143 14 -chr1 514 + CpG 1 9 -chr1 517 + CpG 0.909091 11 -chr1 520 + CpG 0.882353 17 -chr1 522 + CpG 0.909091 11 -chr1 535 + CpG 0.888889 9 -chr1 537 + CpG 1 13 -chr1 540 + CpG 0.888889 9 -chr1 564 + CpG 0.857143 7 -chr1 569 + CpG 0.818182 11 -chr1 572 + CpG 0.875 8 -chr1 577 + CpG 0.909091 11 -chr1 583 + CpG 0.857143 14 -chr1 585 + CpG 0.833333 6 -chr1 588 + CpG 1 9 -chr1 594 + CpG 0.923077 13 -chr1 602 + CpG 0.5 6 -chr1 606 + CpG 0.944444 18 -chr1 609 + CpG 1 7 -chr1 612 + CpG 0.777778 9 -chr1 617 + CpG 0.875 8 -chr1 620 + CpG 0.833333 6 -chr1 631 + CpG 0.8 10 -chr1 633 + CpG 0.8 10 -chr1 642 + CpG 0.857143 7 -chr1 650 + CpG 0.916667 12 -chr1 654 + CpG 1 11 -chr1 660 + CpG 1 8 -chr1 665 + CpG 0.846154 13 -chr1 673 + CpG 1 7 -chr1 679 + CpG 0.8 10 -chr1 681 + CpG 0.777778 9 -chr1 684 + CpG 1 6 -chr1 702 + CpG 0.916667 12 -chr1 705 + CpG 1 13 -chr1 708 + CpG 1 6 -chr1 710 + CpG 0.875 8 -chr1 713 + CpG 1 8 -chr1 729 + CpG 1 9 -chr1 731 + CpG 0.9 10 -chr1 737 + CpG 0.909091 11 -chr1 745 + CpG 0.888889 9 -chr1 755 + CpG 0.9375 16 -chr1 757 + CpG 0.6 5 -chr1 760 + CpG 1 7 -chr1 766 + CpG 1 9 -chr1 779 + CpG 0.75 8 -chr1 785 + CpG 0.916667 12 -chr1 787 + CpG 0.857143 7 -chr1 792 + CpG 0.888889 9 -chr1 799 + CpG 1 8 -chr1 801 + CpG 0.8 10 -chr1 804 + CpG 1 8 -chr1 816 + CpG 1 5 -chr1 824 + CpG 0.785714 14 -chr1 828 + CpG 1 16 -chr1 831 + CpG 0.818182 11 -chr1 834 + CpG 0.833333 12 -chr1 839 + CpG 0.941176 17 -chr1 845 + CpG 0.923077 13 -chr1 853 + CpG 1 11 -chr1 857 + CpG 1 10 -chr1 860 + CpG 0.909091 11 -chr1 863 + CpG 1 13 -chr1 868 + CpG 1 6 -chr1 874 + CpG 0.818182 11 -chr1 882 + CpG 0.888889 9 -chr1 886 + CpG 1 4 -chr1 889 + CpG 1 6 -chr1 892 + CpG 0.833333 6 -chr1 894 + CpG 0.928571 14 -chr1 897 + CpG 0.909091 11 -chr1 903 + CpG 0.823529 17 -chr1 911 + CpG 0.818182 11 -chr1 915 + CpG 0.75 8 -chr1 918 + CpG 0.909091 11 -chr1 921 + CpG 0.941176 17 -chr1 923 + CpG 1 6 -chr1 926 + CpG 0.833333 12 -chr1 932 + CpG 1 6 -chr1 940 + CpG 1 7 -chr1 944 + CpG 1 11 -chr1 947 + CpG 0.9 10 -chr1 950 + CpG 0.923077 13 -chr1 952 + CpG 0.875 8 -chr1 955 + CpG 0.941176 17 -chr1 961 + CpG 1 6 -chr1 969 + CpG 0.928571 14 -chr1 973 + CpG 0.9375 16 -chr1 976 + CpG 0.833333 6 -chr1 979 + CpG 1 9 -chr1 981 + CpG 1 9 -chr1 984 + CpG 0.916667 12 -chr1 990 + CpG 0.857143 7 -chr1 998 + CpG 1 10 -chr1 1002 + CpG 0.833333 6 -chr1 1005 + CpG 1 6 -chr1 1008 + CpG 0.571429 