[propr/propd] fix bug when defining the test configs

modules/nf-core/propr/propd/templates/propd.R

@@ -230,6 +230,7 @@ opt_types <- list(
 
 args_ext <- ifelse('$task.ext.args' == 'null', '', '$task.ext.args')
 args_opt <- parse_args(args_ext)
+print(args_opt)
 for ( ao in names(args_opt)){
     if (! ao %in% names(opt)){
         stop(paste("Invalid option:", ao))
@@ -271,6 +272,8 @@ if (opt\$permutation < 0) {
     stop('permutation should be a positive integer')
 }
 
+print(opt)
+
 ################################################
 ################################################
 ## Finish loading libraries                   ##

modules/nf-core/propr/propd/tests/boxcox.config

@@ -1,5 +1,5 @@
 process {
     withName: 'PROPR_PROPD' {
-        ext.args = ["--alpha 0.1 --round_digits 5"]
+        ext.args = {"--alpha 0.1 --round_digits 5"}
     }
-}
+}

modules/nf-core/propr/propd/tests/default.config

@@ -1,5 +1,5 @@
 process {
     withName: 'PROPR_PROPD' {
-        ext.args = ["--round_digits 5"]
+        ext.args = {"--round_digits 5"}
     }
-}
+}

modules/nf-core/propr/propd/tests/permutation.config

@@ -1,5 +1,5 @@
 process {
     withName: 'PROPR_PROPD' {
-        ext.args = ["--permutation 10 --number_of_cutoffs 10 --seed 123 --round_digits 5"]
+        ext.args = {"--permutation 10 --number_of_cutoffs 10 --seed 123 --round_digits 5"}
     }
-}
+}

modules/nf-core/propr/propd/tests/save_all.config

@@ -1,5 +1,5 @@
 process {
     withName: 'PROPR_PROPD' {
-        ext.args = ["--save_pairwise_full true --save_pairwise true --save_adjacency true --save_rdata true --round_digits 5"]
+        ext.args = {"--save_pairwise_full true --save_pairwise true --save_adjacency true --save_rdata true --round_digits 5"}
     }
-}
+}