Newick converter

Простой конвертер в Newick формат

Сборка

Основное:

• в коде подразумевается, что exe-файл называется convert
• при сборке использовался стандарт C++20

Использование

Представление дерева

Для представления дерева используется такой синтаксис

Aa (a - ...)
    Bb (b - ...)
    Cc (c - ...)
Dd (d - ...)

Aa - имя клады
(a - ...) - дополнительная информация
В newick попадает только имя клады

Время появления

Можно использовать длину ветви для отображения времени появления клады. Для описания используется такое представление (дерево из предыдушего пример):

5
Aa 10
Bb 20
Cc 25
Dd 15

получится

((Bb:10,Cc:15)Aa:5,Dd:10);

значение длины равно разнице возраста дочерней и родительской клады. т.е.: Bb - Aa = 20 - 10 = 5 и Dd - 5 = 15 - 5 = 10

Флаги

Сейчас есть такие флаги:

короткий	длинный	описание
-h	--help	вывод краткой сводки
-l	--leafs	удаление не листовых имен
-a	--add-length	для именованых клад добавляет значение длины ветви равной 1
-A	--all-length	дополнение к -a, добавляет длину в 0.5 для неименованых клад
-c	--clipboard	копирование результата сразу в буфер обмена
-t	--timeline	устанавливает путь до файла с временем появления, синтаксис -t <timeline-file>

Шаблон ввода

convert <tree-file> [flags] [[-t | --timeline] <timeline-file>]

tree-file и timeline-file - txt файлы