7 -chr1 1010 + CpG 0.875 8 -chr1 1013 + CpG 1 9 -chr1 1016 + CpG 1 5 -chr1 1021 + CpG 1 13 -chr1 1036 + CpG 0.833333 12 -chr1 1038 + CpG 0.888889 9 -chr1 1050 + CpG 0.5 4 -chr1 1056 + CpG 0.9 10 -chr1 1061 + CpG 1 10 -chr1 1067 + CpG 1 10 -chr1 1079 + CpG 1 9 -chr1 1082 + CpG 0.923077 13 -chr1 1085 + CpG 0.928571 14 -chr1 1087 + CpG 1 8 -chr1 1100 + CpG 1 11 -chr1 1102 + CpG 0.944444 18 -chr1 1105 + CpG 1 6 -chr1 1119 + CpG 1 15 -chr1 1123 + CpG 1 10 -chr1 1126 + CpG 0.9 10 -chr1 1129 + CpG 1 10 -chr1 1131 + CpG 0.666667 12 -chr1 1134 + CpG 0.923077 13 -chr1 1137 + CpG 1 11 -chr1 1142 + CpG 0.833333 6 -chr1 1149 + CpG 1 6 -chr1 1154 + CpG 1 10 -chr1 1160 + CpG 1 5 -chr1 1172 + CpG 0.769231 13 -chr1 1175 + CpG 0.875 8 -chr1 1178 + CpG 0.777778 9 -chr1 1180 + CpG 0.888889 9 -chr1 1183 + CpG 0.8 10 -chr1 1186 + CpG 0.8 5 -chr1 1191 + CpG 0.857143 7 -chr1 1198 + CpG 0.923077 13 -chr1 1200 + CpG 0.909091 11 -chr1 1203 + CpG 1 11 -chr1 1209 + CpG 1 5 -chr1 1221 + CpG 0.909091 11 -chr1 1224 + CpG 1 4 -chr1 1229 + CpG 0.888889 9 -chr1 1235 + CpG 1 8 -chr1 1237 + CpG 0.909091 11 -chr1 1240 + CpG 0.857143 7 -chr1 1246 + CpG 1 14 -chr1 1254 + CpG 0.909091 11 -chr1 1258 + CpG 1 12 -chr1 1261 + CpG 0.846154 13 -chr1 1272 + CpG 0.666667 12 -chr1 1274 + CpG 0.923077 13 -chr1 1277 + CpG 1 10 -chr1 1291 + CpG 0.9 10 -chr1 1295 + CpG 0.928571 14 -chr1 1298 + CpG 0.882353 17 -chr1 1301 + CpG 1 9 -chr1 1303 + CpG 0.875 8 -chr1 1306 + CpG 1 7 -chr1 1309 + CpG 0.888889 9 -chr1 1314 + CpG 0.944444 18 -chr1 1323 + CpG 0.8 10 -chr1 1325 + CpG 1 13 -chr1 1343 + CpG 0.916667 12 -chr1 1349 + CpG 0.857143 7 -chr1 1351 + CpG 0.75 12 -chr1 1354 + CpG 1 8 -chr1 1360 + CpG 1 8 -chr1 1376 + CpG 1 7 -chr1 1379 + CpG 1 7 -chr1 1384 + CpG 1 3 -chr1 1390 + CpG 1 5 -chr1 1393 + CpG 0.923077 13 -chr1 1402 + CpG 0.916667 12 -chr1 1408 + CpG 0.777778 9 -chr1 1411 + CpG 0.9 10 -chr1 1418 + CpG 0.846154 13 -chr1 1420 + CpG 0.9 10 -chr1 1423 + CpG 1 9 -chr1 1429 + CpG 0.857143 14 -chr1 1441 + CpG 0.875 8 -chr1 1447 + CpG 0.933333 15 -chr1 1449 + CpG 0.666667 9 -chr1 1452 + CpG 0.944444 18 -chr1 1455 + CpG 1 5 -chr1 1458 + CpG 0.777778 9 -chr1 1466 + CpG 0.75 12 -chr1 1470 + CpG 1 10 -chr1 1476 + CpG 0.8 10 -chr1 1484 + CpG 1 7 -chr1 1488 + CpG 0.888889 9 -chr1 1494 + CpG 0.5 6 -chr1 1496 + CpG 0.857143 7 -chr1 1499 + CpG 0.909091 11 -chr1 1502 + CpG 1 6 -chr1 1513 + CpG 0.9 