- hBayesDM R package 설치. 자세한 설치법은 이 링크를 참고하세요. rstan이 제대로 설치가 안되서 hBayesDM 제대로 안 될 경우가 많으니까 설치가 제대로 됐는지 꼭 확인하세요. rstan이 제대로 설치가 되었는지 여기에 가서 Eight Schools 예제가 돌아가는지 확인해 주세요.
install.packages("hBayesDM", dependencies=T) # Install from CRAN- MATLAB 및 SPM12 설치
수업 전에 matlab_functions 폴더 안에 있는 tsvread.m 파일과 SPM12를 꼭 설치(Set Path로 가서 추가)하셔야 합니다. 동일 폴더 안에 있는 xjview도 권장합니다 (그냥 같이 설치 하세요).
본 실습 세션에서는 Mixed-gamples task 데이터(Tom et al., 2007, Science)를 사용합니다.
편의를 위해 fMRI 분석을 위한 Python 패키지인 fmriprep으로
전처리된 데이터(약 18 GB)를 사용하도록 하겠습니다. 팀별 프로젝트를 위해서는 데이터 전체를 다운 받으셔야 합니다. 화요일 수업의 실습 시간에는 두명의 데이터(sub-01 & sub-02)를 사용할 예정입니다. 실습을 위해서는 두명 데이터만 다운 받으셔도 됩니다. 실습 데이터(2명 데이터)를 다운 받으려면 이 링크를 클릭하세요.
전체 데이터(18GB)는 OpenNeuro를 통해 이 링크에 공유되어 있으며, 다음의 두 가지 방법 중 하나로 다운로드 받으실 수 있습니다.
이 링크로 들어가시면 우측에 Analysis 탭이 있습니다.
그 중 fmriprep > poldlack/fmriprep:1.0.0-rc6 > Results 메뉴로 들어가시면
Download all 버튼을 눌러 다운로드 받으실 수 있습니다.
이후 OpenNeuro를 통해 데이터를 자주 받으시려는 경우 AWS S3에서 데이터를 받는 것이 편리할 수 있습니다. AWS CLI (Command Line Interface)를 이용하면 이를 커맨드 라인에서 다운로드를 받을 수 있습니다.
- Windows: 링크로 들어가시어 설치 파일을 실행하여 설치.
- Mac or Linux: 터미널에서
pip install awscli를 실행.
AWS CLI가 설치되셨으면 터미널 혹은 커맨드 프롬프트(cmd)에서 다음의 명령어를
실행시켜 데이터를 다운로드 받을 수 있습니다.
aws --no-sign-request s3 sync s3://openneuro.outputs/fb711c8cc868b565f709f5690e408cb4/51598f96-48b1-44df-b775-e0ad10bd1e29 tom-data수업 전에 강사가 내용을 약간씩 수정할 수 있으므로 수업 시작 전에 최종본을 확인하세요. 이 Dropbox link로 가시면 up-to-date된 수업 슬라이드를 다운 받을 수 있습니다.