20 -chr1 1515 + CpG 1 5 -chr1 1522 + CpG 0.625 8 -chr1 1524 + CpG 0.777778 9 -chr1 1532 + CpG 0.75 8 -chr1 1536 + CpG 1 7 -chr1 1542 + CpG 1 15 -chr1 1547 + CpG 0.857143 14 -chr1 1553 + CpG 0.909091 11 -chr1 1565 + CpG 1 12 -chr1 1567 + CpG 1 14 -chr1 1571 + CpG 1 11 -chr1 1573 + CpG 1 12 -chr1 1576 + CpG 0.8 5 -chr1 1579 + CpG 1 6 -chr1 1590 + CpG 0.875 8 -chr1 1596 + CpG 1 6 -chr1 1598 + CpG 0.846154 13 -chr1 1604 + CpG 0.8 10 -chr1 1608 + CpG 0.923077 13 -chr1 1614 + CpG 1 6 -chr1 1616 + CpG 1 9 -chr1 1622 + CpG 1 7 -chr1 1627 + CpG 1 9 -chr1 1633 + CpG 1 7 -chr1 1635 + CpG 0.857143 14 -chr1 1648 + CpG 0.923077 13 -chr1 1655 + CpG 0.6 5 -chr1 1657 + CpG 0.9 10 -chr1 1669 + CpG 1 12 -chr1 1671 + CpG 0.75 12 -chr1 1674 + CpG 1 10 -chr1 1680 + CpG 0.888889 18 -chr1 1688 + CpG 1 10 -chr1 1692 + CpG 1 7 -chr1 1695 + CpG 1 9 -chr1 1704 + CpG 0.9 10 -chr1 1709 + CpG 1 5 -chr1 1721 + CpG 0.857143 7 -chr1 1763 + CpG 1 6 -chr1 1767 + CpG 1 7 -chr1 1796 + CpG 0.8 10 -chr1 1807 + CpG 1 3 -chr1 1867 + CpG 1 8 -chr1 1880 + CpG 0.866667 15 -chr1 1883 + CpG 1 6 -chr1 1891 + CpG 1 11 -chr1 1921 + CpG 0.8 5 -chr1 1929 + CpG 0.928571 14 -chr1 1987 + CpG 1 7 -chr1 1991 + CpG 0.916667 12 -chr1 2017 + CpG 0.928571 14 -chr1 2079 + CpG 0.9 10 -chr1 2111 + CpG 0.846154 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b/test_scripts/test_pmd.test new file mode 100755 index 00000000..f87fab70 --- /dev/null +++ b/test_scripts/test_pmd.test @@ -0,0 +1,14 @@ +#!/usr/bin/env bash + +infile=tests/pmd_test_data.counts.sym.gz +outfile=tests/methylome.pmd +if [[ -e "${infile}" ]]; then + ./dnmtools pmd -o ${outfile} ${infile} + x=$(md5sum -c tests/md5sum.txt | grep "${outfile}:" | cut -d ' ' -f 2) + if [[ "${x}" != "OK" ]]; then + exit 1; + fi +else + echo "${infile} not found; skipping remaining tests"; + exit 77; +fi From 25b470c6c8109d6fc811cd5ade960473edb5429a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andrew D Smith Date: Sun, 24 Sep 2023 16:19:41 -0700 Subject: [PATCH 7/7] pmd tests: updating md5sum for pmd test resutls --- data/md5sum.txt | 1 + 1 file changed, 1 insertion(+) diff --git a/data/md5sum.txt b/data/md5sum.txt index b695ebf1..cd8536ac 100644 --- a/data/md5sum.txt +++ b/data/md5sum.txt @@ -19,3 +19,4 @@ bcbf01be810cbf4051292813eb6b9225 tests/tRex1.idx e7e9590475a7f9b1ae41701d81892e57 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